쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부

[이유]

청구법인은 1984.02.15 부터 2001.07.31까지 완구류 제조업 등을 영위하였던 법인으로서, 1993.04.17 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 공장용지 9,917.7㎡(이하 "쟁점토지" 라고 한다)를 취득하여 그 지상에 지상1층 정제염(소금)공장 3,060㎡(이하 "공장" 이라 한다)를 1998.01.24 준공한 후 20일 후인 1998.02.14 쟁점토지와 공장을 청구외 A산업(주)에게 양도하고, 1998.01.01~12.31 사업연도(이하 "1998사업연도" 라고 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점토지 양도에 따른 특별부가세를 구조세감면규제법 제40조의3(재무구조 개선지원 등을 위한 특별부가세 면제) 규정에 따라 감면신청하였다. 처분청은, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 3년 이내인 1996.04.17까지 청구법인의 업무에 직접 사용한 사실이 없고, 실제 건설공사 착공일은 공장시공업체인 청구외 (주)B의 건설공사기성실적증명서 상 착공일이 1997.08.28로 기재되어 있는 사실 등으로 보아 1997.08.28 이후인 바, 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당되므로 1996~1998사업연도 쟁점토지 관련 지급이자 308,071,351원을 손금불산입하고 특별부가세 감면분을 추징하여야 한다는 ○○지방국세청장의 세무조사결과에 따라 2001.11.01 청구법인에게 1998 사업연도 법인세 148,666,710원(감면배제분 특별부가세 추징세액 40,477,350원 포함) 을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.12.19 이의신청을 거쳐 2002.06.28 심사청구하였다.

청구법인은 1995.04.19 동남지역공업단지관리공단(이하 "공단" 이라 한다)과 공단입주계약을 체결하고 1995.05.15 건축허가를 받은 후 청구외 C건업으로부터 중장비 등을 임차하여 청구법인이 직접(직영) 지반평탄작업과 하수도공사를 하였고, 토목공사가 완료된 상태에서 1996.05.08 건축공사 시공사로 청구외 D종합건설(주)를 선정하여 착공신고한 후 건물을 일부 완성하여 상품보관 창고로 사용하기도 하였으나 1997년 5월경 D종합건설(주)의 부도로 1997.08.21 설계변경과 함께 시공사를 다시 (주)B으로 선정하여 2차 건축허가를 받아 공장을 준공하였으나, IMF 등의 여파로 인한 경영상의 어려움으로 금융부채상환을 위해 부득이 쟁점토지 및 공장을 양도하게 되었고, 1995년도에 공사착공하였음은 1995년도 건설가계정 내용 및 1996.03.05 일자 청구외 D종합건설(주)의 각서 내용 즉, 청구법인이 일부 평탄작업 및 하수도공사를 한 것은 청구법인의 권익을 위해 행한 것이므로 청구외 D종합건설(주)로서는 위 공사금액을 공사도급금액에서 감액할 수 없다는 내용 등에 의해서도 확인되고, 공단입주계약신청서에 공장준공예정일이 1996.10.30 되어 있고 입주계약서에는 입주계약체결 후 정당한 사유없이 1년 이내에 공장건설에 착수하지 아니하면 입주계약은 해지된다(제6조)고 규정되어 있음을 볼 때 유예기간 3년을 경과하여 공사착공하였거나 매매목적으로 공장을 신축한 것이 아님은 명백하며, 1997.08.21의 2차 건축허가는 공장 설계변경을 위한 것이고 토목공사 이후의 2차 건설공사 착공일인데도 처분청이 1997.08.21을 사실상 착공일로 보고 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정한 것은 잘못이다. 위와 같이 쟁점토지는 유예기간 3년 이내인 1995년도에 공시착공하였으므로 비업무용부동산에 해당되지 않고, 금융부채상환을 위해 사업용부동산인 쟁점토지를 양도하였는데도 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 지급이자 손금불산입하고 특별부가세 감면배제하여 과세한 처분은 부당하다.

