사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유한 토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 양도함으로써 생하는 소득에 대하여는 각 사업연도 소득금액 계산 시 수익사업으로 보지 않음
사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유한 토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 양도함으로써 생하는 소득에 대하여는 각 사업연도 소득금액 계산 시 수익사업으로 보지 않음
[이유]
청구법인은 1964.1.24. 사립학교별 제10조에 의하여 설립된 학교법인으로서 ○○도 △△시 △△구 △△동 ○○번지에 소재한 ◇◇고등학교를 유지 운영하고 있는데, 2000.12.7. ○○도 교육감의 허가를 얻어 1985.3.22. 취득하여 고유목적 사업용인 운동장, 테니스장 등으로 사용하고 있던 ○○도 △△시 ○○구 △△동 ○○번지 도로 429㎡, 같은곳 ○○번지 임야 3,739㎡, 같은곳 ○○번지 임야 1,271㎡ 합계 5,439㎡(이하 "쟁점①토지"라 한다)를 청구외 △△건설 주식회사 소유 ○○도 △△시 △△구 △△동 ○○번지 대지 20㎡, 같은곳 ○○번지 대지 230㎡, 같은곳 ○○번지 전 151㎡, 같은곳 △△△동 ○○번지 대지 4,891㎡, 같은곳 대지 147㎡ 합계 5,439㎡(이하 "쟁점②토지"라 하며, 쟁점①,②토지를 합하여 이하 "쟁점토지"라 한다)와 교환한 데 대한 법인세 및 특별부가세 신고를 이행하지 않은 사실이 있다. 이에 대하여 처분청은 쟁점①토지의 교환 당시 기준시가를 양도가액으로 하고 장부가액은 없는 것으로 하여 쟁점①토지의 교환당시 기준시가 전액을 특별이익으로 보아 각사업연도 소득에 대한 법인세를 계산하고, 특별부가세는 쟁점①토지의 취득 및 양도시의 기준시가로 양도차익을 산정하여 2002.8.1. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 467,633,220원(특별부가세 334,686,680원 포함)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.10.12. 이 건 심사청구하였다.
교육용 기존재산을 ○○도 교육감의 허가를 얻어 교환하였으므로 교환차익에 대하여 법인세는 과세대상이 아니고 특별부가세는 면제대상인데도 과세한 것은 부당하다.
청구법인이 쟁점토지를 교환하고도 교환일이 속하는 2000사업연도 법인세신고시 특별부가세면제신청을 하지 않았으므로 매매로 보아 법인세 및 특별부가세를 과세한 것은 정당하다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입」을 규정하고, (2) 법인세법 시행령 제2조 [수익사업의 범위]에서 ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.고 규정하고 있다. (3) 조세특례제한법 제81조 [학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제] 에서 「① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2000년 12월 31일 이전에 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제 한다.
1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득」을 규정하고, 같은 조 제④항에서 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제 신청을 하여야 한다.고 규정하고 있으며, (4) 조세특례제한법 시행령 제76조 [학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제] 에서 ④ 법 제81조 제4항의 규정에 의하여 세액감면신청을 하고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 특별부가세 세액면제신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.고 규정하고 있다.
(1) 사실관계 ㉮ 청구법인이 운영하는 ◇◇고등학교 부지의 지적도면에 의하면 쟁점①토지는 학교 본관을 기준으로 보면 한쪽 귀퉁이에 치우쳐 있었으나, 학교 인근에서 주택개량재개발사업을 시공하는 청구외법인이 소유한 쟁점 ②토지와 교환함에 따라 학교부지는 네모꼴 형태를 갖추게 되고 청구외법인은 필요한 부지를 확보하여 재개발사업(아파트건설)을 원활히 진행할 수 있게 되어 상호 이해관계가 일치함에 따라 교환에 이르게 된 것으로 보인다. ㉯ 쟁점토지의 지적도 및 항공사진에 의하면 쟁점①토지는 교환으로 인하여 지번이 분할 되기전의 학교부지의 母지번에 속한 필지였다가 교환으로 인하여 새로운 필지로 분필된 사실을 알 수 있다. (표 생략) ㉰ 역시 쟁점토지의 지적도 및 항공사진에 의하면 쟁점②토지는 학교부지 전면과 측면에 연접한 토지로서 학교운동장에 편입되었음을 알 수 있다. (표 생략) ㉱ 비영리법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 각 사업연도 소득금액 계산시 수익사업으로 보지 아니하는 바(법인세법 제3조 제2항 제5호, 같은법시행령 제2조 제2항), 청구법인은 쟁점①토지를 1985.3.22.취득하여 사립학교법령 및 청구법인의 정관에 규정된 고유목적사업(학교운동장, 테니스장)에 직접 사용하다가 2000.5.25.쟁점②토지와 교환하였으므로 쟁점①토지 양도에 따른 특별이익은 법인세 과세대상인 수익사업에 속하지 아니함을 알 수 있다. ㉲ 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 교육사업용토지 등을 다른 교육사업용토지 등과 교환함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 조세감면규제법 제67조의 3에 규정된 바에 따라 특별 부가세를 면제하는 것(같은뜻, 법인22601-2081,1990.10.31)인 바, 청구법인이 교환을 원인으로 소유권을 이전한 쟁점①토지와 취득한 쟁점②토지는 모두 청구법인의 고유목적사업용 자산인 학교부지임이 지적도 및 항공사진에 의하여 알 수 있으므로 이건 토지의 교환거래는 특별부가세 면제대상임을 알 수 있다. ㉳ 처분청은 쟁점①토지의 처분가액을 동 토지의 교환당시의 기준시가로 산출하였고, 장부가액은 없는 것으로 하여 쟁점①토지의 가액을 기준시가로 계산한 전액을 특별이익으로 보아 과세하였음이 이건 법인세 결정결의서에 의하여 확인되며, 교환(양도)토지는 운동장 등 교육사업용 고유 목적사업에 3년이상 사용되었던 토지이고, 취득토지도 교육사업용 학교부지로 사용되고 있는데 대하여는 처분청과 청구법인 모두 다툼이 없다.
(2) 판단 먼저 쟁점토지의 교환차익이 각사업연도소득에 대한 법인세 과세 대상소득에 해당되는지 판단한다. 비영리법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 각 사업연도 소득금액 계산시 수익사업으로 보지 아니하는 바(법인세법 제3조 제2항 제5호, 같은법시행령 제2조 제2항), 청구법인은 쟁점①토지를 1985.3.22.취득하여 사립학교법령 및 청구법인의 정관에 규정된 고유목적사업용인 학교운동장, 테니스장으로 직접 사용하다가 2000.5.25.쟁점②토지와 교환하였으므로 쟁점①토지 양도에 따른 특별손익은 법인세 과세대상이 아닌 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점토지의 교환이 특별부가세 과세대상에 해당되는지 본다. 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 교육사업용토지 등을 다른 교육사업용토지 등과 교환함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 조세감면규제법 제67조의 3에 규정된 바에 따라 특별부가세를 면제하는 것(같은뜻법인 22601-2081,1990.10.31)인 바, 청구법인이 교환한 쟁점①토지는 교육사업용인 학교운동장과 테니스장으로 사용되었고, 교환으로 취득한 쟁점②토지도 학교운동장 및 테니스장으로 사용되어 쟁점토지는 모두 청구법인의 고유목적사업용 자산임을 쟁점토지의 지적도 및 항공사진에 의하여 알 수 있으므로 쟁점토지의 교환거래는 특별부가세 면제대상으로 판단된다.
결정내용은 붙임과 같습니다.