특별부가세 과세대상인 부동산과다보유법인의 주식인지 여부

[주문] ㅇㅇ세무서장이 2001.9.5 청구법인에게 결정고지한 1999.1.1∼1999.12.31 사업연도 법인세 128,787,460원 및 1999년 과세연도 증권거래세 11,876,700원은

1. ㅇㅇ레저(주)의 주식 25,500주 양도차익을 특별부가세 과세대상에서 제외하여 특별부가세 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다. [이유]

청구법인은 밸브류를 제조하여 수출하고 있는 사업자로서, 청구외 ××건설산업주식회사(이하 "××건설"이라 한다)로부터 골프장 영위법인인 청구외 ㅇㅇ레저주식회사의 주식 25,500주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 1,792,762,011원에 취득한 후 청구외 □□종합건설 주식회사(이하 "□□건설")에게 2,040,000,000원에 양도하여 유가증권 처분이익이 247,237,989원 발생하였다고 1999사업연도 법인세를 신고하고도 특별부가세 및 증권거래세는 신고하지 않았다. 처분청은 청구외 ㅇㅇ레저 주식회사(이하 "ㅇㅇ레저(주)"라고 한다)는 부동산과다보유법인이므로 쟁점주식의 양도는 특별부가세 과세대상이고, 쟁점주식 양도가액을 2,159,400,000원으로 보아야 한다는 국세청 감사지적에 따라, 유가증권 처분이익 119,400,000원(처분청이 본 양도가액 2,159,400,000원에서 청구인이 신고한 양도가액 2,040,000원을 차감한 금액임)을 익금에 산입하여 2001.9.5 청구법인에게 1999.1.1∼1999.12.31 사업연도 법인세 128,787,460원(특별부가세 80,266,220원 포함) 및 증권거래세 11,876,700백만원 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.11.29 심사청구하였다.

• 가. ㅇㅇ레저(주)는 자산총액 중에서 부동산이 차지하는 비율이 50%미만이므로 쟁점주식은 특별부가세 과세대상이 아니다.
• 나. 청구인이 계약조건을 이행하지 못하였다고 하여 ××건설이 쟁점주식의 명의개서를 해주지 않아 주식양수도가 이루어지지 않았고, 현재 □□건설이 ××건설을 상대로 쟁점주식의 인도를 요구하는 민사소송을 제기하여 재판중에 있으므로 법원의 최종판결에 따라 쟁점주식의 양수도 여부를 따져야 하며, 쟁점주식 양도와 관련하여 받은 금액은 주식양수도 행위가 무효이기 때문에 주식양도대금이 아니라 채권(권리금) 성격으로 받은 것임에도 청구법인이 쟁점주식을 취득하여 양도한 것으로 보고 특별부가세 및 증권거래세를 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 부동산과다보유법인의 부동산 보유비율을 계산할 때, 골프장 코스조성비등의 건설중인 자산은 부동산에 포함되는 것이므로 ㅇㅇ레저(주)의 1998.12.31 현재 대차대조표상의 건설중인 자산 49,655,632,986원을 부동산에 포함하여 부동산 보유비율을 계산하면 84.0%로서 쟁점주식은 특별부가세 과세대상이다.
• 나. 청구법인 스스로 쟁점주식을 취득하여 양도한 것으로 법인세 신고하였고, 주권이면서 주주명란에 청구법인명이 기재되어 있으며, 쟁점주식의 양수자인 □□건설에게 쟁점주식의 양도대금을 반환한 사실도 없으므로 청구법인이 쟁점주식을 취득하여 양도한 것으로 보고 특별부가세 및 증권거래세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점주식이 특별부가세 과세대상인 부동산과다보유법인의 주식인지 여부 및

② 쟁점주식이 양도되었다고 보고 증권거래세를 과세한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 (가) 법인세법(2000.2.3 법률 제6259호로 개정된 것, 이하 같다) 제99조 (과세표준) 제1항에는 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다라고 규정하면서, 그 제4호에서 주식 또는 출자지분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