1995.05.15일자 건축허가서는 착공증빙서류가 아니고, 청구법인 스스로 착공일은 1997.08.28 이라고 증명해 준 사실이 시공사인 (주)B의 건설공사기성실적증명서에 의해 확인되는 바, 실제 공사착공일은 1997.08.28 이후이고, 1997.08.21 2차 건축허가를 받은 것을 보아도 1차 건축허가 때에 실제로 공사착공하지 않았음을 알 수 있으며, 청구법인이 주장하는 1995년도에 건설가계정금액은 전액 1996년도에 금형 및 소모품비로 대체되었으므로 공장신축과 관련이 없고, 공장관련 건설가계정은 1997.10.07 처음으로 발생되었음이 결산장부(계정보조부) 등에 의해 확인되는바, 쟁점토지는 유예기간 3년 이내에 업무에 사용하지 않은 비업무용부동산에 해당되고, 특별부가세 감면요건은 사업용부동산이어야 하나, 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당되므로 특별부가세 감면배제함이 타당하다. 따라서, 쟁점토지 관련 지급이자를 손금불산입하고, 특별부가세 감면배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 구 법인세법 제18조의3 (지급이자의 손금불산입) 제1항에는다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(괄호생략)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.라고 규정하면서, 그 제1호에서당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제43조의2(지급이자의 손금불산입) 제1항에는법 제18조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 "비업무용부동산등" 이라 한다)을 말한다.라고 규정하면서, 그 제1호에서부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라고 규정하고 있다.

(2) 구법인세법시행규칙(1997.12.31 총리령 제675호로 개정된 것) 제18조(지급이자의 손금불산입) 제2항에는영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(괄호생략) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. 다만, 각호의 1에 해당하는 토지의 경우에는 당해 토지를 취득한 후 5년(괄호생략) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.이라고 규정하면서, 그 제2호에서공업재치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 규정된 공장용 부지를 규정하고 있고, 같은조 제4항에는다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다.라고 규정하면서, 그 제12호에서매매용 부동산을 규정하고 있으며, 같은조 제7항에는제2항 및 제4항 제12호의 규정을 적용함에 있어서 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)에는 당해 토지(괄호생략)를 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 이 경우 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안에는 비업무용부동산으로 본다라고 규정하고 있고, 같은조 제8항에는제2항 및 제4항 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날(괄호생략)부터 비업무용 부동산으로 본다.라고 규정하고 있으며, 부칙 제1조(시행일)에는이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.라고 규정하고 있고, 부칙 제3조(비업무용 부동산 판정유예기간에 관한 경과조치)에는이 규칙 시행후 최초로 종료하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제3항 제1호 또는 제12호의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 종전의 규정에 의한다.라고 규정하고 있고, 구법인세법시행규칙(1997.12.31 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조(지급이자의 손금불산입) 제3항에는영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 "비업무용부동산등"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.라고 규정하면서, 그 제1호에서「부동산(괄호생략)을 취득한 후 6월(괄호생략) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 다만, 각목의 경우에는 취득한 후 3년이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산

• 가. 생략
• 나. 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 제1호에 규정된 공장용 부지」라고 규정하고 있다.

(3) 구조세감면규제법 제40조의3(법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제) 제1항에는대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다.라고 규정하면서, 그 제1호에서1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제37조의3(법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제) 제6항에는법 제40조의3 제1항 단서 및 동항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사업용부동산" 이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관의 사업에 사용되는 부동산으로 법인세법시행령 제43조의2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 것을 말한다.라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은, 청구법인의 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 3년 이내인 1996.04.17 까지 건설공사 착공하지 않았고, 실제 착공일은 1997.08.28 이후라고 하여 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보고 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서, 조사서 등에 의해 확인된다.

(2) 청구법인은 1995.04.19 공단과 입주계약을 체결하고 1995.05.15 건축허가를 받은 후 1995년도에 청구법인이 직영으로 지반평탄작업과 하수도공사를 하였으므로 유예기간 3년이내에 실제로 공사착공한 것으로 보아야 하고, 1997.08.21 2차 건축허가는 공장설계변경을 위한 것이고 위 토목공사를 완료한 이후에 있었던 2차 건설공사 착공일이며, 매매목적으로 공장을 신축하여 양도한 것도 아니므로 쟁점토지는 비업무용부동산이 아니라고 주장하면서, 공단과 체결한 입주계약서, 1995년도 건설가계정, 청구외 D종합건설(주)와 체결한 건설공사도급계약서(계약서 표지 1장과 각서 1장만 제시함), 이 건 과세이후 건축설계사무소의 청구외 김○○, 종사직원이었다는 청구외 황○○ 등이 작성한 확인서 등을 제시하고 있다.

