조세심판원 심사청구 조세특례

매출누락분 경정소득에 대해서도 중소기업특별세액감면을 인정할 수 있는지 여부

사건번호 심사법인2003-0071 선고일 2003.11.24

법인세 경정시 부당과소 신고금액에 대하여는 세액감면규정을 배제하는 것임

[주문]

○○세무서장이 2002.12.5. 청구법인에게 결정ㆍ고지하였다가 2002.3.25. 감액경정한 법인세 144,967,990원(2000사업연도분 73,109,400원, 2001사업연도분 71,858,590원), 부가가치세 191,958,190원(2000년 제1기분 25,770,190원, 2000년 제2기분 36,962,510원, 2001년 제1기분 71,811,580원, 2001년 제2기분 57,413,910원), 합계 336,926,180원의 부과처분은,

1. 청구법인이 제시한 총 2,923세대에 대한 매출자료 등을 근거로 매출누락액 1,465,167,030원이 맞는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 이를 받아들일 수 없으므로 기각합니다. [이유]

1. 처분내용

청구법인은 도시가스 공급업자인 청구외 주식회사○○○(이하 "(주)○○○"라고 한다)가 설치한 주된 도시가스관에서 도시가스 실수요자의 사용건물까지 가스공급시설을 설치하여 주는 사업자이다. 처분청은 붙임 "과세기간별 매출누락 명세서"와 같이 당초 청구법인이 2000사업연도 및 2001사업연도 중에 총 2,923세대에 대한 공사매출 1,718,854,200원(부가가치세를 포함한 금액이고, 이하 모든 공사액에는 부가가치세를 포함시킴)을 누락하였다고 보고, 2002.12.5. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 등 806,673,900원을 과세하였다가, 처분청의 이의신청 재조사결정에 따라 재조사한 결과, 위 매출누락 1,718,854,200원에는 (주)○○○의 수입금액에 해당하는 것을 청구법인이 실수요자로부터 받아 납부한 시설분담금 253,687,170원(1세대당 86,790원으로 추정하고, 매출누락한 총 2,923세대에 86,790원을 곱하여 산정한 금액임)이 포함되어 있다고 하여 동 금액을 차감한 1,465,167,030원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 매출누락액으로 보고, 장부상의 시설분담금 89,133,330원은(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 매출누락액으로 보고, 장부상의 시설분담금 89,133,330원은 청구법인의 비용이 아니므로 손금불산입하고, 추가확인된 공사원가 누락분 1,121,118,560원을 손금산입하여 2003.3.25. 위 당초 고지세액을 법인세 144,967,990원(2000사업연도분 73,109,400원, 2001사업연도분 71,858,590원), 부가가치세 191,958,190원(2000년 제1기분 25,770,190원, 2000년 제2기분 36,962,510원, 2001년 제1기분 71,811,580원, 2001년 제2기분 57,143,910원), 합계 336,926,180원으로 감액경정하고, 귀속불명의 매출누락액 1,465,167,030원을 청구법인의 대표자들에게 상여처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.5.7. 심사청구하였다.

