고가유상증자시 특수관계자인 주주의 실권주식을 주주인 법인이 인수한 경우 주식취득가액에서 이익분여액을 제외하는지 여부

○○세무서장이 2002.01.02. 청구법인에게 결정고지한 1997.01.01.~12.31. 사업연도 법인세 44,034,400원은, 특수관계인이 실권한 주식을 시가초과하여 인수한 시과초과액 100,000,000원을 손금산입 유보처분하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구외 ○○산업(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)는 1997.12.27. 자금조달목적으로 16억원(160,000주, 주당 1만원)을 유상증자하였으며, 유상증자시 청구법인은 특수관계에 있는 기존주주인 청구외 유○○이 실권한 주식 5만주를 재배정받아 유상증자에 참여하였다. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 청구외 유○○이 실권한 주식 50,000주를 1주당 시가(평가액) 8,000원을 초과한 10,000원(발행가액)에 인수한데 대하여 시가초과금액 합계 1억원(이하“쟁점분여이익”이라 함)을 청구법인이 청구외 유○○에게 이익분여한 것으로 보아 부당행위계산부인 익금산입하여(동 금액에 대하여 손금산입 △유보 처분하지 아니함) 2002.01.02. 청구법인에게 1997사업연도 법인세 44,034,400원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.04.06. 심사청구하였다.

• 가. 청구외법인의 유상증자시 특수관계자인 청구외 유○○이 실권한 주식을 재배정 받아 인수한 시점에는 법인소득에 대한 조세부담을 감소시키지 않았고, 익금이란 당해법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말하는 바, 증자대금의 납입시점에는 법인의 순자산을 중가시키지도 않아 이로 인한 수익 또한 발생되지도 아니하였으므로 실권주식 인수시점에 법인세를 과세할 근거가 없다.
• 나. 법인세 예규(461012-3127(1999.08.10) 및 법인세법 기본통칙(4-4-10...32)에서 “법인세 특수관계에 있는 법인으로부터 주식을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우에는 당해 주식의 시가를 초과하는 금액에 대하여는 소득처분규정에 따라 익금산입 사외유출처분 하고 동 금액을 손금산입 유보로 소득처분하는 것이며 이 경우 손금산입 유보처분된 금액에 대하여는 당해주식을 양도하는 시점에 익금산입하는 것이다." 라는 뜻으로 과세시점에 대하여 명확히 해석하고 있음에도 같은 유형의 거래에 대하여 이를 달리 적용한 처분청의 처분은 부당하다.
• 다. 신주고가인수에 의한 이익분여액은 투자유가증권의 취득원가를 구성함으로써 법인과세소득에 아무런 영향을 주지 않고 있음에도 처분청이 쟁점분여이익을 익금에만 산입하여 과세함으로써 조세부담이 소득과 대응되지 않으며, 또한 쟁점분여이익을 손금에 산입하지 않으므로써 투자유가증권의 취득가액을 과대계상하는 결과가 되어 회계관행에도 맞지 아니하다. 따라서 처분청이 쟁점분여이익을 익금에 산입하고 기타사외유출로 처분함과 동시에 동 금액을 다시 손금산입하고 유보처분하여 세무계산상 투자유가증권의 취득원가를 감액 조정하였다가 당해주식을 처분할 때 과세하여야 함에도 동 분여이익을 익금에만 산입하여 당해주식을 취득하는 시점에 과세한 것은 미실현이익에 대한 과세처분으로 부당하다.

구 법인세법 시행령 제37조 제3항 에 의한 취득가액을 계산함에 있어서 같은법 시행령 제46조 제2항 제4호에 규정하는 『출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입...』한 경우에는 시과초과액을 취득가액에서 제외한다고 규정하고 있어 손금산입 △유보 처분하여야 하나, 이건 처분의 근거가 되는 규정인 같은법 시행령 제46조 제2항 제9호의 『기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것...』인 경우에는 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있지 않으므로, 쟁점분여이익을 익금산입 기타사외유출 처분만 하고 손금산입 △유보 처분하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계인이 실권한 주식을 시과초과하여 인수한 실권주식(자산)의 취득가액과 관련하여 법인세를 부당행위계산부인 시점인 자산 취득시 과세할 것인지 자산처분시 과세할 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령
• 가. 실권주 고가인수 관련 부당행위계산부인 규정

(1) 1998년 12월 31일 개정 전

• 가) 구 법인세법 시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】

② 법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 시가를 초과하는 가액으로 현물출자 하거나 그 자산을 과대상각한 때

4. 출자자등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

9. 기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때

(2) 1998년 12월 31일 개정 후 현행 가) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

• 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

• 나. 자산의 취득가액관련 규정

(1) 1998년 12월 31일 개정 전

• 가) 구 법인세법 시행령 제37조 【자산의 취득가액등】

① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에..... 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은...비용합계액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 정상가액

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 제12조 제1항 제10호의 규정에 의하여 수익으로 보는 금액을 포함하며, 자산의 평가차익 중 제12조 제1항 제5호의 규정에 의하여 수익으로 보지 아니하는 금액과 제46조 제2항 제4호의 규정에 의한 시가초과액은 포함하지 아니한다.

