기준부채비율계산시 부동산 양도금액 및 금융기관 부채상환액의 범위

○○세무서장이 2001.06.15 청구법인에게 결정고지한 1998.01.01~12.31 사업연도 법인세 349,810,890원의 부과처분은,

1. 매출처별계산서 합계표 미제출가산세 67,152,500원은 이를 취소합니다.

2. 나머지 청구는 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 2000.12.27 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 주식회사 ○○(이하 "○○"이라고 한다)을 흡수합병한 법인으로 이 건 불복청구는 ○○의 1998.01.01~12.31 사업연도의 특별부가세 감면과 관련된 사항인바, ○○국세청장은 청구법인의 1998.01.01~12.31 사업연도의 기업의 재무구조조정과 관련된 특별부가세 감면세액의 사후관리 확인과정에서 청구법인이 감면배제세액을 계산함에 있어서 기준부채비율계산시 부동산 양도금액 및 금융기관 부채상환액을 양도차익이 발생한부동산양도대금만으로 계산한 것은 잘못되었다 하여 양도차손이 발생한 부동산 양도대금까지 포함하여 재계산한 특별부가세 감면배제세액282,658,390원과 양도부동산 6,715,250,000원에 대한 매출처별 계산서합계표 미제출 가산세 67,152,500원을 처분청에 통보함에 따라 처분청은 2001.06.15 청구법인에게 1998.01.01~12.31 사업연도 법인세(특별부가세 포함)349,810,890원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.07.25 심사청구하였다.

(1) 구 조세감면규제법의 감면규정은 감면신청이 있는 경우에 한하여 적용하는 것으로, 청구법인의 특별부가세 감면세액은 양도차익에 의한 특별부가세 산출세액에서 부동산 양도대금 중 금융부채를 상환한 금액이 차지하는 비율에 상당하는 금액에 의하여 계산하였는바, 이 경우 부동산양도대금과 금융부채를 상환한 금액이라 함은 감면신청한 부동산 양도대금과 감면신청한 부동산에 대한 양도대금 중 금융부채를 상환한 금액으로 해석하여야 하므로 기준부채비율계산에 있어서도 금융기관 부채상환액이라 함은 감면신청한 부동산에 대한 양도대금(양도차익이 발생한 부동산 양도대금) 중 금융부채를 상환한 금액으로 보아야 한다.

(2) 종전의 계산서제출집계표 및 계산서의 내용과 개정된 매출처별 계산서 합계표와는 그 내용에 있어서 차이가 없고 그 기재내용이 누락된 사실은 없으나, 단지 담당자의 업무미숙으로 개정된 서식으로 제출하지 않은 것에 대하여 처분청이 미제출가산세를 부과한 것은 부당하다.

(1) 부동산 양도대금으로 금융기관 부채상환시 구조조정 관련 감면세액계산에 있어서 청구법인의 부채비율이 부동산 양도 후 3년이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가한 경우 특별부가세 감면세액을 추징하도록 규정되어 있는바, 2001.3.30 구조조정 관련감면업무처리지침에 의하면, 수개의 부동산을 양도하면서 일부는 양도차익이 발생, 일부는 특별부가세가 과세되지 않는 양도차손이 발생한 경우 감면세액 계산시 양도차손이 발생한 부동산 양도가액의 처리에 논란이 있어, 이 지침에서 부동산양도가액 계산시양도차손이 발생한 부동산 양도금액을 포함하여 계산하도록 규정하고 있으므로 이에 근거하여 감면배제세액을 재계산하여 결정고지한 처분은 정당하다.

(2) 관련법 규정에 의하여 계산서발행에 따른 매출처별 계산서합계표를 제출 하여야 함에도 이를 제출하지 아니하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 기준부채비율계산시 부동산 양도금액 및 금융기관 부채상환액의 범위가 양도차익이 발생한 부동산 양도금액인지 아니면 양도차익 및 차손이 발생한 모든 부동산 양도금액인지

(2) 개정된 『매출·매입처별계산서합계표』서식이 아닌 종전의 『계산서제출집계표』에 계산서사본을 첨부하여 제출하였음에도 매출처별 계산서합계표 미제출가산세를 부과한 것의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제40조의3 【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에 『대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999.12.31이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조와 제40조의5 내지 제40조의7 및 제40조의9에서 "금융기관" 이라 한다)이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.(1998.02.24 단서개정)

