비상근임원에 대한 지급급여를 손금불산입한 처분이 맞는지 여부

○○세무서장이 2000.05.01. 청구법인에게 행한 【별지1】 “사업연도별 고지내역등 명세서”상의 각 부과처분은

1. 【별지1】 “사업연도별 고지내역등 명세서”상 조합장 급여상당 수입금액 76,969,000원을 운송수입 누락금액에서 제외하여 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 택시운송사업을 영위하는 사업자로서, 청구법인의 대표이사인 조○○의 자(딸)인 청구외 조○○에게 급여명목으로 1995.04월~1999.06월까지 59,800,000원(이하 “쟁점급여”라고 한다)을 각각 지급하고 이를 손금에 산입하여 1994.07.01~1999.06.30. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 탈세제보에 의거 1999.10월 법인세조사를 하여 청구외 조○○은 청구법인에서 근무한 사실이 없어 쟁점급여를 부당행위계산 부인대상으로 보고 손금불산입 하였고, 청구법인의 운송수입금액 전산시스템(APEX)의 운송수입금액에서 청구법인이 이미 신고한 수입금액을 차감하여 계산한 【별지1】 “사업연도별 고지내역등 명세서”상 운송수입금액 신고누락금액과 같이 1995.07.01.~1999.06.30. 사업연도 운송수입금액 396,154,807원을 신고누락한 것으로 보아 익금산입하고, 기타 적출금액을 익금에 가산하여 2000.05.01. 청구법인에게 【별지1】 “사업연도별 고지내역등 명세서”상 고지세액과 같이 1995년 제2기~1999년 제1기 부가가치세 22,266,720원과 1994.07.01~1999.06.30. 사업연도 법인세 133,764,450원을 각각 결정고지하는 한편, 쟁점급여 등 익금에 가산한 금액(부가가치세 경감세액 상당액 포함)을 청구법인의 대표자인 청구외 조○○에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.07.28. 심사청구하였다.

• 가. 쟁점급여에 대하여 청구법인의 감사인 청구외 조○○이 회사업무를 수행한 사실이 있음은 청구법인의 노조 조합장인 심○○외 67명이 연명하여 확인하여 준 ‘확인서’ 및 청구법인과의 거래처 4명의 ‘확인서’로도 입증이 되고, ‘주주총회 의사록’에는 『감사는 업무의 특성상 출ㆍ퇴근 형태를 부정기적으로 할 수 있다』라고 규정하고 있고, 지급된 급여는 월평균 1백만원 정도로 사회통념상 부당하게 과다하게 지급되었다고 보기 어려우므로 처분청이 부당행위계산의 부인대상이 되는지 여부에 관계없이 단순히 청구외 조○○이 대표이사와 특수관계이고 상근하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점급여를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 노조 조합장 급여 상당액의 운송수입금액에 대하여 청구법인의 ‘노사간의 단체협약서’에 노조 조합장은 일반 조합원과 동일하게 처우한다고 규정하고 있고, 청구법인의 노조 조합장인 청구외 심○○(이하 “조합장”라고 한다)에게 실제 운전근무를 하지 않았지만 1995.10월~1996.06월까지 급여를 지급하였으며, 청구법인의 운송수입금액 전산시스템(APEX)은 급여산정용으로 조합장의 급여는 실제 운송수입금액이 없어도 매일 운송수입금액이 있는 것처럼 입력을 해 주어야만 급여정산이 가능(전산시스템을 관리운영해 준 청구외 김○○ ‘사실확인서’ 참조)하고, 운송수입금액 전산시스템(APEX)에는 실제 운송수입이 없는 조합장 급여 상당액의 가공수입금액 76,969,000원(청구인은 80,456,000원이라고 하나, 처분청이 운송수입금액 신고누락으로 과세한 금액은 76,969,000원임)포함되어 있으므로 처분청이 이를 운송수입금액 신고누락금액에 포함하여 법인세 등을 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 쟁점급여에 대하여 청구외 조○○은 청구법인의 대표이사인 조○○의 자(딸)로서 정기적으로 출ㆍ퇴근하지 않았음은 청구법인도 시인하고 있고, 청구외 조○○이 직책상 부여된 감사업무를 수행한 흔적을 찾을 수 없으므로 쟁점급여는 가공급여에 해당되고, 청구법인이 제출한 증빙서류인 ‘확인서’는 그 확인자가 청구법인과 거래관계가 있는 특수한 상대방으로 ‘확인서’ 내용에 진실성이 없으므로 쟁점급여를 가공급여로 보고 부당행위계산 부인대상으로 하여 손금불산입한 이 건 부과처분은 정당하다.
• 나. 노조 조합장 급여 상당액의 운송수입금액에 대하여 청구법인은 운송수입금액 전산시스템을 내부관리용 APEX(이하 “내부관리용(APEX)”라고 한다)와 세무신고용 APEX1(이하 “세무신고용(APEX1)”이라 한다)으로 각각 분리하여 관리ㆍ운영하였으며, 내부관리용(APEX)은 실제 운송수입금액만을 입력하여 관리한 프로그램으로 내부관리용(APEX)에 【별지1】 “사업연도별 고지내역등 명세서”상 조합장 급여상당 수입금액 76,969,000원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)이 입력될 하등의 이유가 없으므로 내부관리용(APEX)의 실제 운송수입금액에서 청구법인이 세무관리용(APEX1)으로 계산하여 이미 신고한 운송수입금액을 차감한 금액을 운송수입금액 신고누락금액으로 보고 결정고지한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 비상근임원에 대한 쟁점급여를 손금불산입하여 과세한 처분이 맞는지 여부 및

