거래당사자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어려우므로 매입세액 불공제한 처분은 정당하며, 실제 운송료를 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 인정되므로 쟁점세금계산서에 대한 매입액을 손금에 산입
거래당사자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어려우므로 매입세액 불공제한 처분은 정당하며, 실제 운송료를 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 인정되므로 쟁점세금계산서에 대한 매입액을 손금에 산입
[이유]
청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 항공 및 육상화물 취급업을 영위하던 법인으로, 1994.01.20 개업하여 1998.12.08 폐업한 법인이다. 청구법인은 1997 사업연도 중에 청구외 A상운 강○○으로부터 운송료 명목으로 73,230,000원의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 2002.01.07 1997년 제1기분 부가가치세 9,519,900원과 1997 사업연도 법인세 18,567,570원을 경정 고지하는 한편, 쟁점세금계산서와 그에 대한 부가가치세를 청구법인의 대표자에게 상여처분하고 소득금액변동통지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.02.01 이의신청을 거쳐 2002.05.30 심사청구하였다.
청구법인은 주로 외국으로부터 수입되는 화물을 화주가 원하는 곳까지 운송하여 주는 항공 및 육상화물 취급업을 영위하던 법인으로, 청구법인이 화주로부터 운송료뿐만 아니라 관세, 수입 부가가치세, 보세창고료, 상차료, 하역료 등을 대신받아 부산지역의 협력업자인 청구외 강□□에게 지급하면, 청구외 강□□이 관세사에게는 통관대행 업무를 하도록 하였고, 화물알선업자인 청구외 한○○에게는 화물운송업자를 통하여 화물을 운송하도록 하였으며, 이에 따른 운송료에 대하여는 청구법인이 매입세금계산서를 수취하는 형태로 영업을 하였다. 청구외 강□□은 청구외 한○○을 통하여 화물을 운송하게 하고 운송료에 대하여 쟁점세금계산서를 교부받아 청구법인에게 건네주었고, 청구법인은 부산지역의 운송업무를 총괄한 청구외 강□□이 건네 준 쟁점세금계산서를 정상적인 세금계산서로 믿고 매입세액 공제 및 손금산입하여 제세를 신고하였던바, 단순히 청구외 강○○이 매출을 부인한다고 하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세하는 것은 부당하다.
쟁점세금계산서의 공급자로 기재되어 있는 청구외 강○○이 쟁점세금계산서의 매출 사실을 부인하고 있는 데 반해, 청구법인은 쟁점세금계산서에 대한 구체적인 거래증빙을 제시하지 못하고 있는 바, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 뿐 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액을 제외한다」고 규정하고 있고 법인세법 제9조 (각 사업연도의 소득) 제1항 및 제3항에서 「① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다」고 규정하고 있으며 같은법 제32조(결정과 경정) 제5항에서 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다고 규정하고 있으며 같은법시행령 제94조의2(소득처분) 제1항에서 「법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다」고 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 부산의 보세구역에서 수입화물을 통관하여 서울 등지로 화물을 운송하여 주는 운송 서비스업을 영위하였던 법인으로, 1994.01.20 사업을 개시하여 1998.12.08 폐업한 법인이다.
(2) 청구법인은 1997 사업연도에 청구외 강○○으로부터 운송료 명목으로 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액 공제 및 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 신고하였으나, 청구외 강○○은 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세를 신고하지 않았다.
(3) 처분청은 청구외 강○○이 쟁점세금계산서에 대한 매출을 신고누락한 것으로 보아 □□세무서장에게 과세자료를 통보하였고, □□세무서장은 동 과세자료에 따라 청구외 강○○에게 부가가치세 8,787,600원을 과세하였다.
(4) 그 후 □□세무서장은 청구외 강○○이 이의신청을 제기하자 이를 심리하여 청구외 강○○이 쟁점세금계산서에 대한 운송용역을 제공하지 않은 것으로 보아 부가가치세를 취소하고 처분청에 과세자료를 반송하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이 건의 과세처분을 하였다.
(5) 청구외 강○○이 □□세무서장에게 이의신청을 제기한 내용을 보면, 청구외 강○○은 청구외 한○○으로부터 화물차(대우11톤 카고트럭) 1대를 7,000,000원에 구입하였고, 청구외 한○○이 위 화물차를 청구외 A상운(주)에 지입하고 사업자등록증을 내준다고 하여 도장, 인감증명서, 주민등록증을 건네주었으나 실제 사업은 영위하지 않았다고 주장하였음이 확인된다.
(6) 국세청전산자료에는 청구외 강○○이 1996.03.01부터 1996.12.31까지 "A상운"이라는 상호로 운수업을 영위한 것으로 나타나고, 아래(표1)과 같이 부가가치세를 신고·납부한 것으로 확인된다. 부가가치세 신고 내역 (표1) (단위: 천원) ┌───────┬──────┬──────┬───────┐ │ 기 별 │ 매 출 │ 매 입 │ 납부한 세액 │ ├───────┼──────┼──────┼───────┤ │ 1996년 제2기 │ 131,008 │ 115,790 │ 1,521 │ ├───────┼──────┴──────┼───────┤ │ 1997년 제1기 │ 신고서 입력되지 않음 │ 1,587 │ └───────┴─────────────┴───────┘ ※ 1996년 제2기 매출 중에는 청구법인과의 거래분 2,320천원이 포함되어 있음
(7) 청구외 강○○이 이의신청시 제시한 차량위탁관리계약서에는 청구외 A상운(주)가 위탁자로 기재되어 있고, 청구외 한○○이 수탁자로 기재되어 있으며, 청구외 강○○이 연대보증인으로 기재되어 있음이 확인된다.