1. 1997.06.30 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것(이하 생략)』으로 규정하고 있으며 제2항에 『제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다.(1998.02.24 개정)

1. (생략)

2. 부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 5년 이내의 기간 중 기준 부채비율보다 증가하게 된 때 (1997.12.13 신설)』로 규정하고 있고 같은법 시행령 제37조의3 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에 『법 제40조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 부동산의 양도일까지 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 내국법인(제4항의 규정에 의한 자구금융기관을 제외한다)을 말한다(이하 생략)』라고 규정하고 있으며 제6항에 『법 제40조의3 제1항 단서 및 동항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사업용부동산"이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관의 사업에 사용되는 부동산으로서 법인세법시행령 제43조의2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 것을 말한다.(1997.12.31 신설)』라고 규정하고 있고 제11항에 『법 제40조의3 제1항의 규정에 의하여 면제하는 세액은 다음 각호에 의하여 계산한 금액으로 한다.(1997.12.31 신설)

1. 재무구조개선법인의 경우 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액(1997.12.31 신설)

• 가. 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대한 산출세액
• 나. 재무구조개선계획에 따라 상환한 금융기관부채의 금액이 부동산 양도대금에서 차지하는 비율(1998.02.24 개정)

2. 자구금융기관의 경우 제1호 가목의 금액에 자구계획에 따라 사용한 금액이 부동산 양도대금에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(1997.12.31 신설)』으로 규정하고 있으며 제15항에 『법 제40조의3 제2항의 규정에 의하여 재무구조개선법인으로부터 추징할 세액은 다음 각호에 의하여 계산한다.(1997.12.31 신설)

2. 법 제40조의3 제2항 제2호의 경우 당해 법인의 부채비율이 채권금융기관의 부채를 상환한 후 5년의 기간 중 기준부채비율을 초과하는 경우 그 초과비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 제11항 제1호의 규정에 의한 면제세액의 합계액에곱하여 계산한 세액(동 세액이 면제세액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 없은 것으로 본다) (이하 생략)(1997.12.31 신설)』라고 규정하고 있고 제17항에 『제15항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부채비율은 각 사업연도 말 현재 재정경제부령이 정하는 부채(이하 이 조에서"부채"라 한다)를 대차대조표상 자기자본(자기자본이 납입자본금보다 적은 경우에는 납입자본금을 말하며, 결손금이 발생하거나 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다)으로 나누어 계산한다. 이 경우외화표시자산 및 부채에 대하여는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 평가한 금액으로 한다.(1998.05.16 개정)』라고 규정하고 있으며 제18항에 『제15항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 기준부채비율은 제1호의 비율에서 제2호의 비율을 차감하여 계산한다. 이 경우 외화표시자산 및 부채에 대하여는 제17항 후단의 규정을 준용한다.(1998.02.24 개정)

1. 제9항의 규정에 의하여 재무구조개선계획이 최초로 승인된 날이 속하는 사업연도의 직접사업연도 종료일(이하 이 조에서"기준부채비율 산정기준일"이라 한다) 현재의 부채를 기준부채비율 산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본(자기자본이 납입자본금보다 적은 경우에는 납입자본금을 말하며, 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 이하 이 항에서 같다)으로 나누어 계산한 비율(1998.05.16 개정)

2. 재무구조개선계획에 따라 상환한 금융기관부채의 합계액을 기준부채비율 산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산한 비율(1998.02.24 개정)』로 규정하고 있고 같은법시행규칙 제20조의3 【부채상환적립금의 적립등】 제3항에 『영 제37조의3 제17항에서 "재정경제부령이 정하는 부채"라 함은 각 사업연도 종료일 현재 대차대조표상의 부채의 합계액 중 타인으로부터 조달한 차입금의 합계액을 말한다.(1998.08.08 개정)』라고 규정하고 있으며, 제4항에 『영 제37조의3 제17항 및 동조 제18항의 규정에 의한 부채비율 및 기준부채비율을 산정함에 있어서의 자기자본은 각사업연도 종료일 또는 기준부채비율 산정기준일 현재의 자산총액에서 부채총액(충당금을 포함하여 미지급법인세를 제외한다)을 공제하여 계산한다. 이 경우 자기자본을 계산함에 있어서 당해 법인의 보유자산에 대하여 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우에는 자산총액에서 동법에 의한 재평가차액을 공제한다.(1998.08.08 개정)』라고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법(1998.12.28 개정전) 제66조【계산서 작성·교부 등】 제1항에 『법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다』라고 규정하고 있고 제2항에 『법인은 제1항의 규정에 의하여 교부하였거나 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 "매출·매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다』라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제129조 【계산서의 작성·교부】 『법 제66조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여는 소득세법시행령 제211조 의 규정을 준용한다』라고 규정하고 있고 같은법 제41조 【가산세】 제14항에 『법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하며, 부가가치세법 제22조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분은 그러하지 아니하다.

