공제조합출자증권 취득가액의 50%를 손금에 산입한 경정청구가 정당한지 여부

[이유]

청구법인은 주택신축판매업을 영위하고 있는 건설업체로서, 1999년 6월경 주택사업공제조합(이하 "공제조합"이라 한다)이 ○○주택보증 주식회사(이하 "○○주택보증"이라 한다)로 전환됨에 따라 청구법인이 보유하고 있던 공제조합의 출자증권(취득가액 6,117,000,000원)을 ○○주택보증의 주식(액면금액 1,565,560,000원)으로 수령하게 되었고, 공제조합 출자증권 취득가액 6,117,000,000원의 50%에 상당하는 3,058,500,000원(이하 "쟁점차액"이라 한다)을 투자유가증권 감액손실로 하여 전기(2001년도) 재무제표에 반영하였으나, 2001.1.~12.31.사업연도(이하 "2001사업연도"라고 한다) 소득금액 계산시 이를 손금산입하지 못하였다고 하여 2002.11.25. 재점차액을 손금산입하여 2001사업연도 법인세 161,236,206원을 경정청구하였다. 처분청은 쟁점차액을 손금산입 대상의 투자자산 감액손실이 아니라 법인세법 제22조 에서 규정하고 있는 손금불산입 대상의 투자유가증권 임의평가손실로 보고 법인세법상의 손금이 아니라는 사유로 2003.1.13. 경정청구 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.4.9. 심사청구하였다.

공제조합이 ○○주택보증으로 조직변경된 것이 아니므로 공제조합의 조합재산은 ○○주택보증에 현물출자된 것인 바, 공제조합의 출자증권에 대응하여 ○○주택보증의 주식을 취득하는 과정에서 발생된 쟁점차액은 손금산입 대상의 투자자산 처분손실에 해당됨에도 처분청이 이를 유가증권 평가손실로 보고 손금이 아니라는 이유로 경정청구 거부한 처분은 부당하다.

공제조합의 ○○주택보증으로 전환은 전환 전·후의 법적성격이 유사하고, 인적·물적요소에 있어서도 동일성이 유지되어 조직변경에 해당된다 할 것이므로 쟁점차액을 유가증권에 대한 임의평가손실로 보아 법인세법상의 손금이 아니라는 사유로 경정청구 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점차액을 손금에 산입하여 2001사업연도 법인세를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구한데 대해, 처분청이 경정청구 거부한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ㅇ 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 것) 제45조의2 [경정등의 청구]

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 ㅇ 법인세법(1998.12.28. 법인세법 법률 제5581호로 개정된 것) 제22조 [자산의 평가차손의 손금불산입] 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.(단서규정 생략) ㅇ 법인세법 제42조 [자산·부채의 평가]

① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감사상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다.(이하 생략) ㅇ 법인세법 제40조 [손익의 귀속사업연도]

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 사업연도로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인의 2002.11.25일자 2001사업연도 법인세 경정청구에 대해 거부처분한 경위를 살펴보면, 청구법인은 1999년 6월경 공제조합이 ○○주택보증으로 전환됨에 따라 청구법인이 보유하고 있던 공제조합의 출자증권(출자좌수 6,000주, 취득가액 6,117,000,000원)을 ○○주택보증의 주식(주식수 313,112주, 액면금액 1,565,560,000원)으로 수령하고, 공제조합 출자증권 취득가액 6,117,000,000원의 50%에 상당하는 쟁점차액(3,058,500,000원)을 투자유가증권 감액손실로 하여 전기(2001년도) 재무제표에 반영하였으나, 2001사업연도 소득금액 계산시 이를 손금산입하지 못하였다고 하여 2002.11.25. 쟁점차액을 손금산입하여 2001사업연도 법인세 161,236,206원을 경정청구하였고, 처분청은 쟁점차액을 손금산입 대상의 투자자산 감액손실이 아니라 손금불산입 대상의 유가증권 임의평가손실로 보아 2003.1.13. 경정청구 거부통지하였음이 2001사업연도 경정청구서 및 처분청의 경정청구서 반려 공문(세이 46220-10050호, 2003.1.13)등에 의해 확인된다.

