감면 소득 구분계산 시 지급이자의 귀속

[주문]

○○세무서장이 2001. 12. 1 청구법인에게 한 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 법인세 8,217,140원과 농어촌특별세 △1,120,720원, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 법인세 9,492,040원과 농어촌특별세 △1,525,820원의 각 부과처분은 감면사업과 기타사업의 소득금액을 구분계산함에 있어,

1. 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 운전자금과 관련된 지급이자 127,284,689원, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 운전자금과 관련된 지급이자 207,853,844원을 감면사업과 기타사업의 공통손금으로 하고,

2. 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 유형자산처분익 12,926,819원과 유형자산처분손 32,676,972원과, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 유형자산처분손 26,390,437원은 기타사업의 개별익금과 손금으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다. [이유]

청구법인은 제조업(감면대상 사업으로서 방전가공용전극선을 제조)과 상품판매와 임대수입(기타사업)을 겸업하는 중소기업으로서 1996. 2월 사업장을 ○○시 ○구 ○○동 XXX-X번지에서 수도권외 지역에 해당하는 같은구 □□동 XXX-X번지로 이전하고, 구 조세감면규제법 제46조의 규정에 따라 법인세 신고시 감면되는 사업과 기타사업에서 발생한 소득금액을 구분계산함에 있어 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도의 지급이자 253,087,849원과 유형자산처분손 32,676,972원을 공통손금으로, 유형자산처분익 12,926,819원은 감면사업의 개별익금으로, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 지급이자 362,825,007원은 공통손금으로, 유형자산처분손 26,390,437원은 감면사업의 개별손금으로 하여 구분계산 신고하였다. 처분청은 청구법인의 지급이자가 감면사업의 개별손금에 해당된다고 보아 감면소득을 재계산하여 2001. 12. 1 청구법인에게 법인세 17,709,180원(1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 8,217,140원, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 9,492,040원)과 농어촌특별세 △2,646,540원(1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 △1,120,720원, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 △1,525,820원)을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 3. 18 심사청구하였다.

• 가. 감면사업의 소득을 구분계산함에 있어 청구법인의 차입금은 어느 특정사업에 사용된 것이 아니라 영업활동 전반에 사용된 것이므로 이에 대한 지급이자는 공통손금에 해당되는 것이고, 처분청이 이를 개별손금으로 구분하기 위하여는 이 차입금이 감면사업에 사용되었음을 입증하여야 함에도 이러한 입증없이 지급이자를 개별손금으로 분류하여 감면소득을 구분계산한 것은 부당하며,
• 나. 유형자산처분손과 처분익을 감면사업의 개별분과 공통손금으로 각각 구분 계산하여 신고한 당초 내용은 착오에 의한 것임에도 처분청이 이를 신고 인정하였으므로 이를 기타사업의 개별분으로 다시 계산하여 당초처분을 경정하여야 한다.

청구법인은 지급이자가 영업활동 전반에 걸쳐 운용된 공통손금이라 주장하지만 법인세 신고서의 차입금명세와 같이 제조업에 사용되는 시설자금의 차입과 관련된 것이므로 감면사업 개별손금으로 구분하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 감면소득 구분계산시 지급이자를 개별손금으로 볼 것인지 공통손금으로 볼 것인지 여부,

2. 기타사업의 개별손금과 익금으로 구분되는 유형자산처분손과 처분익을 당초 감면사업의 개별분 및 공통분으로 신고하고 이를 경정처분시 신고인정한 경우 당초신고 내용을 불복청구로 인한 본안심리 대상으로 볼 것인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

1. 조세감면규제법 제46조【지방이전중소기업에 대한 세액감면】(1998. 12. 28 법률 제5594호로 개정되기 전의 법, 이하 같다)

① 수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 2) 법인세법 제64조 의 2【구분경리】 소비성서비스업ㆍ부동산업 또는 기타의 사업을 함께 영위하는 법인은 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 3) 법인세법시행령 제69조 【공통손익의 계산 등】

① 법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 재정경재부령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다. 4) 법인세법시행규칙 제25조 【공통손익의 계산방법】

