특별부가세의 감면방법으로 청구법인이 과세이연 신청의 가능여부

○○세무서장이 2000.08.05 청구법인에게 결정고지한 1999.01.01~12.31 사업연도 법인세 220,557,630원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 1981.05.12 설립하여 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 4필지 대지 4,926㎡ 및 공장건물 4,084.85㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 벽지 제조업을 영위하던 중 1993.11.15 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 16,859㎡를 취득한 후 1994.11.15 신공장을 준공하여 1995.02.24 동 소재지에 지점법인을 설립(1887.12.10 본점으로 변경)한 후 쟁점부동산을 1997.01.28 경락에 의하여 양도하였으나, 이에 대한 특별부가세신고를 하지 않은 채 1996.01.01~12.31 사업연도(당초 청구법인은 쟁점부동산의 양도일을 1996.09.17로 신고함)를 대상으로 1999.06.29 과세이연 신청서를 첨부서류와 함께 제출하였다. 처분청은 청구법이 쟁점부동산 양도에 대한 특별부사세를 신고ㆍ납부하지 아니하였을 뿐만 아니라 조세감면규제법의 과세이연신청서를 법인세과세표준 신고기한내에 신청하지 않았음을 이유로 청구법인의 과세이연신청을 받아들이지 아니하고 1996년 사업연도 법인세를 결정고지하였는데 이에 대한 불복청구(심사법인1999-402)에서 사업연도 적용오류로 결정이 있자 이를 취소한 후 2000.08.05 조세감면규제법의 50% 세액감면규정을 적용하여 청구법인에게 1997.01.01~12.31 사업연도 법인세 220,557,630원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.11.07 심사청구하였다.

청구법인은 특별부가세가 결정고지되기 전인 1999.06.29 과세이연 신청을 하였으며, 쟁점부동산 양도내용이 1997.01.01~12.31 사업연도 결산시에도 반영하였으므로 과세이연 신청을 받아들여 결정된 고지세액을 취소하여야 한다.

쟁점부동산 양도내용이 1997.01.01~12.31 사업연도의 결산서에 반영되지 않았음은 물론 법인세과세표준 신고시 쟁점부동산 양도에 대한 특별부가세도 신고한 사실이 없으므로 청구법인의 과세이연신청을 받아들이지 아니하고 특별부가세 50% 상당액을 세액 감면한 후 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특별부가세의 감면방법으로 50% 세액감면과 과세이연을 규정하고 있는바, 청구법인에게 50% 세액감면 후 결정고지한 상황에서 청구법인의 ‘과세이연’ 신청을 받아들일 수 있는 지를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 조세감면규제법 제43조 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세등의 감면】 제1항에 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장(이하 이조에서 “대도시공장”이라 한다)을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장 대지와 건물을 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.

1. 대도시공장의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법

2. 대도시공장의 대지와 건물의 양도에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 하는 방법』을 규정하고 있으며 제4항(1996.12.30 법률 제5196호로 개정된 것)에 『제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청 또는 과세이연 신청을 하여야 한다』라고 규정하고 있고 부칙 제3조 【양도소득세 등에 관한 적용례】 제1항에 『이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제43조ㆍ제44조ㆍ제70조ㆍ제71조 및 제73조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신청하는 분부터 적용한다』라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제41조 【공장의 지방이전에 대한 양도소득세등의 감면 등】 제1항에 『법 제43조의 규정에 의하여 양도소득세 등을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 대도시공장의 지방이전은 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. 다만, 대도시 공장 또는 지방공장의 대지가 총리령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제43조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하는 경우』를 규정하고 있고 제6항(1996.12.31 대통령령 제151197호로 개정된 것)에 『법 제43조의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면하거나 과세이연을 받고자 하는 내국인은 대도시공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 총리령이 정하는 세액가면신청서 또는 과세이연신청서에 다음의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 제1항 제1호에 해당하는 경우에는 총리령이 정하는 이전완료보고서와 사업자등록증 사본』을 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점부동산 양도에 있어서 조세감면규제법에 의한 감면요건에 해당된다는 것에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으나, 청구법인은 청구법인의 과세이연신청을 받아들여 이 건 과세된 처분을 취소하여 달라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점부동산을 양도하고 법인세(특별부가세)를 신고ㆍ납부하지 아니하였으나, 1999.06.29일에 1996.01.01~12.31 사업연도를 대상연도로 하여 이전완료보고서 및 이전된 공장의 사업자등록증사본을 첨부한 과세이연신청서를 처분청에 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 ○○지방국세청의 지시(감사지적)에 따라 조세감면규제법의 공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면방법 중 특별부가세 50% 세액감면방법을 적용하여 2000.08.05. 청구법인에게 1997.01.01~12.31 사업연도를 과세연도로 하여 1999.08.09 결정고지하였으나, 심사결정에 의하여 양도일이 1997.01.28일로 확정됨에 따라 과세 사업연도가 변경됨)하였음이 처분청의 납세고지서와 법인세 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다. 관련 법규정을 살펴보면, 공장의 지방이전에 대한 감면방법으로 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있도록 규정하고 있으며, 1996.12.30 법 개정시 ‘세액감면신청 또는 과세이연신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다’라는 조합이 ‘신청을 하여야 한다’라고 개정되었고, 또한 1996.12.31 같은 법 시행령 개정시에 ‘기한내에 감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준 및 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년 이네에 제출할 수 있다’라는 조항을 삭제하여 감면신청시기의 제한을 두지 않음으로써 1997.01.01 이후 신청분부터는 감면신청을 하지 않더라도 감면요건에 해당되며 감면해 주도록 감면요건이 완화되었음을 알 수 있다. 따라서, 위 관련 법의 취지에서 볼 때 그 감면방법을 처분청의 처분대로 따라야 하는 것이 아니고 납세자가 선택하여 감면혜택을 받을 수 있다고 보아야 하는바, 청구법인은 쟁점부동산 양도에 대한 부과처분 이전에 과세이연을 요구하는 신청서를 제출하였으며, 쟁점부동산의 양도가 조세감면규제법의 감면요건에도 부합하므로 청구법인의 과세이연신청을 받아들여 청구법인에게 이 건 과세된 부과처분을 취소함이 타당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.