사업의 포괄양도・양수의 경우 면세분 계산서합계표 미제출시 가산세 대상인지

[이유]

처분청은 청구법인이 1999.10.31 자동차부품 제조업체인 ○○○○주식회사 ○○공장(이하 “청구외법인” 이라 한다)으로부터 부가가치세 면세대상인 토지 등에 대한 공급가액 24,847,273,000원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)의 계산서를 교부받고, 매입처별계산서합계표를 법정기한(매년 1월 31일)내에 미제출하였으므로, 쟁점금액의 100분의 1에 상당하는 쟁점가산세를 적용하여 법인세로 징수하여야 한다는 ○○지방국세청 감사지적에 따라, 2001.10.15 1999사업연도 법인세 248,472,730원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.12.05 심사청구하였다.

청구법인은 외국투자기업으로서 1999.10.31 청구외법인의 사업과 관련된 인적, 물적 자산과 부채 및 권리와 의무를 포괄적으로 양수하여 (세금)계산서를 교부받아야 할 의무가 없었으나, 추후 과세관청과의 다툼을 미연에 방지하고자 청구외법인으로부터 (세금)계산서를 교부받아 부가가치세를 환급받았고, 청구외법인은 청구법인으로부터 거래징수한 부가가치세를 신고·납부 하였으며, 부가가치세법상 사업양도시 재화의 공급으로 보는 경우는 사업양도자가 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부한 경우만 해당되므로, 부가가치세 면세대상인 토지 등의 포괄양도는 재화의 공급으로 볼 수 없다 하겠고, 또한 사업의 양도에 해당하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하므로 토지에 대하여 계산서를 교부할 의무가 없다고 할 것(재법인 46012-181, 2001.10.17)인 바, 사업의 양도에 해당하는 쟁점금액의 토지 등을 재화의 공급으로 보아 매입처별계산서합계표 미제출가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 부과함은 부당하다.

청구법인은 청구외법인으로부터 자동차부품 제조업을 포괄적으로 양수하였으나 공장건물 등 부가가치세 과세대상에 대하여는 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액 18,918,392,700원에 대하여 조기환급받은 사실이 있으며 부가가치세법상 사업양도에 해당하면 재화의 공급으로 보지 아니하나, 사업양도자가 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부한 경우에는 재화의 공급으로 보도록 규정되어 있으며, 법인세법에서도 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서를 작성하여 교부하고 법인은 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표를 매년 1월 31일까지 제출하도록 규정하고 있고 또한, 청구법인의 사업양수도 계약서 및 대금지급내역을 보면, 토지와 건물에 대하여 별개의 거래가 아닌 단일거래인 것이 확인되므로, 토지 등 거래분도 재화의 공급으로 봄이 타당하다 할 것인 바, 부가가치세가 면제되는 토지 등의 일부분에 대하여만 재화의 공급이 아닌 사업양도로 보아야 한다는 청구주장은 별도의 예외규정이 없으므로, 청구법인이 매입처별계산서 합계표를 제출하지 않은데 대하여 가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이건의 다툼은 부가가치세법상 사업의 양도에 해당되나 사업양수자가 부가가치세 과세 및 면세분에 대한 세금계산서와 계산서를 교부받고 면세분인 쟁점금액의 토지 등에 대해 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에, 부가가치세가 면세되는 토지 등을 재화의 공급이 아닌 사업의 양도로 보아 쟁점가산세의 부과대상에서 제외할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법(1998.12.28 법률제5581호 개정) 제76조(가산세) 제9항에서납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.고 규정하고 있으며, 제2호에서는제121조 제3항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우를 규정하고 있다. 같은법 제121조(계산서의 작성·교부 등) 제1항에서법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.고 규정하고, 제3항에서는법인은 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.고 규정하고 있다. 부가가치세법(1998.12.28 법률 제5585호 개정) 제6조(재화의 공급) 제1항에서재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.고 규정하고, 제6항에서는재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것(사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다)은 재화의 공급으로 보지 아니한다.고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제17조(담보제공과 사업양도) 제2항에서법 제6조 제6항의 규정에 의한 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다.고 규정하고, 제3항에서는법 제6조 제6항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999.10.06 설립된 자동차부품 제조업체로서 1999.10.31 청구외법인의 공장건물·부지 등을 280,870,200,000원에 포괄적으로 양수한 사실이 영업양수도계약서 등 관련서류에 의해 알 수 있고, 부가가치세법 제6조 제6항 의 규정에 의한 사업의 양도에 해당된다는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 당사자간에 다툼이 전혀 없는 것으로 확인된다.