• 가. (생략)
• 나. 주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성·특정자산의 보유현항 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 것라고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제2조 (적용례)에는 이법은 이법 시행후 최초로 특별부가세의 과세표준을 신고하거나 특별부가세를 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다라고 규정하고 있다. (나) 법인세법시행령 제139조 (토지 등의 범위) 제10항에는 법 제99조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 소득세법시행령 제158조 제1항 제1호·제4호 및 제5호에 규정된 자산(괄호생략)을 말한다.라고 규정하고 있다. (다) 소득세법시행령 제158조 (기타자산의 범위) 제1항에는 법 제94조 제5호에서 "기타자산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.라고 규정하면서, 그 제5호에서 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식등을 양도하는 경우의 당해 주식등
• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인
• 나. 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 의한 골프장업·(중간생략)·부동산개발업으로서 재경부령이 정하는 사업을 영위하는 법인라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 제1항 제1호 가목 및 동항 제5호 가목의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법시행령 제77조 의 규정에 의한 이연자산의 금액(이하 생략)]라고 규정하고 있다. (라) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위)에는 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 3.∼4. (생략)

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 자산(이하 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득라고 규정하고 있다. (마) 소득세법시행규칙 제76조 (부동산과다보유법인의 범위등) 제1항에는 영 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는지의 여부는 양도일 현재의 당해 법인의 자산총액을 기준으로 이를 판정한다. 다만, 양도일 현재의 자산총액을 알 수 없는 경우에는 양도일이 속하는 해의 직전 과세연도말의 자산총액을 기준으로 한다.라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 먼저, 이 건 과세경위를 살펴보면 청구법인은 아래표와 같이 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 ◎◎공업(주) 및 ☆☆제약(주)와 함께 골프장 영위법인인 ㅇㅇ레저(주) 총발행주식 75,000주(액면가액 1만원)을 ××건설로부터 총 4,981,053천원에 취득하였다가 □□건설에게 총 60억원에 양도하여 쟁점주식 양도에 따른 유가증권 처분이익이 247,237,989원 발생하였다고 1999사업연도 법인세를 신고하고도 특별부가세 및 증권거래세를 신고하지 않았다. 이에 대하여, 처분청은 국세청 감사지적에 따라 쟁점주식을 특별부가세 과세대상인 부동산과다보유법인의 주식으로 보고 쟁점주식의 양도가액을 아래표와 같이 취득가액 비율로 재계산한 2,159,400,000원으로 보고 유가증권처분이익 119,400,000원을 익금에 산입하여 이 건 법인세(특별부가세 포함)등을 과세하였음이 감사결과 처분지시, 결정결의서, 조사복명서 등에 의해 확인된다. (단위:%,천원) ┌──────┬─────────┬────────────────────────┐ │ │ │ 양도가액(총액에 대해서는 다툼없음 │ │ │취득가액(다툼없음)├──────────────┬─────────┤ │ 법인명 │ │ 청구법인 등(법인세 신고) │ 처분청 결정 │ │(특수관계자 ├─────┬───┼─────┬───┬────┼─────┬───┤ │다툼없음) │ │ │ │ │ 비율 │ │ 비율 │ │ │ 금액① │ 비율 │ 금액② │주식수│ │ 금액③ │(취득 │ │ │ │ │ │ │(합의서)│ │비율) │ ├──────┼─────┼───┼─────┼───┼────┼─────┼───┤ │ 청구법인 │ 