조세회피 목적이 없고 감사원의 지시에 따라 반납한 이자의 귀속시기는 반납한 사업연도의 손금으로 함이 타당.
조세회피 목적이 없고 감사원의 지시에 따라 반납한 이자의 귀속시기는 반납한 사업연도의 손금으로 함이 타당.
[주문]
○○세무서장이 2003.1.2 청구법인에게 경정·고지한 1999.1.1∼1999.12.31 사업연도 법인세 22,059,340,030원은 수입이자 44,665,492,000원을 손금산입하여 과세표준 및 세액을 재경정합니다. [이유]
청구법인은 ○○시가 전액 출자하여 설립한 비영리 공공법인으로서 ○○시로부터 도시개발사업과 관련하여 미리 받은 대행사업비에서 발생한 1989-1997사업연도 수입이자 44,665,492,000원(이하 "쟁점이자"라 한다)을 청구법인의 소득으로 하여 1989-1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다가, "○○시 소유의 대행사업비에서 발생한 쟁점이자의 귀속자는 ○○시이고, 쟁점이자를 같은 기간동안에 ○○시로부터 지급받지 못한 대행수수료 26,763,253,000원과 상계처리하여 반납하라"는 취지의 감사원의 감사지적과 ○○시의 반납지시에 따라 1999.2.23 쟁점이자를 대행수수료 등과 상계하여 전액 ○○시에 반납하고, 쟁점이자를 이익잉여금처분계산서상의 전기오류수정손실로 계상한 후 세무조정으로 손금산입하여 1999사업연도 정기분 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으며, 2001.3.30에는 손금산입한 쟁점이자 중 1989-1992사업연도분, 1,169,951,000원을 부과제척기간이 경과되었다는 이유로 손금불산입하고, 기타 익금불산입 항목등으로 경정청구하여 1999사업연도 법인세 7,248,728,480원을 환급받았다. 처분청은, 쟁점이자가 ○○시 소유의 대행사업비에서 발생한 것이므로 처음부터 청구법인의 소득이 아니라 ○○시가 소득이고, 감사원의 처분지시가 쟁점이자의 손익귀속시기를 확정한 것이 아니며, 반납의무는 쟁점이자가 발생한 사업연도인 1989-1997사업연도라 하여 쟁점이자의 손익귀속시기를 ○○시에 반납한 1999사업연도가 아닌 쟁점이자가 발생한 1989-1997사업연도로 보고, 쟁점이자 44,665,492,000원에서 청구법인이 2001.3.30 경정청구시 기 손금불산입하였던 1,169,951,000원을 차감한 43,495,541,000원을 손금불산입하여 2003.1.2 청구법인에게 1999사업연도 법인세 22,059,340,030원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.2.13 심사청구하였다.
청구법인이 쟁점이자의 귀속에 대해 ○○시와 별도의 약정을 맺지 않아 그 귀속이 불분명하였고, 쟁점이자를 익금으로 계상하지 않을 경우 있을지도 모를 법인세(가산세 상당액 포함) 추징 때문에 보수적으로 해석하여 일단 청구법인의 수익으로 인식한 것이지 분식회계를 통해 기간손익을 왜곡시켜 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적으로 청구법인의 수입이자로 신고한 것이 아니며, 오히려 쟁점이자를 청구법인의 이자소득으로 신고함으로써 1989-1997사업연도에 법인세 11,372,279,000원을 미리 납부하게 되었으며, 감사원의 감사지적으로 인하여 쟁점이자의 귀속이 명백하게 ○○시에 결정되었고, 처분청이 쟁점이자를 1999사업연도 손금으로 인정하지 않는다면, 청구법인은 쟁점이자를 ○○시에 반납하여 수익이 없는데도 법인세 11,372,279,000원을 더 부담하게 된 결과가 되어 재산권을 부당히 침해받게 되며, 손익의 귀속연도에 착오가 있어 과세관청이 정당한 과세연도로 경정하고자 하나 정당한 과세연도가 이미 부과제척기간이 경과한 경우, 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 이루어진 것이 아니고 세금을 미리 낸 경우에는 납세자의 신고내용을 그대로 인정하는 것이 과세의 합목적성과 과세형평상 합당하다고 기 심사결정한 사례(국세청 심사법인 2002-16호, 2002.9.6 등)도 여러 건 있으며, 국세청이 쟁점이자의 귀속주체는 ○○시이므로 반납이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있으나 반납의무 여부는 사실판단 사항이라고 질의·회신하였으나, 반납의무가 있다고 판단한 기관은 감사원임을 감안할 때 사실판단사항은 아무 의미가 없다. 따라서 조세회피 목적이 없고 감사원의 처분지시에 따라 1999사업연도에 ○○시에 반납한 쟁점이자의 귀속시기는 이를 반납하고 전기오류수정손실로 계상한 1999사업연도이므로 처분청은 쟁점이자를 1999사업연도손금으로 인정하여야 한다.
