쟁점연구개발비를 당기 비용으로 볼 것인지, 이연자산으로 볼 것인지 여부

[이유]

청구법인은 1973.6.25.부터 현재까지 상수도용 밸브류, 이음관 등을 제조하여 주로 □□□□공업협동조합에 납품하고 있는 사업자로서, 2000사업연도 중에 발생한 연구개발비 151,724,950원(이하 "쟁점연구개발비"라 한다)을 전액 경상연구개발비로 하여 당기 비용으로 계상하고, 1996~2000사업연도에는 대표자인 청구외 김○○에 대한 가지급금인정이자 1,545,947,990원(1996년 193,358,880원, 1997년 275,352,420원, 1998년 404,000,000원, 1999년 320,181,690원, 2000년 353,055,000원)을 차변에 미수채권(미수이자)으로, 대변에 영업외수익(가지급금인정이자)로 각각 계상한 후, 그 익년도(위 가지급금인정이자가 발생한 사업연도의 종료일로부터 1년이 되는 날이 속한 사어연도임)인 1997~2001사업연도에 각각 위 가지급금인정이자에 대한 미수채권 1,545,942,990원(이하 "쟁점인정이자"라 한다)을 전액 현금회수한 것으로 하여 법인세 과세표준 및 세액 신고하였다. 처분청은 쟁점연구개발비를 당기 비용이 아닌 이연자산으로 보고 상각부인액 121,380,000원을 손금불산입하여 2002.10.1. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 51,753,210원을 결정·고지하고, 청구법인이 1997~2001사업연도 중에 대표자인 청구외 김◎◎으로부터 쟁점인정이자를 현금회수 않은 것으로 보고 이를 대표자에게 상여처분한 후 원천징수의무를 물어 2003.1.10. 청구법인에게 1997~2001년 과세연도 갑종근로소득세 641,482,720원(1997년 67,550,460원, 1998년 115,728,560원, 1999년 171,011,910원, 2000년 136,017,970원, 2001년 151,173,820원)을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.12.20. 심사청구하였다.

• 가. 쟁점연구개발비는 청구법인의 사업상 일반적·경상적으로 발생하는 시험연구비로서 판매관리비 성격이고, 기업회계기준에서 규정하고 있는 무형자산의 개발비에 해당하지 않으며, 청구법인이 쟁점연구개발비를 판매관리비의 경상개발비로 계상하였음을 보아도 세법에서 규정하고 있는 이연자산에 해당되지 않음을 알 수 있는데도 처분청이 쟁점연구개발비를 이연자산으로 보고 이건 법인세를 가세한 처분은 부당하다.
• 나. 청구법인은 쟁점인정이자를 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 회수하여 청구법인의 사업에 사용하였음(보통당좌예입, 은행차입금 반제, 급여·재료비·공과금 등 제반경비의 지출)이 청구법인의 회계장부 및 전표에 의해 확인되고, 대표자인 청구외 김◎◎에 대한 2000.12.31.현재 가지급금 3,388,269,100원은 청구외 김◎◎이 청구법인의 주주(지분율 26%)로서 퇴직금예상액이 약 10억원, 이익배당할 금액이 약 10억원, 청구외 김◎◎의 배우자로부터 지급보증을 받았기 때문에 회수가능한데도, 처분청이 쟁점인정이자를 회수하지 않았다고 보고 대표자에게 상여처분한 후 이건 갑종근로소득세를 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인은 1997년 2월부터 2000년 6월가지 경기지방중소기업청의 기술혁신개발사업과 관련하여 산업기술개발자금을 지원받아 메탈시트 볼밸브에 대한 연구개발을 1999년도에 완료하였고, 완료후 2년간 동 개발제품의 활용상태 및 판매실적을 ○○지방중소기업청에 보고하도록 되어 있음이 쟁점연구개발비 사용서류에 의해 확인되는 바, 쟁점연구개발비는 신제품 및 신기술의 연구·개발활동과 관련된 것으로 미래의 경제적 효익이 기대되는 비경상적 연구개발비에 해당되고, 기업회계기준상 당기비용인 연구비라고 하더라도 비경상적으로 발생한 것으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것은 세무상 이연자산인 연구개발비에 해당되므로 쟁점연구개발비를 인연자산으로 보고 과세한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 청구법인이 대표자로부터 쟁점인정이자를 회수하였다는 1997~2001사업연도까지 대표자 김◎◎의 소득은 청구법인으로부터 발생된 근로소득 253,886천원 이외의 다른 소득이 없고, 배우자의 소득은 전혀 없으며, 청구외 김◎◎이 거액인 쟁점인정이자 1,545,947,990원을 청구법인에게 지급하였음을 확인할 수 있는 자금원천 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 세무조사당시 배우자의 지급보증 증빙은 없었다. 위와 같이 청구법인이 쟁점인정이자 발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 이를 회수하지 않았음이 청구외 김◎◎의 소득이나 재산상태로 보아 알 수 있으며, 청구법인이 쟁점인정이자를 전액 현금회수한 것처럼 회계처리한 것은 상여처분을 회피하기 위한 것이 분명하므로 이건 갑종근로소득세 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점연구개발비가 당기 비용(경상비)인지, 이연자산(비경상적 미래의 경제적 효익비용)인지 여부 및