② 경정된 운송수입금액에 조합장 급여에 상당하는 쟁점수입금액이 포함되어 있는지 여부에 가리는데 있다.

• 나. “쟁점①”에 대하여

(1) 관련법령 (가) 구 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정전의 것, 이하 같다.) 제9조 【각사업연도의 소득】 제1항에서 『내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고, 그 제3항에는 『제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다』라고 규정하고 있고, 구 법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)제12조 【수익과 손비의 정의】 제2항에서 『법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』라고 규정하면서, 그 제3호에 『인건비』를 열거하고 있다. (나) 구 법인세법 제16조 【손금불산입】 본문에서 『다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.』라고 규정하고 있고, 그 제7호에 『법인이 각 사업연도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액』을 열거하고 있고, 구 법인세법시행령 제35조 【상여등의 계산】 제3항에는 『상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제20조와 제46조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금으로 계산한다.』라고 규정하고 있다. (다) 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】 본문에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세를 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 구 법인세법시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제1항에는 『법 제20조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.

1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족.

2. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 출자자의 사용인(출자자가 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족. 3.~6. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.』라고 규정하면서, 그 제9호에 『기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때.』를 열거하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인의 감사인 청구외 조○○은 부정기적으로 출근하여 청구법인의 업무를 수행한 사실이 있고, 부당행위계산 부인대상이 아님에도 불구하고 처분청이 쟁점급여를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다고 청구인은 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 비상근임원에 대한 보수는 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우를 제외하고는 손금으로 계상하도록 규정(구 법인세법시행령 제35조)하고 있고, 근로제공이나 경영참여 사실 등이 확인되지 아니하는 경우에는 ‘조세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’로 해석하고 있으며(같은뜻: 국세청 심사법인99-20호, 1999.04.09.외 다수), 비상근임원에게 지급하는 급여의 손금산입 여부는 법인의 규모ㆍ영업내용, 비상근임원의 업무내용 등에 의해 판단하여야 할 것(국세청 법인22601-1380호, 1985.05.08.)이다. (나) 청구법인의 대표이사인 청구외 조○○은 세무조사를 받을 당시인 1999.10.29. 청구외 조○○은 비상근임원(감사)으로 쟁점급여는 특수관계 해당자 급여로 손금불산입 대상임을 확인하고 직접 서명날인하였음이 처분청이 제시한 심리자료(1999.10.29. ‘확인서’)에 의하여 확인되고, 탈세제보자료(내부제보)에는 실제 근무하지 않은 가족을 임금대장에 허위로 기재하여 매월 일정액의 임금을 착복하였다고 제보하고 있음을 알 수 있다. (다) 청구법인은 1999.12.15. 과세적부심사청구시 청구외 조○○이 실지로 근무한 사실을 입증하는 증거서류도 청구외 조○○이 기안한 기안서류 사본, 출금전표 사본, 급여명세서를 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 세무조사 당시까지도 도트 프린터기를 사용하였음에도 불구하고 레이져 프린터로 작성된 기안서류를 제출한 점, 세무조사 당시 증빙서류에는 없었던 청구외 조○○의 인장이 날인된 출금전표 사본을 제출한 점 등의 사유로 청구법인이 제시한 증빙서류는 세무조사 이후에 만들어진 서류이고 청구외 조○○이 실지로 업무를 수행한 흔적을 찾을 수 없어 청구주장을 채택하지 않았음을 처분청의 과세적부심사결정서(보호46830-00, 2000.04.20.)에 의하여 확인된다. (라) 청구외 조○○이 실지로 근무하였음을 입증하는 증빙서류로 제출한 노조 조합장인 심○○외 67명의 ‘확인서’는 그 확인자가 청구법인의 종사직원이고, 확인자의 입사일자ㆍ주민등록번호 등의 인적사항이 기재되어 있지 않아 확인자를 신뢰할 수 없고, 전체 노조조합원중의 일부만이 확인하고 있어 위 ‘확인서’는 신뢰할 수 있는 증빙서류로 받아들이기 어렵고, 외부거래처인 ○○자동차(주) ○○영업소 택시과장인 청구외 성○○과 청구법인의 구내식당 주인인 청구외 한○○ 및 ○○정유(주) ○○충전소 직원인 청구외 송○○이 각각 2000.02월부터 2000.06월 사이에 확인하여준 ‘확인서’는 청구법인과 현재까지도 거래관계가 있는 고정거래처이고, 업무내용을 알 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙서류 제시가 없는 ‘확인서’만으로는 청구외 조○○이 실지로 근무하였다고 인정하기에는 그 객관성이 부족하다 할 것이다. (마) 청구외 조○○은 1994.07월경과 1996.01월경 자녀를 출산하였고, 1998.05.10.~1999.02.06까지 ○○시 ○○구 ○○동 등에서 ‘○○통상’이라는 상호로 도매무역(수출입)업을 영위한 사업자(등록번호:000-00-00000)였음이 국세청 전산자료에 의하여 확인된다. 위 사실관계를 모두어 살펴보면, 청구법인의 감사인 청구외 조○○이 청구법인에서 비상근으로 근무하면서 근로를 제공하였거나 경영에 참여한 사실이 확인되지 않으므로 처분청이 청구외 조○○에 대한 쟁점급여를 부당행위계산 부인대상으로 보고 손금불산입한 이 건 부과처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. “쟁점②”에 대하여