1999사업연도에 반납한 쟁점이자는 처음부터 ○○시 소유의 대행사업비에서 발생한 수입이자로서, 청구법인의 소득이 아니었는바, 청구법인은 원칙적으로 쟁점이자를 청구법인의 1989-1997 사업연도 수입이자로 계상해서는 안 되었고, 쟁점이자는 ○○시와 1989-1997사업연도의 대행사업부문 정산시 미수금 등에서 차감하고 잔여 수입이자를 ○○시에 반환하였다고 하여 감사원의 처분지시에 의거 쟁점이자를 ○○시에 반환하였다고 하여 감사원의 처분지시가 쟁점이자의 귀속시기를 1999사업연도로 확정한 것이 아니므로 쟁점이자의 반납의무는 당연히 처음부터 반납했어야 할 1989-1997 사업연도로 보는 것이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점이자의 손익귀속시기를 이자가 발생한 1989-1997사업연도의 손익 즉, 쟁점이자를 1989-1997사업연도 익금불산입 사항으로 보고, 이를 반납한 1999사업연도 청구법인의 손금으로 인정하지 않고 과세한 당초 처분은 정당하다.
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (2) 법인세법시행령 제70조 [ 이자소득 등의 귀속사업연도 ]
① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호와 같다.
1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액(괄호생략): 소득세법 시행령 제45조 의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날(괄호생략)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 등(법 제73조의 규정에 의하여 원천징수되는 이자 등을 제외한다)을 당해 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.
2. 법인이 지급하는 이자 등: 소득세법 시행령 제45조 의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 등을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다. (3) 소득세법시행령 제45조 [ 이자소득의 수입시기 ] 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.
4. 보통예금·정기예금·적금 또는 부금의 이자
① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
(5) 기업회계기준 제79조 [ 전기오류수정손익 ]
② 제1항의 전기오류수정손익의 대상이 되는 회계상의 오류는 회계기준 적용의 오류, 추정의 오류, 계정분류의 오류, 계산상의 오류, 사실의 누락 및 사실의 오용 등으로 한다. (6) 지방공기업법 제71조 (대행사업의 비용 부담)
① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다. (7) 지방공기업법시행령 제63조 (대행업무의 비용부담등)
① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.
② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.
2. 사업의 집행에 소요되는 시설비·인건비 및 부대경비
4. 사업의 대행에 따른 대행수수료
(8) 청구법인이 ○○시와 1989.3.23 및 1996.5.10 체결한 도시개발사업 대행계약서 제6조(경비부당)
① ○○시장은 청구법인이 시행되는 제2조의 규정에 의한 대행사업에 대하여 지방공기업법 제71조 및 동법시행령 제53조의 규정에 의하여 경비를 부담한다.
(2) 감사원의 감사지적 이후인 1999.7.21 ○○시와 체결한 대행계약서 제7조의2(발생이자 및 잡수입 등의 처리) 청구법인은 제6조 제2항에 의하여 교부받은 대행사업비를 금융기관에 별도의 현금구좌를 개설하여 관리하고, 대행사업비 운용에서 발생한 이자 및 잡수입 등은 연도말 기준으로 관계 증빙서류를 첨부하여 익년도 1월 31일까지 ○○시장에게 반납하여야 한다.
(1) 청구법인이 ○○시 소유의 대행사업비에서 발생한 쟁점이자를 전액 1999사업연도에 ○○시에 반납하고 이를 전기오류수정손실로 하여 1999사업연도 손금으로 산입한데 대해, 처분청은 쟁점이자의 손익귀속시기를 쟁점이자가 발생한 1989∼1997사업연도의 ○○시 수입이자라고 하여 쟁점이자 44,665,492,000원에서 청구법인이 2001.3.30 경정청구시 부과제척기간이 경과되었다는 이유로 손금불산입한 1989-1992사업연도분 1,169,951,000원을 차감한 43,495,541,000원을 손금불산입하여 청구법인에게 이건 법인세를 과세하였음이 처분청이 법인세 경정결의서 및 조사보고서 등에 의해 확인된다.
