결손금을 증액하는 경정청구를 하면서 소급공제 법인세액 환급신청 가능 여부

○○세무서장이 2000.08.01 청구인에게 결정고지한 1996사업연도 법인세 23,655,122원은 이를 취소합니다.

청구법인은 1996사업연도 법인세에 대하여 과세표준을 150,473,906원으로 하고, 산출세액을 30,132,693원으로 하여 법인세 법정신고기한 내에 신고한 후 1997사업연도 법인세 신고시 결손금 142,353,090원(이하 “당초 결손금”이라 한다)에 대하여 소급공제 법인세액 환급신청을 하여 1998.04.21 처분청으로부터 법인세 28,833,360원을 환급받고, 1998.05.20일자로 1996사업연도 법인세 과세표준을 285,969,502원, 산출세액을 68,071,460원으로, 그리고 1997사업연도의 결손금을 207,613,416원(이하 “수정 후 결손금”이라 한다)으로 각각 수정신고하고 수정 후 결손금 전액에 대하여 소급공제 법인세액 환급 신청을 하여 1998.09.08 추가로 법인세 26,701,120원을 환급받았다.

○○세무서장은 결손금 소급공제는 당초 소급공제 신청한 결손금의 범위 내에서만 소급공제가 가능하고 경정청구에 의해서는 결손금 소급공제를 할 수 없는 것이라고 하여 경정청구로 소급공제한 결손금을 과세표준에 합산하여 2000.08.01 청구법인에게 1996사업연도 법인세 23,655,122원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.10.02 심사청구하였다.

법인세법 제38조의2 에서 규정하고 있는 결손금 소급공제에 의한 환급도 국세기본법에서 규정하고 있는 수정신고 및 경정 등의 청구의 대상이 될 수 있고, 국세기본법은 타법에 우선하는 바, 경정청구에 의하여 소급공제 법인세 환급신청도 가능하다는 주장이다.

결손금 소급공제에 의한 환급에 대하여 법인세법시행령 제100조 의 2 제6항의 규정을 보면 “당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 기초가 된 직전사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다”라고 규정하고 있는바와 같이 경정에 의하여 직전 사업연도의 소득금액이 달라진 경우에는 당초 환급신청한 결손금의 범위 내에서 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하는 것(법인 46012-1025, 1998.04.24)인 바, 경정에 의하여 당해 사업연도의 결손금이 증가하는 경우에는 당초 환급신청한 결손금을 초과하는 결손금은 이월결손금으로 공제되어야 하는 것이고 소급공제에 의하여 환급하는 것은 아니라는 의견이다.

• 가. 쟁점 당해 사업연도의 결손금을 증액하는 경정청구를 하면서 증액된 결손금에 대하여 소급공제 법인세액 환급신청이 가능한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제8조 【과세표준】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호에 규정하는 소득과 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다.』고 규정하고, 제1호에서 『각 사업연도 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액』을 열거하고 있다. 같은법 제38조의 2 【결손금소급공제에 의한 환급】 제1항에서 『대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.』고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고 기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.』라고 규정하고, 제5항에서 『납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로 징수한다.』고 규정하고, 제6항에서 『결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산과 신청절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제100조의 2 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 제1항에서 『법 제38조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인세액” 이라 함은 법 제8조의 규정에 의한 직전 사업연도의 과세표준금액(이하 이 조에서 “과세표준금액” 이라 한다)에 법 제22조의 규정에 의한 세율(직전 사업연도에 적용되는 세율을 말하며, 이하 이 조에서 “법인세율” 이라 한다)을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액” 이라 한다)을 말한다. 다만, 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 “감면세액” 이라 한다)이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세액으로 한다.』라고 규정하고, 제3항에서 『법 제38조의 2 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 재정경제부령이 정하는 소급공제 법인세액 환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고, 제6항에서 『납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.』라고 규정하고, 제7항에서 『제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제3조 【세법등과의 관계】 제1항에서 『이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절ㆍ제3절 및 제5절, 제5장 제1절ㆍ제2절 제45조의 2, 제6장 제51조(조세특례제한법에 의한 환급에 한한다)와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 법정신고 기한내에 1996귀속 법인세에 대하여는 과세표준을 150,473,960원, 산출세액을 30,132,693원으로 하며, 1997사업연도 법인세에 대하여는 과세표준을 결손금 142,353,090원으로 하고, 동 결손금에 대하여 소급공제 법인세 환급신청을 하여 법인세 28,833,363원을 환급받았으며, 1998.05.20 1996사업연도 법인세에 대하여는 과세표준을 285,969,502원, 산출세액을 68,071,460원으로 하고, 1997사업연도 법인세에 대하여는 결손금을 207,613,416원으로 증액하는 수정신고를 하고, 증액된 결손금 전액에 대하여 소급공제 법인세 환급신청을 함으로써 추가로 법인세 26,701,124원을 환급받았으며 이에 대하여는 처분청간에 다툼이 없다. 청구법인은 국세기본법상 경정청구는 타법에 우선하므로 수정신고에 의하여 증액된 결손금에 대하여도 경정청구를 통하여 소급공제 법인세 환급신청이 가능하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 위 관계법령을 보면 법인세법상 결손금 공제방법에는 이월하여 차후연도의 소득에서 공제하는 방법(이하 “이월공제방법”이라 한다)가 전년도 소득에서 소급공제하여 기납부한 세액을 환급해 주는 방법(이하 “소급공제방법”이라 한다)을 규정하고 있으며, 법인세법 제38조의2 에서 결손금 소급공제는 중소기업에 한하고, 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 하며, 같은법시행령 제100조의2 제3항에서 결손금 소급공제에 의하여 법인세 환급을 받고자 하는 자는 “소급공제 법인세액 환급신청서”를 제출하도록 하고 있는 바, 환급세액을 결정하기 위하여 필요한 구체적 사항을 기재한 소급공제 법인세액 환급신청서는 국세기본법 제2조 제15호 소정의 과세표준신고서에 해당하는 것이고, 따라서 직전 사업연도의 과세표준과 법인세액 또는 당해 연도의 결손금이 달라짐에 따라 당초 신청한 환급세액이 세법에 의하여 환급받을 수 있는 세액에 미달하는 때에는 국세기본법 제45조 의 2 제2호의 규정에 의하여 당초 신고한 환급세액의 경정을 청구할 수 있다고 할 것(서울행법 99구33201, 2000.06.02, 법인46012-1644, 2000.07.26))이므로, 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세를 법정신고기한내에 신고하고, 경정청구기한내인 1998.05.20 수정신고 및 경정청구를 통하여 추가로 소급공제 법인세액 환급신청을 한 이건의 경우 적법한 경정청구임에도 기왕에 환급한 법인세액 상당액을 추징함은 잘못이라고 하겠다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.