2. 청구주장
  • 가. 처분청은 매출누락액을 1,465,167,030원으로 보고 법인세 등을 과세하고 동액을 청구법인의 대표자들에게 상여처분하였으나, 첫째, 2000사업연도는 (주)○○○의 수탁관리를 받았던 시기로, (주)○○○가 시설분담금 및 수탁관리비를 공제한 후 청구법인에게 수탁공사비를 지급하고 세금계산서를 수수하였음이 (주)○○○의 공사비지급대장, (주)○○○에게 교부한 매출세금계산서 등에 의해 확인되는데도 처분청이 이를 확인하지 않고 매출누락액을 쟁점금액으로 산정함은 잘못이고 둘째, 매출누락액에는 표본으로 확인한 결과 이미 매출신고한 청구외 정○○ 등 87세대분 63,739,530원이 포함되어 있고, 처분청이 근거도 없이 47,126,200원을 과다하게 결정하였으며, 셋째, 시설분담금은 총 8단계의 2~40등급이 있고, 차등으로 납부하였음이 시설분담금 납부자료 등에 의해 확인되는데도 처분청이 2,923세대 전부를 3등급 86,790원을 적용하여 매출누락액에서 253,687,170원만 차감함은 잘못이며, 넷째, 공사완료일이 (주)○○○의 "수요처별 시공현황자료" 등에 의해 확인되는데도 귀속시기를 공사완료일이 아닌 시설분담금 납부일을 기준으로 하여 총 113건 176,107,160원에 대해 과세연도를 잘못 적용하여 매출누락액을 산정하였으며, 다섯째, 법인통장으로 입금된 660세대 공사액 339,968,000원은 청구법인의 운영자금, 공사원가 등으로 사용되었음이 보통예금원장 등에 의해 확인되며, 매출누락액 중 일부는 무면허자 청구외 김○○과 이○○가 청구법인 명의로 시공하고 공사대금을 수령하여 사용하였으며, 청구법인은 약 8%의 관리비만 받았음이 수탁공사비현황, 일계표 등에 의해 확인되는데도 매출누락액 전액을 대표자에게 상여처분함은 잘못이다. 위와 같이 처분청의 매출누락액 산정에 잘못이 있어 청구법인이 총 2,923세대에 대해 (주)○○○의 증빙자료 등을 근거로 하여 작성한 매출자료를 제출하며, 처분청의 매출누락액 산정 및 상여처분은 잘못되었으므로 이건 부과 처분을 취소하여야 한다.
  • 나. 2001사업연도부터는 건설업을 영위하는 중소기업에 대해서도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는데도 매출누락 경정에 따른 누락소득에 대해 중소기업특별세액감면을 인정하지 않음은 부당하다.
3. 처분청 의견
  • 가. 청구법인은 재조사당시 세대별 공사매출액을 확인할 수 있는 장부 등을 보관하고 있지 않다는 이유로 이를 제시하지 못하였고, 통장입금으로 확인된 660세대분 평균공사단가 515,100원을 공사매출액이 확인 불가능한 2,263세대에도 적용하여 줄 것을 주장하였을 뿐인 바, 660세대의 평균공사단가 515,100원은 2년간의 평균공사단가로서 진실한 공사단가로 보기 어렵고, 실지매출증빙을 제시하지 못해 처분청은 동종업종의 평균공사단가로 2,263세대의 매출누락액을 추계조사결정 하였던 것이고, 청구법인은 매출누락액에 이미 신고된 매출액이 포함되어 있다고 주장하나, 주민등록번호 기재분 매출세금계산서를 교부하여 신고한 사실이 없는 바, 매출누락액이 신고되지 않았으며, 시설분담금 납부일로 매출누락액의 귀속시기를 산정함은 잘못이라고 주장하나 청구법인이 귀속시기를 확인할 수 있는 증빙서류를 제시하지 못해 (주)○○○의 연도별 자료에 의거 귀속시기를 산정하였던 것이며, 청구법인은 매출누락액을 청구법인의 대표자들에게 상여처분이 부당하다고 주장하나 매출누락액에 대한 사용증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구외 김○○과 이○○는 현장 하도급자로 확인되는 바, 귀속불명의 매출누락액 전액을 청구법인의 대표자에게 상여처분한 것이므로 정당하다. 위와 같이 처분청의 매출누락액 산정 및 익금산입한 매출누락액을 대표자에게 상여처분한 당초 처분은 정당하다.
  • 나. 청구법인이 중소기업특별세액 감면신청을 하지 않았으므로 매출누락경정에 따른 누락소득에 대해 감면배제한 당초 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 처분청이 매출누락액을 1,465,167,030원으로 산정하여 법인세 및 부가가치세를 과세하고 동액을 청구법인의 대표자들에게 상여처분함이 맞는지 여부와 매출누락분 경정소득에 대해서도 중소기업특별세액감면을 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
  • 나. 관련법령 (1) 법인세법 제66조 [결정 및 경정]

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다.(단서생략) (2) 부가가치세법 제21조 [경 정]

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환금세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

(3) 부가세법시행령 제69조 [추계경정방법]

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추게경정은 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법 (4) 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (5) 법인세법시행령 제106조 [소득처분]

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

(6) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6299호로 개정된 것) 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면]

① 제조업, 광업, 건설업,....(중간생략)... 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 수도권(괄호생략)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(괄호생략): 100분의 20(괄호생략)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (7) 조세특례제한법 제128조 [추계과세시 등의 감면배제]

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조,...(중간생략)... 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

(8) 조세특례한법시행령 제122조 [과소신고소득금액의 범위] 법 제128조 제3항에서 "대통령령이 정하는 과소신고금액"이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 도시가스 실수요자가 (주)○○○에 납부한 시설분담금 납부자료를 수집하여 이를 근거로 청구법인이 2000~2001사업년도 중에 총 2,923세대(기본세대 629세대, 추가세대 2,294세대)분 공사매출 1,465,167,030원(쟁점금액)을 누락한 것으로 보고 기타 적출사항들을 반영하여 청구인에게 이건 법인세 등을 과세하였음이 처분청의 결정결의서 등에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 붙임 "과세기간별 매출누락 명세서"의 "당초결정" 내용과 같이, 청구법인의 통장 등으로 입금된 금액 중 공사내역과 일치한 매출누락액을 339,968,000원으로 보고, 공사내역 가운데 취사용 및 난방용으로 통장입금액이 확인되지 않는 2,263세대에 대해서는 동종업계의 공사단가 및 청구법인의 매출세금계산서 발행금액을 근거로 하여 기본세대 평균공사단가를 1,260,000원으로, 추가세대 평균공사단가를 400,000원으로 각각 보아, 위 평균공사단가에 기본세대 496세대와 추가세대 1,767세대를 곱하는 방법으로 매출누락액을 1,331,760,000원으로 추계조사결정하고, 기타 결의서 작성착오로 보이는 47,126,200원을 더하여 청구법인이 쟁점금액(1,465,167,030원)을 매출누락한 것으로 보았음이 처분청의 세무조사종결보고서 및 결정결의서 등에 의해 확인된다.