(2) 감사원은 1998년 6월경 청구법인을 감사하고 청구법인이 위탁사업자금을 운용함에 따라 발생한 수입이자는 위탁사업 회계의 수익으로 처리하고 청구법인의 지원사업부서 인건비등은 청구법인에게 지급하여야 하는 등 위탁사업자금과 자체사업자금을 구분계리하고 손익의 귀속을 명확히 하여 정산하여야 함에도 청구법인의 자체사업자금과 함께 관리하면서 발생한 쟁점이자 44,665,492,000원을 위탁사업회계로 회수하지 않고 내버려 두었고, 인건비등 간접비 26,793,253,000원(이건 대행수수료임)임을 청구법인에게 지급하지 않은 사실이 있으므로 위탁사업회계의 쟁점이자 44,665,492,000원과 청구법인에게 지급할 인건비등 간접비 26,793,253,000원을 상계처리하고 차액 17,872,239,000원을 정산하는 방안을 강구할 것이 요망된다는 취지의 내용으로 청구법인 및 ○○시에 감사지적하였음이 감사원의 위탁사업수익 및 비용정산 부적정 감사지적 통보사항에 의해 확인된다.
(3) ○○시는 위 감사원의 감사지적과 청구법인의 감사지적에 대한 처리건의(안)에 따라 1999.2.13 청구법인에게 쟁점이자 44,665,492,000원을 대행수수료 미지급액 26,793,253,000원과 상계하고, ○○시에 이미 이익 배당하였던 134,033,139,000원중 쟁점이자와 관련하여 배당된 5,589,764,000원을 차감하여 정산하였으니, 정산 후 잔액 2,282,475,000원을 즉시 현금으로 반납하기 바란다고 통보하였고, 청구법인은 위 ○○시의 반납지시에 따라 1999.2.23 정산하고 현금 2,282,475,000원을 반납하였으며 1999.2.24에는 위와 같은 정산내용을 ○○시 및 감사원에 정산 보고하였으며 이러한 정산보고에 대해 감사원은 별다른 감사지적을 하지 않았음이 ○○시가 청구법인에게 보낸 감사원 시정권고(통보)사항 조치통보 공문(도정 16330-249, 1999.2.13)과 청구법인이 ○○시 및 감사원에 보낸 감사원 시정권고(통보)사항 조치 처리결과 통보 공문(예산 150-129, 1999.2.24)등에 의해 확인된다.
(4) 청구법인 및 처분청이 제출한 사업연도별 쟁점이자의 발생내역과 쟁점이자에 대한 법인세(방위세 및 농어촌특별세를 포함) 상당액을 정리하면, 아래 표와 같음을 알 수 있다. (단위: 천원) ┌──────┬──┬──────┬──────┬─────┬──────────┐ │부과제척기간│사업│ 수입이자 │법인세등 │ 세후이자 │ │ │ 경과여부 │연도│ ① │기납부세액②│ (①-②) │ 비 고 │ ├──────┼──┼──────┼──────┼─────┼──────────┤ │ │1989│ 157,675 │ 36,660 │ 121,015 │1992년 △10억원은 │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤서울시의 대행사업비 │ │ │1990│ 1,012,328 │ 235,366 │ 776,962 │미지급에 따른 청구 │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤법인의 자체자금 │ │ 경 과 │1991│ 1,041,628 │ 260,407 │ 781,221 │사용분 이자상당액임 │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤ │ │ │1992│△1,043,680 │ △260,920 │△782,760 │ │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤ │ │ │소계│ 1,167,951 │ 271,513 │ 896,438 │ │ ├──────┼──┼──────┼──────┼─────┼──────────┤ │ │1993│ 5,767,380 │ 1,441,845 │ 4,325,535│청구법인이 손금산입 │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤한데 대해 처분청이 │ │ │1994│ 5,424,229 │ 1,388,603 │ 4,035,626│이건 손금불산입한 │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤금액임 │ │ 미 경 과 │1995│ 11,568,983 │ 2,961,660 │ 8,607,323│ │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤ │ │ │1996│ 7,040,060 │ 1,802,255 │ 5,237,805│ │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤ │ │ │1997│ 13,696,889 │ 3,506,403 │10,190,486│ │ │ ├──┼──────┼──────┼─────┤ │ │ │소계│ 43,497,541 │ 11,100,766 │32,396,775│ │ ├──────┴──┼──────┼──────┼─────┼──────────┤ │ 합 계 │ 44,665,492 │ 11,372,279 │33,293,213│ │ │ │ (쟁점이자) │ │ │ │ └─────────┴──────┴──────┴─────┴──────────┘