② 청구법인이 쟁점인정이자를 실지로 회수하였는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제77조[이연자산의 평가]

① 제73조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다.

3. 연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(괄호생략)

② 제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금액 이를 산입한다. 다만, 창업비·개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위내에서 손금산입기간을 정하여 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간 동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.

3. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 1973.6.25.부터 현재까지 상수도에 사용되는 밸브류, 강관류 등을 제조하여 주로 □□□□공업협동조합, 수자원공사, 지방자치단체의 수도사업소 등에 납품하고 있는 사업자로서, 1997사업연도 이전부터 다양한 밸브류를 제조하여 왔으며, 종사직원은 약 50여명이고 그 중 기술직 종사직원은 5명 정도이며, 수입금액은 1998사업연도 8,144,711천원, 1999사업연도 5,037,029천원, 2000사업연도 5,958,258천원, 2001사업연도 7,136,441천원, 2002사업연도 4,259,849천원임이 국세청 전산자료 및 청구법인이 제시한 회사현황 등에 의해 확인된다. (나) 처분청은, 청구법인이 1997년 2월부터 2000년 6월까지 경기지방중소기업청의 기술혁신개발사업과 관련하여 산업기술개발자금 12억5천만을 지원받아 메탈시트 볼밸브에 대한 연구개발을 완료하였고, 완료후 2년간 동 개발제품의 활용상태 및 판매실적을 ○○지방중소기업청에 보고하도록 되어 있음이 쟁점연구개발비 사용서류에 의해 확인된다 하여 쟁점연구개발비를 신제품및 신기술의 연구·개발활동과 관련된 비경상적 연구개발비인 이연자산으로 보고 청구법인에게 이건 법인세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서 및 조사종결보고서 등에 의해 확인된다. (다) 청구법인의 1997~2000사업연도 재무제표에 나타난 경상연구개발비 및 개발비(이연자산)를 정리하면 다음 장 <표>와 같고, 청구법인은 메탈시트버터플라이 밸브 및 콘블러그형 밸브와 관련된 국고보조금에 대해서만 이연자산(개발비)으로 계상하고, 처분청이 이연자산으로 본 메탈시트 볼밸브(600mm)와 관련된 연구개발비 107,542,950원 및 콘플러그형 밸브와 관련된 2000사업연도 자체부담분 연구개발비 44,182,000원은 당기 비용으로 처리하였음이 청구법인의 재무제표 등에 의해 확인된다. * 표 생략

