장부 등 증빙이 없는 것으로 보아 추계결정한 처분의 적법 여부

○○세무서장이 2002.8.17. 청구법인에게 추계로 결정고지 한 2001년 제2기 확정 부가가치세 359,919,790원과 2001.5.3. ~ 12.31. 사업연도 법인세 263,250,940원은 청구법인이 제시하는 장부 등 증빙에 의하여 실지조사 하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 경기도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 2001.5.3. 건강보조식품 도매업(법인명 주식회사 ○○)을 개업하여 2001.12.31. 폐업한 법인으로서, 2001년 제2기 확정 부가가치세 및 2001.5.3. ~ 12.31. 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고하지 아니하였다. 처분청은 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 추계결정방법으로 산정하여 2002.8.10. 2001년 제2기 확정분 부가가치세 359,919,790원과 2001.5.3. ~ 2001.12.31. 사업연도 법인세 263,250,940원을 결정하고, 추계결정소득금액 785,790,345원을 청구법인의 대표이사 청구외 조○○에게 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.11.14. 이의신청을 거쳐 2003.3.6. 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청이 2002. 8.12. 청구법인에 고지한 부가가치세 납세고지서의 세액계산을 보면, 서면에 의한 자료처리를 하면서 청구법인의 2001년 중 전산자료상 세금계산서 매입가액 3,770,926천원에 2000년도 동일업종 매매총이익율 30.32%를 적용한 매출금액 5,411,779천원에서 2001년 제2기 예정분까지 신고한 매출액 2,840,005천원을 차감한 2,571,774천원을 2001년 제2기 확정분 매출로 간주하여 2001년 제2기 확정분 부가가치세 359,919천원을 결정고지 하였다.
• 나. 부가가치세법 제21조 제1항 에 사업자가 부가가치세 확정신고를 아니 한 때에는 관할세무서장이 조사에 의하여 과세표준과 세액을 경정하되, 같은 법 같은 조 제2항에서는 관련증빙이 없거나 미비한 경우 또는 기장내용 등이 허위임이 명백한 경우가 아니면 세금계산서․장부․기타의 증빙서류를 근거로 하도록 규정하고 있음에도 청구법인이 부가가치세 신고용으로 작성 비치 한 2001년 제2기 확정 매출세금계산서합계표의 매출액 1,198,177천원 등 영업거래에 대한 증빙을 확인하지도 않고 서면에 의한 자료처리 방법으로 전산자료상 총매입액을 기준으로 매매총이익율에 의해 2001년 제2기 과세표준을 2,571,774천원으로 한 당초 추계 결정은 명백한 오류이므로 같은 법 같은 조 제3항의 재경정 사유에 해당한다.
• 다. 청구법인은 청구외 ○○○○ 합자회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)의 건강식품 대행를 하여 재고가 없으므로 무신고한 과세기간의 매입액에 대하여만 추계경정을 하여야 함에도 2001년 전 기간을 대상으로 추계결정하면서 부가가치세 매출누락금액에 대한 추계는 2001년 제2기 확정기간만 적용한 점, 2001년 제1기 확정 및 2001년 2기 예정 부가가치세 신고는 기한 내 신고․납부의무를 이행하고 세금계산서 불부합자료도 없는 등 성실한 신고를 하였으므로 부가가치세법시행령 제69조 제1항 제5호 의 당해사업자의 2001년도 신고상황에 의한 상품회전율, 매매총이익율, 부가가치세율 등을 산정할 수 있음에도 전국평균 매매총이익율을 2001년이 아닌 2000년 이익률을 적용한 점, 처분청이 거래상대방이 제출한 세금계산서를 전산자료에 의해 확인한 총매입액 3,770,926천원 중 매출원가에 해당하는 상품매입액(전량 ○○○○에서 매입한 것임) 3,726,236천원임에도 부수경비매입까지 포함하여 매매총이익율을 적용한 점 등이 이건 추계경정의 오류에 해당한다.
• 라. 처분청이 2002.8.10. 청구법인에 고지한 법인세 납세고지서와 소득금액변동통지서를 보면, 위의 부가가치세 추계결정 과세표준액 5,411,779천원을 수입금액으로 하여 표준소득률 14.52% 적용한 소득금액 785,790천원에 대한 2001.5.3. ～2001.12.31. 사업업도 법인세 263,250천원을 결정고지하고, 동 소득금액 전액을 대표이사 조○○에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 것임을 알 수 있다.
• 마. 법인세법 제66조 제1항 에 법인이 같은 법 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 않은 때에는 관할세무서장이 조사에 의하여 과세표준과 세액을 결정하되 같은 법 같은 조 제3항에서는 관련증빙이 없거나 미비한 경우 또는 기장내용 등이 허위임이 명백하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우가 아니면 장부․기타의 증빙서류를 근거로 규정되어 있음에도 청구법인의 영업거래에 대한 매출액과 제 비용은 확인하지 않고, 추계결정한 것은 명백한 오류이므로 같은 법 같은 조 제4항의 경정사유에 해당한다할 것이다.
• 바. 법인세 추계결정함에 있어 기준수입금액이 위 가내지 라의 주장과 같이 오류로 잘못경정 된 금액이므로 당연히 경정되어야 하고, 총매출액․메출원가(매입액)․판매관리비(창고료 할인료 제세공과금)등에 의해 소득금액을 산출할 수 있는 바 이를 토대로 실지조사방법으로 경정결정 하여야 한다.
• 사. 처분청의 이의신청심사위원회 결정서는 청구법인이 주장한 경정내용의 오류부분에 대해서는 언급이 없이 무신고자 조사시 장부 등을 제시하지 않았으므로 추계결정 한 당초 처분은 정당하다고 하였으나, 이는 결정일 이후에 오류 사항이 발견되거나 제 증빙을 근거로 과세표준과 세액을 다시 계산할 수 있는 때에는 재경정을 한다는 법인세 및 부가가치세법 규정과 국세심판례(국심2002서429 2002.6.7.)에 반하는 결정이며, 신고기한 경과 후 작성한 부가가치세 신고서로 보여 신빙성이 없다고 하나 신고기한 경과 후 작성되었다고 할지라도 제 증빙에 의해 요약 정리한 것이므로 실질내용이 중요한 것이지 작성일자가 본건 심리에 영향을 주지 않는 것이다. 따라서, 이상과 같이 청구법인은 모든 거래에 대하여 기업회계기준 및 각 세법이 정하는 바에 따라 작성한 장부와 관련증빙서류 등이 청구외법인의 경리부에 보관되어 있는 증빙 및 청구법인이 정리하여 비치 보관한 증빙서류 등에 의해 과세표준과 소득금액 및 세액을 산출할 수 있는 상태이고, 당초 처분청이 청구법인에 부과한 부가가치세와 법인세 및 인정상여 소득처분은 경정이 세법규정에 반하거나 추계경정사유에 해당하지 않음에도 추계경정을 한 오류결정이므로 부가가치세법 제21조 및 제3항의 규정에 따라 2001.2기 확정 부가가치세 과세표준을 청구법인이 상품을 매출하고 매출세금계산서 발행 및 교부한 금액 1,198,177천원으로 경정하여야 한다.

