특별부가세의 면제요건은 갖췄으나 세액면제신청서를 미제출한 경우, 면제여부

[이유]

청구법인은 1986. 12. 22. 사립학교법 제10조 에 의하여 설립된 학교법인으로서 ○○광역시 ○○구 ○○동 592번지에 소재한 ○○대학교를 유지 운영하고 있는데,

1987. 1. 8. 취득하여 고유목적 사업용인 집수장으로 사용하고 있던 ○○광역시 ○○구 ○○동 589번지 답 644㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1996. 2. 27. 교육부장관의 기본재산 용도변경 및 처분허가(개방81423-88, 1996. 2. 27)를 얻어 1996. 5. 22 청구외 심○○외 3인 소유 ○○광역시 ○○구 ○○동 571-2번지 답 654㎡(이하 "쟁점외 토지"라 한다) 및 현금 170,000,000원과 교환한데 대한 특별부가세 신고를 이행하지 않은 사실이 있다. 이에 대하여 처분청은 쟁점토지의 교환 당시 실지 양도거래가액을 양도가액으로 하고 청구법인이 보유하고 있는 교육용 재산대장상 평가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 산정하여 2002. 5. 1. 청구법인에게 1996. 3. 1.~1997. 2. 28. 사업연도 법인세(특별부가세) 129,893,891원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 8. 6. 이 건 심사청구하였다.

• 가. 1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정된 조세감면규제법 제73조 제1항에 의거 학교법인 기본재산을 교육용 자산을 취득하기 위하여 양도하는 것은 특별부가세를 면제하는 것으로 규정되어 있고, 조세감면규제법 제73조 제4항에서 정한 특별부가세 세액면제신청서 제출이 1996. 12. 30. 개정으로 필수적요건이 아닌것으로 변경되었는 바, 청구법인 조세감면규제법 제73조 제1항 제1호의 규정에 해당하여 특별부가세 면제요건을 갖추었으므로 특별부가세 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제3조 양도소득세 등에 관한 적용례 제1항에 다르면 같은법 제73조의 개정규정은이 법 시행(1997년 1월 1일)후 최초로 신청하는 분부터 적용한다고 하여 신청 일에 따라 적용법률이 달라짐을 알 수 있다. 따라서 청구인은 당초법인세 특별부가세 면제신청을 하여야할 1997. 5. 29.까지 신청이 없었으므로 구조세감면규제법(1996. 12. 30. 개정전)을 적용하여야 한다면, 구조세감면규제법 시행령 제70조 제4항 단서조항 기한 내 세액면제신청서 등을 제출하지 못한 경우 과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준 신고기한으로부터 1년 이내 제출할 수 있다고 하여 사후 규제조항을 두었으므로 청구인은 구조세감면규제법 시행령(1996. 12. 30. 개정전) 제70조 제4항 단서의 구제조항에 따라 세액면제신청서를 불복이유서에 첨부 제출하였으므로 법률상의 요건을 충족하였으므로 처분청의 특별부가세 과세는 부당하다.

청구법인이 쟁점토지를 쟁점외 토지와 교환하고도 교환일이 속하는 1996. 3. 1.~1997. 2. 28.사업연도 법인세 과세표준시고시 특별부가세 세액면제신청서를 제출하지 않았으므로 특별부과세 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 쟁점외 토지와 교환하고, 특별부가세 세액면제신청서를 교환일이 속하는 사업연도 법인세 과세표준신고시 제출하지 아니하였다 하여 특별부가세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 구조세감면규제법 제73조(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전) [학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제]

① 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득

④ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다. (1996. 12. 30. 개정후)

④ 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다. (1996. 12. 30. 개정전)

2. 조세감면규제법 제70조 [학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제]

① 법 제73조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.(1997. 12. 31. 개정)

1. 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우 (1997. 12. 31. 개정)

2. 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우 (1997. 12. 31. 개정)

④ 법 제73조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 조세감면규제법 부칙 제3조 [양도소득세 등에 관한 적용례] (1996. 12. 30. 법률5195호)

