내국신용장에 근거한 영세율 적용

[주문]

○○ 세무서장이 2002.02.19., 2002.03.15. 및 2002.03.19. 청구법인에게 행한 【붙임 1】의 고지세액 중 불복 청구한 1998사업연도 법인세 등 2,404,653,690원의 부과처분은,

1. 매출누락 1,512,875,944원, 가공매출 1,617,986,765원, 가공매출원가 2,438,972,890원에 대해서는 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 결정하고,

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다. [이유] ※ 처분청이 2002.03.15. 및 2002.03.19. 청구법인에게 결정고지한 1996∼1998 사업연도 법인세 1,071,008,790원에 대해, 청구법인은 2002.06.12. 이 건과 별도로 심사청구(사건번호: 심사법인 2002-90호)하였으나, 불복청구인이 동일인이고, 사실관계 등이 이 건 심사청구와 관련되어 있어 이를 병합합니다.

청구인은 플라스틱 사출제품인 컴퓨터모니터카바등을 생산하는 업체로서, 1998년도 총매출액의 대부분을 차지하는 주요 매출처이자 관계회사인 청구외 (주)○○○☆☆☆ 시스템(이하 "KDS"라고 한다)에게 공급가액 2,784,810,128원, 세액 116,682,336원의 세금계산서 2매(1996.09.30.일자 공급가액 1,166,823,363원, 세액 116,682,336원 및 1998.05.08.일자 공급가액 1,617,986,765원, 세액 0원의 세금계산서)를 교부하여 주었고, 1998.01.12.에는 제품을 1997년 제2기에 공급하고도 1998.01.08. 및 1998.01.12.일자 개설된 내국신용장을 근거로 하여 공급가액 1,897,918,123원(이하 "쟁점영세율금액"이라 한다), 세액 0원인 세금계산서 3매를 교부하여 주고 1998년 제1기분으로 부가가치세 신고하였다. 처분청은 ☆☆지방국세청장으로부터 청구법인이 KDS에게 실물거래도 없이 위 1996.09.30. 및 1998.05.08. 공급가액 2,784,810,128원의 허위 세금계산서 2매를 교부하여 주고 동 금액을 현금으로 증여받았다는 내용의 KDS세무조사결과에 따른 과세자료를 통보받고 청구법인에 대해 세무조사한 결과, 가공매출 2,784,810,128원(동 금액 중 1998년도 매출분 1,617,986,765원만을 이하 "쟁점가공매출액"이라 한다) 이외에, 1998년도 KDS에 대한 매출누락 1,512,875,944원(이하 "쟁점매출누락액"이라 한다), 1997년도에 공급하고도 1998년 제1기분 영세율매출로 신고한 쟁점영세율금액 등을 적출하여 【붙임 1】과 같이 2002.02.16. 및 2002.02.19. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 등 총 2,050,003,010원을 결정·고지하였다가, 가공매출 2,784,810,128원에 대응하는 가공원가 2,438,972,890원을 (1996년 1,100,897,840원 및 1998년 1,338,075,050원이고, 이하 "쟁점가공원가"라고 한다)을 손금불산입하여야 한다는 국세청 감사지적에 따라 2002.03.15. 및 2002.03.19. 추가로 1996∼1998사업연도 법인세 1,071,008,790원을 결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.06.12.(심사법인 2002-90호) 및 2002.09.10.(심사법인 2002-159호) 심사청구하였다.

(1) 쟁점매출누락액 1,512,875,944원에 대해 처분청은 반출증을 기준으로 제품수불부와의 차액 1,512,875,944원을 매출누락으로 보았으나, 이는 사실관계를 오해한 것으로, 회계부서가 내국신용장에 표시된 품명, 수량 등을 근거로 1건의 제품수불부와 세금계산서를 작성한데 반해, 생산부서에서는 형태, 색상, 부속품 및 로고의 위치 등에 따라 품명을 5∼10가지로 분류한 후 수십건의 반출증을 작성한데 기인한 것이고, 청구법인이 작성한 1998년도 제품수불부와 반출증 비교대사표와 같이 1998년도 연간 제품수불부와 반출증의 합계액이 각각 7,031,429,648원 및 7,183,919,350원으로 거의 차이가 없는(차액 152,489,702원은 평균단가로 인한 계산차이와 환율변동에 따른 단가차이임) 것을 보아도 매출누락이 없었음을 알 수 있고, 반출증을 기준으로 제품수불부에 없는 품목이나 제품수불부 수량이 적은 품목은 매출누락으로 보고, 그와 반대로 반출증에는 없고 제품수불부에 있는 품목 등은 가공매출로 본 것은 매출을 이중으로 보고 과세한 부당한 처분에 해당된다.

