매출누락으로 과세한 처분에 대해 대응매입원가의 손금산입이 가능한지 여부

○○세무서장이 2000.09.15. 청구법인에게 결정하여 고지한 1998년 사업연도 법인세 134,047,420원 및 1999년 사업연도 법인세 86,245,430원의 처분은 폐유를 매입하고 지급한 것으로 확인되는 1998년 사업연도 415,586,000원 및 1999년 사업연도 202,554,298을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○정유(주)라는 법인명으로 정제 재생유를 생산하는 제조업을 영위하는 업체로서, 처분청이 청구법인에 대한 특별세무조사시 청구법인이 보관하고 있는 청구법인의 예금계좌에 거래처로부터 무통장입금은 되었으나, 매출세금계산서를 발행하지 않은 금액 1998년 사업연도 494,453,000원 및 1999년 사업연도 257,144,800원 합계 751,597,800원을 매출누락으로 보아 2000.09.15. 청구법인에게 1998년 사업연도 법인세 134,047,420원 및 1999년 사업연도 법인세 86,245,430원을 결정고지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.11.27. 심사청구를 하였다.

(1) 청구법인은 폐유를 수집하여 이를 정제하여 재생유를 생산하는 업체로서 실지로 수거비용을 현금 지출하였으나, 수집상들이 대부분 영세하여 사업자등록이 되어있지 않는 관계로 세금계산서를 수취할 수 없어 매출에서 미수취한 매입금액 1998년 사업연도 433,936,000원(공급가액), 1999년 사업연도 218,214,298원(공급가액) 합계 652,150,298원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 상당하는 수입금액과 쟁점금액을 손금에서 제외하여 법인세 등을 신고하였다.

(2) 청구법인이 폐유를 매입하고 매입비용을 원가로 처리하지 못한 부외원가에 해당하는 쟁점금액을 공급자의 통장에 입금한 무통장입금증 및 내역서를 심리자료로 제출하였다.

(3) 폐유 구입관련 자금지출 증빙으로 금융기관이 발행한 무통장이금증사본, 거래 상대방에 대한 거래사실조회, 내용증명서겸 우편물 발송증빙 등을 제출하며, 청구법인이 무통장입금한 금액을 제조원가 및 일반판매관리비 명목으로 손금으로 처리하지 않았음을 증명하기 위하여 1998년 및 1999년 사업연도 매입ㆍ매출장 사본, 제조원가명세서, 대차대조표, 손익계산서를 제출하였다.

(4) 상기와 같이 쟁점금액에 대한 거래사실을 입증하기 위하여 심리자료로 제출한 것과 같이 금융기관이 발생한 무통장입금증에서 확인되고 있으므로 매입원가로 인정하여 경정결정 하여야한다.

청구법인이 보관하고 있던 ○○은행 청구법인의 명의 등의 통장계좌번호(000-00-000-000)등에 입금된 금액이 매출누락으로 확인되어 과세한 것으로 당초 처분청의 처분은 정당하며, 청구인이 주장하는 폐유구입 송금내역서는 위 적출액에 대응하는 직접원가로 보기 어려우며, 폐유구입 송금내역서에 기재된 예금주들이 청구법인의 거래처라고 보기에는 불분명함으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 결산서상 매입원가로 방영하지 않은 쟁점금액을 손금에 산입할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법제14조 【각 사업연도의 소득】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고, 같은 법제66조 【결정 및 경정】 제2항에서는 『납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하고 제1호에 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있다. 같은 법시행령제12조 【수익과 비용의 정의】 제2항에서 『법제9조제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 령에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다』라고 규정하고 제1호에 『양도한 자산의 양도당시의 장부가액』이라고 규정하고 제2호에 『판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입원가 그 부대비용(이하 각호 생략)』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인에 대한 특별세무조사시 청구법인이 보관하고 있던 예금통장에 무통장으로 입금은 되었으나, 매출세금계산서를 발행하지 않은 금액에 대하여 매출누락으로 보아 2000.09.15. 청구법인에게 1998년 사업연도 법인세 134,047,420원, 1999년 사업연도 법인세 86,245,430원을 과세한 처분에 대하여는 쌍방 다툼이 없으며, 부외 처리한 쟁점금액에 대하여 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

(2) 청구법인은 세차장, 카센타, 공장, 선박 등에서 발생되는 폐유를 수거하여 정제 재생유를 생산하는 제조업체이며, 폐유매입 거래유형을 살펴보면 ○○시 및 ○○도지역 등은 직접 종업원이 탱크로리 차량으로 폐유를 수거하고, ○○시 등 원거리는 폐유수집상들이 폐유를 수집하여 보관하여 두면 청구법인의 직원이 탱크로리 차량으로 수거하여 오고 수집상들의 폐유수거비용은 무통장입금 시킨 것으로 확인되며, 청구법인은 수집상 청구외 오○○ 등에게 수집보관용 탱크로리 차량 일부를 지원한 경우도 있고, 일부 수집상들은 자체차량 및 선박을 보유하면서 정제 재생유를 생산하는 업체(현재 수집상 문○○은 ○○에너지, 홍○○은 ○○산업 등)들과 거래를 하고 있는 영세업체인 것으로 확인되며, 폐유수집상들은 차량을 기사들에게 관리(차량고장수리비, 유류비 등 기사 본인 부담)하도록 하고 있으며, 기사들이 폐유를 수거해오면 드럼당 10,000원 내외의 수거료를 지급해 온 것으로 확인된다.