(2) 공제조합이 ○○주택보증으로 전환된 과정 및 청구법인이 ○○주택보증의 주식을 배정받게 된 경우를 살펴보면, 공제조합은 주택사업에 관한 의무 이행에 필요한 보증업무 등을 수행하기 위하여 1993.4.24. 설립된 특수법인이었고, 공제조합은 1997.11월경 IMF외환위기 이후 조합원의 부도증가로 인한 대위변제 급증으로 심각한 유동성 부족에 직면하게 되자 정부에 지원을 요청하게 되었고, 이에 대해 정부는 1998.12월경 공제조합을 정상화하기 위하여 주택건설촉진법을 개정하여 공제조합을 주식회사로 전환하는 방안을 마련하였고, 이에 따라 1999.2.9. 법률 제5908호로 주택건설촉진법을 개정하여 ○○주택보증 주식회사의 설립에 관한 입법적 근거를 마련하였다. 이에 따라 공제조합은 1999.6.1. 조합원총회에서 ○○주택보증금으로 전환할 것을 결의하고, 1999.6.2. 건설교통부장관의 인가를 받아, 1999.6.3. ○○주택보증 설립등기를 마침과 아울러 공제조합 해산등기를 마쳤다. 한편, 정부, 채권금융기관, 주택업계, 공제조합의 각 대표들로 구성된 합동실사지원팀이 1998.12말 공제조합의 순자산가액을 실사한 결과 3조3,242억원이었던 자산이 장부가액보다 약 74.5% 낮은 8,480억원으로 평가됨에 따라 순자산가액 8,480억원을 ○○주택보증의 자본금으로 하고 이에 해당하는 주식 169,602,800주를 ○○주택보증 설립등기 직전일 현재 각 출자자의 출자증권 보유비율에 따라 배정하였다. 이러한 주식배정 과정에서 공제조합의 출자좌수 6,000주(취득가액 6,117,000,000원)를 보유하고 있었던 청구법인도 이건 ○○주택보증 주식 313,112주(액면금액 1,565,560,000원)를 배정받게 되었음이 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의해 확인된다.

(3) 서울행정법원 제11부는 법인세법상 공제조합과 ○○주택보증은 그 조직변경 전후로 동일성이 인정되므로 공제조합의 조합원이 그 조직변경에 따라 공제조합의 출자좌수에 비례하여 ○○주택보증의 주식을 배정받음으로써 발생한 차액은 법인세법 제22조 소정의 자산의 평가차손에 불과한 것이지, 현물출자를 통하여 ○○주택보증 주식을 교환하여 취득하는 과정에서 발생한 투자자산 처분손실에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하였다. (사건번호 2002구합 39217호, 판결선고일 2003.4.23. 참조)

(4) 청구법인이 쟁점차액을 손금에 산입하여 2001사업연도 법인세 161,236,206원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구한데 대해, 처분청이 경정청구 거부한 처분이 맞는지 여부를 살펴본다. 공제조합이 ○○주택보증으로 전환된 과정에서 발생한 쟁점차액이 손금불산입 대상의 자산의 평가차손에 해당하는지 아니면, 손금산입 대상의 투자자산 처분손실에 해당하는지 여부를 판단하기에 앞서 청구법인이 쟁점차액을 2001사업연도 귀속분 손금으로 보고 경정청구한 것이 맞는지 여부를 보면, 전시한 관련법령에서 살펴본 바와 같이 법인세법 제40조 제1항 에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 쟁점차액이 확정된 사업연도는 공제조합이 ○○주택보증으로 전환된 1999사업연도임이 분명한데도 청구법인이 쟁점차액의 귀속사업연도를 2001사업연도로 본 것은 잘못인 바, 이 건 2001사업연도 경정청구는 부적법한 사업연도의 경정청구에 해당하며, 처분청이 비록 청구법인의 2001사업연도 경정청구에 대해 법인세법 제22조 의 규정을 들어 쟁점차액을 자산의 평가차손으로 보고 경정청구는 적법한 사업연도의 경정청구가 아니어서 받아들일 수 없으므로 처분청의 이건 경정청구 거부처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제45조의2 / 법인세법 제22조 / 법인세법 제42조 / 법인세법 제40조 /