1. 제66조 제1항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제66조 제2항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우』로 규정하고있으며 소득세법시행령 제211조 【계산서의 작성·교부】 제1항에 『사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성병 또는 명칭

2. 공급하는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 기타 참고사항』으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구주장 (1)에 대하여 (가) 사실관계

1. 청구법인은 12월말 법인으로 2000.12.27 ○○를 흡수합병하였으며, A는 재무구조감면대상업종인 관광숙박업(○○그랜드호텔)을 영위한 법인임이 청구법인의 등기부등본에 의하여 확인된다.

2. 청구법인의 재무구조개선계획 승인에 따라 1998년 사업연도에 양도한 부동산(이하 "쟁점부동산이라 한다)과 부채상환액의 내역은 아래 표와 같은바, 【표】 (천원) 물건지 양도일 양도금액 양도차익 부채상환액

① 부산 좌천동 1998.07.21 1,250,000 911,831 1,250,000

② 부산 연산동 1998.10.02 4,578,260 3,265,798 4,578,260

③ 아산 남동 1998.09.30 886,990 △13,294 886,990 계 6,715,250 △13,294 4,177,629 6,715,250 쟁점부동산 양도금액 6,715,250천원으로 1998.07.20 및 10.02에 각각 1,250백만원 및 750백만원의 ○○종합금융 부채를, 같은 해 10.02에 3,830백만원의 ○○증권 부채를, 같은 해 09.30에 886백만원의 충청 ○○은행부채를 상환하였음을 처분청의 부채상환계획서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

3. 청구법인은 1999.03 1998사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산 중 양도차손을 감안하지 않은 양도차익(4,177,629천원)만을 특별부가세 과세표준으로 하여 감면대상 산출세액 835,525,839원을 계산하였음을 세액감면신청서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

4. 청구법인은 쟁점부동산을 양도한 이후 3년 이내인 1998사업연도 말에 부채비율이 기준부채비율보다 증가함에 따라 그 초과비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율에 상당하는 세액을 위 감면대상 산출세액을 기초로 감면배제세액을 계산하여 신고하여야함에도 단순 증가비율에 상당하는 세액을 계산하여 신고하였음을 알 수 있다.(별지 기준부채비율 및 감면배제세액 계산 대비표 참조) (나) 판단

1. 구 조세감면규제법 제40조의3(법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세 감면)은 재무구조개선계획(법인이 재무구조를 개선하기 위하여 수립한 부동산·유가증권 등의 보유자산 또는 당해 법인이 계열기업자산의 처분에 관한 부채의 총액 및 내역, 상환할 금융기관 부채의 총액, 상환계획 및 양도부동산의 명세를 명시한 것)에 부동산을 양도한 경우에 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세 상당액을 면제하도록 규정하고 있는바, 이는 특별부가세 납부로 인하여 특별부가세만큼 부채상환액이 감소함으로써 재무구조개선에 악영향이 미치는 것을 방지하기 위함이며, 대신 재무구조개선계획에 따라 금융기관의 부채를 상환하고 특별부가세를 면제받은 후 또 다른 부채가 발생한다면 특별부가세 감면혜택만 받고 재무구조개선효과는 없어지게 될 우려가 있어 부동산을 양도하기 전의 부채비율에서 부동산양도대금으로 부채를 상환한 금액이자기자본에서 차지하는 비율을 공제한 비율을 기준부채비율로 하여 부채비율이 이보다 증가할 경우 이미 감면받은 특별부가세를 추징하도록 되어 있음을 알 수 있다.