2001년 제2기 확정 부가가치세 무신고를 제외한 부가가치세 신고기간의 매출액 추계결정과 관련하여 청구법인은 재고흐름이 청구외 법인이 생산한 건강식품류 중 매출처가 확정된 물량을 전량 매입하여 청구법인의 명의로 세금계산서를 발행하므로 재고상품이 존재하지 않아 동 기간에 대하여 추계결정 할 사유가 없다고 하나, 조사 결정 당시 이를 확인할 수 있는 장부를 제시하지 못하였고, 2001년 2기확정 신고기간의 부가가치세 무신고와 관련하여 청구인이 이의신청시 작성한 부가가치세 신고서는 신고기간 이후에 작성된 것으로 신빙성이 없는 것으로 보이고, 2001.5.3.～12.31. 사업연도 법인세 결정에 있어 청구인은 총매출액․매출원가(매입액), 판매관리비(창고료, 할인료, 제세공과금) 등 증빙에 의하여 소득금액을 산출할 수 있다고 하나 조사 당시에 이를 판단할 장부를 제시하지 못하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 장부 등 증빙이 없는 것으로 보아 추계결정 한 처분이 적법한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

③ 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 부가가치세법 제69조 【추계결정ㆍ경정방법】

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 사업의 종류, 지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적ㆍ물적 시설(종업원, 객실, 사업장, 차량，수도, 전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 가. 생산에 투입되는 원ㆍ부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량
• 나. 인건비, 임차료, 재료비, 수도광열비, 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율
• 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율
• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계결정ㆍ경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사 기준에 의하여 계산하는 방법

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 제117조 및 부가가치세법 제32조 의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점 가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

증권거래법 제186조 의 2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 2001년 제2기 부가가치세 및 2001.5.3.～2001.12.31. 사업연도 법인세를 무신고 하자, 처분청은 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 추계결정방법으로 산정하여 2002.8.10. 2001년 제2기 과세기간 부가가치세 359,919,790원과 2001.5.3.～12.31. 사업연도 법인세 263,250,940원을 결정고지하고, 법인세추계결정소득 785,790,345원을 청구법인의 대표이사 인 청구외 조○○에게 인정상여로 처분하여 소득금액변동통지를 한 것으로 확인된다.