(2) 쟁점가공매출액 1,617,986,765원에 대해 KDS의 일시적인 운영자금 부족으로 무역금융자금을 미리 지원받기 위해 수출용 원자재를 납품하기 이전인 1998.05.08.에 쟁점가공매출액에 해당하는 영세율세금계산서를 발행하게 된 것이고, 적법하게 개설된 내국신용장에 의하여 선 NEGO후 반출증명세서와 같이 실지로 재화를 공급하였으며, 이러한 사실은 ☆☆지방국세청 세무조사당시 가공매출이라고 확인한 청구외 조○○ 가 원자재를 공급받기 전에 세금계산서를 먼저 수수하고 선 NEGO하여 주었으며 실지로 수차에 걸쳐 원자재를 공급받았다고 2002.2월 재확인하고 있고, 같은 사업연도 중에 한 거래처(KDS)에 대해 1,617,986,765원을 가공매출·현금증여받고, 위 (1)과 같이 1,512,875,765원을 가공매출로 보고 과세한 처분은 부당하다.

(3) 쟁점가공원가 2,438,972,890원에 대해 처분청은 청구법인의 관련장부나 증빙서류를 근거로 과세하지 않고 손익계산서상 나타난 매출원가율(매출원가를 매출액으로 나누어 100을 곱한 비율)을 계산한 후, 과세자료의 가공매출액 2,784,810,128원에 위 매출원가율을 곱하여 2,438,972,890원을 가공매출액의 대응원가로 보고 이 건 법인세를 과세하였는 바, 이는 국세기본법 제16조 에서 규정한 근거과세원칙에 위반이므로 취소하여야 한다.

(4) 쟁점영세율금액 1,897,918,123원에 대해 청구법인은 1997년 12월 KDS와 내국신용장을 개설하기로 하고 미리 수출용 원자재를 공급하였으나, KDS의 무역금융 대출한도 초과로 인하여 1998.01.08. 및 1998.01.12.에 이르러서야 내국신용장이 개설되어 1998.01.12. 공급가액 1,897,918,123원의 영세율 매출세금계산서를 교부하게 되었고, 부가가치세법시행령 제24조 제2항 에서 수출하는 재화에는 내국신용장과 구매승인서에 의하여 공급하는 재화를 포함한다라고 규정하고 있을 뿐, 내국신용장의 개설기간에 대해 재정경제부령에 위임하지 않았는데도 부가가치세법시행규칙기간에 대해 재정경제부령에 위임하지도 않았는데도 부가가치세법시행규칙 제9조의2 에서 공급시기가 속하는 과세기간 내에 개설된 내국신용장으로 제한하여 이 건 영세율을 배제함은 부당하고, 2001.04.03. 부가가치세법시행규칙 개정으로 과세기간 종료후 20일 이내에 개설하는 신용장까지로 영세율 적용범위가 확대되었으며, 영세율 적용대상 과세표준을 신고하지 아니하거나 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영세율을 적용하고 신고불성실가산세를 부과하는 것(같은 뜻: 국심 2001중2463호, 2001.12.31.)이고, 비록 과세기간을 경과하여 개설된 내국신용장이라 하더라도 수출용으로 사용된 재화라면 실질과세원칙과 수출촉진을 위한 영세율제도의 취지 및 법정관리개시절차 진행중이라는 청구법인의 어려운 사정을 감안하여 영세율을 적용하여야 한다.

