사업손실준비금과 기부금이 감면소득에 대응하는 개별손금에 해당하는지 여부

[이유]

청구법인은 ○○광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 트랜스. 모타코아 제조업을 영위하는 법인으로서, 1999.5.1. ~ 2000.4.30. 사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서를 제출하면서, 조세특례제한법 제8조의2 에 규정한 사업손실준비금 1,300,000,000원을 감면소득과 기타소득의 공통손금으로 보아 손금산입하고, 영업외 비용중 사내복지기금출연금(기부금) 143,030,000원에서 소득금액계산상 손금불산입된 법인세추납액 9,712,966원을 차감한 133,317,034원을 공통손금으로 보아 각각 공통손금 차감전 경상이익을 기준으로 안분하여 중소제조업특별세액감면 81,965,108원을 받았다.

○○지방국세청에서 청구법인에 대한 서면분석을 하면서 사업손실준비금 등 이 감면소득의 개별손금에 해당함에도 이를 공통손금으로 보아 과다하게 중소제조업에 대한 특별세액감면을 받았다하여, 중소제조업 특별세액 감면 추가납부안내문을 송부하였으나 수정신고를 하지 아니하자, ○○지방국세청장은 사업손실준비금과 기부금을 감면소득에 대응하는 손금에 해당함에도 공통손금으로 보아 법인세 24,978,340원을 과다하게 감면을 받은 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다. 처분청은 통보받은 과세자료에 의하여 2001.12.10. 청구법인에게 1999.5.1.~2000.4.30. 사업연도 법인세 31,210,430원을 경정고지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 3. 6. 심사청구를 하였다.

• 가. 사업손실준비금의 소득구분에 대하여 조세특례제한법제8조의2 규정에 의한 사업손실준비금은 당해 등록법인이 중소기업에 해당하는 한 업종의 구분에 불구하고 소득금액의 50% 범위 내에서 손금으로 계산할 수 있는 것이며, 청구법인에게 사업손실준비금을 설정한 것은 준비금을 설정하기 전까지 계산한 중소제조업과 관련된 감면소득과 기타소득 각각의 비율을 기준으로 계산하는 것이므로, 청구법인의 당초 감면소득과 기타소득으로 구분계산기준은 적당하며 수입금액을 기준으로 사업손실준비금을 공통손금으로 계상하여 중소제조업 특별세액감면액을 안분. 재계산하여 고지결정한 것은 부당하다.
• 나. 기부금의 소득구분에 대하여 청구법인이 소득구분계산상 공통분으로 구분한 영업외비용 항목은 손익계산상의 기부금에서 손금불산입된 법인세추납액을 차감한 잔액을 계상한 것이고, 법인세법제24조 및 동법시행령 제35조에서 기부금은 당해 법인의 사업과 관계없이 무상으로 지출하는 금액으로 규정하고 있을 뿐더러 사실상의 성격도 업무와는 직접관련이 없는 것이고, 공통손금으로 간주할 경우 청구법인의 경우 개별손금이 없는 경우에는 적절한 배부기준을 적용하여야 한다는 법인세법시행규칙 제76조 제6항 에 단서규정에 따라 청구법인이 적용한 바 있으며 적용할 수 있는 유일한 기준인 "공통손금 차감 전 경상이익"이 합리적임에도, 처분청이 기부금을 감면소득의 개별손금으로 보아 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 배제한 처분은 부당하다.

• 가. 사업손실준비금 및 기부금아 공통손금에 해당하는지 여부

(1) 감면사업과 기타사업을 영위하는 법인의 감면사업소득과 기타사업소득의 구분은 조세특례제한법 제143조 및 법인세법 제113조 의 규정에 의하도록 하고 있으며, 세무기준은 법인세법기본통칙(2-1-14...8)의 규정에 예시되어 있는데, 청구법인의 경우 수입금액이 100% 제조업에서 발생하고 있으며 기타사업으로 구분된 기타소득도 사업과 직접적인 관련이 없는 영업외수익인 이자수입, 유형자산처분이익으로 구성되어 있고,

(2) 이는 사업손실준비금의 설정대상 소득으로 보기 어려우므로 사업손실 준비금을 개별손금 또는 공통손금 계상여부에 관계없이 소득구분 계산의 기준이 되는 수입금액 기준으로 안분계산함이 타당하며, 수입금액이 발생하지 않는 기타소득에 대하여 소득이 차지하는 비율에 의하여 사업손실준비금을 설정하는 것은 입법취지에도 부합되지 않으므로, 1,300,000,000원 전액을 감면 사업의 손금으로 구분하여 감면세액 재계산하는 것이 타당하다.

(3) 그리고, 일반적으로 공통손금의 구분계산의 기준은 수입금액 또는 개별손금 비례에 의하여 구분함이 타당하며, 기타사업의 수입금액 및 개별손금이 없는 청구법인의 경우에는 공통손금이 발생할 여지가 없는 것이므로, 전액 감면사업의 손금으로 계상하여 소득구분 계산하고 감면소득 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

(4) 기부금 또한 청구법인의 경우처럼 기타사업의 수입금액 및 개별손금이 없는 경우에는 공통손금이 발생할 여지가 없는 것이며, 청구법인의 기타소득으로 구분된 소득도 사업과 직접적인 관련이 없는 영업외수익인 이자수입, 유형자산처분이익으로 구성되어 있으므로 기부금을 전액 감면사업의 손금으로 계상하여 소득구분 계산하고 감면소득 안분계산함이 타당하므로 청구법인의 주장은 이유가 없다할 것이다.