① 이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제43조ㆍ제44조ㆍ제70조ㆍ제71조 및 제73조의 규정은 이 법 시행후 최초로 신청하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인이 운영하는 학교법인 ○○학원 부지의 지적도면에 의하연 쟁점토지는 학교경계선밖에 있음이 확인되고 청구외 심○○외 3인이 소유하고 있던 쟁점외 토지는 학교시설지구안에 위치함이 확인된다.
• 나) 1996. 5. 22. 매매에 의하여 청구법인이 청구외 심○○의 3인에게 쟁점토지와 현금 170,000,000원을 지급하면서 쟁점외 토지를 취득하였음이 조사복명서 및 매매계약서에 의하여 확인된다.
• 다) 청구법인이 소유하였던 쟁점토지의 양도는 조사복명서 및 교육부공문(제목: 기본재산 용도변경 및 처분허가. 문서번호 개방81423-88. 1966. 2. 27.)에 의거 학교법인 기본재산의 양도임이 확인된다.
• 라) 1996. 5. 22. 매매에 의하여 청구법인이 쟁점토지의 양도대금으로 쟁점외 토지를 청구외 심○○외 3인으로부터 취득하였음이 확인되며, 취득한 토지에 청구외 ○○건설(주)이 1997. 7. 31~1997. 9. 12. 기간에 정문신축공사를 하여 정문이 신축되어 쟁점외 토지는 교육사업에 직접 사용되는 토지임이 세금계산서 및 공사계약서, 사진에 의하여 확인된다.
• 마) 1996. 5. 22. 교환에 의하여 양도된 쟁점토지는 청구법인의 1996. 3. 1. ~1997. 2. 28. 사업연도 법인세 과세표준시고시 조세감면규제법 제73조 제4항의 세액면제신청을 하지 않았음이 조사복명서에 의거 확인된다.
• 바) 청구법인은 1996. 5. 22. 교환에 의하여 양도된 쟁점토지의 조세감면규제법 제73조 제4항의 세액면제신청서를 2002. 8. 6. 심사청구서 제출시 제출하였음이 확인된다.

2. 판단 쟁점토지의 교환이 특별부가세 과세대상에 해당되는지 본다.

• 가) 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 교육사업용 토지 등을 다른 교육사업용 토지 등과 교환함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 조세감면규제법 제73조 제1항에 규정된 바에 따라 특별부가세를 면제하는 것인 바, 이 건 청구법인이 교환을 원인으로 소유권을 이전한 쟁점토지와 쟁점외 토지는 모두 청구법인의 고유목적사업용 자산인 학교부지임이 지적도 및 사진에 의하여 알 수 있고, 쟁점토지의 양도후 쟁점외 토지를 3년이내에 교육용자산으로 취득하였으므로 이건 쟁점토지의 양도는 특별부가세 면제대상임을 알수 있다.
• 나) 청구법인은 1996. 3. 1.~1997. 2. 28. 사업연도 법인세 과세표준신고시에 조세감면규제법 제73조 제4항에 의한 세액면제신청서를 제출하지아니하였다. 조세감면규제법 제73조 제4항이 1996. 12. 30.개정으로 인하여제1하의 규정이 적용을 받고자 하는 자는 대톨령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하는 경우에 한하여 적용한다에서 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다로 개정된 취지는 신청서류를 필수적으로 제출하는 경우에 한하여 감면하여주던 규정을 임의조항으로 개정하여 적용요건 완화한 것(같은뜻 서이 46012-10132, 2003. 1. 21.)인 바, 조세감면규제법 부칙(1996. 12. 30. 법률 5195호) 제3조 [양도소득세등에 관한 적용례] 이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제43조ㆍ제44조ㆍ제70조ㆍ제71조및 제73조의 규정은 이 법 시행후 최초로 신청하는 분부터 적용한다라고 규정되어 있어, 이건의 경우 1996. 3. 1.~1997. 2. 28. 사업연도 법인세 과세표준신고기한이 1997. 5. 29. 이므로 조세감면규제법 부칙 제3조 단서조항의 적용을 받는다 할 수 있는 바, 이 건 청구법인이 조세감면규제법 시행령 제70조 제4항의 세액면제 신청서를 지연제출하였고, 조세감면규제법 제73조 제1항의 특별부가세 면제요건을 갖추었으므로 특별부가세 면제대상으로 판단된다.
• 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제81조 / 조세특례제한법시행령 제76조 /