(5) 청구법인은 감사원의 감사지적 및 ○○시의 반납지시에 따라 1999.2.23. 1989-1997사업연도에 발생한 쟁점이자 44,665,492,000원을 같은 기간동안에 ○○시로 받은 대행수수료 26,793,253,000원 및 ○○시에 이미 이익배당하였던 금액 중 쟁점이자와 관련하여 배당된 금액을 15,589,764,000원으로 보아 차감정산한 후 잔액2,282,475,000원만을 현금으로 반납하고, 쟁점이자 및 대행수수료를 전기오류수정손으로 계상한 후, 세무조정을 통해 쟁점이자를 손금산입하고 대행수수료 26,793,253,000원 중 ○○지방국세청의 세무조사결과에 따라 1998년 9월경 수입금액 누락으로 이미 과세되었던 1993-1997사업연도분 14,033,235,104원(이월익금)을 제외한 12,760,017,896원을 익금산입하여 1999사업연도 정기분 법인세를 신고하였다가 2001.3.30 에는 손금산입한 쟁점이자 중 1989-1992년분, 1,169,951,000원을 부과제척기간이 경과되었다는 이유로 손금불산입하고, 위 익금산입한 대행수수료 12,760,017,896원중 1989-1992년분 11,468,503,000원 또한 부과제척기간이 경과되었다는 이유로 익금불산입하고, ○○시에 이미 이익배당한 금액 중 쟁점이자와 관련된 배당액 15,589,764,000원을 이익잉여금 처분액의 환입으로서 익금에 해당되지 않는다는 이유로 익금불산입하여 경정청구하였으며, 이에 대해 처분청은 2001.12.26 청구법인의 경정청구내용을 그대로 인정하여 청구법인에게 1999사업연도 법인세 7,248,728,480원을 환급하였음이 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서, 경정청구서 및 처분청의 경정결의서 등에 확인되고 위 내용을 다시 정리하면 아래 표와 같다. (가) 전기오류수정손실 47,743,079천원 내용 (단위: 천원) ┌──────────┬─────┬───────────┬─────┐ │ 전기오류수정 내용 │ 금액 │ 세무조정 │ 경정내용 │ ├───┬──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │부과제척기간│ │당초 손금산입하였다가 │01.12.26 │ │ 쟁점 │ 경과분 │ │01.3.30 부과제척기간 │ 경정시 │ │ │(89-92년분) │1,169,951 │경과를 이유로 손금불 │ 반영함 │ │ 이자 │ │ │입하여 경정청구시 포함│ │ │ ├──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │ 93-97년분 │43,495,541│손금산입 │이건과세분│ ├───┴──────┼─────┼───────────┼─────┤ │전기분양주택해약분등│ 3,077,587│손금산입 및 손금불산입│ │ ├──────────┼─────┼───────────┼─────┤ │ 합 계 │47,743,079│ │ │ └──────────┴─────┴───────────┴─────┘ (나) 전기오류수정이익 48,749,710원 내용 (단위: 천원) ┌──────────┬─────┬───────────┬─────┐ │ 전기오류수정 내용 │ 금액 │ 세무조정 │ 경정내용 │ ├───┬──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │부과제척기간│ │당초 익금산입하였다가 │01.12.26 │ │ │ 경과분 │ │01.3.30 부과제척기간 │경정청구 │ │ │(89-92년분) │11,468,503│경과를 이유로 익금불 │인정환급필│ │ │ │ │입하여 경정청구함 │ │ │ ├──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │중부지방국세│ │98.9월 기 과세된 이월 │ │ │ │청 조사시 │ │익금에 해당되어 익금 │ │ │ │과세분 │14,033,235│불산입 │ │ │ │(93-97년분) │ │ │ │ │ ├──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │93-97년 정산│ 1,291,514│익금산입(조사당시미과세분) │ │ ├──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │89-97년 소계│26,793,253│※ 아래 참조 │ │ │ ├──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │ 98년분 │ 4,109,632│익금산입 │ │ ├───┴──────┼─────┼───────────┼─────┤ │ │ │당초 익금산입하였다가 │ 01.12.26 │ │ │ │01.3.30 잉여금처분액의│경정청구 │ │ │ │환입을 이유로 익금불산│인정환급필│ │ │ │입하여 경정청구함 │ │ ├──────────┼─────┼───────────┼─────┤ │전기분양주택해약분등│ 2,257,061│익금산입 및 익금불산입│ │ ├──────────┼─────┼───────────┼─────┤ │ 합 계 │48,749,710│ │ │ └──────────┴─────┴───────────┴─────┘ ※ 감사원은 위 1989-1997사업연도분 대행수수료(정산분 포함) 26,793,253천원 을 ○○시가 청구법인에게 지급할 인건비등 간접비로 지적하였음
(6) 국세청전화세무상담센터장은 2001.11.8 지방공기업법에 의하여 설립된 청구법인이 ○○시의 주택사업 등을 대행하면서 그 사업비에서 발생된 이자수익이 ○○시에 귀속된다는 별도의 약정이 없는 등의 사유로 당해 공사에 귀속되는 것으로 계상하였으나, 감사원의 감사결과 당해 이자수익은 ○○시가 귀속의 주체이므로 이를 ○○시에 반납하도록 함에 따라 그 이자수익의 귀속이 분명하게 된 경우 당해 반납하는 금액은 동 금액의 반납이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지는 대행사업비의 정산과정 등을 감안, 당초 이자수익의 계상시점부터 사실상 당해 이자수익의 반납의무가 있었는지 등의 여부에 따라 사실판단할 사안이라고 질의·회신하였다.(국세청 서이 46012-10492, 2001.11.8)
(7) 처분청이 쟁점이자를 반납일이 속하는 1999사업연도의 손금으로 인정할 수 없다고 보고 손금불산입하여 청구법인에게 이건 법인세를 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 지방공기업법령 및 청구법인이 ○○시와 체결한 당초 대행계약서에는 대행사업비에서 발생한 쟁점이자의 귀속자를 누구로 할 것인지 명료하게 규정되어 있지 않았다가, 이 건 감사원의 감사지적 이후인 1999.7.21에 이르러서야 대행계약서를 다시 작성하면서 대행사업비에서 발생하는 수입이자를 익년도 1월 31일까지 ○○시에 반납하도록 그 귀속자를 ○○시로 분명하게 정한 점, 청구법인이 설립연도인 1989년부터 쟁점이자를 청구법인의 수입이자로 보아 결산 확정하여 재무제표를 작성하고 이사회결의를 통해 ○○시에 이익배당하고 과세관청에 법인세를 신고납부한데 대해 ○○시가 이의를 제기하거나 쟁점이자를 정산함에 있어 청구법인이 ○○시에 이미 이익 배당한 금액중 쟁점이자와 관련된 배당액을 15,589,764,000원으로 보아 차감 정산하였고, 감사원도 동 정산결과 보고에 대해 또 다른 처분지시를 하지 않은 사실로 보아 1999사업연도에 반납이 확정되었다고 볼 수 있는 점, 청구법인이 감사원의 시정권고와 ○○시의 반납지시에 따라 쟁점이자를 1999사업연도에 반납하고 이를 전기오류수정손실로 계상한 후 손금산입한 점, 등으로 보아 청구법인이나 ○○시가 처음부터 쟁점이자의 귀속자를 ○○시로 확정하였다거나 그 귀속자가 ○○시임을 알면서도 조세회피 목적으로 청구법인의 수입이자로 신고한 것으로 보이지 않고 감사원의 감사지적 및 ○○시의 반납지시로 인하여 쟁점이자의 권리의무관계가 확정되어 쟁점이자의 귀속자가 청구법인에서 ○○시로 분명하게 결정된 것으로 보이는 바, 쟁점이자는 반납이 확정된 1999사업연도 손금으로 인정하여야 할 것이며, 만약, 쟁점이자가 1999사업연도 손금이 아니라고 손금부인하여 과세하면서도 1989-1997사업연도는 부과제척기간이나 경정청구기간이 경과되었다는 이유 등으로 쟁점이자에 대해 이미 납부하였던 법인세 11,372,279,000원을 감액경정하지 않는다면, 청구법인은 쟁점이자에 대한 소득이 없는데도 1989-1997사업연도에 법인세 11,372,279,000원을 미리 더 부담한 결과가 되어 재산권을 부당하게 침해받게 되며, 조세회피 목적이 없고 세금을 미리 낸 경우 부과제척기간 경과 이후에는 기간손익을 다시 계산하지 않고 당초 신고내용을 그대로 인정함이 과세의 합목적성과 과세형평상 타당하다 할 것이다.(같은 뜻: 국세청 심사법인 2002-16, 2002.9.6: 심사법인 1999-37호, 1999.4.9 ; 심사법인 1999-459호, 2000.2.25) 따라서, 처분청은 쟁점이자를 감사원의 감사지적과 ○○시의 반납지시에 따라 전기오류수정손실로 계상하여 손금산입한 1999사업연도 손금으로 인정하여 과세표준 및 세액을 재경정하여야 할 것으로 판단된다.
