계산서합계표를 제출하였다는 청구주장이 타당한지 여부

[이유]

청구법인은 1962.02.01 설립되어 충청북도 청주시 ○○구 ○○로 3가 41번지에 석유류 도매업을 영위하고 있는데, 부가가치세가 면세되는 농업기계용 석유류 거래분에 대하여 매출·매입처별계산서합계표(이하 "계산서합계표"라 한다)를 제출하여야 하나 전산출력된 1998년~1999년 귀속 계산서합계표제출일람표에는 청구법인이 계산서합계표를 제출하지 않은 것으로 표시되어 있다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 부가가치세 면세재화 및 용역 거래액 1998년 매출 9,993,718,034원, 매입 9,751,198,314원, 1999년 매출 10,061,799,941원, 매입 10,293,259,391원에 대한 공급가액의 1/100을 계산서합계표 미제출 가산세로 하여 2001.09.01 청구법인에게 법인세 1998.01.01~12.31 사업연도 197,449,160원, 1999.01.01~12.31 사업연도 203,550,590원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.11.23 이 건 심사청구하였다.

계산서합계표를 1998년 귀속분은 1999.01.25 1998년 제2기분 부가가치세 확정신고시, 1999년 귀속분도 2000.01.25 1999년 제2기분 부가가치세확정신고시 청구법인의 소관업무 담당과장인 주○○가 수기로 작성하여 처분청의 사무실 및 현관에 비치된 바구니와 신고함에 제출하였는데도 전산출력된 계산서합계표제출일람표의 불부합자료에 대한 책임을 전적으로 청구법인에게만 돌려 과세한 것은 부당한다.

청구법인이 1998년~1999년귀속분 계산서합계표와 함께 제출하였다는 1998년 제2기 확정분 부가가치세신고서 및 세금계산서합계표는 정상송보, 전산입력되었는데도, 같이 제출하였다는 서류 중 유독 계산서합계표만 전산송보 누락되었다고는 볼 수 없으며, 1998년 제2기 계산서 전산송보 집계표와 1999년 제2기 계산서합계표 접수관리대장에 청구법인의 제출내용이 등재된 사실도 없어 계산서합계표를 제출하지 않은 것으로 본 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 1998년~1999년 귀속분 계산서합계표를 제출하였다는 청구주장이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제76조 (가산세)에서 「⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우」를 규정하고 있고,

(2) 같은법 제121조(계산서의 작성·교부등)에서 「① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

② ~④ (생략)

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 "매출·매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.」고 규정하고 있으며,

(3) 같은법시행령 제164조(계산서의 작성·교부등)에서 「④ 법 제121조 제5항에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 매년 1월 31일을 말한다.

⑤ 법인은 재정경제부령이 정하는 매출·매입처별계산서합계표를 제4항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여 한다.」고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1962.02.01 설립된 석유류 도매업체이며 수입금액은 1998년 약6백억원, 1999년 약5백억원 정도이고, 부가가치세가 면세되는 농업기계용(경운기, 트랙터, 이앙기, 분무기 등) 석유류를 연간 매출, 매입 각각 약1백억원 정도씩 거래하고 있다. (나) 매출·매입처별 계산서합계표 제출 및 계산서관련 가산세 제도의 연혁은 아래와 같다.

① 1979.01.01 이후 최초로 발생하는 거래분부터 법인이 교부하거나 교부받은 계산서를 과세기간종료일후 25일이내에 제출하도록 규정되었다가,

② 1995.01.01 이후 최초로 재화 등을 공급하는 분부터는 계산서 대신 매출·매입처별 계산서합계표를 과세기간종료일후 31일이내 제출하도록 개정되었으며,

③ 1997.01.01 이후 최초로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분부터는 계산서합계표를 매년 1월 31일까지 제출하도록 개정되었고, 미제출시 공급가액의 1/100을 가산세로 부과하도록 하였다. (다) 청구법인의 그동안의 계산서합계표 제출내용을 보면, 계산서 합계표제출제도가 처음 시행된 1995년 귀속분은 문서보존기간(생산일이 속하는 연도인 1996년부터 5년)경과로 관련서류가 보관되어 있지 아니하여 제출여부 확인이 불가능하나, 1996년 귀속분은 제출된 사실이 없고, 1997년 귀속분도 공인회계사에게 지급한 수수료 1건 13,520천원외에 면세석유류 거래분은 제출된 사실이 없는 것으로 처분청의 관련대장에 의하여 확인된다. (라) 한편, 청구법인의 수기로 작성된 계산서합계표를 제출하였다면서 제시하는 입증자료를 보면,

① 청구법인은 계산서합계표를 제출하였다는 사실을 입증하는 증빙으로 부가가치세 신고시 내부결재로 작성하여 보관하고 있는 기안문서사본을 제시하는 바, 제목은 "○○기 부가가치세신고의 건"이고, 과세표준은(매출, 매입) 및 납부세액외에 첨부서류란에는 부가가치세신고서, 공통매입세액 안분계산명세서, 총괄납부명세서, 매입·매출처별 합계표 디스켙 등이 기재되어 있으며, 특히 1998년 제2기분 확정신고시에는 매입·매출처별계산서합계표가 추가되어 있다.