(2) 1998년 12월 31일 개정 후 현행 가) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1......... 현재가치할인차금

2......... 지급이자로 계상한 금액

3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액 ※ 취득가액 차감항목으로 자본거래(8호)에 의한 분여이익은 열거하지 않음

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인이 1997.12.27. 자금조달목적으로 총 16억원(총 160,000주)을 액면가액(주당 10,000원)으로 증자하였으며 증자관련 지분변동은 다음과 같다. 주식수, % 주주명 증자전 신주인수 실권주ㆍ재배정 증자후 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 재배정 주식수 지분율 합계 40,000 100.0 160,000 100.0 96,000 96,000 200,000 100.0 유○○ 30,000 75.0 40,000 25.0

• - 70,000 35.0 전○○ 4,000 10.0

• -

• - 4,000 2.0 (주)○○ 6,000 15.0 60,000 37.5 36,000 36,000 66,000 33.0 청구법인

• - 60,000 37.5 60,000 60,000 60,000

30.

(2) 청구외법인의 증자 당시 대주주인 청구외 유○○과 청구법인은 구 법인세법 시행령 제46조 제1항 에 규정된 특수관계자이고, 청구외 유○○은 증자금액의 25%인 40,000주만 인수하고 나머지 80,000주는 실권하였으며, 청구법인은 청구외 유○○의 실권주 중 50,000주를 주당 10,000원에 재배정받아 인수하였음이 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 상속세 및 증여세법 시행령 제29조 제2항 에 의하여 증자후 청구외법인의 1주당 가액을 8,000원(증자전 1주당 평가액은 0원임)으로 평가하였으며, 청구법인이 청구외 유○○의 실권주(50,000주)를 인수한데 대하여 증자후 1주당 평가액과 발행가액(10,000원)과의 차액합계 1억원(1주당 차액2,000원×50,000주)을 청구법인이 청구외 유○○양에게 이익을 분여한 것(이점에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다)으로 보아 부당행위계산부인 익금산입하고 기타사외유출 처분하여 청구외 유○○에게 증여세 과세하였으나 손금산입 유보처분 하지 않고 법인세를 경정고지 하였음이 법인세경정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

(4) 실권주 고가인수에 대한 부당행위계산부인 및 자산의 취득가액 관련 규정을 살펴보면,

1998. 12. 31. 개정 전 법인세법 시행령 제46조 (부당행위계산의 부인)에서는 실권주 고가인수 관련 사안을 부당행위계산의 부인유형으로 규정하지 않아 같은조 제2항 제4호(출자자등으로부터 자산을 고가매입)의 규정이나 제9호(기타 출자자등에게 분여한 이익)의 규정을 유추 적용하여 왔고, 자산의 취득가액 등과 관련하여서는 같은법 시행령 제37조 제3항에서 출자자등으로부터 자산을 고가로 매입한 경우의 시가초과액만을 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있었으나, 1998.12.31. 개정 전 법인세법 시행령 제46조 (부당행위계산의 부인)에서는 실권주 고가인수 관련 사안을 부당행위계산의 부인유형으로 규정하지 않아 같은조 제2항 제4호(출자자등으로부터 자산을 고가매입)의 규정이나 제9호(기타 출자자등에게 분여한 이익)의 규정을 유추 적용하여왔고, 자산의 취득가액 등과 관련하여서는 같은법 시행령 제37조 제3항에서 출자자등으로부터 자산을 고가로 매입한 경우의 시가초과액만을 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있었으나, 1998.12.31. 법인세법 시행령을 개정하면서 제88조 제1항 제8호 나목에 『법인의 증자에 있어서 신주를 배정 받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우』를 부당행위계산의 부인유형으로 새로이 규정하였고, 자산의 취득가액과 관련하여 같은법 시행령 제72조 제3항 각호에서 자산의 취득가액 제외항목으로 같은법 시행령 제88조 제1항 제1호에 고가매입에 의한 시가초과액만 열거하고 제8호 나목의 실권주 고가인수에 의한 시가초과액은 열거하지 아니하고 있다. 그렇다면, 이 건 실권주 고가인수행위가 비록 1998. 12. 31. 개정전의 사안이나 실권주 인수에 대한 부당행위계산부인 규정의 입법취지 등에 비추어 볼 때 시가초과액을 취득가액에서 차감하지 아니하고 이익을 분여한 법인에게 실권주를 취득한 시점에서 익금가산 법인세를 과세하여야 할 것이다.

(5) 그러나, 실권주 고가인수에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세함에 있어 1998.12.31. 이전에는 그 규정(자산의 고가매입으로 볼 것인지 기타 출자자등에게 이익분여로 볼 것인지)이 명확하지 않아 관행적으로 실권주 고가인수로 인한 시가초과액을 취득가액에서 차감하여 취득시 손금산입 유보처분하고 당해주식 처분시 익금산입하여 법인세를 과세하여 왔는바, 이 건의 경우도 1998.12.31. 개정전 사안으로 새로운 해석규정의 적용에 따른 과세상의 혼란과 납세자의 권익보호 등을 위해 종전의 관행에 따라 쟁점분여이익은 익금산입 기타사외유출 처분함과 동시에 다시 손금산입유보처분하여 세무계산상 투자유가증권의 취득가액을 감액 조정하였다가 당해 주식을 처분할 때 법인세를 과세함이 타당하다고 판단된다. 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.