결손금소급공제에 의한 환급세액 징수시 이자상당액의 가산여부

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]

청구법인은 1990. 3. 23 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 산 **-5번지에 ○○레미콘 주식회사를 설립하여 레미콘 제조업을 운영하고 있으며, 1997. 1. 1∼1997. 12. 31 사업연도(이하 “1997사업연도”라 한다) 수입금액을 16,656,012,005원으로, 과세표준을 -1,318,147,658원으로 하여 법인세 과세표준 및 세액신고하였고, 또한 직전 사업연도 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 구비하여 소급공제 법인세액 환급신청서를 제출하였다. 처분청은 1999. 5. 31 청구법인의 1997사업연도 법인세 신고과세표준 -1,318,147,658원을 -155,023,587원으로 경정하여 결손금이 감소되었음에도, 청구법인에서 환급받은 세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액과 이자상당액 106,801,640원(이하 “쟁점이자상당액”이라 한다)을 징수하지 아니한 사실이 2000. 8. 22 서울지방국세청 정기감사시 확인되어 2000. 9. 8 1997사업연도 법인세 470,319,830원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 11. 25 심사청구하였다.

처분청은 청구법인에서 제출한 소급공제 법인세액 환급신청서에 의하여 환급세액을 결정한 후 1998. 8. 27 체납세액에 충당하였음에도 1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정시 이자상당액(가산세)까지 부과하는 것은 선의의 납세자로서 부당한 처사라고 생각하며, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유없이 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리한 사정이 있을 때 등 납세자가 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법 93누15939, 1993. 11. 23)고 판단되므로 이자상당액(가산세)을 취소하여야 한다.

청구법인에 대한 1997사업연도 법인세 과세표준을 경정함으로써 당초 신고한 결손금이 감소되어 법인세법(1998. 12. 28 법률 제5581호로 개정되기 이전의 것) 제38조의 2【결손금소급공제에 의한 환급】 제5항의 『납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다』는 규정에 의하여 결손금소급공제 환급세액에 이자상당액을 가산하여 법인세 결정고지한 것으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건의 다툼은 결손금소급공제에 의한 환급세액을 법인세로 징수함에 있어 이자상당액을 가산하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ■ 법인세법(1998. 12. 28 법률 제5581호로 개정되기 이전의 것) 제38조의2【결손금소급공제에 의한 환급】 제1항에서는 『대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다』고 규정하고 있고, 제3항에서 『납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다』고 규정하고 있으며, 제5항에서는 『납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다』고 규정하고 있다. ■ 법인세법시행령 제100조의2 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 제4항에서 『법 제38조의 2 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제9조 제4항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다』고 규정하고 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 [법 제38조의 2 제3항의 규정에 아니한 결손금을 초과하는 금액 의한 환급세액(이하 이 조에서 × ─────────────────── “당초 환급세액”이라 한다)] 소급공제 결손금액 제5항에서 『법 제38조의 2 제5항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이라 함은 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액에 대하여 제1호의 기간에 대한 제2호의 율을 적용하여 계산한 금액으로 한다』고 하면서, 제1호에서 『당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간』, 제2호에서『제113조의 3에 규정된 율』을 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 결손금 -1,318,147,658원이 발생되어 직전 사업연도 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 구비한 후 1998. 3. 31 소급공제 법인세액 환급신청서를 제출하여 1996사업연도에 자진납부한 법인세 38,177,460원을 환급 받았으며

(2) 처분청은 1998. 6월 청구법인의 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고에 대한 서면검토시 과세표준을 경정하여 법인세 751,227,680원을 결정고지함과 동시에 청구법인에서 1998. 8월 경정청구한 결손금 소급공제 환급세액 369,081,330원을 결정하여 1998. 8. 27 체납세액에 충당하였고

(3) 1999. 5. 31 청구법인에 대한 1997사업연도 법인세 경정시 당초 신고한 과세표준 -1,318,147,658원이 -155,023,587원으로 감소되었음에도 청구법인에서 환급받은 세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 이자상당액 106,801,640원을 가산하여 징수하지 아니한 사실이 2000. 8. 22 서울지방국세청 정기감사시 확인되어 2000. 9. 8 1997사업연도 법인세 470,319,830원을 경정고지하였음이 법인세경정결의서 및 소급공제 법인세액 환급신청서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 처분청에서 1997년 법인세 과세표준 경정시 결손금이 감소되어 당초 환급한 소급공제 환급세액에 쟁점이자상당액(가산세)까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(5) 관련법령인 법인세법(1998. 12. 28 법률 제5581호로 전면 개정되기 이전) 제38조의 2【결손금소급 공제에 의한 환급】 제5항에서 『납세지 관할세무서장이 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다』고 규정하고, 같은법시행령 제100조의 2【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 제5항에서는 『이자상당액이라 함은 당초 환급세액에 대하여 환급세액의 통지일의 다음날부터 법인세의 고지일까지의 기간에 고지일부터 역산하여 2년 이내는 1일 1만분의 4의 율, 2년 초과하는 기간은 1일 1만분의 3의 율을 적용하여 계산한 금액으로 한다』고 규정하고 있어

(6) 처분청은 청구법인에게 소급공제 법인세를 환급결정하여 체납액에 충당한 후 결손금이 발생한 1997사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써, 청구법인에서 당초 신고한 결손금이 감소되어 이에 상당하는 결손금 소급공제 환급세액에 이자상당액을 가산하여 법인세를 적법하게 과세한 것으로, 선의의 납세자로서 환급세액에 대한 쟁점이자상당액을 취소하여 달라는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(7) 따라서 이 건 심사청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 법인세법 제38조의2 / 법인세법시행령 제100조의2 /