사업용부동산을 양도하고 금융기관부채를 상환하는 경우 양도소득세 감면 여부

[이유]

청구법인은 청구법인 소유의 ○○시 ○구 ○○동 99-2번지, 같은 곳 99-3번지의 공장용지 21,422㎡ 및 동 지상의 건물 6,451㎡과 인천광역시 ▽▽구 ▽▽동 321-50번지의 공장용지 478㎡(이하 위 부동산들을 "쟁점부동산"이라 한다)를 1999.12.28. 양도한 후 양도대금 2,613,272,440원으로 청구법인의 금융기관 총부채 3,241,611,066원 중 2,579,890,322원을 상환하였으므로 쟁점부동산 양도에 따른 특별부가세 98,470,420원(이하 "쟁점세액"이라 한다)은 조세특례제한법 제36조 [중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면]에서 규정하고 있는 세액감면대상이라 하여 쟁점세액을 감면세액으로 공제하여 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다. 처분청은, 청구법인이 부동산임대업을 주업으로 하는 사업자이므로 조세특례제한법 제36조 에서 규정한 세액감면대상 중소기업에 해당되지 아니한다고 하여 쟁점세액의 감면을 배제하여 2002.3.2. 청구법인에게 1999사업연도 법인세(특별부가세) 132,984,300원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.6.18. 이의신청을 거쳐 2002.12.6. 심사청구하였다.

청구법인은 음향기기를 제조하여 판매하는 중소사업자이고, 쟁점부동산이 금융기관의 부채 3,241,611,066원 때문에 금융기관의 저당권실행으로 법원경매에 의해 제3자에게 2,613,272,440원으로 양도되었는바, 쟁점부동산 양도는 조세특례제한법 제36조 에서 규정하고 있는 특별부가세 감면사유에 적합함에도 처분청이 쟁점세액을 감면배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

청구법인은 1999사업연도 수입금액 257,763,886원 중 부동산임대업 수입금액이 255,800,886원을 차지하는 주업종이 부동산임대업인 사업자로서, 세액감면 요건인 중소기업에 해당되지 않으므로 세액감면을 배제하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 조세특례제한법 제36조 (중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면)에서 규정하고 있는 세액가면대상 중소사업자에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 (1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 것) 제36조 [중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면]

① 대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 "중소사업자"라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 "금융기관부채"라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1999년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법시행령 제33조 [중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면]

① 법 제36조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소사업자"라 함은 토지 등의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소기업(괄호생략)을 말한다. (3) 조세특례제한법시행령 제2조 [중소기업의 범위]

① 조세특례제한법 (이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(괄호생략), 광업, 건설업, 운수업(괄호생략), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 법 제6조 제2항의 규정에 의한 방송업(괄호생략), 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제7항의 규정에 의한 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(괄호생략) 또는 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(괄호생략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다.

1. 당해 기업이 상시 사용하는 종업원수가 중소기업기본법시행령 별표 1의 기준(어업의 경우 300인으로 한다)이내일 것

중소기업기본법시행령 별표 2의 기준이내일 것

중소기업기본법시행령 제2조 제2호 의 규정에 적합할 것

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제조업에 속하는 2개 이상의 사업을 겸영하거나 제조업과 무역업을 겸영하는 경우에 있어서는 사업별 사업수입금액 또는 유형자산가액(당해 사업에 직접 사용하는 유형자산가액에 한한다)이 큰 사업을 주된 사업으로 보고 그 외의 경우에 있어서는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산조회 결과, 청구법인의 사업연도별 수입금액은 다음 <표>와 같고, 청구법인이 1999사업연도 법인세 신고당시 제출한 중소기업기준검토표의 주된 업종란에는 부동산이라고 기재되어 있다. (단위: 원) ┌────┬────────────────────┬──────┐ │ │ 수입 금액 │ │ │사업연도├──────┬──────┬──────┤ 비 고 │ │ │ 계 │부동산임대업│ 제조업 │ │ ├────┼──────┼──────┼──────┼──────┤ │ 1997년 │ 452,224,011│ 219,489,702│ 232,734,309│ │ ├────┼──────┼──────┼──────┼──────┤ │ 1998년 │ 256,520,956│ 217,668,259│ 38,852,697│ │ ├────┼──────┼──────┼──────┼──────┤ │ 1999년 │ 257,763,886│ 255,800,886│ 1,963,000│쟁점부동산 │ │ │ │ │ │ 양도연도 │ ├────┼──────┼──────┼──────┼──────┤ │ 2000년 │189,741,927│189,741,927│ - │ │ └────┴──────┴──────┴──────┴──────┘

(2) 처분청은, 청구법인의 주된 업종이 제조업이 아니라 부동산임대업이므로 조세특례제한법 제36조 에서 규정하고 있는 세액감면대상 중소사업자에 해당되지 않는다고 하여 쟁점세액의 감면을 배제하여 청구법인에게 이 건 법인세(특별부가세)를 과세하였음이 처분청의 결정결의서 및 감면법인관리복명서등에 의해 확인된다.

(3) 처분청이 청구법인을 조세특례제한법 제36조 에서 규정하고 있는 중소사업자에 해당하지 않는다고 보고 이 건 법인세를 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 청구법인은 세액감면대상 중소사업자에 해당된다고 주장하나, 전시한 관계법령에서 살펴본 바와 같이 조세특례제한법 제36조 (중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면)제1항에서 세액감면대상 사업자의 범위를 "대통령령이 정하는 중소사업자"로 규정하고 있고, 동 법률의 위임을 받은 같은법시행령 제33조에서 "중소사업자"를 "토지 등의 양도일까지 계속하여 3년이상 사업을 영위한 중소기업"이라고 규정하였고 있으며, 동 "중소기업"의 범위를 정한 같은법시행령 제2조의 규정에 따르면 부동산임대업은 중소기업의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 되어 있고, 2개 이상의 사업을 겸영하는 경우에 있어서는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보도록 규정하고 있는 바(같은 뜻: 국세청 법인 46012-902호, 1998.4.10), 청구법인은 제조업 수입금액보다 부동산임대업 수입금액이 더 큰 사업을 영위하고 있으므로 세액감면대상 중소사업자에 해당되지 아니한다. 위 사실관계 및 관계법령을 종합하여 살펴보면, 청구법인이 쟁점부동산의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하였다고 하더라도 청구법인은 부동산 임대업을 주업으로 영위하고 있는 사업자로서 조세특례제한법 제36조 에서 규정하고 있는 법인세(특별부가세) 감면대상 중소사업자에 해당되지 아니한 바, 처분청이 쟁점부동산 양도에 따른 청구법인의 세액감면신청을 배제하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제36조 / 조세특례제한법시행령 제33조 / 조세특례제한법시행령 제2조 /