• 가. 쟁점 사업손실준비금과 기부금이 감면소득에 대응하는 개별손금에 해당하는지를 가르는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제7조 [중소제조업 등에 대한 특별세액감면]

① 제조업. 부가통신업. 연구 및 개발업. 방송업. 엔지니어링사업. 정보처리 및 컴퓨터은용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 같은법 제8조의2 [현회등록중소기업에 대한 사업손실준비금의 손금산입]

① 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업현회에 등록된 중소기업(이하 이 조에서 "협회등록중소기업"이라 한다)이 사업손실을 보전할 목적으로 준비금(이하 이 조에서 "사업손실준비금"이라 한다)을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액의 100분의 50의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.(1999. 8. 31 신설)

(3) 같은법 제73조 [기부금의 손금산입특례]

① 내국인이 2000년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 과세연도의 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제하거나 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.(1998.12.28 개정)

1. ~ 2.: 생략

3. 사내근로복지기금법에 의하여 기업이 종업원의 복지증진을 위하여 사내근로복지기금에 지출하는 기부금(1998. 12. 28 개정)

(4) 같은법 제143조 [구분경리]

① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제55조의2 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제104조의9, 제121조의2, 제121조의4, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제122조, 제122조의2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.(2002. 4. 20 개정)

(5) 같은법시행령 제136조 [구분경리]

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조 의 규정을 준용한다.(1998.12.31 개정) (6) 법인세법 113조 [구분경리]

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.(1998.12.28 개정)

(7) 같은법시행령 제156조 [구분경리] 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.(1998.12.31 개정)

(8) 같은법시행규칙 제75조 [구분경리의 범위]

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.(1999.05.24 개정)

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.(1999.05.24 개정)

(9) 같은법시행규칙 제76조 [비영리법인의 구분경리]

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.(1999.05.24 개정)

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산(1999.05.24 개정)

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산(1999.05.24 개정)

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산(1999.05.24 개정)

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.(1999.05.24 개정)

(9) 감면사업과 기타사업 겸영시 사업손실준비금 손금산입에 있어 소득구분계산은 동 준비금을 공통손금으로 보아 감면 및 기타사업의 개별손금에 따라 안분 계산한다.(같은법 법인46012-540, 2001.3.12)

(10) 중소기업특례세액감면을 위한 구분경리시, 당해 감면사업과 직접관련되어 발생한 환율조정차 상각과 기부금은 당해 감면사업의 개별손금으로 한다.(서이46012-10627,2001.11.28.)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1999.5.1. ~ 2000.4.30. 사업연도 법인세신고시 중소제조업 특별세액감면(조세특례제한법제7조)을 81,965,108원으로 하여 법인세과세표준 및 세액신고서를 처분청에 신고하였다. (나) 처분청은 청구법인이 법인세신고시 사업손실준비금 1,300,000,000원 및 사내복지기금출여금(기부금) 143,030,000원에서 소득금액계산상 손금불산입된 법인세추납액 9,712,966원을 차감한 133,317,034원은 전액이 감면소득과 관련된 비용이라 하여 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 받은 법인세중 24,978,340원을 세액감면배제하고 이에 대한 가산세 6,282,090원을 포함한 31,210,430원을 과세한 것으로 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 판단 (가) 조세감면규제법 제7조 제1항에는 제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다라고 규정하고, 조세감면규제법시행규칙 제116조에 제7조의 규정의 적용을 받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다라고 규정하고 있다. (나) 법인세법 제113조 제1항 에 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산. 부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다라고 규정이고, 법인세법 제156조 에 법제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산. 부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다라고 규정하고 있다. (다) 조세특례제한법 제8조의2 제1항 에 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록된 중소기업이 사업손실을 보전할 목적으로 준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액의 100분의 50의 범위안에서 이를 설정하여 손금에 산입할 수 있으나, 이는 준비금설정에 대한 기준일 뿐이고, 감면소득을 계산함에 있어서는 당해 법령에서 정한 사업에서 발생한 소득인지 여부를 판단하여야 할 것이다. (라) 중소제조업특별세액감면규정을 적용함에 있어서, 청구법인은 감면사업(제조업)만을 영위하고 있으므로 사업손실준비금은 감면사업과 기타사업을 영위하는 경우 공통손금으로 보도록 하고 있으나, 청구법인의 경우 감면사업외에 기타사업을 영위하지 아니하고 있으므로 당연히 감면소득에서 차감하여 과세한 처분청의 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다. (마) 기부금이 감면소득의 개별손금에 해당하는지 살펴보면, 중소제조업등에 대한 특별세액감면은 당해 제조업 등에서 발생한 소득을 말함으로 수입이자는 감면대상 소득에 포함 안되는 것(같은 뜻 재조세46070-46, 1998.2.20)으로, 당해 감면사업과 직접관련 되어 발생한 기부금은 당해 감면사업의 개별손금(서이46012-10627.2001.11.28.)에 해당하는 것이므로 보고 있으므로, 청구법인의 쟁점기부금이 감면사업과 직접관련이 있는지 여부에 따라 결정하여야 할 것으로 판단된다. (바) 사업과 직접 관련없이 지출한 기부금은 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금에 해당한다고 한 것(같은 뜻 재법인46012-58, 02.3.26)은 그 전체 조건이 사업과 관련없이 직접 지출된 것을 의미하는데, 이건은 법률에 의하여, 즉 사내근로복지기금법에 의해 지출되었기 때문에 사업과 직접 관련이 있다고 보아야 함으로 감면소득(제조업)에 대응되는 개별손금으로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 당초 처분청의 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없는 것으로 인정되므로, 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 제8조 2/ 조세특례제한법 제73조 / 조세특례제한법 제143조 / 조세특례제한법시행령 제136조 / 법인세법 113조 / 법인세법시행령 156조 / 법인세법시행규칙 75조 / 법인세법시행규칙 76조 /