운송용역 매출누락으로 과세한 처분에 대해 대응원가의 손금산입이 가능한지 여부

○○세무서장이 2002.04.02. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2000.01.01~12.31. 사업연도 법인세 6,277,180원은, ○○일보에 기재된 화주 청구외 ○○제강에 대한 운송내용과 쟁점금액에 대한 운송내용 및 결산서상의 차량임차료 112,738,130원을 상호 대사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 재경정합니다.

처분청은 화물운송사업을 영위하고 있는 청구법인은 2000년도 중에 청구외 (주)○○운수에게 운송용역 71,620,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 공급하고도 이를 매출누락한 것으로 보고 쟁점금액을 익금산입하여 2002.04.02. 청구법인에게 2000.01.01~12.31. 사업연도 법인세 6,277,180원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.07.16. 이의신청을 거쳐 2002.11.18. 심사청구하였다.

청구법인은 트레일러 1대를 보유하고 있는 영세운수업체로서, 원청업자인 청구외 (주)○○운수로부터 청구외 ○○건설(주)의 화물운송을 의뢰받고 청구인 책임아래 운반하였으나 쟁점금액의 운송수입 및 같은 금액의 운송원가와 쟁점금액의 5%에 해당하는 운송주선수수료 3,581,000원을 모두 누락하였다. 그런데도 처분청이 쟁점금액의 운송원가를 손금으로 인정하지 않고 운송수입에 대해서만 매출누락으로 보고 과세하였는 바, 쟁점금액의 운송원가를 손금산입하고 운송주선수수료 3,581,000원에 대해서만 과세하여야 한다.

청구법인은 쟁점금액의 운송수입이 임차차량 운송수입이라고 하나, 기사임금 및 보험료 등의 자차분 운송원가를 감안하고 신고한 자차분 운송수입금액이 월평균 3,433천원인데 비하여 운송업계 월평균 10,000천원인 점 등에 비추어 보면 쟁점금액은 자차분 운송수입이고, 현지확인조사결과 쟁점금액에 대한 운송원가를 확인할 수 없는 바, 쟁점금액에 대응하는 운송원가는 이미 결산서상 비용으로 반영되었다고 보아야 하므로 쟁점금액을 손금산입하지 않고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점금액의 운송수입금액과 같은 금액의 운송원가를 누락하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. (단서규정 생략) (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점금액의 운송수입을 매출누락한 것으로 보고 청구법인에게 이건 법인세를 과세한데 대해, 청구법인은 장부 등의 중요한 부분이 허위인 경우에 해당되므로 소득금액을 추계조사결정하여야 한다고 이의신청하였고, 이에 대해 처분청은 소득금액은 실지조사결정함이 원칙이고 쟁점금액의 운송수입금액이 자차분인지 임차분인지 간에 운송원가는 당연히 발생하였을 것이고, 동 운송원가가 부외경비라면 당연히 손금추인하여야 할 것이므로 장부 등에 의해 실지조사하여야 한다고 이의신청 '재조사' 결정하였다가 현지확인조사결과, 청구법인이 운송원가와 관련하여 무통장입금증의 일부를 보관하고 있으나 무통장입금증 중 어떤 금액이 쟁점금액의 매출누락과 관련된 운송원가인지 알 수 없고 임차차량의 인적사항이 없어 운송원가를 확인할 수 없다고 하여 쟁점금액에 대응하는 운송원가를 인정하지 않았음이 처분청의 결정결의서, 이의신청결정서, 현지확인조사보고서 등에 의해 확인된다.

(2) 청구법인의 2000사업연도 대차대조표 및 손익계산서를 보면, 청구법인이 소유한 차량운반구(자차)는 트레일러 1대(2000.01.27. 취득하여 2000.09.01.매각하였다가 2000.12.06. 다시 취득하였음) 취득가액 20,000,000원이고, 운송수입금액 159,581,049원은 자차분 41,206,009원, 임차분 112,738,134원, 화물주선수입 5,636,906원(위 임차분 운송수입의 5%에 해당하는 금액임)으로 구성되어 있고, 운송원가 146,341,206원은 차량임차료 112,738,130원(위 임차분 운송수입과 같은 금액임), 급여 12,000,000, 보험료 3,521,323원, 기타경비 18,081,753원으로 되어 있음을 알 수 있다.

(3) 청구법인은 개별화물(임차 차량) 사업자의 구체적인 인적사항 및 대금지급액에 대한 금융증빙은 없지만, 쟁점금액의 운송수입에 소요된 임차 차량에 대한 실제 운행일지라고 주장하면서, 일자별로 차량번호(4자리수만 기재되어 있음), 화주, 화물도착치, 화물중량 등이 상세히 기록된 2000사업연도 ‘○○일보’(이의신청 및 현지확인조사당시 제시하지 않은 장부임)를 제시하고 있고, 동 장부에는 쟁점금액의 매출누락과 관련된 화주 청구외 ○○제강도 포함되어 있음을 알 수 있다.

(4) 처분청이 쟁점금액을 자차분 운송수입 누락금액으로 보고, 쟁점금액에 대응하는 운송원가는 이미 결산서상 비용으로 계상되었다고 보고 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 처분청은 자차분 운송수입금액이 운송업계의 평균수입금액보다 적다는 이유로 쟁점금액을 자차분 운송수입금액으로 보았으나, 청구법인이 2000사업연도에 보유한 차량은 트레일러 1대이고, 주요 운송원가는 기사임금 12,000,000원, 보험료 3,521,323원이며, 청구법인이 제시한 ○○일보는 일자별로 차량번호, 화주, 화물도착지, 화물중량 등이 상세히 기록된 점으로 보아 원시 운송관련 장부로 보이고, 동 장부에는 쟁점금액의 매출누락과 관련된 화주 청구외 ○○제강이 포함되어 있는 사실 등으로 보아 쟁점금액은 임차분 운송수입금액으로 보인다. 따라서, 처분청은 운송일보에 기재된 화주 청구외 ○○제강에 대한 운송내용과 쟁점금액에 대한 운송내용 및 결산서상의 차량임차료 112,738,130원을 상호 대사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 재경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.