② 청구법인은 심사청구서에서 1998~1999년귀속 계산서 합계표를 수기로 작성하여 제출하였다고 주장하는데 대하여, 처분청은 청구법인이 이건 불부합자료 처리를 위한 소명자료제출시와 심사청구시에 제출한 서류는 수기로 작성된 것이 아니고 전산에 의하여 작성된 것이라는 의견을 제시하므로 청구법인에 이를 통지한 바, 청구법인은 계산서합계표의 소정양식을 회계프로그램 공급업체인 (주)A에서 구입하여(1998.03.30)워드로 단순히 타자만하여 제출한 것이어서 수기라고 표현하였다 하며, 처분청의 의견서에 있는 전산의 의미는 프로그램을 구축하여 전산 작성한 것으로 보아야지 이 건 처럼 양식에 워드로 입력만 한 것을 수기로 보아야 한다고 주장한다.

③ 청구법인은 쟁점세금계산서합계표를 제출하였다는 주장만 할 뿐, 상기 자료외에 이를 입증할만한 구체적인 증빙은 제시하지 못하고 있다. (마) 처분청을 비롯한 일선세무관서의 계산서합계표 접수 및 전산송보 등 관리실태는 다음과 같다. 납세자의 편의를 위하여 계산서합계표 등 각종 신고시 제출하는 과세자료를 세무서 현관이나 과별로 비치된 신고함에 투입토록 하고 있으며, 신고절차 안내와 제출서류의 분실을 방지하기 위하여 주무과의 직원을 신고함 주변에 상시 배치하고 있고, 납세자가 요구하는 경우에는 계산서합계표에 대한 접수증을 교부하도록 규정되어 있는바(국세청 납세서비스 사무처리규정 제15조), 납세지원과장(또는 신고서 수동 접수창구 근무자)은 제출된 계산서합계표를 주무과장에서 이송하고 주무과장은 계산서합계표 편철요령에 따라 매출처와 매입처로 구분하여 동별, 100매를 기준으로 200매를 넘지 않도록 편철한 후 내부처리담당자번호에 의한 관리번호를 부여한 다음 전산자료전철 표지를 부착하여 20일 안에 납세지원과장에게 인계하여야 하도록 규정되어 있다.(국세청 납세서비스 사무처리규정 제43조)

(2) 판단 청구법인은 청구법인의 소관업무 담당과장인 주○○가 수기로 작성한 1998~1999년귀속분 계산서합계표를 처분청의 사무실 및 현관에 비치된 바구니와 신고함에 제출하였는데도 전산출력된 계산서합계표제출일람표의 불부합자료에 대한 책임을 전적으로 청구법인에게만 돌려 미제출가산세를 과세한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청의 계산서합계표 등 각종 신고시 제출하는 과세자료의 관리실태를 보면, 납세자의 편의를 위하여 세무서 현관이나 과별로 비치된 신고함에 과세자료 등을 투입토록 하고, 신고절차 안내와 제출서류의 분실을 방지하기 위하여 주무과의 직원을 신고함 주변에 상시배치하고 있어 제출된 서류가 망실되거나 훼손될 우려는 거의 없으며, 제출된 과제자료는 소관업무담당별로 분류·집계·편철하여 전산송보 처리하므로 정상 제출된 서류가 전산송보집계표에 등재되지 않거나 전산송보 누락될 소지는 없는 것으로 보인다. 한편, 청구법인의 그동안 계산서합계표 제출여부를 확인해본 결과 동 합계표제출제도가 처음 시행된 1995년 귀속분은 문서보존기간경과로 확인이 불가능하나, 1996년~1997귀속분도 제출되지 않은 것으로 드러나고 그외에 청구법인은 쟁점계산서합계표를 제출하였다는 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 쟁점 과세연도인 1998년귀속분과 1999년귀속분 계산서합계표가 제출되었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제76조 / 법인세법 제121조 / 법인세법시행령 제164조 /