건물 및 기계장치에 대해 폐업시 잔존재화로 보아 부가가치세 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2001.4.16 청구법인에게 결정고지한 1998년 2기 부가가치세 61,000,000원, 1998년 사업연도 법인세 7,000,000원은

1. 폐업시 잔존재화로 보아 자가공급으로 부가가치세 과세표준 및 매출세액에 포함한 건물 공급가액 361,000,000원, 매출세액 36,000,000원과 기계장치 공급가액 168,000,000원, 매출세액 16,000,000원은 이를 과세표준과 매출세액에서 차감하여 부가가치세를 경정결정하고

2. 나머지 청구는 청구주장 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

○○세무서장은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 1995.6.23 개업하여 오징어 건포류를 생산ㆍ판매하는 청구법인이 1999.1.1 이후 부가가치세 및 법인세 등 신고를 하지 아니한데 대하여 무신고자 현지확인 결과 무단폐업자로 보아 1998.12.31자로 부가가치세법 제5조 제5항 규정에 의하여 직권폐업하고, 1997.2기에 취득한 건물 600,000,000원(이하 "쟁점건물"이라 한다) 및 기계장치 447,000,000원(이하 "쟁점기계장치"라 한다)를 폐업시 잔존재화로 하여 과세·면세 안분계산하여 과세사업에 해당하는 건물 공급가액 361,000,000원, 기계 공급가액 168,000,000원을 자가공급으로 보고, 기타 상품매출누락 25,000,000원을 과세표준에 포함하여 합계 556,000,000원에 대하여 1998.2기 부가가치세 61,000,000원을, 1998년도에 신고한 수입금액 332,000,000원과 매출누락 25,000,000원 합계 358,000,000원을 총수입금액으로 하여 추계방법으로 1998년 사업연도 법인세 7,000,000원을 2001.4.16 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.7.18 이의신청을 거쳐 2001.10.5 심사청구하였다.

청구법인은 IMF 영향으로 인하여 당시 공장의 규모를 줄여서 긴축경영을 목표로 ○○식품에 공장의 1/3을 임대하여 준 사실은 있고, 잠시 생산을 중단하였을 뿐 폐업을 하지 아니하였는데도 일방적으로 직권폐업시키고, 수년 후인 지금에야 법인세 등을 과세하는 것은 부당하다.

(1) 청구법인은 1998.12.31 이후 매출실적 및 각종 세무신고를 이행한 사실이 없고, 세원관리과에서 1999.2기 부가가치세 무신고자 현지확인한 바 1998년 말부터 사실상 폐업상태임을 확인하고 1998.12.31자로 직권폐업 조치한 것은 적법하며, 2001.2.12 법인세 무신고 결정을 위해 사업장을 재 방문하였으나 여전히 폐업상태로 사업재개 가능성이 없고, 1997년 과세연도 고정자산 취득으로 부가가치세 56,000천원을 환급받은 후 무단폐업하고 폐업시 잔존재화 과세 등 납세의무를 이행하지 않고 환급금만 챙기려는 의도로 밖에 볼 수 없기에 쟁점건물 및 기계장치에 대하여 부가가치세법 제6조 제4항 에 의거 폐업시 잔존재화로 과세한 처분은 정당하다.

(2) 2000.10.6과 2001.1.31 2차례에 걸쳐 대표이사 및 이사들에게 법인세 무신고결정을 위한 장부 기타 증빙서류 제출안내 및 기한 후 신고 안내를 하였으나 이에 불응하는 등 법인세 과세표준과 세액을 자진신고하지 아니하였으며, 실지조사에 의하여 결정할 어떠한 장부도 없어 신고수입금액 및 매출누락에 대하여 표준소득율에 의거 추계결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 직권으로 폐업조치한 후 잔존재화인 건물 및 기계장치를 자가공급하고 하여 부가가치세를 과세하고, 수입금액에 표준소득율을 적용하여 추계방법으로 법인세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제1항에서 『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청자은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.』고 규정하고, 제3항에서 『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제4항에서 『사업자가 사업을 폐지하는 때에는 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 청구법인은 1995.6.23 개업하고 1996.9.30 ○○시로부터 ○○농공단지 공장부지 6,459㎡(1,954평)을 114,000,000원에 분양받아 공장건물 1,369㎡를 신축하여 건포류 제조, 도매업을 영위한 법인이나, 1998년 사업연도분부터 법인세 무신고자로써 1999.9.14 처분청에서 폐업일자를 1998.12.31자로 하여 직권폐업처리하였음이 법인사업자기본사항조회 및 처분청 조사서에 의하여 확인된다. 처분청이 청구법인에 통지한 공문에 의하면 2000.10.6 및 2001.1.31 2차례에 걸쳐 법인세 무신고자에 대한 안내문을 발송하였음이 확인된다.

○○시에서 처분청에 통보한 청구법인 운영현황 공문(광산 55145-588, 2001.09.08), 청구법인의 임대신고서 및 임대사유서, ○○시의 공장임대신고 수리통보 공문, 사업자등록 전산조회 등에 의하여 아래와 같이 청구법인은 1999.6 부터 청구외 (주)○○식품 등에 공장건물을 부분적으로 임대하여 왔음이 확인된다. 거래일자 내용 비고 1999.7.29 (주)○○식품에 건물 330㎡임대 1998.6.1 개업, 2000.6.23 폐업 1999.9.16 공장등록변경(사업규모축소) 건물면적을 당초 1,369㎡에서 861㎡로 축소 1999.9.30 (주)○○에 건물 242㎡임대 1998.10.23 개업, 계속사업자 2000.12.28 (주)○○에 사업장 550㎡임대 미등록사업자 2001.3.25

○○식품에 사업장 561㎡임대 2001.3.26 개업

(2) 판단 (가) 법인세 추계과세가 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하는 것이 원칙이나, 다만, 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 추계방법에 의하여 결정할 수 있는 것(법인세법 제66조 제3항)인 바, 청구법인은 1998년 사업연도 및 1999년 사업연도에 대한 법인세를 신고하지 아니하였으며, 현재까지 장부 및 증빙서류를 제시하지 못하고 있어 실지조사에 의하여 각사업연도 소득금액을 산정할 수 없는 이건 추계방법에 의하여 결정한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 하겠다. (나) 건물 및 기계장치를 폐업시 잔존재화로 하여 부가가치세 과세한 처분이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 1998.12.31 무단폐업한 것으로 보아 직권폐업하고 건물 및 기계장치를 폐업시 잔존재화로 부가가치세를 과세하였으나, 청구법인은 1998년 이후부터는 공장건물의 대부분을 임대에 공하고 있음이 ㅇㅇ시에 신고한 임대신고서, 임차인들의 사업자등록 및 부가가치세 등 신고사항 등에 의하여 확인되는 바, 청구법인이 부동산임대업으로 업종을 변경하지는 아니하였다고 하더라도 임대소득에 대하여 부가가치세 등을 과세하거나, 기계장치가 판매되었는지 여부를 확인하여 재화의 공급으로 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점건물 및 기계장치를 폐업시 잔존재화로 하여 과세하는 것은 잘못이라고 판단된다.(같은 뜻 국심 2001서16, 2001.05.31) 따라서 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.