계산서미교부가산세 부과 당부

[주문]

○○○세무서장이 2001.12.3. 청구법인에게 결정고지한 2000.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 602,175,760원은 계산서미교부가산세 11,445,790원을 가산세에서 제외하고 경정합니다. [이유]

청구법인은 1999. 3. 18. 청구법인 소유의 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 공장용지 등 5필지 7,633㎡(이하 쟁점토지"라고 한다)와 같은 곳 ○○번지 지상2층 건물 3,026.46㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 총 53억원에 양도하기로 청구외 이○○과 매매계약을 체결하고, 2000.10.12.에는 잔금등 18억원을 받지 못했음에도 청구외 ○○수지연합 제1지역 주택조합(조합장은 당초 매매계약 체결자인 청구외 이○○임)에게 쟁점토지(쟁점건물 제외)의 소유권을 이전하여 주었고, 잔금등은 2002.1.3.에 이르러서야 청산되었며, 총 양도가액 53억원 중 쟁점토지 양도가액을 임의방법으로 안분계산하여 3,716,045,250원으로 보고 2000.1.1. ~ 12.31. 사업연도(이하 "2000사업연도"라고 한다) 법인세 신고. 납부(쟁점토지 양도차익의 일부에 대해서는 조세특례제한법 제36조 에 의거 금융기관의 부채상환에 따른 특별부가세 감면신청함)하고, 매수자에게 공급가액이 3,716,045,250원으로 기재된 토지분 계산서를 교부하고 매입처별계산서합계표를 제출하였다. 처분청은 쟁점토지 양도가액을 3,716,045,250원이 아닌 4,860,624,957원으로 보아야 한다는 국세청 감사지적에 따라, 과소신고한 쟁점토지 처분이익 1,144,579,707원(4,860,624,957원 - 3,716,045,250원)을 익금에 산입하고, 금융기관 부채상환에 따른 특별부가세 감면세액을 재계산하고, 쟁점토지분 계산서과소교부한 1,144,579,707원에 대한 계산서미교부가산세(미교부금액의 1%)를 적용하여 2001.12.3. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 602,175,760원(특별부가세 감면배제분 172,944,830원 및 계산서미교부가산세 11,445,790원 포함)을 결정. 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 3. 7. 심사청구하였다.

• 가. 부동산 매매대금은 계약시점에서 결정되고, 2000.12.29. 개정된 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제1호 에서 토지. 건물가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산하도록 규정하고 있으며, 2000.12.29 개정된 법인세법시행령 제141조 또한 위 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 동 준용규정은 2000.12.29. 개정되었으나 이는 창설적 규정이 아닌 훈시적 규정으로 보아야 할것이므로 2000년도 양도분인 쟁점토지에도 적용되는 바 쟁점토지 양도가액은 계약당시의 기준시가로 안분계산하여야 하고, 만약, 처분청 의견처럼 쟁점토지는 2000년도 기준시가로 안분계산하고 쟁점건물은 2002년도 기준시가로 안분계산하게 되면 토지. 건물양도가액 합계금액이 총 양도가액 53억원이 나올 수 없는 모순이 있는 바, 이러한 모순이 발생하지 않는 방법은 매매계약당시를 기준으로 안분계산하는 것이고, 매매계약당시(1999.3.18)를 기준으로 안분계산하면 쟁점토지 양도가액은 4,674,273,136원(이건 심리중인 2002.10.30. 모사전송기로 제출한 금액임)인데도 처분청이 4,860,624,957원으로 보고 과세한 처분은 잘못이므로 쟁점토지 양도가액을 4,674,273,136원으로 하여 재경정하여야 한다.
• 나. 청구법인은 나름대로 방법으로 안분계산하여 토지양도가액을 3,716,045,250원으로 보고 쟁좀토지 양도에 대한 계산서를 교부하였는데 단순한 안분계산 방법의 차이로 발생한 금액(1,144,579,707원)에 대해 불성실을 바탕으로 하는 계산서미교부가산세를 과세함은 잘못이고, 토지분 계산서 제출규정은 부동산등기제도가 있고 특별부가세 신고의무로 인해 과세자료가 전면 노출되기 때문에 2001년도말 폐지되었는 바, 이건 계산서미교부가산세는 취소하여야 한다.

• 가. 구 법인세법시행령(2000.12.29.개정전) 제141조 제2항에서 토지등을 함께 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 양도당시의 기준시가로 안분계산하도록 규정하고 있으므로, 쟁점부동산 총양도가액 53억원을 쟁점토지 양도일(소유권이전등기일)인 2000.10.12.의 토지. 건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지 양도가액을 4,860,624,957원으로 보고 과세한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 구 법인세법 제121조 (2000.12.29. 개정전) 제1항에서 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서를 교부하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 쟁점토지를 양도하고도 계산서과소교부한 1,144,579,707원에 대해 계산서미교부가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 총 양도가액은 확정되었으나, 토지. 건물 양도가액의 구분이 불분명하여 기준시가로 안분계산할 경우에 적용할 기준시가는 계약당시 기준시가인지 아니면 양도당시 기준시가인지 여부 및

② 위 안분계산 잘못으로 토지양도에 대한 계산서를 과소교부한 경우, 계산서미교부가산세 대상인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

(1) 쟁점토지 양도당시의 법인세법(1999.12.28. 법률 제5581호로 개정된것) 제99조 [과세표준] 제2항에는 『 법인이 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다.(이하생략)』라고 규정하고 있고, 같은법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17733호로 개정되기 전의 것) 제141조 [기준시가의 산정] 제2항에는 『 법 제99조 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다.

