매입누락금액의 손금산입시 부가가치세 포함 여부

1. ○○세무서장이 2000. 8. 4. 청구법인에게 결정고지한 ’98년 사업연도 법인세 54,473,250원 및 ’99년 사업연도 법인세 122,506,640원의 처분은

• 가. ‘98년 사업연도 및 ’99년 사업연도 결산서에 누락하였다는 일반판매관리비 497,450,800원에 대하여 실제로 업무와 관련 있는 비용 및 실지 지급한 비용으로 인정할 수 있는지 등을 재조사하여 확인된 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하고,
• 나. 나머지청구는 기각합니다.

2. 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 매출누락 자금으로 직접 지출한 것이 확인되는 금액을 재조사하여 확인된 금액을 제외하여 소득금액변동통지금액을 정정 통지합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○유통이라는 법인명으로 화장품 도․소매업을 영위하는 업체로서 ○○지방국세청장이 청구법인에 대한 유통과정추적조사 시, ‘97년 사업연도 매출누락 5,859,000원, 가공매입 464,788,000원, 매입누락 412,263,000원, ’98년 사업연도 매출누락 386,797,000원, 가공매입 294, 732,000원, 매입누락 291,843,000원, ‘99년 사업연도 매출누락 386,797,000원, 매입누락 291,843,000원, 가공매입 294,732,000원을 적출하여 처분청에 통보하였다. 처분청은 통보 받은 과세자료에 의거 2000. 8. 4. 청구법인에게 ‘98년 사업연도 법인세 54,473,250원 및 ’99년 사업연도 법인세 122,506,640원을 경정고지 하고, ‘97년 64,222,400원, ’98년 287,148,400원, ‘99년 428,653,900원의 소득금액변동통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.10.27. 심사청구를 하였다.

(1) ○○지방국세청장이 유통과정추적조사시 청구법인이 보관하고 있는 장부에 일반관리비 등으로 실지 지출한 금액이 ‘98년도에는 495,726,551원으로 당초 신고한 201,822,125원 보다 293,904,426원이, ’99년도에는 387,446,881원으로 당초 신고분 222,146,137원보다 165,300,744원이 더 많이 지출된 것으로 기재 되어 있으나, 이를 손금으로 인정하지 않은 것은 부당하므로, 청구법인이 비치 ․ 기장한 장부 및 증빙서철 등에 의해 실제 지급이 확인된 일반관리비에 대해서는 손금으로 인정하여 당초 고지한 법인세를 경정하여야 한다.

(2) 매출 누락분에 대한 대표이사 상여처분에 따른 소득금액 변동통지에 대하여 법인세법제67조 및 같은 법시행령제106조의 규정에 따르면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여 ․ 배당 ․ 기타소득 ․ 기타 사외유출로 처분하되 그 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정되어 있으므로, 매출누락금액 중 일반 관리비로 ‘98년 사업연도 손금 293,904,426원이 추가 지출되었고, ’99년 사업연도 손금 165,915, 279원이 추가 지출되었음이 비치된 장부 및 지출증빙에 의하여 확인되므로 이는 법인의 비용으로 사외유출 된 것이 분명하며, 그 귀속자가 불분명한 사유에 해당하지 아니하므로 대표자에 대한 상여처분에서 제외되어야 한다.

(3) 매입누락부분의 손금산입에 대하여, 처분청은 청구법인이 기장 ․ 비치한 장부에 의하여 실지 매입처에 지급된 금액이 ‘97년 사업연도 453,490,000원, ’98년 사업연도 594,780,000원, ‘99년 사업연도 321,031,000원으로 합계 1,369,315,000원인데도, 실지 지급금액의 110분의100인 1,244,831,000원만 손금산입한 것은 부당하다.

• 가. 청구1에 대하여 청구법인이 결산장부에 일반관리비 459,205,170원(‘98사업연도 293,904,426원, ’99년 사업연도 165,300,744원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)이 미반영 되었다고 추가 인정하여 달라는 청구주장은 조사과정에서 적출된 매출누락에 대응하는 일부 경비가 있을 것으로 추정은 되었으나, 조사기간 종료시까지 관련증빙을 제출하지 아니하였으며, 심사청구시 심리자료로 제출한 증빙의 신빙성 여부는 사실 판단 사항에 해당된다고 생각되며, 이들 증빙이 개관적으로 사실에 부합된다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.
• 나. 청구2에 대하여 상기(1)에서 청구법인이 추가 지출하였다는 쟁점금액은 지출여부가 불분명하므로 법인세법제67조 및 동법시행령제106조의 규정에 의거 당초 매출누락금액을 상여처분한 것은 정당하다.
• 다. 청구3에 대하여 매입누락액을 대한 원가로 인정한 1,244,831,000원에 대하여 청구법인이 매입금액총액 1,369,315,000원을 원가로 인정하여 달라는 주장은, 매입금액 중에 부가가치세가 포합되었는지 불분명한 경우에는 매입금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 소득금액계산상 손금산입(법인46012-1762, ‘99. 5.10.)하는 것으로 해석한 바 있으므로 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 결산서상 일반관리비로 반영하지 않은 쟁점금액을 손금에 산입할 수 있는지 여부와,

(2) 상기 쟁점1)의 금액을 대표이사에게 상여로 처분한 소득에서 제외할 수 있는지 여부와,

(3) 매입누락금액 손금산입시 부가가치세포함여부가 불분명하다고 보아 110분의 100 상당액을 손금산입한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공재한 금액으로 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제66조 【결정 및 경정】 제2항에서는 『납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 가 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하고 제1호에 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제67조 【소득처분】 『법제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조항 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법시행령 제12조 【수익과 비용의 정의】 제2항에서 『법제9조제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 령에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.』라고 규정하고 제1호에 『양도한 자산의 양도당시의 장부가액』이라고 규정하고 제2호에 『판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입원가 그 부대비용(이하 각호 생략)』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법시행령 제106조 【소득처분】 제1항제1호에 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 이익처분에 의한 상여 ․ 배당 ․ 기타소득 ․ 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점(1)에 대하여