(1) 쟁점매출누락액 1,512,875,944원에 대해 세무조사당시 사업장에 임하여 제품생산일보, 작업지시서 등의 장부제시를 요구하였으나 제시하지 않았고, 생산부서에서 제품 인도시 작성하는 반출증을 확보한 후 처분청에서 직접 반출일, 품목, 수량 등을 전산입력하여 제품 수불부상의 품목, 수량 등과 대사하여 그 차액 1,512,875,944원을 매출누락으로 보았으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점가공매출액 1,617,986,765원에 대해 ☆☆지방국세청의 KDS 세무조사 당시, KDS의 회계실무를 총괄하였던 상무이사(공인회계사) 청구외 조○○가 실물거래도 없이 쟁점가공매출액의 원재료를 매입한 것처럼 가공세금계산서를 영세율로 교부받아 가공원가 계상하였으며, 같은 금액을 현금증여하였다고 확인하였고, 1998.05.08.일자 내국신용장의 선 NEGO명세와 반출증을 비교한 결과 품목이 전혀 다른 것으로 확인되며, 청구법인이 달리 실지거래 증빙서류를 제시하지 못하고 있고, 제품수불부에는 없는 품목이 연간 계속 생산·인도되었다고 하더라도 이를 선 NEGO품목과 연결시킬만한 증빙도 없으므로 ☆☆지방국세청에서 파생된 과세자료 내용과 같이 가공매출로 보고 과세한 당초 처분은 정당하다.

(3) 쟁점가공원가 2,438,972,890원에 대해 청구법인은 대량의 사출물 제조업체로서 매출원가를 종합원가계산방법에 의해 기말에 일괄 산정하는 회계체계를 가지고 있으므로 기말 매출원가 계산시 가공매출 계상한 수량을 제외하고 매출원가 계산하여야 할 것이고, 세무조사당시 원가계산에 관한 증빙서류 제시가 없었는 바, 특별히 가공매출수량을 제외하고 매출원가 계산하였다는 사실이 확인되지 않는 한 가공매출 수량도 원가계산에 포함되었다고 보아야 하므로, 가공매출액에 매출원가율을 적용하여 산출된 금액을 가공매출원가로 보고 과세한 당초 처분은 정당하다.

(4) 쟁점영세율금액 1,897,918,123원에 대해 이 건 납세의무성립당시의 관련법령인 부가가치세법시행규칙(2000.03.31. 개정되기 전의 것) 제9조의2 제1항에서 내국신용장이라 함은 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 개설하는 신용장을 말한다고 규정하고 있으므로 1997년 12월에 재화를 공급하고도 1998.01.08. 및 1998.01.12.에 개설된 내국신용장을 근거로 1998.01.12. 영세율매출세금계산서를 교부하였는 바, 영세율 적용을 배제하고 1997년도 매출누락으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 1998년도에 1,512,875,944원을 매출누락함과 동시에 1,617,986,765원을 가공매출하였는지 여부 및 가공매출액에 상당하는 금액을 가공원가로 계상하였는지 여부

② 1997년도에 공급하고도 1998.01.12.등에 개설된 내국신용장을 근거로 한 영세율매출신고 당부

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 ■ (구) 법인세법 (1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제32조 [결정과 경정]

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. ■ (구) 법인세법 제9조 [각사업연도의 소득]

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 준자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다. ■ (구) 법인세법시행령 제92조 [과세표준과 세액의 조사결정]

③ 법 제32조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 과세표준신고서 및 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. ■ 국세기본법 제16조 [근거과세]

