조사시 증빙의 미제시로 일반관리비용을 부인처분한 경우 심리기간 중 증빙을 제출하여 손금산입이 가능한지 여부

○○세무서장이 2000.06.02 청구법인에게 결정고지한 1994.04.01~1999.03.31 사업연도 법인세 695,746,580원(1994.04.01~1995.03.31 사업연도 40,521,360원, 1995.04.01~1996.03.31 사업연도 233,971,850원, 1996.04.01~1997.03.31 사업연도 93,435,690원, 1997.04.01~1998.03.31 사업연도 160,529,120원, 1998.04.01~1999.03.31 사업연도 167,288,560원) 및 1995.04.01~1996.03.31 사업연도 농어촌특별세 10,891,240원과 2000.07.03 청구법인에게 결정고지한 1995.01.01~1999.12.31 사업연도 갑종근로소득세 655,528,940원(1995.01.01~12.31 사업연도 186,314,190원, 1996.01.01~12.31 사업연도 98,932,970원, 1997.01.01~12.31 사업연도 138,118,550원, 1998.01.01~12.31 사업연도 187,514,990원, 1999.01.01~12.31 사업연도 44,648,240원)의 각 부과처분은, 1994.04.01~1999.03.31 사업연도에 손금불산입한 1,488,797,166원 중 청구법인이 별도로 보관하고 있다는 지출증빙 1,257,415,674원의 진위 및 지출금액의 귀속자를 재조사하여 그 결과에 따라 위 사업연도의 법인세과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하며 진단용 시약을 병원 등에 납품하는 도매업 법인으로서, 1994.04.01~1999.03.31까지의 5개 사업연도의 과세표준을 각각 392,977,483원, 0원, 709,954,659원, 793,231,577원, 1,648,107,236원으로 하여 법인세과세표준 및 세액을 신고하였다.

○○국세청의 청구법인에 대한 위 사업연도의 법인세 조사시 일반관리비 계정의 증빙서류를 대사한 결과 지출증빙없이 장부상 비용계상된 1,488,797,166원을 적출함에 따라 처분청은 이를 손금불산입하여 2000.06.02 청구법인에게 1994.04.01~1999.03.31 사업연도 법인세 695,746,580원(1994.04.01~1995.03.31 사업연도 40,521,360원, 1995.04.01~1996.03.31 사업연도 233,971,850원, 1996.04.01~1997.03.31 사업연도 93,435,690원, 1997.04.01~1998.03.31 사업연도 160,529,120원, 1998.04.01~1999.03.31 사업연도 167,288,560원)과 1995.04.01~1996.03.31 사업연도 농어촌특별세 10,891,240원을 결정고지하고, 손금불산입액 1,488,797,166원 중 지출금액의 귀속이 불분명한 1,414,797,116원을 대표이사에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 이에 대한 갑종근로소득세를 납부하지 아니하여 2000.07.03 청구법인에게 1995.01.01~1999.12.31 사업연도 갑종근로소득세 655,528,940원(1995.01.01~12.31 사업연도 186,314,190원, 1996.01.01~12.31 사업연도 98,932,970원, 1997.01.01~12.31 사업연도 138,118,550원, 1998.01.01~12.31 사업연도 187,514,990원, 1999.01.01~12.31 사업연도 44,648,240원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.09.14 심사청구하였다.

1. 손금불산입액 1,488,797,166원 중 1,257,415,674(이하 “쟁점금액①” 이라 한다)의 지출증빙은 예치당시에 제출하지 못하였을 뿐 출금전표와는 별도로 보관하고 있었고, 조사당시 청구법인의 모든 장부 및 증빙서류가 예치되어 있어 어떤 전표에 어떤 증빙이 첨부되어 있는 지도 알 수 없는 상황에서 조사청은 청구법인에게 지출증빙이 없는 부분에 대하여 단 한번의 소명기회도 주지 않고 일방적으로 결정하였으며 청구법인은 영세중소법인으로서 비용을 집행하는 영업부직원이나 회계담당자가 세법지식이 부족하여 증빙수집에 소홀한 점이 있었으나 실제로 이러한 증빙이 담당직원의 캐비넷 등에 임의로 보관되어 있었음에도 처분청은 그 지출증빙이 있는지의 사실여부를 확인하지 아니하고 과세한 처분은 부당하다.

2. 조사청의 주장대로 증빙이 없는 경비가 가공이라면 동 가공경비가 대표자, 임원 등의 통장에 입금되었음을 입증하여야 하는바, 처분청은 청구법인의 모든 예금통장을 예치하여 조사하였음에도 불구하고 손금불산입액 중 1,414,782,486원(이하 “쟁점금액②” 라 한다)을 대표자에게 입금된 사실을 밝히지도 아니한 체 대표자에 대한 상여로 처분하여 청구법인에게 갑종근로소득세를 결정고지한 것은 부당하다.

