합병으로 취득한 피합병법인 보유 자기주식의 처분이익이 손익거래인지 여부

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]

부정기항로사업을 영위하는 청구법인은 2000.7.1 자회사인 (주)○○해운(이하 "피합병인"이라 한다)을 흡수합병하면서 피합병법인이 보유하던 청구법인 발행주식 264,500주 252,232,678원(이하 "쟁점자기주식"이라 한다)을 장부가액으로 승계하여 자기주식으로 계상하였다가 2000.11.24 관계회사인 ○○에이젠시(주)에 1,974,492,500원에 매각하고, 자기주식처분이익 1,722,259,822원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 자본잉여금계정인 자기주식처분이익으로 계상한 다음 세무조정시 익금산입하여 2000.1.1∼12.31 사업연도 법인세를 신고 납부하였다. 이후 청구법인은 합병시 취득한 자기주식을 처분함으로써 발생한 처분이익은 합병차익에 포함되는 자본거래라면서 쟁점금액을 당초 익금산입액에서 감액하여 2000.1.1∼12.31 사업연도 법인세 229,104,910원을 2002.9.26 환급 경정청구한데 대하여 처분청은 당초신고내용이 적법하다고 2002.10.4 이건 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.11.6 심사청구하였다.

대법원 판례가 합병관련 자기주식 처분익을 자본거래로 보도록 하고 있는바, 법인세법시행령 제11조 는 영업상의 필요에 의하여 취득한 자기주식을 처분한 경우 발생한 이익에 대하여 익금에 산입한다는 것이고, 이건은 본질이 다른 경우로서 합병으로 인하여 합병회사가 취득한 자기주식을 처분하 것과 관련된 처분이익으로서 자본거래인 합병차손익에 해당되므로 이 건 경정청구를 받아들여야 한다.

청구법인 제시 대법원 판례 2000두1720(2000.5.12)는 법인세법시행령 제11조 의 개정전 사항으로서 개정후에는 법인세법시행령에 따라 합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익이라 할 지라도 익금에 산입하는 것이 타당하므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 합병으로 취득한 피합병법인 보유 자기주식의 처분이익이 합병차익(자본거래)인지 손익거래인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제15조 [ 익금의 범위 ]

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (2) 법인세법시행령 제11조 [ 수익의 범위 ] 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

(3) 법인세법기본통칙 15-11…7 [ 자기주식처분손익의 처리 ] 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는 손금으로 한다. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 그러하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 피합병법인은 합병일 현재 청구법인 발행 쟁점주식(25%)을 252,232,678원으로 장부에 계상하고 있었고, 청구법인은 2000.7.1 피합병법인을 흡수합병하면서 기업인수합병등에 관한 회계처리 준칙 제17조에 의거 쟁점주식을 장부가액으로 승계하여 2000.11.24 관계회사인 ○○에이젠시(주)에 매각후 쟁점금액의 처분이익을 자본잉여금으로 계상하고 2000.1.1∼12.31사업연도 소득금액 조정시 익금에 산입하여 법인세를 신고납부한데 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼은 없다.

(2) 이후 청구법인은 쟁점주식의 양도행위가 대법원의 판례와 같이 합병과 관련된 거래로서 그 처분이익이 자본거래에 해당된다며 당초 손익거래로 신고한 익금산입액을 감액하여 이 건 법인세를 환급해달라고 경정청구를 하자, 처분청은 청구인 제시 대법원 판례가 법인세법시행령 제11조 의 개정전(1998.12.31)사항이므로 쟁점자기주식의 처분이익은 현행 법령에 따라 손익거래에 해당된다며 경정청구를 거부하였음이 조사내용 등에 의하여 확인된다.

(3) 먼저 이 사건 관계법령의 규정을 본다.

• 가) 구법인세법(1998.12.28 개정전) 제9조 제2항에서는 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령(1998.12.31 개정전) 제12조 제1항 제3호에서는 자산의 양도금액을 수익으로 보도록 하면서 같은법 제15조 제1항 제3호에서 합병차익은 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있었다.
• 나) 그러나 이건 당시 법인세법 시행령(1998.12.31 개정후) 제11조 제2호에서는 자산의 양도금액을 수익으로 보도록 하면서 자기주식을 포함한다라고 규정하고 있다.

(4) 다음으로 이건의 경우를 본다. 합병차익은 합병으로 인하여 합병법인이 인수하는 피합병법인의 순자산(총자산-총부채)의 수입가치가 피합병법인의 주주에 교부하는 주식가액 등을 초과할 때 그 초과금액을 말하는데 이러한 합병차익은 순자산을 증가시키는 거래이기는 하지만 자본의 출자나 납입등과 같이 자본증감에 관한 거래이므로 법인세법에서는 이를 익금에서 제외하는 것이라고 새기는 것이 상당하다 할 것인바, 이건 자기주식 처분이익은 피합병법인의 순자산가치에서 주주에게 교부하는 주식가액을 초과하는 합병차익이 아니며 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없어 그것은 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다고 보아야 할 것이고, 이 당시의 관련 법규정에도 자기주식처분익은 수익으로 보도록 규정하고 있어 처분청의 이건에 대한 경정청구 거부는 정당한 것이라 할 것이다.

• 라. 결론 따라서 이건 심사청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제15조 / 법인세법시행령 제11조 /