처분청은 기업합리화적립금의 적립의무를 이행하지 않은 법적 추징사유가 발생하면 그 때 추징여부를 검토할 수 있으므로, 청구법인의 경정산출세액 전체에 대하여 중소제조업특별세액 감면을 적용하여 경정함이 타당함
처분청은 기업합리화적립금의 적립의무를 이행하지 않은 법적 추징사유가 발생하면 그 때 추징여부를 검토할 수 있으므로, 청구법인의 경정산출세액 전체에 대하여 중소제조업특별세액 감면을 적용하여 경정함이 타당함
평택세무서장이 2002.3.12 청구법인에게 경정ㆍ고지한 1996사업연도 법인세 27,914,420원과 1997사업연도 법인세 333,577,060원은, 구 조세감면규제법 제7조에서 규정하는 중소제조업등에 대한 특별세액 감면을 적용하는 것으로 하여 이를 경정합니다.
청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재에서 구조용금속판을 제조하는 법인사업자로, 중부지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사 결과에 따라, 처분청은 청구법인이 구 조세감면규제법상 중소기업투자세액공제금액으로1996.1.1.∼12.31.사업연도(이하 “1996사업연도” 라 한다)에 3,738,450원,1997.1.1∼12.31.사업연도(이하 “1997사업연도”라 한다)에 30,796,931원을 산출세액에서 각각 공제하여 신고한 것을 구 조세감면규제법 제47조의 “수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제” 규정에 해당한다 하여 이를 부인하고, 다른 조사내용을 반영하여 2002.3.12. 청구법인에게 1996사업연도 법인세 27,914,420원과 1997사업연도 법인세 333,577,060원을 각각 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.6.14. 이의신청을 거쳐 2002.11.30. 이 건 심사청구하였다.
(1) 세법에서 정하는 각종 세액감면 및 세액공제는 신청요건감면과 훈시적 감면이 있는 바, 이 중 신청에 의한 감면은 “신청한 경우에 한하여 감면한다”라고 규정되어 있는 반면에, 훈시적 감면은 “감면을 받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다”라고 규정되어 있다. 중소제조업특별세액 감면은 위 감면의 두가지 종류 중 훈시적 감면에 해당하므로 청구법인이 감면신청을 하지 않았더라도 당연히 감면하여야 하는데도, 처분청이 이 건 경정처분시 중소제조업특별세액감면을 적용하지 아니한 것은 잘못이다.
(2) 1996사업연도 및 1997사업연도에 기업합리화적립금을 적립하여야만 감면이 적용된다면, 청구법인은 처분청의 경정처분시 중소제조업특별세액감면에 대응하는 기업합리화적립금은 아니지만, 감면배제된 중소기업투자세액공제금액에 해당하는 기업합리화적립금을 적립하고 있었으므로, 중소기업투자세액공제가 배제되는 상황이고, 다른 감면규정이 해당될 경우 기 적립되어 있는 기업합리화적립금을 새로이 적용되는 감면과 관련한 기업합리화적립금으로 볼 수 있으므로, 기 적립된 기업합리화적립금을 중소제조업특별세액감면시 적용되는 기업합리화적립금으로 보아야 한다.
(1) 청구법인이 당초 법인세 신고시 중소제조업특별세액감면신청을 한 사실도 없고, 이익처분시 기업합리화적립금도 적립하지도 아니한 적법한 경정청구가 아닌 이 건 경정처분시, 처분청이 중소기업특별세액감면을 적극적으로 적용하여야 할 의무는 없으므로 이 건 경정처분시 중소제조업특별세액감면을 적용하지 아니한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.
(2) 법인이 법 규정에 의하여 적립하여야 할 금액을 초과하여 적립한 기업합리화적립금은 임의적립금으로 보는 것(구 조세감면규제법기본통칙 123-0…2)이므로, 청구법인이 공제대상이 아닌 세액공제에 대하여 적립한 기업합리화적립금은 적법한 기업합리화적립금이 아닌 임의적립금에 해당하므로, 청구법인은 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였으므로 기업합리화적립금의 적립을 전제로 감면되는 중소제조업특별세액감면을 적용할 여지가 없다.