1. 당초 조사시 출금전표 뿐만 아니라 지출결의서에도 증빙이 없음을 확인하여 결정한 것으로서 청구법인은 조사기간 중 지출증빙이 없는 손금에 대하여 관련 증빙을 제시하면 인정받을 수 있었음에도 증빙을 제시하지 않다가 불복청구하면서 조사청이 일방적으로 결정하였다는 청구주장은 사실과 다르며 영세중소법인이라고 하여 법인의 비용거증책임에 예외규정이 있는 것이 아니며, 별도 보관된 증빙이 있으면 조사시 제시하여 소명하여야 하는 것으로서, 이는 영세중소법인과는 다른 별개의 사항이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

2. 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급 규정ㆍ사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에 귀속시키는 것이 정당하다는 것을 입증하여야 하에도 청구법인은 이를 입증할 수 있는 증빙자료 제시가 없었으므로 지출처가 불분명한 쟁점금액②를 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여처분하여 청구법인에게 과세한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 증빙을 별도로 보관하고 있다는 쟁점금액①을 손금으로 인정할 수 있는지

2. 쟁점금액②를 대표자에게 상여로 처분하여 과세한 것이 맞는 지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 국세기본법 제16조 【근거과세】 제1항에 『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다』라고 규정하고 있으며 구 법인세법 제9조 【각사업연도의 소득】 제1항에 『내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고 제1항에서 『“손금” 이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다』라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제12조 제2항에는 『법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다』라고 규정하면서, 그 16호에 『제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액』을 열거하고 있다. 같은법 제32조 【결정과 경정】 제2항에 『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다』라고 규정하면서, 그 1호에 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』를 열거하고 있으며 제5항에는 『제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다』라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제94조의 2 【소득처분】 제1항에 『법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다』라고 규정하면서, 그 1호에 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타 소득ㆍ기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다』라고 규정하고 있으며 같은법 제62조 【장부의 비치ㆍ기장】에 『납세의무 있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제1조 제1항 제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1982.05.10 설립된 진단용시약 등을 병원 등에 납품하는 도매업법인으로서, 1994.04.01~1999.03.31까지의 5개 사업연도의 법인세과세표준을 각각 392,977,483원, 0원, 709,954,659원, 793,231,577원, 1,648,107,236원으로 하여 신고하였음이 청구법인의 법인세과세표준 및 세액신고서에 의하여 확인된다. 처분청은 청구법인에 대한 ○○국세청의 법인세조사시 일반관리비계정의 증빙서류를 대사한 결과 지출증빙없이 장부상 비용계상된 1,488,797,166원을 적출함에 따라 이를 손금불산입하여 청구법인에게 위 사업연도의 법인세를 결정고지하는 한편 쟁점금액②를 대표자에게 상여처분하고 이에 대한 갑종근로소득세를 결정고지하였음이 처분청의 법인세과세표준 및 세액결정결의서와 원천세결정결의서에 의하여 확인된다.
• 가) 청구주장 1)에 대하여

○○국세청의 증빙불비경비명세서는 계정과목별, 일자별로 작성되어 있어 건별로 지출증빙의 유무를 확인하여 작성한 것으로서 그 명세서와 제시된 일부 출금전표의 지출증빙과 대사한바, 대부분 공급받는 자용 영수증 또는 간이세금계산서이고 신용카드매출전표도 일부 첨부되어 있음이 확인된다. 청구법인은 쟁점금액①은 지출증빙이 별도로 보관되어 있다고 하면서 심사청구에 대한 심리기간 중에 신용카드매출전표ㆍ영수증ㆍ간이세금계산서ㆍ무통장입금중ㆍ금전등록기 영수증ㆍ택배수하물표ㆍ화물송장 등의 증빙이 첨부되어 있는 출금전표 일부와 복리후생비 등 일반관리비 계정이 기록되어 이쓴 손익장을 제시하였다. 일반관리비 장부의계정과목 내역을 보면 그 지출금액이 대부분 1백만원 미만의 소액으로 월별로 수십건이며, 제시된 출금전표 이면의 증빙도 대부분 공급받는자용영수증 또는 간이세금계산서이나 일부는 소급하여 작성할 수 없는 신용카드 매출전표 및 무통장입금증이 첨부되어 있음을 알 수 있다. 따라서, 청구법인은 비치ㆍ기장하고 있는 장부에 근거하여 위 사업연도의 법인세과세표준 및 세액을 신고하였으며, 심리기간 중에 제시한 일부 출금전표에 소급하여 작성할 수 없는 신용카드매출전표 및 무통장입금증 중 지출증빙이 첨부되어 있는 점으로 보아 그 지출증빙을 별도로 보관하고 있었다는 청구주장이 일응이유있다고 판단되므로 청구법인이 별도로 보관하고 있었다는 영수증, 간이세금계산서, 신용카드매출전표, 금전등록기 영수증 등의 진위 및 지출금액의 귀속자를 재조사한 후 그 결과에 따라 경정결정함이 타당하다고 판단된다.

• 나) 청구주장 2)에 대하여 청구주장 1)에 의한 재조사 결과에 따라 결정되므로 청구주장 2)에 대하여는 그 심리를 생략한다.
• 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.