(3) 청구법인이 청구외 오○○ 외4인에게 폐유를 매입하고 폐유수거수수료로 무통장입금시킨 내역을 살펴보면 아래 표3-1과 같이 확인된다. 【표3-1】 폐유수거수수료 지급 현황 (단위: 건, 원) 구분 1998년 사업연도 1999년 사업연도 상반기 하반기 계 상반기 하반기 계 건수 금액 건수 금액 건수 금액 건수 금액 오○○ 6 56.152,000 7 40,789,110 96,941,110 문○○ 6 37,000,000 13 62,231,000 99,231,000 13 64,760,000 64,760,000 김○○ 18 99,458,680 14 121,858,812 221,317,492 15 60,906,868 5 11,155,860 72,062,728 홍○○ (홍○○) 31 59,840,000 59,840,000 32 52,928,000 7 17,385,000 70,313,000 조○○ 19 32,900,000 32,900,000 계 30 192,610,680 65 284,718,922 477,329,602 60 178,594,868 31 61,440,860 240,035,728

(4) 청구법인은 폐유 구입대금 지출증빙으로 무통장입금증 사본, 거래상대방에 대한 거래사실조회 내용증명서 사본 등을 제출하고 있고, 수집상 청구외 문○○ 확인서와 같이 수집상들은 대략 3명 내지 5명의 기사(차량관리 및 유류비 기사부담)를 자체 채용하여 폐유를 수거하도록 하고, 드럼당 10,000원내외의 폐유수거료를 지급한 것으로 확인하고 있고, 수집상은 폐기물관리법제26조 및 같은 법 시행규칙제17조에 의하여 폐기물처리업 허가를 받아야하므로 이를 회피하기 위하여 형식적으로 청구법인의 소장(직원)직 등을 부여받았으나, 실질적으로는 개인사업을 하고 있었던 것으로 확인되며, 청구법인으로부터 폐유수거수수료를 수령하여 기사들에게 나누어 지급하고, 이와 관련된 증빙을 청구법인에 준 사실이 없는 것으로 확인하고 있는 점으로 보아 실질적으로 수집상뿐만 아니라 기사들도 수집상에 귀속된 것이 아니라 독립적으로 영업을 영위하고 있는 것으로 판단된다.

(5) 제조원가명세서상 원재료가 매출액에 차지하는 비율을 살펴보면 아래 표와 같다. 【표5-1】 매출액대비 제조원가중 원재료비 분석 (단위: 천원) 1998년(매출: 3,467,342천원) 1999년(매출: 4,026,707천원) 기초 재고 당기매입 기말재고 재료비 (원가) 비율 기초 재고 당기매입 기말 재고 재료비 (원가) 비율 8,250 1,247,195 1,400 1,254,045 36.2 1,400 1,370,612 225,750 1,146,262 28.4

(6) 1999년 사업연도 매입세금계산서를 분석해보면 원재료 및 차량운송에 사용되는 경유매입이 대부분인 것으로 아래 표6-1과 같다. 【표6-1】 매입세금계산서 분석표 (단위: 천원) 거래처명 물품명 금 액 거래처명 물품명 금 액

○○에너지 경 유 718,310

○○석유 경 유 39,970

○○석유(주) 경 유 256,798

○○화학(주) 폐수처리비 31,245

○○정유(주) 윤할유 203,807

○○상사 오 일 30,163

○○유업(주) 경 유 167,843

○○산업(주) 폐수처리비 21,900

○○정유(주) 경 유 105,594 기 타 기 타 655,903 계 2,231,533

(7) 1998년 및 1999년 사업연도 제조원가보고서 내역은 아래 표7-1과 같다. 【표7-1】 제조원가분석표 현황 (단위:천원) 구 분 1998년 1999년 금 액 비 율 금 액 비 율 제조원가 3,166,614 100 2,900,356 100 원재료비 1,254,045 39.6 1,146,262 39.5 노 무 비 537,359 16.9 445,457 15.3 경 비 1,375,210 43.4 1,308,635 45.1 (차량비) 430,748 (13.6) 396,082 (13.6) (연료비) 617.294 (19.4) 641.177 (22.1)

(8) 상기 표와 관련하여 살펴보면, 매출액대비 제조원가중 원재료비 분석표인 표5-1에서 원재료비가 매출에 차지하는 비율은 1998년 사업연도 36.2%이고, 1999년 사업연도 28.4%이며, 1999년 매입세금계산서 분석표인 표6-1에서 매입금액 중 대부분을 경유가 차지하고 있음을 알 수 있고, 청구법인이 윤활유를 매입한 이유는 군부대로부터 폐유를 매입하면서 그 대가를 현금으로 결재하지 않고 윤활유로 물물교환하는 것으로 계약이 되어 있어 윤활유를 매입한 것으로 확인되고, 경유매입이 과다한 것은 정제유 10드럼을 생산하는데 일반적으로 1.5 내지 2드럼의 경유를 섞어 화력을 높여서 출고하기 때문인 것으로 확인되며, 청구법인은 1998년 사업연도 당시 70대의 탱크로리 차량을 소유하고 있었고, 폐유 및 폐수를 운반하는 차량으로 나누어 사용하고 있었으며, 운전기사는 47명 이였던 것으로 확인되며 경유를 원료로 사용하므로 경비중 연료비가 대다수를 차지하고 있는 것으로 표7-1과 같이 확인된다.

