주상복합건물의 취득가액 안분계산방법

[이유]

청구법인은 아파트 및 상가 등을 신축·분양하는 건설업법인으로, 1999사업연도에 ○○○○시 ○○구 ○○동 및 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동에 신축한 아파트 및 주상복합건물(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 분양하고 주상복합건물에 대한 특별부가세신고시 취득가액을 분양면적비율에 의하여 신고하였으나, 법인예규 46012-2012호(2000.09.29)를 근거로 취득가액을 분양예정가액비율에 의하여 재계산한 결과 특별부가세 5,851,560원의 환급을 요구하는 경정청구서 2001.03.31 처분청에 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 당초 선택한 분양면적비율에 의한 취득가액 계산방법을 분양이 완료될 때까지 계속 적용하여야 한다는 사유로 2001.07.03 환급할 수 없다는 경정청구 거부통지를 청구인에게 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.08.10 심사청구하였다.

청구법인은 1998년도 및 1999년 사업연도 법인세를 신고함에 있어 주상복합건물의 취득가액을 법인세 계산시에는 분양예정가액비율로 하고, 특별부가세 계산시에는 분양면적비율에 의하여 신고하였는데 주상복합건물의 분할양도시 분양면적비율에 의하여 취득가액을 계산하는 경우 분양가액이 고가인 저층이 먼저 분양되는 첫 사업연도에는 양도차익이 많이 발생하고, 다음 사업연도 이후에는 분양가액이 저가인 고층만 분양되어 전체적으로는 상가분양손익이 결손 또는 미미함에도 특별부가세의 경우 법인세와는 달리 결손금이 통산되지 않아 세부담의 불합리한 면이 있어 이러한 불합리한 점을 해소하기 위하여 2000.09.29 예규(법인46012-2012)에서 주상복합건물의 분할 양도시 주상복합건물의 취득가액 산정방법에 있어서 각층별·위치별 분양가액이 다르고 전체 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전공시 방법 등에 의하여 명백히 확인되는 경우에는 분양예정가액비율에 의하여 계산하도록 변경되어 청구법인도 이 변경된 예규를 근거로 당초 분양면적비율에 의하여 계산한 취득가액을 분양예정가액비율에 의하여 취득가액을 재계산한 결과 환급이 발생하여 이를 요구하는 경정청구서를 제출하였으나 처분청이 이를 거부통지한 처분은 부당하다.

특별부가세 과세표준계산시 상가 등의 취득가액 계산방법은 처음 선택한 계산방법을 계속적으로 적용하는 것을 전제로 하고 있음에도 특별부가세 과세상 그 방법이 불합리하다고 하여 나중에 변경할 수 없는 것이고, 청구법인이 취득가액계산 방법에 있어서 1998년 사업연도부터 계속 적용하여 오던 분양면적비율에 의한 계산방법을 변경된 예규를 근거로 소급하여 분양예정가액비율로 산정방법을 변경한 것은 계속성의 원칙에 위배되며, 분양예정가액비율로 취득가액을 재계산하면 특별부가세 과세대상이 아닌 아파트분양분의 취득가액이 과세대상인 상가 등의 취득가액으로 이전되는 결과가 되는 바, 변경된 예규의 기본취지는 취득가액배분에 있어서 사업연도별로 불합리한 점을 시정한 것이지 특별부가세가 과세되지 않는 부분(아파트)과 과세부분(상가 등)의 안분방법을 새로이 인정하여 과세부분의 취득가액을 추가로 인정하라는 것은 아니므로 청구인의 경정청구를 거부통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 1999년 사업연도 특별부가세 과세표준 계산시 주상복합건물의 취득가액을 계산함에 있어 당초 분양면적 비율에 의하여 계산한 것을 변경된 예규를 근거로 분양예정가액비율에 의하여 계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제99조 (과세표준) 제1항에서특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고, 같은조 제3항에서「제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.

1. 취득가액(단서 생략)

2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용」이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제140조(특별부가세의 과세표준계산) 제1항에서법인이 각 사업연도에 2이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이건 경정청구의 근거로 삼은 예규(법인 46012-2012, 2000.09.29)는법인이 동일필지내 상가 등을 신축하고 층별·용도별로 분양가액을 달리하여 분양하는 경우 분양되는 상가 등의 특별부가세 과세표준 계산시 취득가액은 원칙적으로 개별원가계산방법 또는 분양면적비율에 의한 안분계산방법에 의하는 것이나, 각 층별·위치별 분양가액이 다르고 전체 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의하여 명백히 확인되는 경우에는 총 취득가액에 당해 사업연도에 분양된 건물의 분양가액이 총 분양예정가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있는 것이며, 이 경우 동 원가계산방법은 당해 건물의 분양이 완료될 때까지 계속 적용하여야 하는 것이라는 내용임을 알 수 있다.