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 이 건 과세경위를 살펴보면, 처분청은 ☆☆지방국세청장으로부터 청구법인이 KDS에게 실물거래도 없이 1996.09.30. 및 1998.05.08. 공급가액 2,784,810,128원의 허위세금계산서 2매를 교부하여 주고 동 금액을 현금으로 증여받았다는 내용의 KDS세무조사결과에 따른 과세자료를 통보받고 청구법인에 대해 세무조사한 결과, 가공매출 2,784,810,128원 이외에, 1998년도 KDS에 대한 매출누락 1,512,875,944원, 1997년도 부가가치세 일반세율(10%) 적용대상매출을 1998년도에 영세율매출로 신고한 1,897,918,123원을 적출하여 청구법인에게 1998사업연도 법인세 등 총 2,050,003,010원을 결정·고지하였다가, 가공매출 2,784,810,128원에 대응하는 쟁점가공원가 2,438,972,890원 또한 손금불산입하여야 한다는 국세청 감사지적에 따라 추가로 1998사업연도 법인세 등 1,071,008,790원을 결정·고지하였음이 처분청의 결정결의서, 세무조사종결보고서, 국세청 감사관의 시정지시서 등에 의해 확인된다. (나) ☆☆지방국세청장은 처분청에 2,784,810,128원이 가공매출이라는 KDS의 확인서(작성일은 2001.02.15.이고, 확인자는 KDS의 대표이사 및 KDS의 상무이사인 청구외 조○○로 되어 있고, 가공매출확인내용에 대한 구체적인 증빙은 첨부되어 있지 않음)를 첨부하여 과세자료 통보하였고, 청구외 조○○는 이 건 과세이후인 2002년 2월경 KDS는 청구법인과 실지거래를 하였고, 위 확인서는 사실과 다르다고 하면서 당초 확인내용을 부인하는 확인서(KDS의 서명날인은 없음)를 작성하여 주었음이 처분청 및 청구법인이 제시한 확인서에 의해 확인된다. (다) 처분청의 세무조사종결복명서, 품목별 매출누락명세서 등으로 쟁점매출누락액 및 쟁점가공매출액의 적출 과정을 살펴보면, 처분청은 생산부서의 반출증을 확보하여 반출일, 품목, 수량, 반출처를 전산입력한 후 각 품목별로 수량을 산출한 다음, 제품수불부상의 품목, 수량, 금액, 단가(평균단가 등)를 전산입력하여 각 품목별 수량을 산출한 후, 위 반출증의 품목을 기준으로 제품수불부에는 없는 품목의 수량 및 반출증의 수량이 제품수불부 수량보다 많은 품목의 수량의 합계 1,239,423개(반출증 수량 2,015,584개에서 제품수불부 수량 776,161개를 차감한 것임)에 상당하는 금액(각 품목별 단가는 제품수불부상의 평균단가를 적용함) 1,512,875,944원을 매출누락으로 보았고, 그 반대의 경우 즉, 반출증에는 없고 제품수불부에는 있는 품목의 수량과 반출증의 수량이 제품수불부의 수량보다 적은 품목의 수량의 합계는 972,066개(제품수불부 수량 4,467,422개에서 반출증 수량 3,495,354개를 차감한 것임)이고, 이에 상당하는 금액은 1,586,096,000원으로 ☆☆지방국세청에서 통보된 쟁점가공매출액 1,617,986,765원과 비슷하다고 하여 차액 31,890,765원(과세자료 1,617,986,765원에서 조사확인된 1,586,096,000원을 차감한 금액임)에 대한 원인규명 없이 1,617,986,765원을 가공매출로 보았음을 알 수 있다. (라) 위 (다)와 같은 처분청의 세무조사내용에 대해, 청구법인은 제품수불부 및 반출증상의 품목(약 445여종), 유형, 수량, 금액이 기재된 1998년 사출제품수불부와 반출증 비교대사표를 제시하면서, 연간 제품수불부(세금계산서 발행 즉, 내국신용장 기준이고, 1997년도 납품분을 제외한 것이라고 주장함)상의 수량은 3,436,320개, 금액은 7,031,429,648원이고, 연간 반출증(1998년도에 반출되었으나 1999년도 매출신고분을 제외한 것이라고 주장함)상의 수량은 3,112,370개, 금액은 7,183,919,350원인 바, 제품수불부와 반출증을 비교하면 차액이 거의 없는 것을 보아도 매출누락이 없음을 알 수 있고, 차액 152,489,702원(반출증상의 7,183,919,350원에서 제품수불부상의 7,031,429,648원을 차감한 금액임)은 평균단가로 인한 계산차이와 환율변동에 따른 단가차이이며, 반출증의 품목을 기준으로 제품수불부와 비교하여 반출증에 없ㅎ는 단가차이이며, 반출증의 품목을 기준으로 제품수불부와 비교하여 반출증에 없는 품목이나 제품수불부 수량이 적은 품목은 매출누락으로 보고, 그와 반대로 반출증에는 없고 제품수불부에 있는 품목등은 가공매출로 본 것은 매출을 이중으로 본 잘못이라고 주장하고 있다. (마) 위 처분청의 세무조사내용과 이에 대한 청구주장을 다시 정리하면 아래 표와 같다. (단위: 개, 천원) ┌──────┬───────────┬───────────┬─────────────┐ │ │ 1998연간 반출증① │1998연간 제품수불부 ②│ 차이 (① - ②) │ │ 구 분 ├─────┬─────┼─────┬─────┼──────┬──────┤ │ │ 수량 │ 금액 │ 수량 │ 금액 │ 수량 │ 금액 │ ├──┬───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │처분청│ 2,015,584│ 계산않음 │ 776,161│ 1,181,849│ 1,239,423│ 1,512,875│ │매출├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │청구인│ │ │ │ │ 1,795,478│ 4,806,090│ │누락├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │ 차이 │ │ │ │ │ △556,055│ △3,293,215│ ├──┼───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │처분청│ 3,495,354│ 계산않음 │ 4,467,422│ 6,084,678│ △972,068│ △1,586,096│ │매출├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │청구인│ │ │ │ │ △2,119,428│ △4,653,601│ │누락├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │ 차이 │ │ │ │ │ 1,147,360│ 3,067,505│ ├──┼───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │처분청│ 5,510,938│ 계산않음 │ 5,243,583│ 7,266,527│ 267,355│ △73,221│ │ ├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │합계│청구인│ 3,112,370│ 7,183,919│ 3,436,320│ 7,031,429│ △323,950│ 152,489│ │ ├───┼─────┼─────┼─────┼─────┼──────┼──────┤ │ │ 차이 │ 2,398,568│ │ 1,807,263│ 235,098│ 591,305│ 225,710│ └──┴───┴─────┴─────┴─────┴─────┴──────┴──────┘ 주1) 청구법인의 1998사업연도 손익계산서 부속서류에는 KDS와 사출제품 거래금액이 8,929,347,771원으로 되어 있고, 동 금액에서 1997년도에 반출하고도 1998.01.12. 영세율 매출세금계산서 교부한 쟁점영세율금액(1,898,918,123원)을 차감하면 7,031,429,648원임(제품수불부상 청구부장 금액과는 일치하나, 처분청주장 7,266,527천원과는 235,098천원 차이 발생하고, 동 차액에 대한 언급 없음) 주2) 청구법인은 1998.05.08.일자 쟁점가공매출 1,617,986,765원에 대한 증빙으로 1998.01.22.부터 1998.08.12.까지의 반출증 중 일부 약 650매에 대한 반출증명세서를 제시하나, 동 반출증명세서상에 기재된 제품이 쟁점가공매출의 제품이라는 구체적인 증빙이 없어 실지로 납품되었다고 단정하기 어려움. 주3) 청구법인은 1998년도에 반출하였으나 1999년도 매출신고한 수량은 573,490개, 749,041,553원이라고 주장하면서도 이에 대한 구체적인 증빙은 제시하지 못함. 주4) 앞 표와 같이, 처분청 및 청구주장의 반출증, 제품수불부의 수량·금액이 서로 상이하고, 당심에서 각 품목별로 수량·금액차이 조사는 반출증 및 제품수불부의 각 제품이 매건별로 정확하게 전산입력되었는지 여부 등을 확인한 후 판단할 사항으로 현실적으로 불가능함. (바) 처분청은 가공매출 2,784,810,128원에 손익계산서 나타난 매출원가율(각 사업연도별 총 매출원가를 총 매출액으로 나누어 100을 곱한 비율이고, 총 매출액에는 가공 매출액 2,784,810,128원이 포함되어 있음)을 곱하여 산출된 2,438,972,890원(1996년 1,100,897,840원 및 1998년 1,338,075,050원)을 가공매출에 대응하는 가공원가로 보았음이 처분청의 결정결의서, 국세청 감사관의 시정지시서 등에 의해 확인된다. (사) 처분청은, 청구법인이 1998년도에 1,512,875,944원을 매출누락함과 동시에 1,617,986,765원을 가공매출하였고, 가공매출 2,784,810,128원에 대응하는 가공원가 2,438,972,890원을 장부상 계상하였다고 보고 청구법인에게 이 건 법인세 등을 과세하였는 바,

