임시투자세액공제만을 감면받는 것으로 수정신고 할 수 있는지 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.4.14. 청구법인에게 결정 고지한 2001.1.1.~12.31.사업연도 법인세 53,217,720원의 부과처분은 이를 취소합니다. [이유]

청구법인은 철판금속제품을 주로 생산하는 법인(건물 천장에 사용되는 건축자재를 제조하는 업으로서 감면대상 사업임)으로서 2001.1.1.~12.31. 사업연도에 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액 감면)규정에 의한 세액감면 9,160,937원과 동법 제26조(임시투자세액공제) 규정에 의한 44,727,671원, 계53,888,608원을 감면신청하여 2002.3.31. 법인세과세표준 및 세액을 신고하였다가, 위 감면신청은 조세특례제한법 제127조 (중복적용의 배제) 제4항의 규정에 위반된다하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제(즉, 임시투자세액만 공제)하여 2002.11.30. 법인세 과세표준과 세액을 수정신고 납부하였다.

○○지방국세청 감사관은 감면을 중복적용 받은 사업자는 조세특례제한법 제127조 제4항 의 규정에 의거 임시투자세액공제를 배제하여야 한다고 감사 지적하였고, 이에 따라 처분청은 중소기업에 대한 특별세액 감면을 인정하고 임시투자세액공제는 배제하여 2003.4.14. 청구법인에게 2001.1.1.~12.31.사업연도 법인세 53,217,720원을 경정고지하는 한편 농어촌특별세 10,783,865원을 환급결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.5.12. 심사청구하였다.

조세특례제한법에 의한 세액감면을 받음에 있어 둘이상의 규정을 동시에 적용받을 수 있는 때에는 그 중 납세자에게 유리한 방법으로 선택하여 적용할 수 있는 것이므로 이건 부과처분은 취소되어야 한다.

조세특례제한법 제127조 (중복지원의 배제) 제4항에서, 같은법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 같은 법 제26조의 임시투자세액공제를 배제하도록 규정하고 있으므로 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하고 임시투자세액공제를 배제한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인이 중소기업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 감면 신청하였다가 임시투자세액공제만을 감면받는 것으로 수정신고한 것이 정당한지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] (2000.12.29 개정)

① 제조업, 광업, 건설업, (중략), 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 "수도권" 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다): 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 제26조 [임시투자세액공제]

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 3) 조세특례제한법 제127조 [중복지원의 배제] (2000.12.29 개정)

④ 제6조ㆍ제7조, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제94조, 법률 제4555호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 4) 국세기본법 제45조 [수정신고]

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 2001.1.1.~12.31. 사업연도 이전부터 당해사업연도까지 조세특례제한법 규정에 의거 중소기업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복적용하여 감면신청하여 오던중, 처분청으로부터 2001.1.1.~12.31.사업연도에 한 중복적용 감면신청은 잘못이라는 안내를 받고 2002.11.30. 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 수정신고 하였고, 처분청은, 당초 감면신청시 중복적용하였으므로 조세특례제한법 제127조 제4항 의 규정에 의거 임시투자세액공제를 배제하여야 한다는 ○○지방국세청 감사관의 지적에 따라 이건 부과처분하였음이 처분처의 심리자료등에 의하여 확인된다. (표) 당초신고 및 수정신고 내용 ┌─────────┬────────┬─────────┬──────┐ │ 구 분 │ 당초신고내용 │ 수정신고내용 │ 비 고 │ │ │(2002.3.31.신고)│ (2002.11.30.신고)│ │ ├─────────┼────────┼─────────┼──────┤ │ 중소기업에 대한 │감면세액: │ │ │ │ 특별세액 감면 │ │감면세액: 0 │ │ │ (조특법 제7조) │ 9,160,937원 │ │ │ ├─────────┼────────┼─────────┼──────┤ │ 임시투자세액 공제│공제세액: │공제세액: │ 당해연도 │ │ (조특법 제26조) │ 44,727,671원│ 53,919,328원│ 투자분 임 │ ├─────────┼────────┼─────────┼──────┤ │ 감면세액 합계 │ 53,888,608원 │ 53,919,328원 │ │ └─────────┴────────┴─────────┴──────┘

2. 청구법인은 제조업을 영위하는 중소기업으로서 2001.1.1.~12.31.사업연도에 639,693,000원의 시설투자를 한 사실에 관하여 청구법인과 처분청 간에 다툼은 없다. 3) 조세특례제한법 제127조 (중복지원의 배제, 2001.12.19. 개정전, 이하 같다)는, 조세특례제한법상 각종 감면이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용 받게 하거나 특정감면을 배제하도록 규정하고 있고, 그 4항에서 같은법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 같은법 제26조의 임시투자세액공제를 배제하도록 규정하고 있는 바, 조세특례제한법사의 각종 감면의 중복지원 및 배제에 관하여는 위 규정이 우선 적용되는 것이므로, 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용 받을 수 있는 법인이 중소기업에 대한 특별세액감면과 임시투자세액공제를 중복하여 적용한 경우에는 중복지원에 대한 배제에 관하여 규정한 위 제127조의 규정에 따라 임시투자세액공제를 배제함이 타당하다 할 것(심사 소득2000-178, 2000.9.22.과 같은 뜻)이나, 이 건의 경우를 살펴보면, 청구법인은 이 건 부과처분전에 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 임시투자세액만을 공제받는 것으로 하여 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고를 하였던 바, 수정신고는 과세관청이 과세표준과세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기전까지 신고를 하면 되는 것으로서 이 수정신고를 함으로써 당초 신고시의 하자가 치유되는 것으로 볼 수 있는 것(국세청 법인46012-2976, 1996.10.25.과 같은 뜻)이고, 또한 조세특례제한법 제127조 제4항 (2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것)의 규정을 적용함에 있어서 청구인이 같은법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 대상이나 이를 적용받지 아니하는 경우에는 같은법 제26조의 임시투자세액공제를 적용할 수 있는 것(제도 46012-12679, 2001.8.16.과 같은 뜻)이므로, 처분청이 청구법인의 2002.11.30. 수정신고한 내용을 부인하고 임시투자세액공제를 배제한 것은 잘못이라 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제26조 / 조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 제127조 / 국세기본법 제45조 /