(1) 청구법인이 당초 신고 또는 경정청구기한까지도 신청하지 아니한 중소제조업특별세액감면을 경정시 이를 적용할 수 있는지 여부와
(2) 적용할 수 있다면, 경정당시 적법한 기업합리화적립금이 적립되지 않은 경우에 감면배제된 기업합리화적립금 또는 그 이상으로도 감면을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
(1) 1996.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 전 구 조세감면규제법 제7조【중소제조업등에 대한 특별세액감면】
① 제조업ㆍ부가통신업ㆍ연구 및 개발업ㆍ방송업ㆍ엔지니어링사업ㆍ정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 “제조업소득등”이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의20에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 1994년 1월 1일(부가통신업ㆍ연구 및 개발업ㆍ방송업ㆍ엔지니어링사업과 물류산업의 경우에는 1995년 1월 1일)이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 과세연도에 있어서 다음 각호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제118조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비 및 준비금의 손금산입
2. 제118조 제1항 제2호의 규정에 의한 소득공제
3. 제118조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제
② 제1항의 규정에 의한 제조업소득등에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 계산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다
(2) 1996.12.30. 법률 제5195호로 개정된 구 조세감면규제법 제7조 【중소제조업등에 대한 특별세액감면】
① 제조업ㆍ부가통신업ㆍ연구 및 개발업ㆍ방송업ㆍ엔지니어링사업ㆍ정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다
(3) 2000.12.29 국세기본법 법률 제6303호로 개정되기 전 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (1994. 12. 22 신설)
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994.12. 22 신설) (나) 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 구 조세감면규제법상 중소기업투자세액공제금액으로 1996사업연도에 3,738,450원, 1997사업연도에30,796,931원을 산출세액에서 각각 공제하여 신고한 사실이 있으며, 처분청은 이 건 경정처분시 동 세액공제액은 구조세감면규제법 제47조의 “수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제” 규정에 해당한다 하여, 청구법인이 공제받은중소기업투자세액공제액을 부인하고 다른 적출사항을 포함하여 이 건 법인세를 경정ㆍ고지하였는 바, 중소기업투자세액공제 배제에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼은 없다.
(2) 청구법인은 1996사업연도 및 1997사업연도에 대한 법인세 신고시 또는 경정청구기한 내에 이 건 쟁점사항인 중소제조업특별세액 감면신청을 한 사실은 없다.
(3) 다만, 청구법인은 중소제조업특별세액감면은 감면신청서를 제출하지 않아도 당연 감면사항에 해당하므로 이 건 경정시 이를 적용하여야 한다고 주장하는 반면에, 처분청은, 중소제조업특별세액 감면은 감면신청서를 제출하지 않더라도 당연히 감면되는 것이라고 하더라도, 최소한 경정청구기한까지는 감면신청을 하여야 하는데도 청구법인은 법적 경정청구기한까지도 중소제조업특별세액감면신청을 하지 않았으므로 적법한 경정청구에 의한 것이 아닌 이 건 경정시 청구법인이 신청하지 아니한 감면을 적용할 수는 없다는 주장이다.
(4) 판단컨대, 청구법인이 최소한 경정청구기한까지는 중소제조업특별세액 감면신청을 하여야 한다고 하더라도, 중소제조업특별세액감면은 법인이 감면신청서를 제출하지 않더라도 당연히 감면되는 사항이고, 청구법인이 불복청구기한 내에 심사청구를 하였으므로 경정청구기한의 경과에 불구하고, 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세 경정처분에 대한 심리가 가능한 것으로 판단(같은 뜻,국심99중2496, 2000.6.22) 되므로, 청구법인이 당초 신고 또는 경정청구기한 내에 중소제조업특별세액감면을 신청하지 아니하였다고 하더라도, 청구법인이 구 조세감면규제법 제7조에서 규정하는 중소제조업특별세액감면의 요건을 갖추었다면 이를 적용하여야 한다고 판단된다.
(1) 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정되기 전 구 조세감면규제법 제123조 【기업합리화적립금의 적립등】
① 제5조 내지 제7조ㆍ제9조 내지 제11조ㆍ제20조ㆍ제25조 내지 제27조ㆍ제31조 제7항 내지 제9항ㆍ제32조제8항ㆍ제34조ㆍ제37조ㆍ제45조ㆍ제46조ㆍ제50조ㆍ제51조ㆍ제53조ㆍ제54조ㆍ제88조ㆍ제93조ㆍ제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(2) 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 구 조세감면규제법 제123조 【기업합리화적립금의 적립등】
① 제5조 내지 제7조ㆍ제9조 내지 제11조ㆍ제20조ㆍ제25조 내지 제27조ㆍ제31조 제7항 내지 제9항ㆍ제32조제8항ㆍ제34조ㆍ제37조ㆍ제45조ㆍ제46조ㆍ제50조ㆍ제51조ㆍ제53조ㆍ제54조ㆍ제88조ㆍ제93조ㆍ제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다.
③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다.
(3) 1997.12.31 대통령령 제15562호로 개정되기전 구 조세감면규제법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립등】
① 법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.
1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항 의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우
② 제1항 제1호에서 처분가능이익이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조 의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다.
③ 제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
(4) 1997.12.31 대통령령 제15562호로 개정된 조세감면규제법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립등】
① 법 제123조 제2항에서 “대통령령이 정하는 이익”이라 함은 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하고 이월결손금과 상법 제458조 의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액(이하 “처분가능이익”이라 한다)을 말한다.
② 법 제123조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.
③ 법 제123조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우
2. 내국법인이 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 결산확정일(법인세법제26조 제1항의 결산확정일을 말한다. 이하 같다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우
(5) 구 조세감면규제법 기본통칙 123-108…2【경정결정으로 감면세액이 증가된 경우 기업합리화적립금의 추가 적립】 법인세 과세표준의 경정으로 인하여 기업합리화적립금의 적립대상이 되는 감면세액이 증액되는 경우에는 영 제108조의 규정에 의하여당해 경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하여야 한다.(1997.7.1 개정) (나) 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 감면배제된 1996사업연도 및 1997사업연도에 중소기업투자세액공제를 적용 받으면서 1996사업연도에3,738,450원, 1997사업연도에 30,796,931원을 기업합리화적립금으로 적립한 사실이 있으나, 중소제조업특별세액 감면명목으로 적립한 기업합리화적립금은 없다.
