투자자산처분손실을 손금산입하여 경정청구 한데 대한 거부처분의 당부

[이유]

청구법인은 △△도 △△군 △△면 △△리 381-6에서 □□건설주식회사라는 상호로 주택건설업을 영위하는 법인으로, 청구법인이 출자한 청구외 주택사업공제조합(이하 "공제조합"이라 한다)이 1999년 6월 청구외 □□□□보증주식회사(이하 "□□□□보증"이라 한다)로 전환됨에 따라 청구인이 보유하고 있던 공제조합 출자증권(취득가액 1,150,000,000원)을 ○○주택 보증 주식(액면금액 287,020,000원)으로 수령하였고, 청구법인은 공제조합 출자증권 취득가액과 ○○주택보증 주식 액면금액의 차액 862,980,000원(이하 "쟁점차액"이라 한다)을 1998.1.1.~12.31. 사업연도 및 2000.1.1~12.31.사업연도 소득금액 계산시 투자유가증권감액손실로 손금불산입 유보처분하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가, 2002.7.20. 쟁점차액이 투자자산처분손실에 해당된다는 이유로 손금에 산입하여야 한다는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2002.7.29. 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.10.26. 이의신청을 거쳐 2003.4.1. 심사청구하였다.

공제조합의 부실화로 조합을 해산하고 주택건설촉진법에 의거 1999년 6월 ○○주택보증으로 전환·설립은 조직변경이 아니라 공제조합의 순자산가액을 현물출자하여 ○○주택보증을 새로 설립한 것으로 보아야 할 것인 바, 청구법인이 공제조합의 출자지분에 대응하는 ○○주택보증의 주식을 취득하는 과정에서 발생한 차액은 당연히 투자자산처분손실로 법인세법상 손금인정 되어야 할 것이므로 경정하여야 할 이유가 없다고 통지한 처분청의 처분은 부당하다.

공제조합과 ○○주택보증은 권리의무 및 인적·물적 요소가 승계되어 법인세법상 별개의 회사가 아니라 동일한 회사로써 공제조합 출자증권의 취득가액과 ○○주택보증 주식 액면금액과의 차액은 투자자산 평가손실로 보아야 할 것이고, 이는 법인세법 제22조 규정에 의거 손금에 산입할 수 없는 자산의 평가차손에 해당하므로 청구법인의 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다고 통지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점차액을 손금에 산입하여야 한다는 경정청구에 대하여 처분청이 경정하여야 할 이유가 없다고 통지한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제45조 의 2 [경정 등의 청구]

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또한 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 법인세법 제19조 [손금의 범위]

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 법인세법 시행령 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 법인세법 제22조 [자산의 평가차손의 손금불산입] 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.(단서 생략) 법인세법 제42조 [자산·부채의 평가]

① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○주택보증의 설립경위와 주식배경 내역 등 기초 사실관계에 대하여 살펴본다. 1993.4.24 주택건설촉진법에 의거 주택사업에 관한 의무이행에 필요한 보증업무 등을 수행하기 위하여 설립된 공제조합이 1999.2.8. 주택건설촉진법이 개정으로 ○○주택보증으로 전환되었다. 공제조합이 1997.11월 외환위기 이후 조합원의 부도증가로 인한 대위변제 급증으로 심각한 유동성 부족에 직면하게 되자 정부에 지원을 요청하였고, 이에 대하여 정부는 공제조합을 정상화하기 위해서는 종전 조합원외에 국민주택기금 및 채권금융기관의 출자가 필요하다고 보고 그 출자 등을 추진하기 위하여 금융기관과 지원협약을 체결하는 한편, 종전 공제조합을 주택건설촉진법상의 특별법인인 주식회사로 전환하는 것이 불가피한 것으로 판단, 1999.2.8 동법을 개정하여 입법적인 근거를 마련함에 따라, 1999.5.4. 공제조합 총회에서 전환결의를 거쳐 ○○주택보증으로 전환된 것이다. 한편, □□□□지원팀(정부대표, 채권금융기관 대표 및 주택업계와 주택사업공제조합 대표로 구성)이 1998.12월말 현재 공제조합의 순자산가액을 실사한 결과 3조3,242억원(장부가)이었던 자산이 8,480억원(장부가 대비 25.5%)으로 평가(74.5%)됨에 따라 순자산가액 8,480억원을 ○○주택보증의 자본금으로 하고 이에 해당하는 주식 169,602,800주를 ○○주택보증 설립등기 직전일 현재 각 출자자의 출자증권 보유비율에 따라 배정하였고, 이에 따라 청구법인은 1999.6.11. 보유하고 있던 공제조합의 출자증권 1,150,000,000원을 ○○주택보증의 주식 57,404주(액면금액 287,020,000원)로 배정받았음이 처분청에서 제시한 심리자료에 의거 확인된다.

(2) 청구법인의 공제조합 출자증권에 대한 회계처리 및 법인세 신고사항을 보면 청구법인은 1997.1.1~12.31 사업연도 소득금액 계산시 공제조합의 출자증권에 대한 투자유가증권감액손실 489,000,000원을 손금불산입 유보처분하고, 2000.1.1~12.31 사업연도 소득금액 계산시 공제조합의 출자증권에 대한 투자유가증권감액손실 373,980,000원을 손금불산입 유보처분하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가, 2002.7.20. 1998.1.1~12.31 사업연도 및 2000.1.1~12.31 사업연도에 청구법인이 투자유가증권감액손실로 신고한 금액이 투자유가증권처분손실에 해당된다며 손금산입하여 줄 것을 경정청구하였으나 처분청은 2002.7.29. 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하였음이 심리자료에 의거 알 수 있다.

(3) 처분청이 쟁점차액을 손금에 산입하여야 한다는 청구법인의 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다고 통지한 처분이 정당한지를 살펴본다. 먼저, 1998.1.1~12.31 사업연도 소득금액계산서 투자유가증권감액손실로 손금불산입한 489,000,000원이 손금에 산입할 수 있는지 여부를 심리하기에 앞서 경정청구가 적법한지 여부를 보면 청구법인이 이 건 경정청구를 제기한 2002.7.20.일은 국세기본법 제45의2 제1항 에 의거 경정청구를 할 수 있는 법정신고기한으로부터 1년 이내를 경과하였으므로 처분청이 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 2000.1.1~12.31 사업연도 소득금액계산 시 투자유가증권감액손실로 손금불산입한 373,989,000원이 손금에 산입할 수 있는지 여부를 심리하기에 앞서 경정청구의 대상 사업연도가 적정한지 여부를 보면 청구법인의 주장대로 쟁점차액이 투자유가증권처분손실에 해당된다고 하더라도 쟁점차액이 손금산입될 사업연도는 쟁점차액이 발생된 1999.6.11.이 속한 1999.1.1~12.31사업연도라 할 수 있으므로 청구법인이 쟁점차액을 1999.1.1~12.31 사업연도의 소득금액계산시 손금에 산입하여야 한다는 경정청구를 다시 청구하는 것은 별론으로 하더라도 청구법인이 2000.1.1~12.31 사업연도를 경정대상 사업연도로 오인하여 경정청구한 것에 대하여 처분청이 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제45조의2 / 법인세법 제19조 / 법인세법시행령 제19조 / 법인세법 제22조 / 법인세법 제42조 /