(1) 청구법인은 ○○지방국세청장이 유통과정추적조사시 청구법인이 비치․기장한 장부에 의하여 매출누락금액을 조사함에 있어 청구법인이 보관하고 있는 장부에 일반관리비 등으로 실제 지출한 금액이 ‘98년에는 495,726,551원으로 당초 신고한 201,822,125원 보다 293,904,426원이, ’99년에는 387,446,881원으로 당초 신고한 222,146,137원보다 165,300,744원이 더 지출된 것으로 기장되어 있으므로, 청구법인이 비치 ․ 기장한 장부 및 증빙철 등에 의해 실제 지급이 확인된 일반관리비에 대해서는 추가로 손금인정하여야 한다고 주장하고 있다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료(장부사본)에 의하면, 실제 지출한 일반판매관리비로서 장부상 기장을 하였으나 결산서에 반영하지 못하였다는 금액이 계정과목별로 아래 표와 같다. (표1-1)‘98년 판매 ․ 일반관리비 현황 (단위: 원) 과 목 결산서금액 장부계상금액 차 이 임직원급여 166,427,530 359,133,470 192,705,940 상 여 금 20,588,750 20,588,750 복리후생비 3,256,210 17,847,818 14,591,608 지급임차료 7,000,000 17,848,000 10,848,000 차량유지비 7,964,000 24,402,180 16,438,180 기 타 17,174,385 55,906,333 38,731,948 합 계 201,822,155 495,726,551 293,904,426 (표1-2) ‘99년 판매 ․ 일반관리비 현황 (단위: 원) 과 목 결산서금액 장부계상금액 차 이 임직원급여 156,427,920 211,367,730 54,939,810 상 여 금 15,213,250 24,422,750 9,209,500 복리후생비 64,123,350 16,083,560 9,671,230 지급임차료 8,100,000 19,350,000 11,250,000 차량유지비 6,218,930 19,931,238 13,712,308 기 타 29,773,707 96,291,603 66,517,896 합 계 222,146,137 387,446,881 165,300,744

(3) 청구법인이 심리자료로 제출한 장부상 일반관리비 883,173,432원(‘98년 사업연도분 495,726,551원, ’99년 사업연도분 387,446,881원)중 실지로 직원의 급여계좌에 이체한 자료로 제출한 금액 약 300백만원만 은행 수납인이 찍혀있을 뿐 나머지 급여결재서류, 제시장부 등은 청구법인의 내부서류로서 이를 뒷받침 할 수 있는 증빙자료의 제시가 없어 객관적으로 인정하기는 어렵다고 할 것이므로, 해당종업원들이 실지로 근무하였는지, 장부에 계상한 일반판매관리비등이 실지로 지급되어 손금으로 인정할 수 있는지 등을 재조사하여 확인된 결과에 따라 경정 결정함이 타당하다고 판단된다.

○ 쟁점(2)에 대하여

(1) 매출누락금액 중 일반판매관리비가 ‘98년 사업연도 293,904,426원, ’99년 사업연도 165,915,279원이 추가 지출되었음이 비치된 장부 및 지출증빙에 의하여 확인되므로 이는 법인의 비용으로 사외유출 된 것이 분명하며, 그 귀속자가 불분명한 사유에 해당하지 아니하므로 대표자에 대한 상여처분에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

(2) 법인세법제67조 및 동 법시행령 제106조의 규정에 따르면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여 ․ 배당 ․ 기타소득 ․ 기타사외유출로 처분하되 그 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정되어 있다.

(3) 매출누락액에 대한 상여처분에 있어서 특별한 사유가 없는 경우 전액 상여처분 하는 것이 타당하나, 매출누락 자금으로 법인의 손금을 직접 지출한 것으로 확인되는 경우에는 이를 제외하고 상여처분 할 수 있는 바, 위 쟁점1)에서 청구법인이 추가 지출하였다는 쟁점금액의 지출원인이 정당한지와 지출한 금액이 매출누락에 의한 자금으로 직접 지출된 것인지 등을 재조사하여 확인된 결과에 따라, 대표자에게 상여로 처분할 금액을 재계산하여 소득처분 금액을 변경 통지하는 것이 타당하다고 판단된다.

○ 쟁점(3) 대하여

(1) 법인세법제21조제1호에 의하여 부가가치세매입세액은 각 사업연도소득금액 계산상 손금불산입 항목이고, 대금지급 내역 등에 의해 거래 사실이 입증되는 경우로서 당해 매입금액 중 부가가치세매입세액 상당액이 포함되어 있는지가 불분명한 경우에는 동 매입금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 소득금액계산상 손금에 산입하는 것이다.(법인46012-1762, ‘99. 5.10. 같은 뜻)라고 해석하고 있다.

(2) 청구법인과 같이 부가가치세과세사업자인 경우 부가가치세매입세액은 각 사업연도 소득금액 계산상 손금불산입에 해당되므로 손금산입대상에 해당되지 않는 것이고, 매입금액에 부가가치세가 포함되었는지 여부가 불분명할 경우에는 부가가치세가 포함된 것으로 보아 매입금액의 110분의 100에 해당하는 금액만 손금에 산입하는 것이 타당하므로 처분청의 당초 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.