이자소득의 분리과세방식 선택 여부

[주문]

○○○세무서장이 2000. 10. 20 청구법인에게 환급거부 통지한 2000. 1. 1∼2000. 6. 30 사업연도 법인세 1,097,553,610원은 원천납부세액 1,098,856,960원을 기 납부세액으로 공제하여 법인세 환급세액을 경정한다. [이유]

청구법인은 고유목적사업준비금 설정대상 비영리법인으로서 2000. 1. 1∼2000. 6. 30사업연도에 대한 법인세 신고시 이자소득금액에 대한 원천납부세액 1,098,856,960원(이하 “쟁점원천납부세액”이라 한다)을 기 납부세액으로 하여 법인세 1,097,533,160원 환급신고하였다.

○○○세무서장은 청구법인이 법인세 과세표준 및 세액 신고시 첨부하여 제출한 손익계산서상 당해연도 이자소득금액 3,457,206,200원(이하 “쟁점이자소득금액”이라 한다)을 익금(수입이자) 및 손금(고유목적사업준비금전입액)으로 계상하지 아니한 데 대하여 쟁점이자소득금액을 법인세 과세표준에 포함하지 않고 분리과세로 종결한 것으로 보아 쟁점원천납부세액을 기 납부세액으로 공제할 수 없다고 하여 2000. 10. 20 청구법인에게 2000. 1. 1∼2000. 6. 30 사업연도 법인세 환급신청액 1,097,533,610원에 대한 환급거부 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 12. 30 심사청구하였다.

법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출함에 있어서 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무제표를 첨부하지 않고 국세청 법인종합관리규정에 근거한 요약재무제표를 제출하면서 일반회계부분의 이자수입을 동 요약재무제표에 계상하지 않았지만, “법인세 과세표준 및 세액신고서”에 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액을 기 납부세액(원천납부세액)으로 신고하였으며, “고유목적사업준비금조정명세서”에도 쟁점이자소득을 당기계상 고유목적사업준비금으로 조정하였고, 실제 장부 및 보건복지부장관에게 제출한 결산서의 “수지계산서”에도 쟁점이자소득 전액을 익금(수입이자)로 계상하고, 동 금액을 결산조정하여 손금(고유목적사업준비금전입액)으로 계상하였으며, 고유목적사업준비금전입액 전액을 당해연도 사업비(요양급여비)로 사용하였는 바, 이는 쟁점이자소득에 대하여 법인세 과세표준에 포함하여 신고하면서 단지 요약손익계산서에 기재를 하지 아니한 것은 단순착오임을 알 수 있는데도 쟁점이자소득에 대하여 분리과세를 선택한 것으로 보아 쟁점원천납부세액을 기 납부세액에서 공제하지 않고 법인세 환급을 거부한 것은 부당하다.

청구법인의 경우 이자소득에 대하여 선택적으로 법인세 과세표준에 포함하지 아니할 수 있고, 과세표준에 포함하여 신고하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액 계산에 포함하지 아니하고 원천징수납부로 종결되는 것인 바, 법인세 과세표준 및 세액신고서 제출시 첨부한 대차대조표, 손익계산서 및 잉여금처분계산서에 임대수입만 매출액으로 계상하고, 쟁점이자소득금액은 과세표준에 포함되지 아니하였으며, 동 금액을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 계상한 사실도 없어 쟁점이자소득에 대하여는 원천징수납부(분리과세)로 종결된 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점원천납부세액을 기 납부세액으로 공제하지 아니하고 법인세 환급을 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 고유목적사업준비금 설정대상 법인인 청구법인이 법인세 신고시 이자수입금액을 법인세 과세표준에 포함하여 신고하였다고 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ■ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 제1항에서 『비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다』라고 규정하고 있으며, ■ 법인세법시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 제1항에서 『법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다』라고 규정하고, 제2항에서 『법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다』라고 규정하고 있다. ■ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제1항에서 『비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다』라고 규정하고, 제1호에서 『 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액』을 열거하고 있으며, 제2항에서 『비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다』라고 규정하고 있다. ■ 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제6항에서 『법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다』라고 규정하고 있다, ■【예규】법인 46012-2177, 2000. 10. 26 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금 설정대상법인이 법인세 과세표준 신고시 제출한 요약 재무제표상에는 동 준비금을 손금으로 계상하지 아니하였으나, 당해 법인의 결산보고서 및 분개 전표 등에 의하여 기업회계를 준용하여 작성된 결산서상 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 같은 규정에 의하여 손금으로 계상한 경우로 보는 것임
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 처분청에 제출한 2000. 1. 1∼2000. 6. 30 사업연도 법인세 신고내용을 양식별로 보면, “법인세 과세표준 및 세액신고서”상 쟁점원천납부세액을 기 납부세액으로 신고하였으며, “손익계산서”에는 쟁점이자소득을 계상하지 아니하였고, “대차대조표”에는 고유목적사업준비금 잔액을 “0”으로 하고 있으며, “고유목적사업준비금조정명세서”에는 쟁점이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 설정하면서 전액 당해 사업연도에 사용한 것으로 조정하고 있고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 한편, 청구법인은 의료보험법(2000. 7. 1 국민건강보험법으로 통합)에 의하여 설립된 법인이고, 동법 제50조(매 회계연도마다 결산서를 작성하여 연도 경과 후 2월 이내에 운영위원회에 보고 하고 의결된 결산서에 연도말 현재로 작성한 재산목록을 첨부하여 보건복지부장관에게 보고 하도록 규정)에 의하여 청구법인이 보건복지부장관에게 신고한 결산서를 보면 “수지계산서”상 쟁점이자소득금액을 사업외지출에 수입이자로 계상하고, 동액을 사업외지출에 고유목적준비금적립금으로 손금에 계상하였으며, “고유목적사업준비금조정명세서”에 쟁점이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 설정하고 당기에 전액 요양급여비로 사용한 것으로 조정하고 있다. 처분청은 청구법인이 법인세 과세표준 신고시 제출한 서류 중 손익계산서상 이자소득금액을 익금(수입이자) 및 손금(고유목적사업준비금전입액)으로 계상하지 아니하였다고 하여 쟁점이자소득금액을 과세표준에 포함하지 아니한 것으로 보아 쟁점원천납부세액을 기 납부세액에서 공제할 수 없다고 하였으나, 위 사실관계에서 보는 바와 같이 청구법인이 법인세 신고시 제출한 서류 중 법인세 과세표준 및 세액계산서, 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에 쟁점원천납부세액을 기 납부세액으로 신고하였으며, 고유목적사업준비금조정명세서에 쟁점이자소득금액을 당기에 전액 고유목적사업준비금으로 계상하였고, 보건복지부장관에게 제출한 결산서의 “수지계산서”에 쟁점이자소득 전액을 익금(수입이자) 및 손금(고유목적사업준비금전입액)으로 계상하였으며, 고유목적사업준비금전입액 전액을 당해연도 사업비(요양급여비)로 사용한 사실 등으로 보아 청구법인은 이 건 쟁점이자소득에 대하여는 법인세 과세표준에 포함하지 않고 원천징수로 종결되는 분리과세 방식을 선택한 것이 아님이 분명한 바, 사실상 법인세 과세표준에 포함하여 신고하였다고 보는 것이 보다 합당하다고 할 것이므로 이자소득에 대한 원천납부세액을 기 납부세액에서 공제하여 법인세를 환급결정함이 타당하다고 판단된다. (같은 뜻: 법인46012-2177, 2000. 10. 26) 따라서 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제62조 / 법인세법시행령 제99조 / 법인세법 제29조 / 법인세법시행령 제56조 /