2. 청구법인은 부도발생으로 경영위기에 빠진 청구외법인의 노동조합 및 임직원등이 2001.5.3. 신설한 법인으로서, 설립목적은 청구외 법인을 회생시키고 채권자들로부터 청구외법인의 직원 임금채권 등을 보호하기 위하여 청구외법인의 식품사업부를 청구법인이 대행한 것으로 주장하고 있고, 청구법인에 소속된 직원은 없어 급여를 지급한 사실은 없었던 것으로 확인된다. 그러나, 2001.10월경 노사간의 노동법관련 고소고발사건으로 청구법인의 대표이사인 조○○이 구속되어 영업활동이 중단되어 부가가치세 및 법인세 과세표준을 신고하지 못한 것이며, 청구법인은 영업에 대한 세금계산서, 장부 기타 증빙서류가 청구외법인에 보관되어 있으므로 동 장부 등에 의거 이건 처분을 경정하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 처분청의 보충조서를 보면, 청구법인의 매입금액으로 신고한 2,701,227,776원에 매입누락금액 1,069,700,000원의 합계 3,770,927,776원에 매매총이익율 30.32%를 적용하여 5,411,779,242원으로 환산하여 청구법인이 매출로 신고한 2,840,005,120원을 차감한 2,571,774,122원을 매출누락 한 것으로 보아 부가가치세를 과세하고, 수입금액을 5,411,779,242원에 표준소득률 13.08%를 적용하여 과세표준을 785,790,345원으로 하여 법인세 263,250,949원을 과세한 것으로 확인된다.

4. 청구법인은 2001년 제1기 확정신고시 매출금액을 590,548,520원으로 매입금액을 587,909,830원으로 하여 납부세액을 263,860원으로, 2001년 제2기 예정신고시 매출금액을 2,249,456,619원으로 매입금액을 2,113,317,988원으로 하여 납부세액을 13,613,858원으로 신고한 것으로 확인되고, 2001년 제2기 확정분 매출금액 1,198,177,463원으로 매입금액을 965,868,836원으로 하여 납부세액을 23,230,856원으로 작성하여 심리자료로 제출하고 있다.

5. 또한, 청구법인은 2001.5.3.～2001.12.31. 사업연도 대차대조표, 손익계산서 및 합계잔액시산표를 작성하여 제출하고 있고, 청구외 법인의 영업관리부에 근무하고 있는 이재길이 2002.5.21일을 기준으로 작성한 외상매출금 등을 기록한 잔고실사 결과보고서를 제출하고 있다.

6. 처분청이 작성한 매입처별 세금계산서 합계표를 보면 청구법인이 제출한 금액은 2,701,226천원이나 거래처가 제출한 것은 3,770,926천원으로 1,069,700천원을 매입누락 한 것으로 확인되며, 매입신고 누락금액 중 청구외법인으로부터 매입금액이 3,726,236천원이나 청구법인이 신고한 것은 2,669,306천원으로 1,056,930천원을 신고누락 한 것으로 확인되고, 매출처별 세금계산서합계표를 보면 청구법인이 신고한 금액은 2,839,957천원이나, 거래처가 제출한 매출세금계산서는 3,664,761천원으로 824,804천원을 신고누락 한 것으로 매출세금계산서 합계표를 분석한 자료에 의하여 확인된다.

7. 상기 관계법률 및 사실관계를 종합해 보면, 법인세법 제66조 제1항 에 법인이 같은 법 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 않은 때에는 관할세무서장이 조사에 의하여 과세표준과 세액을 결정하되 같은 법 같은 조 제3항에서는 관련증빙이 없거나 미비한 경우 또는 기장내용 등이 허위임이 명백하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우가 아니면 장부․기타의 증빙서류를 근거로 소득금액을 계산하여야 한다고 규정하고 있다. 그러나, 처분청이 작성한 세금계산서 거래처별 합계표를 보면 매입누락금액 등 총매입금액이 3,770,926천원과 매출누락금액을 포함한 매출금액이 3,664,761천원으로 확인되고, 청구법인이 신고기한 후에 작성한 대차대조표, 손익계산서 및 기타증빙 등을 볼 때 신빙성이 있는 것으로 판단되나, 처분청이 이에 대하여 조사를 한 사실이 없는 것으로 확인되고, 청구법인에 직원이 없는 점으로 볼 때 청구법인은 실질적인 법인으로 보기 어려운 점이 있으나 이에 대해서도 실지조사를 한 사실이 없는 것으로 확인된다. 따라서, 청구법인의 실체에 대한 실지조사 및 청구법인의 각사업연도 소득금액을 장부 및 증빙 등에 의하여 실지조사에 의하여 경정하여야 함에도 사실관계를 조사하지 아니하고 추계방법으로 경정한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.