1. 먼저, 청구법인이 1998사업연도에 1,512,875,944원을 매출누락하였는지 여부를 살펴보면, 처분청은 제품을 실지로 반출되었으나 제품수불부에는 없는 품목이나 그 수량이 적은 품목만을 도출하여 매출누락으로 보았고, 청구법인이 동 매출누락 품목에 대해 제품수불부와 같은 품목임을 구체적으로 입증하지 못하고 있는 바, 처분청이 반출증의 품목을 기준으로 수량차이를 매출누락으로 보고 과세한 처분은 일응 타당성이 있어 보이나, 청구법인은 수출용 원자재인 컴퓨터모니터카바를 KDS 주문에 따라 다품종 대량생산하는 업체인 바, 각 제품별 수량차이는 반출증의 제품명은 구체적으로 기재(청구법인이 제시한 비교대사표에는 약 300여종으로 되어 있음)한데 반해 제품수불부의 제품명은 내국신용장을 기준으로 간단하게 기재(청구법인이 제시한 비교대사표에는 약 100여종으로 되어 있음)하였기 때문인 것으로 보이고, 한 사업연도(1998사업연도에 한 사업자(KDS)에게 쟁점매출누락 1,512,875,944원과 쟁점가공매출 1,617,986,765원이 동시에 발생하기 어렵고, (마)의 도표와 같이, 청구법인과 처분청이 주장하는 1998연간 반출증이나 제품수불부상의 수량·금액이 서로 상이하고, 특히, 청구법인의 1998사업연도 손익계산서상에는 KDS와 사출제품 거래금액이 8,929,347,771원으로 되어 있고, 동 금액에서 1997년도에 반출하고도 1998.01.12.영세율 매출세금계산서 교부한 쟁점 영세율금액(1,898,918,123원)을 차감하면7,031,429천원으로 확인되는데도, 처분청은 이를 7,266,527천원으로 보고 쟁점매출누락액을 산출한 잘못이 있는 바, 처분청은, 처분청이 확보한 반출증 등과 청구법인이 이 건 심사청구시 제시한 1998연간 제품수불부와 반출증 비교대사표등을 근거로 각 품목별 수량차이등의 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 매출누락 여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