(2) 쟁점부동산 중 ○○○○시 ○○구 ○○동 63번지 외 4필지 지상의 ○○○○가든프라자는 1998년 7월 준공된 상가(지하 1층에서 지상 5층의 188점포) 및 아파트(지상 6층 및 지상 21층의 79세대)로서 1998년부터 분양 후 2001.09.30 현재 상가 78개가 미분양상태이고, ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 1122-10번지 지상의 ○○파크타워는 1998년 11월 준공된 아파트 64세대, 오피스텔 78세대 및 상가 70점포로 1998년도부터 분양 후 2001.09.30 현재 상가 70개, 오피스텔 41개가 미분양상태임이 청구법인이 제시한 관련서류에 의하여 나타난다. 또한, 쟁점부동산의 분양가격 등은 분양공고에 의하여 사전에 구체적으로 공시되었음이 분양광고지 등 관련 서류에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은법인이 건설회사에 일괄도급을 주어 주상복합상가를 신축하고 층별·용도별로 분양가액을 달리하여 분양하는 경우 분양되는 상가 또는 아파트의 특별부가세 계산시 취득가액은 총 취득가액을 총 건축연면적으로 나눈 후 분양 면적을 곱하여 계산하는 것이라는 법인예규 46012-1091(1996.04.08)를 근거로 1998년 및 1999년 사업연도는 분양면적비율에 의하여 취득가액을 산정하였고, 2000년 사업연도에 대하여는 새로운 법인예규 46012-2012(2000.09.29)를 근거로 분양예정가액비율에 의하여 각각 취득가액을 계산하여 특별부가세를 신고하였으며, 다음 대비표와 같이 분양예정가액비율로 취득가액을 산정할 경우 아파트가 상가보다 분양가액이 저렴하므로 특별부가세 과세대상이 아닌 아파트부분의 취득가액이 감소하고, 과세대상인 상가부분의 취득가액이 증가함으로써 결과적으로 특별부가세 과세표준 및 세액이 감소하게 된다. 다만, 법인세과세표준은 기간손익문제만 발생할 뿐이고 어떠한 취득가액 계산방법을 선택하더라도 분양에 따른 전체 손익에는 영향이 없음을 알 수 있다. 1999사업연도 분양분 원가차이에 의한 특별부가세 차액 내역 (금액: 천원) ┌────────┬────────┬──────────┬──────┐ │ 구 분 │ 당초신고분 │ 경정청구분 │ 차 액 │ │ │ (분양면적비율) │ (분양예정가액비율) │ │ ├────────┼────────┼──────────┼──────┤ │ 양도가액 │ 3,451,185 │ 3,451,185 │ 0 │ ├────────┼────────┼──────────┼──────┤ │ 취득가액 │ 3,133,015 │ 3,172,025 │ 39,010 │ │(아파트점유비율)│ (45.82%) │ (35.59%) │ │ ├────────┼────────┼──────────┼──────┤ │ 양도비용 │ 135,463 │ 135,463 │ 0 │ ├────────┼────────┼──────────┼──────┤ │ 양도차손익 │ 182,706 │ 143,695 │ △39,010 │ ├────────┼────────┼──────────┼──────┤ │ 산출세액 │ 27,405 │ 21,554 │ △5,851 │ └────────┴────────┴──────────┴──────┘ ※ 아파트점유비율은 총원가중 아파트원가가 차지하는 점유비율임

(4) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 판단하면, 청구법인이 이건 경정청구의 근거로 삼은 법인예규 46012-2012(2000.09.29)는 오피스텔 분양시 취득가액계산에 있어서 원칙적으로 개별원가계산방법 또는 분양면적비율에 의한 안분계산방법을 제시한 것이고, 예외적으로 분양예정가액비율에 의하여 계산할 수 있는 경우를 공시방법 등에 의하여 분양예정가액이 명백히 확인되는 경우에 제한적으로 허용한다는 것으로 새로운 해석이 아닐 뿐만 아니라 그 적용에 있어서 한번 선택한 원가계산방법은 건물의 분양완료시점까지 계속적으로 적용할 것을 전제로 하고 있음에도 청구법인이 기존에 적용하여 신고하였던 계산방법이 불리하다고 이를 소급하여 변경하는 것은 계속성의 원칙에 위배되며, 또한, 위 예규의 근본취지는 특별부가세의 과세표준계산시 양도차손이 발생하는 경우 그 양도차손이 통산되지 않기에 사업연도별로 과세소득간 세부담의 불합리한 점을 시정한 것이지 특별부가세 과세대상이 아닌 부분과 과세대상과의 취득가액 계산방법을 해석한 것은 아니라 할 것이므로 청구법인이 위 예규를 근거로 특별부가세의 환급을 요구한 경정청구에 대하여 처분청이 이를 거부통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. [관련법령] 법인세법 제99조 / 법인세법시행령 제140조 /