• 라) 청구법인은 2000년 6월경 경기지방중소기업청장에게 1999년도 중소기업 기술혁신개발과제(과제명:콘플러그형 밸브)를 성공적으로 완료하였다고 결과보고서를 제출하였고, 이에 대해 경기지방중소기업청은 2000.11.11. 청구법인이 수행한 동 사업의 1999년도 완료과제에 대하여 기술분야별 전문위원회의 최종심의결과 성공과제로 판정되었고, 향후 2년간 성공과제의 활용상태 및 개발제품의 판매실적을 보고하라는 내용의 중소기업 기술혁신 개발사업 최종평가결과를 통보하였으며(○○지방중소기업청 문서번호: 기술55530-548호), 처분청은 위 중소기업청의 통보서 등을 근거로 2000사업연도 결산서에 나타난 쟁점연구개발비 전액을 메탈시트 볼밸브와 관련된 연구개발비(이연자산)로 보았음을 알 수 있고, 청구법인은 쟁점연구개발비(151,724,950원)에는 위 <표>에서 본 바와 같이 메탈시트 볼밸브와 관련된 연구개발비 107,542,950원과 콘플러그형 밸브와 관련된 자체부담분 연구개발비 44,182,000원으로 구성되어 있고, 콘플러그형 밸브의 판매실적이 없어 중소기업청에 사후 보고하지 않았다고 주장하고 있다. (마) 한국기계공업진행회장이 1997.4.14. 공고한 1997년도 산업기반기금(신기술 보급부문) 시행계획 공고문(제97-6호)을 보면, 제2조에서 동 기금의 융자대상으로 통상산업부에서 고시한 자본재전략품목 및 양산품목을 실용화하는 업체 등으로서 제품개발, 시설개체, 설비자동차, 공정표준화 등을 통해 생산성향상 및 고부가가치화를 추진하는 기업이라고 규정하고, 동 기금의 산정기준은 시설자금(시설구입비, 공정설치비, 기타비용) 및 운전자금(실용화개발비, 기타비용)으로 나누어져 있으며, 청구법인이 2000년 8월경 위 한국기계산업진흥회장에게 제출한 산업기술개발자금 지원사업 완료보고서를 보면, 과제명은 메탈시트 볼 밸브로 되어 있고, 총개발기간은 97.2.1.~2000.6.30(41개월)이며, 총소요자금 1,703,088,603원(동 개발자금 12억5천만원, 청구법인이 부담한 자체자금 453,088,603원)의 집행내역은 연구인력인건비 816,131천원, 시험생산설비 285,370천원, 주·보조재료비 376,905천원, 연구기자재 122,910천원, 금형 43,362천원 인증비 21,940천원, 시험검사비 3,105천원, 기타경비 33,364천원으로 구성되어 있으며, 연도별 집행 내역은 1997년 508,399천원, 1998년 526,077천원, 1999~2000년 668,612천원으로 되어 있음을 알 수 있고, 이에 대해 한국기계산업진흥회장은 2001.2.12. 청구법인에게 통상산업부고시 1997-47호(1997.3.27)에 의거 청구법인이 1997년 2월부터 2000.6월까지 개발한 메탈시트 볼 밸브와 관련하여 산업기술자금 12억5천만원을 지원받아 개발완료하였다고 개발완료확인서를 첨부하여 청구법인에게 통보하였음을 알 수 있다. (바) 청구법인 1997.7.5. 