(8) 부가적으로 청구법인이 1999사업연도에 쟁점이자에서 상계처리하고 전기오류수정이익으로 하여 당초 익금산입하였던 대행수수료 26,793,253,000원을 1999사업연도 익금으로 보아 과세할 수 있는지 여부를 살펴보면, 처분청은 쟁점이자의 손익귀속시기에 대한 처분청 의견처럼 대행수수료 또한 1989-1997사업연도에 발생한 것이므로 그 귀속시기는 1989-1997사업연도이고, 대행수수료가 1999사업연도에 쟁점이자와 차감 정산되었다고 하여 대행수수료의 귀속시기가 1999사업연도에 확정되었다고는 볼 수 없으며, 중부지방국세청의 세무조사결과에 따라 1998년 9월경 대행수수료 26,793,253,000원 중 부과제척기간이 경과하지 않은 1993-1997사업연도분 14,033,235,000원에 대해서는 과세하고 부과제척기간이 경과된 1989-1992사업연도분 11,468,503,000원에 대해서는 과세하지 않았다는 이유 등으로 대행수수료 26,793,253,000원의 손익귀속시기를 1989-1997사업연도로 보아, 청구법인이 2001.3.30 경정청구한 부과제척기간 경과 분 1989-1992사업연도 대행수수료 11,468,503,000원을 경정청구 내용대로 인정하여 2001.12.26 감액경정 환급하였던 것으로 보여진다. 그러나 처분청이 위와 같은 논조로 대행수수료를 1999사업연도 익금으로 보지 않는 것도 일응 타당하지만, 쟁점이자를 1999사업연도 손금으로 인정하여야 하는 위 (7)의 판단이유와 같이 대행수수료 또한 감사원의 감사지적 및 ○○시의 반납지시로 1999사업연도에 쟁점이자와 상계 처리되었으므로 1999사업연도에 권리의무가 확정되어 청구법인의 수입금액으로 결정된 것으로 볼 수 있고, 쟁점이자는 반납일이 속하는 1999사업연도가 아닌 그 발생연도인 1989-1997사업연도 익금으로 보는 것은 모순인 바, 대행수수료도 1999사업연도까지 부과제척기간이 경과되어 1989-1997사업연도는 재경정할 수 없고, 처분청이 2001.12.26 익금불산입한 1989-1992사업연도분 대행수수료 11,468,503,000원을 제외한 나머지 대행수수료는 익금산입되어 있는 바, 처분청이 대행수수료의 손익귀속시기를 1999사업연도로 보면 1989-1992사업연도분 대행수수료 11,468,503,000원을 1999사업연도 익금에 산입하여 과세할 수 있을 것이다. 따라서 처분청은 대행수수료의 발생내용 및 중부지방국세청의 수입금액누락 적출경위, ○○시와 계약내용, 감사원의 감사지적내용, 쟁점이자와의 정산과정 등 제반 사실관계를 다시 확인하여 쟁점이자의 귀속시가와 달리 볼 이유가 없다면 부과제척기간이 경과되었다는 이유로 익금불산입하여 감액 경정하였던 1989-1992사업연도 대행수수료 11,468,503,000원을 1999사업연도 익금에 산입하여 과세표준 및 세액을 재경정하여야 할 것으로 보인다.
처분청이 2001.12.26 익금불산입하여 감액경정하였던 1989-1992 사업연도 대행수수료 11,468,503,000원에 대해 그 발생내용 등 제반 사실관계를 다시 확인한 후 이를 1999사업연도 익금에 산입하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 쟁점이자는 쟁점이자의 반납일이 속하는 1999사업연도 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제40조 / 법인세법시행령 제70조 / 소득세법시행령 제45조 / 국세기본법 제18조 /
결정내용은 붙임과 같습니다.