2. 다음으로, 청구법인이 1998년도에 KDS에게 1,512,875,944원을 매출누락함과 동시에 1,617,986,765원)을 포함한 총 2,784,810,128원이 가공매출이자 현금증여라고 확인하였고, 쟁점가공매출과 관련된 세액도 불복청구 없이 자진납부하였으며, 1998.05.08.일자 내국신용장의 품목을 반출증에서 개별품목별로 확인불가능하여 처분청 의견처럼 1,617,986,765원을 가공매출로 볼 수도 있으나, ☆☆지방국세청장이 가공매출로 본 증빙은 KDS의 확인서 뿐이고, 동 확인서 내용을 뒷받침할 만한 구체적인 증빙서류(내국신용장상의 거래가 취소되었다는 증빙 등)를 제시하지 못하고 있고, 쟁점매출누락에서 살펴본 바와 같이 각 제품별 수량·금액차이는 반출증과 제품수불부의 기재차이에 따른 것으로 보이고, 한 사업연도(1998사업연도)에 한 사업자(KDS)에게 매출누락과 가공매출이 동시에 발생하기 어려운 바, 처분청은 쟁점가공매출 1,617,986,765원 또한 각 품목별 수량차이 등의 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 가공매출 여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

3. 마지막으로, 청구법인이 가공원가 2,438,972,890원을 장부상 계상하였다고 볼 수 있는지 여부를 살펴보면, 처분청(국세청 감사관) 의견처럼 가공매출이 맞다면 가공매출에 대응하는 쟁점가공원가 또한 결산장부에 반영되었다고 볼 수도 있으나, 법인세법상 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 허용되지 않음(같은 뜻: 대법 88누8029호, 1989.06.27. 외 다수)에도 불구하고 처분청은 감사지적에 따라 가공매출이 맞다는 전제아래 가공매출액에 손익계산서에 나타난 매출원가율을 곱하여 산출된 금액을 가공원가로 부분추계조사 결정하였는 바 국세청 감사관의 부분추계조사결정 시정지시는 잘못이고, 당기제품 제조원가에 가공경비가 포함되었다는 구체적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 쟁점가공원가가 결산장부에 반영되었는지 여부도 불분명하므로 처분청은 쟁점매출누락 및 쟁점가공매출 여부의 사실관계 재조사와 더불어 쟁점가공원가 반영여부 또한 청구인이 제시한 1998연간 제품수불부와 반출증 비교대사표등을 근거로 재조사하여 그 결과에 따라 가공원가 여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령 ■ 부가가치세법 제11조 [영세율 적용]

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

■ 부가가치세법시행령(1999.12.31. 대통령령 16661호로 개정되기 전의 것) 제24조 [수출의 범위]