2. 또한, 특별부가세 감면세액의 산출근거가 되는 과세표준은 양도차익과 양도차손을 가감하여 계산하는 것이며, 재무구조개선계획에따라 양도한 부동산은 양도차익이 발생하든 양도차손이 발생하든 그 계획에 따라 양도한 부동산대금으로 부채를 상환하는 것이므로 감면배제세액을 계산함에 있어서 기준부채비율계산시에도 당연히 모든 양도부동산의 양도금액이 반영되는 것인데, 이는 2001.03.30발행된 법인세과의 구조조정관련 감면업무처리지침 6-4 양도차손 부동산에 대한 감면세액계산방법에도 이를 분명히 설명하고 있으므로 양도차익이 발생한 부동산양도가액에 의하여만 감면배제세액을 계산하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다. (다만, 당초 특별부가세 감면세액을 양도차익만을 특별부가세과세표준으로 하여 잘못 계산하였기에 감면배제세액이 감소하는 것은 별론임)

(2) 청구주장 (2)에 대하여

1. 청구법인이 쟁점부동산 양도에 대한 계산서를 정상적으로 발행하고, 제출기한 이내에 구 법인세법시행령(1994.12.31대통령령 제14468호로 개정되기 전) 제129조의 규정 및 준용규정인 소득세법(1994.12.31 대통령령 제14467호로개정되기 전) 제189조의 규정에 의한 계산서·간이계산서 제출집계표(별지 제5호 서식)와 계산서를 제출한 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

2. 소득세법의 별치 제28호 서식의 계산서 양식에는 공급하는 사업자 및 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급가액, 작성연월일을 기재하도록 되어 있으며, 법인세법시행령 제129조 와 이를 준용하고 있는 소득세법시행령 제211조 및 소득세법시행규칙재29호 서식의 매출·매입처별계산서 합계표 기재내용은 아래와 같음을 알 수 있다.

3. 매출ㆍ매입처별계산서합계표 미제출가산세를 부과하는 목적은 자료에 의한 근거과세 확립 및 과세표준 양성화를 위하여 납세자에게 협력의무 등을 부여하여 미제출 또는 기재사항의 부실 등을 방지하기 위한 제재규정일 뿐 법정서식을 미사용한 것에 대한 규제는 아니라고 할 것인바, 청구법인은 정상적으로 계산서를 발행한 후 이 계산서를 제출기한내인 1998.10.26과 1999.01.25에 직원의 업무착오로 매출ㆍ매입처별계산서합계표가 아닌 구 소득세법상 서식(별지 제5호)인 계산서집계표에 첨부하여 제출하였음을 알 수있다.

4. 청구법인이 제출한 계산서 및 계산서제출집계표를 보면, 매출별계산서합계표의 필요적 기재사항인 거래처 사업자등록번호 및 공급가액은 물론 거래상대방과 내역 등이 기재되어 있어 법정서식(별지 제29호)의 기재내용과 사실상 차이가 없음에도 불구하고 납세자에게 협력의무 불이행에 대한 책임을 물어 매출처별계산합계표 미제출가산세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <기준부채비율 및 감면배제세액 계산대비표> (천원) 구분 청구법인 당초신고 처분청계산 청구주장 Ⅰ. 감면세액의 계산 특별부가세산출세액(①) 835,525 835,525 832,866 부채상환금액(②) 5,828,260 6,715,250 5,828,260 부동산양도금액(③) 5,828,260 6,715,250 5,828,260 감면대상세액(④=①x②/③) 835,525 835,525 832,866 Ⅱ. 기준부채비율의 걔산 1997.12.31 현재 부채가액(⑤) 11,505,486 11,505,486 11,505,486 당해연도 부채상환액(⑥) 5,828,260 6,715,250 5,828,260 1997.12.31 현재 자기자본상당액(⑦) 7,200,000 7,200,000 7,200,000 기준부채비율[⑧=(⑤-⑥)/⑦] 78.85% 66.53% 78.85% Ⅲ. 부채비율의 계산 1998.12.31 현재 부채가액(⑨) 7,869,259 7,869,259 7,869,259 1998.12.31 현재 자기자본상당액(⑩) 7,200,000 7,200,000 7,200,000 감면신청 연도말 부채비율(⑪=⑨/⑩) 109.30% 109.30% 109.30% Ⅳ. 감면배제액의 계산 부채증가비율[⑫=(⑪-⑧)/⑧] 30.44% 64.28% 38.61% 감면배제금액(⑬=④x⑫) 254,334 536,992 321,578 Ⅴ. 추징세액의 계산 당초 감면배제 납부세액 254,334 254,334 254,334 감면배제세액 254,334 536,992 321,578 추징세액 282,658 67,244 청구법인은 당초 부채증가비율 계싼시 단순 증가비율차이(109.30%·78.85%)로 잘못 계산하여 신고하였으며, 이 부분에 대하여 청부법인은 이의없음