(9) 청구법인은 폐유수거시 폐유의 유질이 낮은 경우에는 폐유처리비 명목으로 용역비를 받고 폐유수거를 하고, 폐유의 유질이 좋은 경우에는 폐유수거료를 지불하고 수거하는 것으로 매입ㆍ매출장에 의하여 확인되며, 제조원가명세서 중 원재료비의 대부분이 경유매입비인 것으로 분석되는 바, 그 이유는 정제유가 화력이 약하기 때문에 화력을 높이기 위하여 경유를 매입하여 섞어서 화력기준을 맞추어 매출하기 때문인 것으로 확인이 된다.

(10) 상기 매입세금계산서분석 표6-1과 같이 매입금액 2,231백만원 중 경유 매입비가 약 1,288백만원인 것으로 확인되고, 이 중에서 운반용 탱크로리차량 연료비 641백만원을 제외하면 제조원가명세서상 원재료비 1,146백만원의 56%인 647백만원이 경유매입비이고, 군부대에 폐유매입수수료 대가로 지급한 윤활유 매입비 233백만원을 제외하면, 나머지는 266백만원이며 이중 순수하게 폐유매입비 명목으로 지출된 금액은 제조원재료비의 12.9%인 148백만원인 것으로 확인된다.

(11) 이와 같이 폐유매입비는 148백만원으로 청구외 ○○산업(주) 등 다수 사업자로부터 매입한 것으로 매입장에 의하여 확인되고, 제조원가에는 청구법인이 주장하는 쟁점금액이 원가(손금)로 계상된 사실이 없는 것으로 제조원가보고서 및 매입ㆍ매출장에 의하여 확인되며, 국세청전산시스템(D/B)에 조회한 결과 청구외 문○○에게 1998년 사업연도 7,100,000원, 1999년 사업연도 10,800,000원 합계 17,900,000원, 청구외 오○○에게 1998년 사업연도 11,250,000원, 1999년 사업연도 4,860,000원 합계 16,110,000원을 급여로 지급한 것으로 회계처리 하여 손금에 산입한 것으로 확인되나, 청구외 문○○은 급여를 별도로 받은 사실이 없는 것으로 확인하고 있고, 청구외 홍○○은 ○○소장으로 위촉받은 청구외 홍○○의 아들로 실질적인 사업자는 부(부)인 청구외 홍○○인 것으로 확인되고, 나머지는 수집상 청구외 김○○ 등에게는 급여로 손금처리한 사실은 확인되지 않는다.

(12) 처분청이 2000.05.02. 결정고지한 1997년 사업연도 법인세 85,284,640원에 대하여 청구법인이 이의신청을 하였으며, 처분청은 1997년 사업연도 무자료 폐유수거수수료에 대한 무통장입금증에 의하여 확인된 매입원가는 손금으로 인정하여 2000.11.08. 경정결정하고, 2000.12.01. 과세자료를 상기거래자 등의 주소지 관할 세무서장에게 과세자료로 통보한 것으로 확인된다.

(13) 관계법령 및 사실관계를 모두어 보면, 청구법인이 1998년 사업연도 폐유매입처인 청구외 오○○ 외4인에게 95회 걸쳐 입금한 477,329,602원중 부가가치세매입세액 상당액이 포함되어 있는지가 불분명한 경우에는 동 매입금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 소득금액계산상 손금에 산입하는 것(법인 46012-1762, 1999.05.10. 같은 뜻)이라고 해석하고 있으므로 부가가치세상당액 43,393,600원 및 국세청전산시스템에 의하여 확인된 급여로 손금처리한 18,350,000원을 제외한 415,586,000원, 1999년 사업연도 문○○외 4인에게 91회에 걸처 입금한 240,035,728원중 부가가치세 21,821,429원 및 급여로 손금처리한 15,660,000원을 제외한 202,554,298원은 무통장입금증사본, 심리시 확인한 용역제공자의 통장사본, 용역제공자의 계좌별 거래명세표 사본, 거래사실조회 내용증명서, 청구외 문○○의 확인서 등에 의하여 폐유구입과 관련된 지출임이 확인되고, 청구외 문○○ 등 수집상과 기사들에게 사실관계를 조사하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 처분청이 1997년 사업연도 무통장입금증에 확인되는 부분을 기손금으로 인정한 바 있으므로, 1998년 및 1999년 사업연도의 각사업연도소득에 손금으로 인정하여 경정결정하는 것이 합리적이라 판단된다. 따라서. 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.