및 1998.7.25. 2차에 걸쳐 ◇◇은행 ◇◇◇지점에서 위 산업기술개발자금 12억5천만원을 융자받아 2003.3.28.까지 총 10억3백만원을 상환하고 심리일 현재 247,000,000원을 상환하지 못하였으나 동 금액도 상환대상 자금임이 청구법인이 제시한 통장사본 등에 의해 확인된다. (사) 처분청이 쟁점연구개발비를 이연자산으로 보고 자세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 청구법인은 기술직 종사직원이 5명 정도이고 2000사업연도 수입금액이 5,958,258천원인 중소제조업체로서, 1997사업연도 이전부터 사용처가 제한된 상수도용 밸브류를 생산하여 □□□□공업협동조합 등에 판매하여 왔고, 1997~2003사업연도 중에 이건 기술혁신개발사업 과제와 관련된 메탈시트 볼밸브에 대해 특허권을 취득한 바 없으며, 1998년 이후 매출액이 감소된 점 등으로 보아 청구법인은 사용처가 제한된 상수도용 메탈시트 볼밸브에 대해 신기술·신제품을 개발하였다기 보다는 기존 제품을 개선시켜 실용화한 것으로 보이고, 한국기계공업진흥회에서 시행한 산업기술개발자금의 융자대상기업이 정부가 인정한 제품을 실용화하는 업체로서 제품개발, 시설개체 등을 통해 생산성향상 및 고부가가치화를 추진하고 있는 기업으로 되어 있고 그 산정기준이 시설자금 및 운전자금으로 구성되어 있는 바, 동 자금을 융자받았다고 하여 신기술·신제품을 개발하였다고 단정하기 어려우며, 청구법인이 동 자금 12억5천만원을 융자받아 대부분 인건비, 재료비, 생산설비 등으로 사용하고 전액 상환대상의 차입금인 점 등에 비추어 보아 쟁점연구개발비 중 메탈시트 볼밸브와 관련된 2000사업연도 연구개발비 107,542,950원은 비경상적 미래의 경제적 요익을 기대할 수 있는 이연자산에 해당되기 보다는 1997년 및 1998년 사업연도의 결산내용과 같이 경상적 연구개발비로 보아야 할 것이고, 콘플러그형 밸브와 관련된 자체부다분 연구개발비 44,182,000원은 직전 사업연도인 1999사업연도의 결산내용과 같이 이연자산으로 보아야 할 것이다. 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점연구개발비 중 메탈시트 볼밸브와 관련된 107,542,950원을 경상적 연구개발비로 보아 손금산입하여야 할 것이고, 나머지 콘플러그형 밸브와 관련된 44,182,000원만 이연자산으로 보아 상각부인액을 재계산하여 손금불산입하여야 할 것으로 판단된다.
• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령 (가) 법인세법 제15조 [익금의 범위]