1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 방법

2. (이하 생략)』라고 규정하고 있으며, 위 조항은 2000.12.29. 대통령령 제17733호로 『법 제99조 제5항의 규정을 적용함에 있어서 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 그 각액은 부가가치세법시행령 제48조 2 제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 한다.』라고 개정되었고, 법인세법 부칙(2000.12.29. 법률 제6293호로 개정된 것) 제14조 [특별부가세에 관한 적용례] 에는 『제99조. 제102조 및 제104조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.』라고 규정하고 있고, 법인세법시행령 부칙 제1조 양도하는 분부터 적용한다.』라고 규정하고 있고, 법인세법시행령 부칙 제1조 [시행일]에는 『이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다 』라고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 [과세표준의 안분계산] 제4항에는 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.』라고 규정하고 있고, 위 조항은 2000.12.29. 대통령령 제17041호로 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. (이하생략)』라고 개정되었고, 같은법시행령 부칙 제1조 [시행령]에는 『이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다 』라고 규정하고 있다. (3) 법인세법 제76조 [가산세] 제9항에서는 『 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.』라고 규정하면서, 그 제2호에서 『제121조 제3항의 규정에 의하여 매출. 매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 』라고 규정하고 있고, 같은법 제121조 [계산서의 작성. 교부 등] 제3항에는 『 법인은 제1항 내지 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 "매출·매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.』 같은법시행령 제164조 [계산서의 작성. 교부 등] 제1항에는 『 소득세법 시행령 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.3.18. 쟁점토지 및 쟁점건물(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 총 53억원에 양도하기로 청구외 이○○과 매매계액을 체결하였다가, 2000.10.7. 에는 매수자를 당초 청구외 이○○에서 청구외 ○○수지연합 제1지역 주택조합(조합장은 청구외 이○○임)으로 변경하고, 총 양도대금 53억원 중 잔금등 18억원(잔금 14억원, 지체배상금 4억원)에 대한 약정일을 2000.12.20.로 변경하였으며, 2000.10.12.에는 잔금등 18억원에 대해 주택조합이 보증인이 되고, 청구외 박○○ 및 주택조합장인 청구외 이○○이 연대보증인이 되어 채무이행보증하겠다는 채무이행보증서를 받았으며, 2000.12.12.에는 잔금 등 18억원을 받지 못했음에도 쟁점토지(쟁점건물 제외)의 소유권을 청구외 ○○수지연합 제1지역 주택조합에도 이전등기하여 주었으며, 잔금 등은 당초 잔금약정일인 2000.12.30. 이 아닌 2002.1.3.에 이르러서야 청산되었음이 부동산매매계약서, 등기부등본, 매매대금 지급내역, 채무이행보증서 등에 의해 확인된다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산의 총 양도가액 53억원 중 쟁점토지의 양도가액을 세법에도 없는 임의방법으로 안분계산하여 3,716,045,250원으로 보고 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고한데 대해, 국세청 감사관은 양도된 토지의 가액이 불분명한 경우에 당해 토지의 양도가액은 구 법인세법시행령(2000.12.29.개정되기 전의 것)제141조 제2항 제1호에 의하여 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 쟁점부동산 총 양도가액 53억원을 쟁점토지 기준시가 2,840,003,000원과 쟁점건물 기준시가 256,721,400원에 비례하여 안분계산하면 쟁점토지 양도가액은 4,860,624,957원이므로 과소신고한 쟁점토지 양도차익 1,144,579,707원(4,860,624,957원 - 3,716,045,250원)에 대해 이건 법인세(특별부가세 및 계산서 미제출가산세 포함)를 과세하여야 한다고 처분청에 시정지시하였고, 처분청은 동 지시에 따라 청구인에게 이건 법인세를 과세하였음이 법인세결정결의서, 국세청 감사관의 시정지시 공문에 의해 확인된다.

(3) 청구법인이 국세청장에게 이건 청구주장과 같은 내용 즉, 토지는 2000년도에 양도하고 건물은 2002년도에 양도한 경우에 토지. 건물의 양도가액 안분계산방법에 대해 질의한데 대해, 국세청장은 2002.4.18. 토지양도가액은 2000.12.29. 개정되기 전의 구 법인세법시행령 제141조 제2항 에 의하여 계산하는 것이고, 2002년도에 양도한 건물양도가액은 총 양도가액에서 위 토지양도가액을 차감한 가액으로 하는 것이라고 청구법인에게 회신(국세청 서이 46012-10826호, 2002.4.18)하였으며, 청구법인은 2002.1.3. 쟁점부동산의 잔금을 청산하면서, 쟁점건물 매각분의 세금계산서를 공급가액 439,375,044원(총 양도가액 53억원에서 처분청이 분 쟁점토지 양도가액 4,860,624,957원을 차감한 금액과 같은), 세액 43,937,504원으로 하여 매수인에게 교부하였음이 세금계산서 사본, 질의회신문 등에 의해 확인된다.