① 영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 이외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 같다)이 없는 경우나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (각호 생략)

② 제1항에 규정하는 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

③ 영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여, 청구법인이 감면사업인 제조업과 기타사업인 상품판매업ㆍ부동산임대업을 겸영하고 있으므로 여기에서 발생한 지급이자도 공통손금으로 분류하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

• 가) 청구법인은 중소제조업체로서 1996. 2월 사업장을 수도권외의 지역으로 이전한 후에 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도와 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도에 발생한 소득에 대하여 구 조세감면규제법 제46조 규정에 의하여 법인세신고시 감면사업에 대한 법인세 감면신청을 하였고 이 점에 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.
• 나) 감면사업과 기타사업의 소득을 구분함에 있어, 영업외 수익과 영업외 비용의 계정과목별 금액에 대한 당초 신고내용과 경정내역 및 매출내역은 아래 표와 같음이 처분청의 조사내용과 당초신고내용에 의하여 확인된다. -영업외수익 (단위: 원) ┌───┬───┬─────┬───────────────────┐ │ │ │ │ 신고 │ │ 연도 │ 구분 │ 계정과목 ├──────┬─────┬──────┤ │ │ │ │ 합계 │ 감면 │ 기타 │ ├───┼───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ │ 외환차익 │ 71,745,058│71,278,257│ 196,801│ │ │ 개별 │자산처분익│ 12,926,819│12,926,819│ │ │ 97 │ │ 이자수익 │ │ │ │ │ ├───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자수익 │ 38,397,479│ │ │ ├───┼───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 개별 │ 이자수익 │ 139,587,845│ │ 139,587,845│ │ 98 ├───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 공통 │외환차익등│ 109,362,817│ │ │ └───┴───┴─────┴──────┴─────┴──────┘ ┌───┬───┬─────┬───────────────────┐ │ │ │ │ 경정 │ │ 연도 │ 구분 │ 계정과목 ├──────┬─────┬──────┤ │ │ │ │ 합계 │ 감면 │ 기타 │ ├───┼───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ │ 외환차익 │ 71,745,058│71,278,257│ 196,801│ │ │ 개별 │자산처분익│ 12,926,879│12,926,879│ │ │ 97 │ │ 이자수익 │ 38,397,479│ │ 38,397,479│ │ ├───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자수익 │ │ │ │ ├───┼───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 개별 │ 이자수익 │ 139,587,845│ │ 139,587,845│ │ 98 ├───┼─────┼──────┼─────┼──────┤ │ │ 공통 │외환차익등│ 109,362,817│ │ │ └───┴───┴─────┴──────┴─────┴──────┘ -영업외비용 (단위：원) ┌───┬───┬─────┬────────────────────┐ │ │ │ │ 신고 │ │ 연도 │ 구분 │ 계정과목 ├──────┬──────┬──────┤ │ │ │ │ 합계 │ 감면 │ 기타 │ ├───┼───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 개별 │ 외환차손 │ 26,589,335│ 26,589,335│ │ │ │ │ 이자비용 │ │ │ │ │ 97 ├───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자비용 │ 253,087,849│ │ │ │ │ │자산처분손│ 32,676,972│ │ │ ├───┼───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ │연구개발비│ 177,084,004│ 177,084,004│ │ │ │ 개별 │자산처분손│ 26,390,437│ 26,390,437│ │ │ 98 │ │ 이자비용 │ │ │ │ │ ├───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자비용 │ 362,825,007│ │ │ └───┴───┴─────┴──────┴──────┴──────┘ ┌───┬───┬─────┬────────────────────┐ │ │ │ │ 경정 │ │ 연도 │ 구분 │ 계정과목 ├──────┬──────┬──────┤ │ │ │ │ 합계 │ 감면 │ 기타 │ ├───┼───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 개별 │ 외환차손 │ 26,589,335│ 26,589,335│ │ │ │ │ 이자비용 │ 248,533,184│ 248,533,184│ │ │ 97 ├───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자비용 │ │ │ │ │ │ │자산처분손│ 32,676,972│ │ │ ├───┼───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ │연구개발비│ 177,084,004│ 177,084,004│ │ │ │ 개별 │자산처분손│ 26,390,437│ 26,390,437│ │ │ 98 │ │ 이자비용 │ 362,825,007│ 362,825,007│ │ │ ├───┼─────┼──────┼──────┼──────┤ │ │ 공통 │ 이자비용 │ │ │ │ └───┴───┴─────┴──────┴──────┴──────┘ -청구법인의 매출 내역 (단위：원) ┌──────────┬───────┬───────┐ │ 구분 │ 97년 │ 98년 │ ├──────────┼───────┼───────┤ │상품매출 등(기타분) │ 869,370,463│ 887,948,174│ ├──────────┼───────┼───────┤ │ 제품매출(감면분) │ 7,794,864,791│10,299,468,071│ ├──────────┼───────┼───────┤ │ 계 │ 8,664,235,254│11,187,416,245│ └──────────┴───────┴───────┘
• 다) 처분청은, 청구법인이 1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 말에 산업기술자금 12억원, 기타 1,364,500천원, 계 2,564,500천원의 장기차입금을, 1998. 1. 1∼12. 31사업연도 말에 운전 무역금융으로 7억원의 단기차입금과, 산업기술자금 12억원, 시설기금 794,725천원, 기타 526,000천원, 계 2,520,725천원의 장기차입금을 각각 부채로 계상하면서 차입금 명칭을 주로 산업기술자금과 시설기금 등으로 기재하고 있는 점을 들어 지급이자 전액을 감면사업의 개별손금으로 구분계산하여 이 건 과세하였다.
• 라) 세액감면제도에 있어 감면소득의 범위는 엄격히 해석하여야 할 것인바, 차입금에 대한 지급이자는 그 이자의 발생장소에 따라 구분하거나 그 이자전액을 공통손금으로 구분할 수 없으며, 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실판단하여 과세하는 것(같은 뜻, 법인세법기본통칙 2-1-14…8)이므로, 위의 차입금이 감면사업에 직접 사용되었는지 여부를 살펴보면, 시설기금 794,725천원은 시설투자에 직접 사용된 것이므로 이는 감면사업과 관련된 차입금으로 볼 것이나, 다른 차입금들 중 산업기술자금 12억원은 은행의 대출관리자료(6y라는 코드로서 이는 운전자금을 관리하는 코드임)와 청구법인의 제예금 장부에서 즉시 전액이 인출되지 않고 수시로 소액으로 나누어 인출된 사실에서 감면사업과 기타사업에 공통으로 사용된 것으로 판단되고, 나머지 차입금 역시 직접 감면사업에 사용되었다는 것을 처분청이 입증하지 못하고 있는 점으로 보아 감면사업과 기타사업에 공통으로 사용된 운전자금으로 판단된다. 따라서 시설기금 등 시설목적의 차입금을 제외한 나머지 차입금의 지금이자 335,138,533원(1997. 1. 1∼12. 31 사업연도 127,284,689원, 1998. 1. 1∼12. 31 사업연도 207,853,844원, 별지참조)을 감면사업과 기타사업에 공통으로 사용된 것으로 안분계산 하여야 할 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여, 고정자산처분익 및 고정자산처분손은 감면사업이든 기타 사업이든 어떠한 사업부분에서 발생된 것인지를 따지지 아니하고 기타사업의 개별손익으로 구분하는 것이 타당하며(같은 뜻, 법인세법기본통칙 2-1-14…8), 이는 감면사업에 사용하던 고정자산을 처분한 경우에도 동고정자산의 처분손은 감면사업이 아닌 기타사업(과세사업)의 손금으로 구분(같은뜻 국심 2000부 1828, 2000. 10. 16, 같은 뜻임)하는 것이므로, 고정자산처분손익은 이를 과세사업의 개별손금과 익금으로 구분계산하여야 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세감면규제법 제46조/ 법인세법 제64조 의 2/ 법인세법시행령 제69조 / 법인세법시행규칙 제25조 /