1,792,762│ 35.99│ 2,040,000│25,500│ 34 │ 2,159,400│ 35.99│ ├──────┼─────┼───┼─────┼───┼────┼─────┼───┤ │◎◎공업(주)│ 1,421,285│ 28.54│ 1,980,000│24,750│ 33 │ 1,712,400│ 28.54│ ├──────┼─────┼───┼─────┼───┼────┼─────┼───┤ │☆☆제약(주)│ 1,767,006│ 35.47│ 1,980,000│24,750│ 33 │ 2,128,200│ 35.47│ ├──────┼─────┼───┼─────┼───┼────┼─────┼───┤ │ 합 계 │ 4,981,053│ 100% │ 6,000,000│75,000│ 100% │ 6,000,000│ 100% │ └──────┴─────┴───┴─────┴───┴────┴─────┴───┘ (단위:%,천원) ┌──────┬─────────────────┐ │ │ 유가증권 처분손익 │ │ 법인명 │ (총액에는 변동없음) │ │(특수관계자 ├─────┬─────┬─────┤ │다툼없음) │청구법인④│ 처분청⑤ │ 차 액 │ │ │ (②-①) │ (③-①) │ (⑤-④) │ ├──────┼─────┼─────┼─────┤ │ 청구법인 │ 247,238│ 366,638│ 119,400 │ ├──────┼─────┼─────┼─────┤ │◎◎공업(주)│ 558,716│ 291,115│△267,600 │ ├──────┼─────┼─────┼─────┤ │☆☆제약(주)│ 212,994│ 361,194│ 148,200 │ ├──────┼─────┼─────┼─────┤ │ 합 계 │ 1,018,947│ 1,018,947│ 0 │ └──────┴─────┴─────┴─────┘ (나) 청구법인과 청구외 ◎◎공업(주) 및 ☆☆제약(주)(이하 청구법인, ◎◎공업(주), ☆☆제약(주)를 "청구법인등"이라 한다)는 특수관계자에 해당되고, 청구법인등이 ㅇㅇ레저(주)의 총발행주식 75,000주를 ××건설로부터 총 4,981,053천원이 취득하여 □□건설에게 총 60억원에 양도하였으며, 청구법인 등이 양도가액 총 60억원을 청구법인등 사이에 작성(작성일: 1999.5.10)된 합의서상의 지분비율에 따라 배분한데 대해, 처분청이 양도가액을 취득가액 비율로 재계산하여 청구법인에게 유가증권 처분이익 119,400,000원을 익금에 산입하여 법인세 48,521,240원(특별부가세 80,266,200원 제외)을 과세한데는 청구법인과 처분청 사이에 다툼은 없다. 다만, 청구법인은 ㅇㅇ레저(주)는 부동산과다보유법인이 아니고, 양도가액 2,159,400,000원은 주식거래대금이 아니라 채권(권리금 성격)이므로 특별부가세 및 증권거래세 과세는 부당하다고 주장하고 있다. (다) 골프장 영위법인인 청구외 ㅇㅇ레저(주)의 1998.12.31 현재 자산은 토지 20,267,897,551원(공시지가는 21,943,989,338원임이 보유토지명세서에 의해 확인된다), 건물 30,991,292원, 건설중인 자산 49,655,632,986원, 개업비 17,394,595,505원, 자산총계 100,997,035,062원임이 ㅇㅇ레저(주)의 대차대조표에 의해 확인되고, 전시한 (1)의 관련법령에서 살펴본 소득세법시행령 제158조 제3항 에 따라 1998.12.31 현재 ㅇㅇ레저(주)의 자산총액 및 부동산 보유비율을 계산하면, 자산총액[장부상 자산총계-(토지 장부가액-토지공시지가)-이연자산]은 85,278,531,344원이고, 부동산 보유비율은 "{토지가액(기준시가)+건물가액(장부가액)}÷위 자산총액"으로 계산하면 25.8%이나, "{토지가액(기준시가)+건물가액(장부가액)+건설중인 자산}÷위 자산총액"으로 계산하면 84.0%임을 알 수 있고, 위 방법으로 1999.12.31 현재를 기준으로 부동산 보유비율을 계산하면 각각 28.5%, 92.5%임을 알 수 있다. (라) 처분청은, 1998.12.31 현재 골프장 영위법인인 ㅇㅇ레저(주)의 건설중인 자산 49,655,632,986원을 부동산으로 보고 부동산 보유비율을 계산한 결과, 그 비율이 84.0%(1999.12.31 현재는 92.5%)이므로 쟁점주식은 특별부가세 과세대상이라고 주장하나, 특별부가세 과세대상인 "기타자산"에 관한 관련법령을 보면, 소득세법시행령 제158조 제1항 에서 자산가액 즉, 부동산에 대하여 법 제94조 제1호 및 제2호의 자산가액으로 규정하고 있고, 소득세법 제94조 제1호 는 건설중인 자산에 대해서는 규정하고 있지 않고, 같은법 같은조 제3항에서 토지의 경우에는 장부가액이 아닌 기준시가로 자산가액을 게산함을 알 수 있는 바, 설령 건설주인 자산이 토지에 대한 자본적지출에 해당된다 할지라도 토지를 기준시가로만 계산하기 때문에 건설중인 자산은 부동산 보유비율 계산에 아무런 영향을 미치지 않음을 알 수 있다. 