(3) 위 청구주장에 대해 사실관계 등을 살펴보면, (가) 청구법인은 1995사업연도 건설가계정 343,463,954원 중 6건 13,314,714원은 청구외 C건업에 대한 중장비 임차료 등으로 쟁점토지에 대한 지반평탄작업, 하수도공사비, 공장신축 철구조물 원재료 등이라고 주장하나, 결산서에 첨부된 건설가계정명세서 이외에 청구주장을 확인할 수 있는 아무런 증빙을 제시하지 못하고 있고, 건설가계정 343,463,954원은 전액 1996사업연도 중에 금형 및 소모품비로 계정대체되었음이 1996사업연도 결산서에 의해 확인되는바, 13,314,714원이 쟁점토지와 관련된 건설비용이라는 청구주장은 신빙성이 없어 보인다. (나) 청구법인은 1996.03.05 청구외 D종합건설(주)와 공사도급계약을 체결한 후 계약금(금액언급 없음) 을 주고 공사를 하던 중 (일부 창고건물을 완성하였음) D종합건설(주)의 부도발생으로 공사중단되었고 세금계산서도 받지 못했다고 주장하나, 청구법인의 결산서상 공사선급금 기장내용이 없고, 제시한 공사도급계약서에도 공사선급금이 기재되어 있지 않으며, 국세청 전산조회 결과 청구외 D종합건설(주)는 1998.03.16 1997사업연도 수입금액(외형)이 151억원이라고 법인세 과세표준 및 세액신고한 사업자로서 과세관청이 1998.09.05 직권폐업(폐업일: 1998.02.28) 조치한 법인으로 확인되고, 공사도급계약서에는 공사기간이 1996.03.08 부터 1996.09.08까지로 기재되어 있는데 공사후 약 9개월 후인 1997년 5월경 시공사의 부도로 공사에 대한 세금계산서를 받지 못했다는 청구주장은 일반적인 상거래 관행상 납득하기 어렵고, 이 건 공장을 마지막으로 시공하였다고 주장하는 청구외 (주)B 체결한 공사도급계약서 제시도 없어 청구외 D종합건설(주)의 구체적인 공사진척내역 확인 또한 불가능하다. 위와 같이 공사도급계약서(표지 1장) 이외의 공사시방서 등 구체적인 공사내역이나 공사계약금 지급증빙, 세금계산서, 청구외 (주)B과 체결한 공사도급계약서 등의 제시가 없는 상황에서 청구외 D종합건설(주)가 실지로 창고용 건물을 일부 신축하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (다) 청구법인은 공단과 체결한 입주계약서 제6조 내용 즉, 입주계약 체결 후 정당한 사유없이 1년 이내에 공장건설에 착수하지 아니하면 입주계약은 해지된다는 계약내용 등을 보아도 유예기간 3년을 경과하여 공사착공하였다거나 매매목적으로 공장을 신축한 것이 아님은 명백하다고 주장하나, 당심에서 공단에 사실조회한 결과, 공단은 청구법인이 1997.06.18 입주계약변경신청을 하면서 업종을 당초 유모차·장난감 제조업에서 정제염 제조업으로 업종변경신청하였다고 회신(기업울산 32010-422호, 2002.08.29)하고 있으며, 회신문에 첨부된 1997.06.02일자 업종변경사유서를 보면, 청구법인은 건축허가를 득한 후 착공신고까지 마친 상태에서 불가피하게 건축공사를 중단하게 되었다고 되어 있는 것으로 보아, 청구법인은 착공신고까지만 하였지 입주계약 체결후 1년 이내에 공장건설을 착수하지 않았음을 알 수 있다. (라) 청구법인은 1995년 5월경 건축허가를 받아 일부공사를 완료하여 완성된 건물(창고)에서 1996년부터 상품보관창고 등으로 사용하였다고 주장하면서, 공장설계자인 E건축사사무소의 청구외 김○○, 직원이었다는 청구외 황○○ 등이 이 건 과세이후 작성한 확인서를 제시하나, 당심에서 위 확인자에게 직접 유선확인한 결과 확인사실에 대한 구체적인 답변을 거부하고 있고, 확인서는 당사자간 이해관계에 따라 사후에 임의작성이 가능한 것이어서 객관적인 증빙으로 인정하기 어려운 바, 확인서를 근거로 한 청구주장은 신빙성이 없다 할 것인다. (마) 청구법인은 공장신축을 1995년부터 시작하였다고 주장하나, 이 건 공장관련 건설가계정은 1997.10.07 처음으로 발생하였음이 청구법인의 결산장부에 의해 확인되고, 청구법인이 공장 시공업체인 청구외 (주)B에게 확인하여 준 1997년도 건설공사기성실적증명서에도 공사계약일 및 공사착공일이 1997.08.28로 되어 있는바, 공장을 1995년부터 착공하였다는 청구주장은 신빙성이 없어 보인다.