(3) 처분청의 이의신청 결정서를 보면, (주)○○○ 및 시공업체 등에게 확인한 결과 세대별 평균공사단가는 기본세대의 경우 1,200,000원~1,300,000원이고, 추가세대의 경우 400,000~500,000원이었고, 청구법인은 통장입금으로 확인된 660세대의 평균공사단가 515,100원을 공사액 확인이 불가능한 2,263세대에도 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 2,263세대에 대한 증빙자료를 보관ㆍ제시하지 못하고 있고, 660세대는 전체 누락건의 23%이고, 2,263세대의 평균공사단가는 588,493원으로 660세대 평균공사단가 515,100원과 거의 차이가 없어 비현실적이지 않으며, 통장입금 이외의 현금수입이 있었다고 단정할 수 없는 바, 처분청이 동종업종의 공사단가를 조사하여 확인된 단가로 추계조사결정합은 정당하나, 청구법인이 실제 매출장부 등을 제시하면 이를 근거로 확인한 후 경정함이 타당하다고 결정하였음을 알 수 있다. 한편, 처분청은 위 동종업종의 세대별 평균공사단가나 청구법인의 신고분 평균공사단가등 매출누락액 추계조사결정시 적용한 평균공사단가에 대해 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(4) 청구법인은 처분청이 매출누락액을 1,465,167,030원으로 보아 법인세 등을 과세하고 동액을 청구법인의 대표자들에게 상여처분함은 부당하다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제시하고 있다. (가) 2000사업연도는 (주)○○○의 수탁관리를 받았고, 쟁점금액의 매출누락액에는 기 신고된 매출액이 포함되어 있다고 주장하면서, (주)○○○의 장부인 공사비지급대상(확정용), 기안서류, 수탁공사비현황과 청구법인의 매출세금계산서, 매출장, 기 신고분 추가확인 사례(87세대분 63,739,530원) 및 그 증빙등을 제시하고 있고, (주)○○○의 공사비지급대장에는 도시가스 수요자 인적사항, 시설분담금(매출누락액에서 제외할 금액산정이 가능함) 및 수탁관리비 계약과 입금현황, 공급완료일(시설분담금 납부일과 약 1~2개월 정도의 차이가 있음), 청구법인과의 도급금액 정산내역 등이 기재되어 있고, (주)○○○의 기안서류 및 수탁공사비 현황에도 수탁공사내용이 구체적으로 기재되어 있다. 한편, 처분청은 주민등록번호 기재분 매출세금계산서의 신고매출이 없다고 하나, 2001년도 주민등록번호 기재분 매출신고액이 230건 501,427,268원임이 청구법인의 매출장부에 의해 확인된다. (나) 청구법인은 실지납부한 시설분담금의 확인이 가능하고, 매출누락액의 공급시기 및 귀속시기를 공사완료일 기준으로 보아야 한다고 주장하면서, (주)○○○의 공사비지급대장 및 2001년도 수요처별 시공현황 자료, 시설분담금 차등납부 사례 5건, 귀속시기 관련 113건 176,107,160원의 명세서 등을 제시하고 있고, (주)○○○의 수요처별 시공현황 자료에는 수요자주소, 세대구분, 계약일, 공급일(공사완료일로 보임), 시설분담금(매출누락액에서 제외할 금액산정이 가능함)이 기재되어 있다. (다) 처분청이 법인통장 입금으로 확인된 660세대분 매출누락 339,968,000원은 운영자금, 공사원가 등으로 사용하였고, 청구외 김○○과 이○○가 공사를 하고 청구법인은 관리비 8%만 받았으며, 매출누락액 중 110건 277,139,570원이 2002년도에 입금되었으므로 매출누락액 전액을 대표자들에게 상여처분함은 부당하다고 주장하면서, 청구법인의 일계표 및 공사비정산서 등과 위 110건 277,139,570원의 명세서, 사례 5건에 대한 통장사본 및 보통예금원장을 제시하고 있고, 동 장부에는 법인통장 입금내역이 기장되어 있다. (라) 처분청이 매출누락액으로 본 2,923세대에 대해 청구법인이 (주)○○○의 공사비지급대장 등을 근거로 하여 작성한 "매출누락금액 추가확인자료" 및 일계표 등을 제시하고 있고, 동 확인자료에는 2,923세대의 약 70%~80%의 매출액이 확인되어 있다.