따라서, 부동산 보유비율 계산시 건설중인 자산은 자산가액 즉 부동산에 포함되지 않는다.(같은뜻: 국세청 심사양도 1999-4195, 1999.6.25 ; 국세심판원 국심 1998부3171, 1999.8.13 ; 재경부 재일 46014-1218, 1995.5.19 ; 국세청 재산 46014-89, 1995.3.8외 다수) 위 사실관계 등을 종합하면, ㅇㅇ레저(주)는 부동산 보유비율이 80%미만(1998.12.31 현재 25.8%, 1999.12.31 현재 28.5%)으로서 부동산과다보유법인이 아님을 알 수 있음에도, 처분청이 쟁점주식을 부동산과다보유법인의 주식으로 보고 특별부가세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령 (가) 증권거래세법 제5조 (양도의 시기) 제1항에는 이 법의 적용에 있어서 주권등의 양도의 시기는 당해 매매거래가 확정되는 때로 한다라고 규정하고 있고, 증권거래세법시행령 제2조 (양도의 시기)에는 법 제5조 제2항에 규정하는 주권 등의 매매거래의 확정시기는 다음 각호의 규정에 의한다.라고 규정하면서, 그 제3호에서 제1호 및 제2호 이외의 경우에는 당해 주권등을 인도하거나 대가의 전부를 받은 때. 다만, 그 주권등을 인도하거나 대가의 전부를 받기 전에 권리가 이전되는 때에는 그 권리가 이전되는 때로 한다.라고 규정하고 있다. (나) 상법 제337조 (기명주식의 이전의 대항요건) 제1항에는 기명주식의 이전은 취득자의 성명과 주소를 주주명부에 기재하지 아니하면 회사에 대항하지 못한다.라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청 및 쟁점주식 양수자인 □□건설이 당심에 표본으로 제시한 주권사본 일부, 쟁점주식을 취득할 당시에 작성된 것으로 보이는 주권번호별 소유자 명세서, 청구법인의 대표자인 청구외 조ㅇㅇ가 1999.9.30 ××건설에게 작성하여 준 확인서 내용-명의상 주주는 청구법인, 실질상 주주는 ××건설로 함을 의미한다-등으로 보아 쟁점주식은 청구법인 앞으로 명의개서 되었음을 알 수 있다. (나) 청구법인이 쟁점주식의 양수자인 □□건설과 1999.11.23 체결한 "주식 및 경영권 양도양수계약서"를 보면, <목적물의 표시>란에 ㅇㅇ레저(주)의 주식 75,000주 중 66%인 49,500주와 ××건설에 담보로 맡겨진 34%인 25,500주 및 ㅇㅇ레저(주)의 재산과 경영권 일체라고 되어 있고, 목적물의 가액은 60억원으로 한다(제1조)고 되어 있다. (다) 청구법인이 □□건설에게 작성(작성일: 1999.12.6)하여 준 위임장을 보면, 청구법인과 □□건설은 1999.11.23 ㅇㅇ레저(주)의 주식 및 경영권 양도양수계약을 체결하였고, 청구법인은 ××건설에 담보를 맡긴 쟁점주식의 반환을 받을 권리를 □□건설에게 위임한다고 되어 있음을 알 수 있다. (라) □□건설이 ××건설을 상대로 쟁점주식의 인도요구 민사소송을 제기하여 서울고동법원 제1민사부가 2001.12.19 결정한 결론내용 등을 보면, ××건설이 청구법인으로부터 담보로 제공받은 쟁점주식에 대하여, ××건설의 연대보증채무가 소멸한 이상 ××건설은 청구법인에게 쟁점주식을 인도할 의무가 이으며, □□건설은 청구법인으로부터 쟁점주식을 양수하였고 또한 양수할 권한을 위임받아 ××건설에게 통지하였으므로 ××건설은 □□건설로부터 8억원을 받음과 동시에 쟁점주식을 2002.2.10까지 인도하라고 되어 있음을 알 수 있다. (마) 위 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점주식의 명의개서가 되지 않았고, ××건설이 쟁점주식을 인도해 주지 않았으므로 □□로부터 받은 금액은 주식양도대금이 아니라 채권(권리금)이므로 증권거래세를 과세함은 부당하다고 주장하나, 쟁점주식은 청구법인 앞으로 명의개서 되었음이 주권사본 등에 의해 확인되고, 양수자인 □□건설로부터 주식양도대금을 전액 받았으며, 서울고등법원 제1민사부도 □□건설이 청구법인으로부터 쟁점주식을 양수하였고 또한 양수할 권한을 위임받아 이러한 사실을 ××건설에게 통지하였다고 결정하였고, 청구법인 스스로도 쟁점주식을 양도하였다고 법인세 신고한 사실 등에 비추어 보아, 청구법인이 쟁점주식을 □□건설에게 유상으로 사실상 이전하였다고 판단되므로 처분청이 쟁점주식의 양도에 대하여 증권거래세를 과세한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장에 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제99조 / 법인세법시행령 제139조 / 소득세법시행령 제158조 / 소득세법 제94조 / 소득세법시행규칙 제76조 / 증권거래세법 제5조 / 증권거래세법시행령 제2조 /