(4) 전시한 관련법령(구 법인세법시행규칙 제18조 제2항 및 제7항 등)을 모두어 살펴보면, 법인이 공장용지(토지)를 취득한 후 3년이내에 정당한 사유없이 업무에 직접 사용하지 아니하면 당해 토지는 비업무용부동산에 해당되고, 이 때 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때(불명시 착공신고서 제출일)에는 당해 토지를 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 쟁점토지 취득 후 유예기간 3년 이내인 1996.04.17 이전에 실제로 건설공사 착공하였다고 볼 수 있는지 보면, 청구주장처럼 청구법인이 1995년도에 직영으로 지반평탄작업 및 하수도공사를 하였다고 인정하더라도 단순한 부지조성만을 위한 토목공사를 개시한 때를 건설에 착공한 때로 보기 어렵고(같은뜻: 국세청 법인 46012-2623호, 1997.10.13 감사원 감심 1996-60호, 1996.04.02 외 다수), 1996.05.08 착공신고서를 제출하고 1997.08.21 2차 건축허가받은 점, 청구법인 스스로 착공일이 1997.08.28 이라고 공장 시공업체인 청구외 (주)B에게 건설공사 기성실적증명서에 확인하여 준 점, 공장 건설가계정이 1997.10.07 처음으로 발생한 점, 1997.06.02 착공신고를 마친 상태에서 불가피하게 공사중단하게 되었다고 공단에 업종변경사유를 설명하고 있는 점, 구 법인세법시행규칙 제18조 제7항 에서 착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 착공일로 한다고 규정한 점, 건설공사 중단에 정당한 사유가 있었음을 달리 입증하지 못하고 있는 점, 등을 모두어 살펴보면, 실제 착공일은 아무리 빨리 보아도 착공신고서 제출일인 1996.05.08로 밖에 볼 수 없고, 착공일을 1996.05.08로 보면 유예기간 3년(1996.04.17)이 경과되었는 바, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 3년이내에 실제로 건설에 착공하였다고 인정하기 어렵다.

(5) 나아가, 청구법인은 쟁점토지가 매매용부동산이 아니라고 주장하나, 설사 청구주장처럼 유예기간 3년 이내에 실제로 건설공사 착공하였다고 인정하더라도, 청구법인은 청구법인의 사업(완구류 제조업)과 전혀 관련 없는 정제염(소금) 공장을 1998.01.24 신축하여 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지도 않고 준공 20일만인 1998.02.14에 양도하였는바, 쟁점토지는 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제12호 에 규정한 매매용부동산에 해당된다 할 것이다.

(6) 따라서, 쟁점토지는 유예기간 3년 이내인 1996.04.17 이전에 업무에 직접 사용하지 않은 비업무용부동산에 해당되므로 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보고 지급이자 손금불산입하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 한편, 청구법인은 특별부가세 감면배제한 처분은 부당하다고 주장하나, 전시한 관련법령(구조세감면규제법 제40조의3 제1항)에서 살펴본 바와 같이, 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세 면제요건은 당해 부동산이 사업용 부동산이어야 하고 비업무용부동산일 경우에는 감면배제대상임을 알 수 있는 바, 쟁점토지는 앞에서 살펴본 내용과 같이 비업무용부동산에 해당되므로 처분청이 특별부가세 감면배제하여 과세한 처분에도 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제28조 / 법인세법시행령 제53조 / 법인세법시행규칙 제27조 / 조세특례제한법 제37조 / 조세특례제한법시행령 제34조 /