(4) 청구법인은 이건 심리중인 2002.10.31. 쟁점부동산의 총 양도가액 53억원을 매매계약당시(1999.3.18)를 기준(쟁점토지 2,137,480,000원, 쟁점건물 625,726,864원)으로 안분계산하면 쟁점토지 양도가액은 4,674,273,136원이라고 주장하나, 동 안분계산방법은 쟁점부동산 양도당시의 관련법령인 구 법인세법시행령(2000.12.29. 개정되기 전의 것) 제141조 제2항 제1호에 의한 양도당시 기준시가로 안분계산한 것이 아니라 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 개정되기 전의 것)제48조의2 제4항에 근거하여 토지. 건물의 가액을 모두 지방세법상의 1999년도 시가표준액을 기준으로 하여 안분계산한 방법이고, 청구주장처럼 계약당시(1999.3.18)의 기준시가(쟁점토지 3,022,291,000원 ~ 1999년도 공시지가는 1999.6.30. 고지되었으므로 계약당시인 1999.3.18. 현재의 기준시가는 1998녀도 공시지가를 적용하여야 함, 쟁점건물 261,163,980원)를 기준으로 안분계산하면 쟁점토지 양도가액은 4,878,441,275원이 되어 처분청이 본 4,860,624,957원보다 17,816,318원 더 많음(이는 양도당시 공시지가가 계약당시 공시지가보다 허락하였기 때문임)을 알 수 있다.

(5) 먼저, 청구법인은 쟁점토지 양도가액을 양도당시가 아닌 계약당시의 기준시가로 안분계산한 금액으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 전시한 나. 관련법령에서 본 바와 같이, 이건 납세의무 성립당시 관련법령인 구 법인세시행령(2000.12.29일자로 개정되기 전의 것) 제141조 제2항 등에서 토지. 건물의 양도가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가로 안분계산하도록 규정하고 있고, 청구법인이 주장하는 계약당시의 기준시가로 안분계산하는 방법은 2001. 1. 1.이후 양도하는 부동산부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 2000.10.12. 양도한 쟁점토지는 관련법령에 의거 양도당시의 기준시가로 안분계산하여야 할 것이고(같은 뜻: 국세청 서이46012-10826호 2002.4.18), 설령, 계약당시의 기준시가로 안분계산하여야 한다는 청구주장이 맞다고 하더라도 계약당시의 기준시가로 안분계산하면 쟁점토지 양도가액은 4,878,441,275원이 되어 처부청이 양도당시 기준시가로 안분계산한 4,860,624,957원보다 17,816,318원 더 많아 추가 과세문제가 발생함을 알 수 있고, 심사청구결정을 함에 있어서는 국세기본법 제79조 의 불이익변경원칙에 의거 청구결정을 함에 있어서는 국세기본법 제79조 의 불이익변경원칙에 의거 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다. 따라서, 쟁점토지 양도가액을 계약당시의 기준시가로 안분계산하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(6) 다음으로, 청구법인은 안분계산 잘못으로 토지양도에 대한 계산서를 과소교부한 경우까지 계산서미교부가산세를 부과함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 청구법인은 매수인이 주택조합이라는 특수한 사정 때문에 조합장 등으로부터 채무이행보증서를 받고 부득이 잔금청산(2002.1.3)이전에 쟁점토지의 소유권만을 이전하여 주어 쟁점토지 양도시기(2000.10.12)와 쟁점건물 양도시기(2002.1.3)가 다를 수 밖에 없었고, 쟁점토지 양도에 따른 계산서를 전혀 교부하지 않은 것이 아니라, 총양도가액 53억원 중 쟁점토지 양도가액을 3,716,045,250원으로 안분계산하여 계산서를 교부하였으며, 상속세법 및 증여세법에서는 신고한 재산으로서 평가가액의 차이로 인한 과소신고금액에 대해서는 가산세를 부과하지 않고 있고, 토지등 부동산 거래의 경우 부동산등기 자료에 의해 과세자료가 충분히 노출되고 있으며, 토지양도에 따른 계사서 교부의무는 2002.1.1.이후 공급분부터 면제되어 가산세 부과대상에서 제외된 점 등 입법의 합목적성이나 피해의 최소성원칙 등을 고려할 때, 단순히 토지양도가액 안분계산 잘못으로 인해 과소교부한 금액에 대해서까지 계산서미교부가산세를 부과할 수는 없다고 판단된다. [관련법령] 법인세법 제99조 / 법인세법시행령 제141조 / 부가가치세법시행령 제48조의2 / 법인세법 제76조 / 법인세법 제121조 / 법인세법시행령 제164조 /