(5) 먼저, 처분청이 매출누락액을 1,465,167,030원으로 산정하여 법인세 등을 과세하고 동액을 청구법인의 대표자들에게 상여처분함이 맞는지 여부를 살펴보면, (가) 처분청은 세무조사당시 세대별 매출증빙 등을 제시하지 못하자 추계조사방법 등으로 매출누락액을 결정한 것으로 보이나, 2000년도 공사매출의 상당액은 (주)○○○가 청구법인에게 수탁공사비를 지급하고 세금계산서를 수수하였음이 (주)○○○의 공사비지급대장 및 기안서류, 청구법인이 (주)○○○에게 교부한 매출세금계산서 등에 의해 확인되고, (나) 매출누락액 1,465,167,030원에는 상당액의 신고분 매출액(청구법인은 표본자료로 87세대분 63,739,530원을 제시함)이 포함되어 있음이 (주)○○○의 공사비지급대장, 매출세금계산서 등에 의해 확인되고, 처분청이 착오로 조사종결보고서와 달리 47,126,200원을 과다하게 매출누락 결정하였으며, (다) (주)○○○의 수입금액에 해당하는 시설분담금은 (주)○○○의 공사비지급대장 및 수요처별 시공현황자료 등에 의해 차등납부 되었음이 확인되는데도, 처분청이 일률적으로 1세대당 3등급 86,790원으로 추계결정하여 매출누락액에서 253,687,170원만을 차감함은 잘못이며, (라) 공사완료일이 (주)○○○의 장부에 의해 확인됨에도 공사완료일이 아닌 시설분담금 납부일을 공급시기 또는 수입시기로 본 것은 잘못이며(청구법인이 제시한 귀속시기 오류분은 113건 176,107,160원임) (마) 매출누락액 중 339,968,000원이 청구법인의 통장으로 입금되었고, 동 입금액이 법인장부에 반영되었다면 매출누락액이 사외유출 되었다고 볼 수 없는 바, 처분청이 동 금액을 상여처분하려면, 그 기장내용이나 인출내역 등을 밝혀 사실상 사외유출 되었음을 입증하여야 할 것임에도 사실상 사외유출 되었다는 증빙을 제시하지 못하고 있으며, (바) 처분청은 동종업계의 공사단가 및 청구법인의 매출세금계산서 발행 금액을 근거로 평균공사단가를 기본세대 1,260,000원, 추가세대 400,000원으로 각각 보았다고 주장할 뿐, 추계조사결정한 위 평균공사단가에 대해 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. 위와 같이, 처분청이 본 매출누락액 1,465,167,030원에는 상당액의 기신고분 매출액과 결정착오분 47,126,200원이 포함되어 있고, 시설분담금이 확인가능한데도 추계결정하여 매출누락액에서 차감한 잘못이 있으며, 공사완료일을 공급시기 및 수입시기로 보아야 한다는 등의 청구주장은 신빙성이 있어 보이고, 청구법인이 비록 세무조사당시에는 매출증빙을 제시하지 못하였지만 이건 심리 중에 (주)○○○의 공사비지급대장, 총 2,923세대의 약 70%~80%상당의 매출자료(나머지는 추후 제출예정) 등 실지 매출액을 확인할 수 있는 증빙을 제시하고 있는 바, 처분청은, 청구법인이 이건 심리중 제시한 동 매출 자료 등을 근거로 하여 매출누락액 1,465,167,030원이 맞는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 재경정하여야 할 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 매출누락분 경정소득에 대해서도 중소기업특별세액감면을 인정할 수 있는지 여부를 살펴보면, 청구법인은 매출누락액분 과소신고 소득금액에 대해서도 중소기업특별세액 감면을 하여야 한다고 주장하나, 전시한 조세특례제한법 제128조 제3항 에서 본 바와 같이 법인세 경정시 부당과소신고금액에 대하여는 세액감면 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 처분청이 매출누락액분 부당과소 신고금액에 대해 중소기업특별세액 감면을 인정하지 않는데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제7조 / 법인세법 제66조 / 부가가치세법 제21조 / 부가가치세법시행령 제69조 / 법인세법 제67조 / 법인세법시행령 제106조 / 조세특례제한법 제128조 / 조세특례제한법시행령 제122조 /

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)