(2) 청구법인은 1996사업연도 및 1997사업연도에도 처분가능이익이 있었으나, 이 건 심사청구시까지도 중소제조업특별세액감면과 관련하여 추가로 적립한 기업합리화적립금은 없음이 심리자료에 의하여 확인된다.
(3) 앞의 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정되기 전 구 조세감면규제법 제123조제1항에는 『세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다』라고 규정하고 있어, 1996사업연도 및 1997사업연도의 경우 중소제조업특별세액 감면을 적용받은 법인은 당해사업연도의 이익금처분시 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 만약 이를 적립하지 아니하면 세액감면이 적용되지않음을 알 수 있는 바, 이에 대하여 청구법인은, 1996사업연도 및 1997사업연도의 경우 기업합리화적립금을 적립하여야만 감면이 적용된다면, 청구법인은 처분청의 경정처분시 중소제조업특별세액감면에 대응하는 기업합리화적립금은 아니지만, 감면배제된 중소기업투자세액공제금액에 해당하는 기업합리화적립금을 적립하고 있었으므로, 중소기업투자세액공제가 배제되는 상황이고 다른 감면규정이 해당될 경우, 기 적립되어 있는 기업합리화적립금을 새로이 적용되는 감면과 관련한 기업합리화적립금으로 볼 수 있으므로, 기 적립된 기업합리화적립금을중소제조업특별세액감면시 적용되는 기업합리화적립금으로 보아야 한다고 주장하는 반면에, 처분청은, 청구법인이 기 적립한 기업합리화적립금은 중소기업투자세액공제에 대한 기업합리화적립금으로, 이는 당초부터 감면이 적용되지 않는 것에 대한 적립금이므로 임의적립금에 해당하고, 1996사업연도 및 1997사업연도는 기업합리화적립금의 미적립 및 과소적립시 당초부터 감면이 배제되고, 처분가능 이익이 없는 경우에만 예외적으로 이월적립을 허용하였으므로, 청구법인은 1996사업연도 및1997사업연도에 처분가능 이익이 있었는데도 정당한 기업합리화적립금을 적립하지 않았고, 추가 적립하여 경정청구한 사실도 없으므로 청구법인은 중소제조업특별세액 감면을 적용할 여지가 없다고 주장한다.
(4) 판단컨대, 기업합리화적립금의 적립은 세액감면을 받기 위하여 먼저 이행하는 요건이 아니라, 그 감면을 받은 후에 감면받은 자가 감면받은 사업연도의 이익처분시 혹은 법령이 정하는 적립시기에 이행하여야 할 사후의 요건으로서, 감면받은 세액 상당의 추징을 면할 요건에 불과한 것이라고 판단되고, 당초 감면신청도 하지 않은 청구법인에게 중소제조업특별세액 감면에 대한 기업합리화적립금의 적립 이행을 기대하는 것은 무리이고, 설령 청구법인이 기업합리화적립금을 미리 적립하였다 하더라도, 이는 감면세액을 초과한 임의적립금에 해당되는 것이므로, 이 건 경정처분시 새로운 감면을 추가로 적용가능한 시점에 기업합리화적립금의 미적립 또는 과소적립을 이유로 당연감면세액인 중소제조업특별세액감면을 적용하지 않은 것은 잘못이라고 판단된다. 또한, 1997.7.1. 개정된 구 조세감면규제법 기본통칙 123-108…2에서 보는 것과 같이, 법인세 과세표준의 경정으로 인하여 기업합리화적립금의 적립대상이 되는 감면세액이 증액되는 경우에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 그 증액된 감면세액에 대한 기업합리화적립금을 추가로 적립하면 되는 것이므로, 여기서 증액되는 감면세액의 범위를 당초 감면신청한 감면종류와 같은 감면세액으로만 한정하는 것이 아니라, 당초에는 없었다가 새로이 적용되는 감면세액의 추가 발생분도 포함되는 것으로 해석하는 것이 합리적이라고 판단되므로, 청구법인이 당초 법인세 신고 시 중소제조업특별세액감면 신청은 하지 않았으나, 이 건 경정시 중소제조업특별세액감면요건에 해당된다면, 법에 따라 계산된 중소제조업특별세액 감면을 먼저 적용하여야 하고, 동 감면을 적용받은 청구법인은 경정일이 속하는 사업연도의 이익처분시 추가로 감면세액 상당액을 적립하면 되는 것이고, 처분청은 추후 청구법인이 법에서 정한 기업합리화적립금의 적립의무를 이행하지 않은 경우 등 법적 추징사유가 발생하면 그 때 추징여부를 검토할 수 있으므로, 청구법인의 경정 산출세액 전체에 대하여 법에서 허용하는 중소제조업특별세액 감면을 적용하여 이 건 경정ㆍ고지세액을 경정하여야 한다고 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.