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정하는 수출하는 재화에는 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화를 포함한다.(1996.01.01 현행) ■ (구)부가가치세법시행규칙(2000.03.31. 재정경제부령 제133호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 [내국신용장 등의 범위]

① 영 제24조 제2항 및 제26조 제1항 제2호에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용원자재·수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간내에 개설하는 신용장을 말한다.(1996.01.01 현행) 위 조항은 2001.04.03. 재경부령 제193호로 『영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에 수출용원자재·수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 개설하는 신용장을 말한다.』라고 개정되었으며, 그 부칙 제1조(시행일)에는 『이 규칙은 공포한 날 부터 적용한다.(단서규정 생략)』라고 규정하고 있고, 동 부칙 제2조 (적용례) 제2항에는 『제9조의2의 개정규정은 이 규칙시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인이 1997년 12월에 KDS에게 쟁점영세율금액(1,897,918,123원)에 상당하는 수출용 제품을 공급하고도 1998.01.08. 및 1998.01.12.에 개설된 내국신용장을 근거로 1998.01.12.일자 영세율세금계산서 3매를 교부하고 1998년 제1기에 영세율매출로 부가가치세 신고하였으며, 이러한 사실관계에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (나) 처분청이 쟁점영세율금액에 해당하는 재화의 공급시기를 1997년 제2기로 보고 부가가치세 일반영세율(10%)을 적용하여 청구법인에게 1997년 제2기분 부가가치세 246,729,350원을 결정고지한데 대해, 청구법인은 비록 과세기간을 경과하여 개설된 내국신용장이라 하더라도 당해 제품이 수출용으로 사용된 재화라면 실질과세원칙, 영세율제도의 취지, 2001.04.03. 부가가치세법시행규칙의 개정으로 영세율 적용범위가 과세기간 종료후 20일 이내 개설한 내국신용장까지 확대된 점 등을 이유로 들면서, 1,897,918,123원에 대해서도 영세율을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대해 살펴보면,

1. 이 건 거래당시 부가가치세법시행규칙(2000.03.31.일자로 개정되기 전의 것) 제9조의2 제1항 등 관련법령을 모두어 보면, 내국신용장에 의한 재화의 공급은 본래 영세율적용대상이 아니나, 재화의 공급시기가 속하는 과세기간내에 개설된 내국신용장에 근거한 재화의 공급은 예외적으로 영세율적용대상의 수출하는 재화로 보고 있음을 알 수 있고, 청구법인은 수출용 제품을 1997년 제2기에 공급하고도 내국신용장 개설지연을 사유로 1998년 제1기에 영세율 매출신고하였음이 청구주장 및 처분청 조사내용에 의해 확인되는 바, 당해 재화는 내국신용장 개설 이전의 공급에 해당되므로 영세율이 아닌 일반세율(10%) 세금계산서 교부대상이라 할 것이고,

2. 청구법인은 국세심판원의 결정사례(국심 2001중2463호, 2001.12.31.)를 인용하면서 이 건 재화도 영세율적용대상이라고 주장하나, 동 사례의 재화는 대행수출품이고 과세기간내에 수출신고필증 교부된 경우로서 내국신용장이나 구매승인서 개설과 관련없는 영세율 적용대상인 반면, 청구법인이 공급한 재화는 수출에 사용된 제품일 뿐 위 심판사례와 같은 재화로 보기 어려운 바, 당해 재화가 영세율적용대상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 한편, 청구법인은 내국신용장이 과세기간 종료후 20일 이내에 개설되었으므로 2001.04.03.일자 부가가치세법시행규칙 개정규정을 소급적용하여 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 전시한 관련법령에서 살펴본 바와 같이 동 시행규칙의 부칙 제2조에서 개정규정은 2001.04.03. 이후 최초로 재화를 공급하는 분부터 적용하도록 명확히 규정하고 있으므로 소급적용할 수 없다.

4. 따라서, 처분청이 1997년 제2기에 공급하고도 1998년 제1기분 영세율 매출신고한 쟁점영세율금액에 대해 그 공급시기를 1997년 제2기로 보고 부가가치세 일반세율(10%)을 적용하여 과세한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] (구) 법인세법 제32조 /(구) 법인세법 제9조 /(구) 법인세법시행령 제92조 / 국세기본법 제16조 / 부가가치세법 제11조 / 부가가치세법시행령 제24조 /(구) 부가가치세법시행규칙 제9조의2 /