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (나) 법인세법 제67조 [소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (다) 법인세법시행령 제106조 [소득처분]

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청은, 청구법인이 1996~2001사업연도 중에 발생한 대표자 김◎◎에 대한 쟁점인정이자를 동 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날이 속하는 2997~2001사업연도까지 각각 회수하지 않고도 장부상으로만 현금회수한 것처럼 허위 계상한 것으로 보고 이를 대표자에게 상여처분한 후 원천징수의무를 물어 청구인에게 이건 갑종근로소득세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서 및 조사종결보고서 등에 의해 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점인정이자를 실지로 회수하여 아래 <표>와 같이 보통당좌예입, 은행차입금 반제, 급여·재료비·공과금 등의 제반 경비지출에 사용하였다고 주장하면서 회계장부 및 전표를 제시하고 있고, 미수금 장부에는 매월 7백만원에서 122백만원까지, 1회에 2백만원에서 55백만원까지, 연간 약 15회에 걸쳐 현금회수한 것으로 기장되어 있으며, 처분청은 기장된 쟁점인정이자 사용내역이 허위라는 증빙을 제시하지 못하고 있다. <쟁점인정이자 사용내역> (단위: 천원) ┌──┬───────┬───────────────────────┐ │회수│ │ 쟁점인정이자 사용내역 │ │사업│ 회수금액 ├────┬───┬────┬────┬────┤ │연도│(쟁점인정이자)│당좌예금│차입금│ 급여 │ 재료비 │공과급등│ │ │ │ 입금 │ 상환 │ 지급 │ 지급 │경비지출│ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │1997│ 193,359 │105,000 │ │ 26,000 │ 43,605 │ 18,754 │ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │1998│ 275,352 │170,964 │22,000│ 24,000 │ 32,388 │ 26,000 │ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │1999│ 404,000 │ 81,000 │ │ 40,000 │242,500 │ 40,500 │ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │2000│ 320,181 │111,235 │21,000│ 67,536 │ 82,816 │ 37,594 │ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │2001│ 353,055 │115,000 │10,000│ 89,565 │103,741 │ 34,749 │ ├──┼───────┼────┼───┼────┼────┼────┤ │합계│ 1,545,947 │583,199 │53,000│247,101 │505,050 │157,597 │ └──┴───────┴────┴───┴────┴────┴────┘ (다) 청구법인의 재무제표 등에 나타난 1995~2001사업연도 말일 현재 대표자 김◎◎에 대한 가지급금 변동내용을 보면 1995.12.31. 1,124,462천원, 1996.12.31. 1,812,932천원, 1997.12.31. 2,118,932천원, 1998.12.31. 2,390,969천원, 1999.12.31. 2,895,269천원, 2000.12.31. 3,388,269천원, 2001.12.31. 3,880,269천원으로 2001.12.31. 현재 가지급금은 1995.12.31.보다 2,755,807천원 증가하였고, 매년 청구외 김◎◎에 대한 가지급금이 3억원 이상 증가하였으며, 청구외 김◎◎은 청구외법인 설립당시인 1973.6.25.부터 근무한 66세의 대표자이다. (라) 국세청 전산조회 결과, 청구외 김◎◎의 소유부동산 및 과세연도인 1997~2001년까지의 부동산 변동사항은 없고, 신고소득은 청구법인으로부터 받은 근로소득 이외의 다른 소득이 없으며, 청구외 김◎◎의 배우자 또한 1997~2001년까지 사업내역, 신고소득 및 부동산 변동사항은 없으나 1991년도 이전에 취득한 부동산이 있음을 알 수 있다. (마) 청구법인이 쟁점인정이자를 회수하지 않은 것으로 보고 청구법인에게 이건 갑종근로소득세를 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 쟁점인정이자 회수기간인 1997~2001사업연도까지 대표자 김◎◎의 소득은 청구법인으로부터 받은 근로소득 이외의 다른 소득이 없고, 배우자 또한 사업내역 및 소득발생이 없으며, 청구외 김◎◎이 쟁점인정이자의 자금원천에 대해 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 보아, 처분청 주장처럼 청구법인은 대표자인 김◎◎으로부터 쟁점인정이자를 회수하지 않았음에도 불구하고 마치 현금회수한 것처럼 장부상으로만 허위계상한 것에 불과하다고 볼 수도 있다. 그러나, 쟁점인정이자의 회수를 허위기장에 불과한 현금회수로 보면, 그 상대계정인 회수자금의 사용내역을 부인한 결과가 되어 대차평균의 원리에 맞지 않고, 처분청이 회수금액의 사용을 부인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 1995년도 이후 매년 대표자 김◎◎에 대한 가지급금이 3억원이상 증가하고 있는데도 구체적인 자금원천을 밝히지 못한다고 하여 매 거래건별로 사실확인 없이 1회 회수금액이 2백만원에서 수천만원까지 다양한 거래내용 전부를 부인함은 잘못이며, 청구외 김◎◎의 나이 및 1973년부터 청구외법인에서 재직한 점, 배우자의 부동산 보유현황 및 매년 가지급금이 3억원(쟁점인정이자 발생금액보다 많음) 이상 증가한 점, 2001.12.31.현재 가지급금이 3,880,269천원에 달하는 점 등으로 보아 쟁점인정이자를 회수 않았다고 보기도 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점인정이자 회수자금의 사용내용에 대한 조사(가공경비 및 가공부채이거나, 회수자금의 원천이 부외자산 및 매출누락대금 등)도 없이 쟁점인정이자 전액을 가공 현금회수로 단정한 것은 잘못이므로, 처분청은 쟁점인정이자의 사용내용 등에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 현금회수 여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제42조 / 법인세법 제15조 /