(8) 청구외 강□□은 이 건 심사청구와 관련하여 청구법인으로부터 쟁점세금계산서에 대한 운송료 등을 입금받아 화물알선업자인 청구외 한○○에게 지급한 사실이 있다는 확인서를 제시하며 인감증명서와 은행예금거래내역서 및 입금표를 제시하고 있다.
(9) 청구외 강□□이 제시한 은행예금거래내역서(B은행 부산○○동 지점: 237-02-*)에는 청구법인이 1997.01.03부터 1997.05.28까지 청구법인의 종업원을 통하여 99차례에 걸쳐 2,247,541,995원을 청구외 강□□에게 입금하였음이 확인되고, 1996.07.24부터 1997.07.25까지 청구외 강□□이 청구외 한○○에게 6차례에 걸쳐 34,910,759원을 입금하였음이 확인된다.
(10) 청구외 강□□이 제시한 입금표(3매 18,700,000원, 1997년 분임)에는 공급자란에 A상운 강○○으로 기재되어 있고, 내용란에 운송료로 기재되어 있으며, 영수자란에는 차주배차실 한○○라고 기재되어 있음이 확인된다.
(11) 당심이 청구외 강□□과 통화한 바에 의하면, 청구외 강□□은 청구외 한○○이 운송료를 직접 수금하러 오는 경우에는 운송료를 현금으로 지급하였고, 그렇지 않은 경우에는 PC뱅킹을 통하여 운송료를 지급하였다고 확인하였다.
(12) 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받은 1997 사업연도 매출과 매입에 의한 신고 부가가치율과 업종별 전국평균 부가가치율을 비교하여 보면 아래(표2)와 같다. 부가가율 비교 (표2) (단위: 천원, %) ┌─────┬─────┬─────────┬─────────┐ │ 매 출 │ 매 입 │ 신고 부가가치율 │ 평균 부가가치율 │ ├─────┼─────┼─────────┼─────────┤ │ 532,856 │ 191,655 │ 64.03 │ 62.62 │ └─────┴─────┴─────────┴─────────┘ ※ 매입 중 쟁점세금계산서를 제외시는 부가가치율이 77.79%임
(13) 한편, 청구법인은 운송 서비스업을 영위하는 업체이나 별도의 화물차량을 소유하고 있지 않음이 청구법인의 재무제표에 의해 확인되고, 국세청전산자료에 의하면 청구외 강□□은 화물중개업을 영위한 것으로 나타나며, 청구외 한○○은 다수의 화물운송업체를 운영한 것으로 나타난다. 상기의 사실과 관련법령을 종합하여 심리판단한다. 먼저 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분에 대하여 보면, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법 등에 의한 불이익한 처분을 받지 않는 것이나,
□□세무서장의 이의신청 결정과 같이 청구외 강○○은 이미 실제 사업을 영위하지 않은 것으로 확인된 바 있고, 청구법인은 쟁점세금계산서에 대하여 실제 사업자가 누구인지도 확인하지 아니한 채 단순히 청구외 강□□이 건제 준 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였는바, 청구법인을 거래당사자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기는 어려우므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점세금계산서에 대한 매입액을 가공원가로 보아 손금불산입한 처분에 대하여 보면, 법인이 운송용역을 갑으로부터 제공받고 세금계산서는 을로부터 교부받은 경우, 운송용역을 실제 제공받은 사실이 대금지급 증빙이나 기타 거래정황 등에 의하여 확인된다면 그에 대한 매입액은 운반비로서 손금에 산입되는 것(국심 99중758, 1999.10.01 같은 뜻임)인 바, 청구법인은 운송서비스업을 영위하는 업체이나 별도의 화물차량을 소유하고 있지 않은 것으로 보아 청구법인은 화물운송업자 또는 지입차주에게 운송용역을 의뢰하였을 것으로 추정되고, 쟁점세금계산서에 대한 매입액을 가공원가로 본다면 부가가치율이 77.79%에 육박하여 동업종 평균 부가가치율인 62.62%에 비해 월등히 높은 점, 청구외 강□□의 확인서와 은행거래내역서 및 입금표에 의하면 실제 운송료를 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받았다는 청구법인의 주장은 상당부분 신빙성이 있는 것으로 인정되는 점, 화물업계의 특성상 개개인의 화물운송업자와 직접 운송계약을 체결하지 못하고 화물알선업자를 통하여 운송용역을 제공받고 있는 점 및 거래일로부터 수년이 지난후에야 이 건 과세처분이 이루어졌고 청구법인 또한 이미 폐업하여 쟁점세금계산서에 대한 구체적인 거래증빙을 제시하기가 사실상 어려운 점 등을 종합하여 보건대, 청구법인이 비록 완벽한 거래증빙을 제시하지는 못한다고 하더라도 쟁점세금계산서에 대한 매입액을 실제 지출된 운송료로 보아 손금에 산입하는 것이 납세자의 권리구제 측면에서 볼 때 보다 타당하다고 판단된다.
따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 법인세법 제14조 / 법인세법 제66조 / 법인세법시행령 제106조 /
결정내용은 붙임과 같습니다.