(2) 사업양도자인 청구외법인은 자동차부품 제조사업과 관련된 인적, 물적 자산과 부채 등 모든 권리와 의무를 포괄적으로 청구법인에게 양도하여 부가가치세법 규정에 의한 재화의 공급에 해당하지 않아, 공장건물·부지 등에 대한 세금계산서 및 계산서의 교부의무가 없다할 것이나, 1999.10.31 공장건물 등에 대한 공급가액 189,183,927,000원의 세금계산서를 교부하고 동 금액의 10%에 상당하는 부가가치세를 거래징수하여 1999년 제2기분 부가가치세 확정신고시 신고납부하였으며, 또한 공장부지 등에 대한 공급가액 24,847,273,000원의 계산서를 교부하고 매입처별계산서합계표를 납세지관할세무서장에게 제출하였고, 청구법인은 청구외법인으로부터 공장건물 등에 대한 세금계산서를 교부받아 1999.11.25 부가가치세 조기환급신고하여 환급받았으며, 교부받은 공장부지 등 계산서의 매입처별합계표를 2000.01.31까지 처분청에 제출하지 아니하여 이건 과세처분에 이르게 되었는바, 이에 대하여 살펴본다.

(3) 법인이재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하며, 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표를 매년 1월31일까지 납세지관할세무서장에게 제출하여야 하고, 이를 이행하지 아니한 경우에 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하도록 법인세법에 규정되어 있고, 사업양도의 경우재화 또는 용역을 공급하는 때에서 제외한다는 별도의 규정은 없으나, 재무부에서 사업의 포괄양도의 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하므로 토지분에 대한 계산서를 교부할 의무가 없다고 해석(재법인 46012-181, 2001.10.17)하고 있음을 알 수 있다.

(4) 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도는 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 대한 부가가치세액이 크며, 양수자는 거의 예외없이 매입세액으로서 공제받을 것이 예상되는 거래에 대하여 매출세액을 징수하도록 하는 것은 국고에 아무런 도움이 없이 사업의 양수자에게 불필요한 자금부담을 주게 되어 이를 지양하도록 하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에서 연유한다 할 것(같은취지：대법 82누86, 1983.06.28)이고, 부가가치세법 제6조 제6항 에서 규정한 사업양도의 경우 원칙적으로 재화의 공급으로 인정되지 않으나, 그 내용이 다양하고 사실판단사항이 많아 양도자가 과세거래로 보고 세금계산서를 교부한 경우에 양수자는 매입세액공제를 부인당하게 되는 등 납세자가 불이익을 받게 되는 문제점을 개선하기 위해, 1999.01.01 이후 공급분부터 사업의 양도에 해당되더라도 양도자가 세금계산서를 교부하고 거래징수한 부가가치세를 예정 또는 확정신고시 신고납부한 경우에는 재화의 공급으로 인정하는 특례규정에 불과한 것으로, 사업양도 사실 자체를 인정하지 않겠다는 것은 아닌 것으로 봄이 타당하다고 하겠다.

(5) 또한, 계산서의 작성·교부 및 제출의무는 납세의무에 관한 것이 아닌 그 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기 위한 것으로, 일반적인 신고·납부의무 해태에 대한 가산세 규정과는 달리 과세관청에서 해야 할 업무를 단순히 도와주는 조세행정상의 납세협력의무라고 할 것이며, 특히, 토지·건축물 등 부동산 거래에 대하여는 등기신청서 부본을 세무서별로 전산입력·관리하고 있어 별도로 계산서를 수집·관리할 필요성이 적고, 법인세법 제76조 제5항 (가산세), 같은법시행규칙 제79조(지출증빙서류의 수취 특례) 제6호 및 제8호의 규정을 보면 법인이 재화 또는 용역을 공급받고 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 법인세(증빙불비가산세)로 징수하나, 토지 및 건물분 거래에 대해서는 가산세 대상에서 제외하고 있는 점을 감안하여, 2002.01.01 이후 최초로 토지 및 건축물 공급분부터 계산서 교부 및 합계표 제출의무가 면제되는 것으로 관련법령이 개정되었음을 알 수 있다.

(6) 사업양도에 해당하더라도 사업양도자가 세금계산서 및 계산서를 교부하고 거래징수한 세액을 신고납부한 경우에는 사업양도에서 제외되는 것이고, 교부받은 계산서의 매입처별합계표를 익년 1월 31일까지 제출하는 것이 원칙이나, 청구법인은 청구외법인의 자산과 부채 및 권리와 의무를 포괄적으로 양수하여 당초부터 세금계산서 및 계산서를 교부받지 않아도 되었으나, 추후 과세관청과의 다툼을 방지할 목적으로 교부받은 것에 불과할 뿐 청구법인이 세금계산서 및 계산서를 교부받았다 하여 사업양도 자체의 본질이 바뀌는 것은 아니라 할 것이며, 매입처별계산서합계표 미제출가산세의 경우 과세자료의 양성화에 그 주된 목적이 있는 바, 토지 등 부동산 거래의 경우 등기자료에 의하여 과세자료가 충분히 노출되고 있으며, 또한 2002.01.01 이후 공급분부터 계산서 가산세 부과대상에서 제외된 사실 등 입법의 합목적성이나 피해의 최소성 원칙 등을 고려하여 판단할 때, 청구법인이 청구외법인으로부터 토지 등에 대한 계산서를 교부받아 매입처별계산서합계표를 법정기한내에 제출하지 아니하였다 하여 그에 대한 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 법인세를 과세한 당초처분은 부당한 것으로 보인다. [참조판례] 재법인 46012-181, 2001.10.17 [관련법령] 법인세법 제121조 / 법인세법 제76조 / 부가가치세법 제6조 / 부가가치세법시행령 제17조 /