(1) 관련법령 (가) 구 법인세법 제9조 【각사업연도의 소득】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고, 그 제2항에서 『제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.』라고 규정하고 있다. (나) 구 법인세법시행령 제12조 【수익과 손비의 정의】 제1항에서 『법 제9조 제2항에서 “수익”이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.』라고 규정하면서, 그 제1호에 『농업ㆍ수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기ㆍ가스 및 수도사업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자 용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수ㆍ창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업에서 생기는 수입금액. (이하생략)』를 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인의 노조 조합장인 청구외 심○○은 실제 운전근무를 하지 않았으며 쟁점수입금액에 상당하는 급여를 지급받은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼은 없으나, 청구법인은 노조 조합장의 개인택시면허 신청시 운전경력증명이 필요하고 노조 조합장이 실제 운전하지 않음에 따른 불이익을 받지 않게 하기 위하여 실제 운전근무를 한 것처럼 급여대장 등의 증빙서류를 만들었고 이 과정에서 노조 조합장 급여에 상당하는 쟁점수입금액을 운송수입금액 전산시스템인 내부관리용(APEX)에 입력하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 내부관리용(APEX)에 실제 운송수입금액이 아닌 조합장의 급여에 상당하는 쟁점수입금액이 내부관리용(APEX)에 입력될 하등의 이유가 없다고 주장할 뿐, 내부관리용(APEX)에 쟁점수입금액이 포함되어 있는지 여부를 확인하고 조사한 구체적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있고, 세무조사 당시 내부관리용(APEX) 전산자료를 조사하였던 조사자에게 당청에서 직접 확인한 결과, 세무신고용(APEX1)은 단순히 일일 운송수입금액만을 임의대로 입력하여 관리하여온 프로그램으로 청구법인의 부가가치세 신고 금액 및 법인세 일일 운송수입금액과 일치하고, 세무신고용(APEX1)이 내부관리용(APEX)의 운송수입금액 계산시 입력된 자료를 공유하였다고 보기에는 어려우며, 세무신고용(APEX1)은 단순히 일일 운송수입금액만 입력되어 있어 급여대장, 운송원가 등의 모든 세무업무를 행한 회계프로그램은 아니고, 내부관리용(APEX) 및 세무신고용(APEX1)은 세무조사 당시 파손되어 심리일 현재 전산시스템에 대한 세무조사는 불가능하다 진술하고 있다. (나) 탈세제보자는 메모지에 적힌 운송수입금액에 맞춰 매출액을 조정하여 왔다고 제보한 점으로 보아 세무신고용(APEX1)이 내부관리용(APEX)의 실제 운송수입금액 자료를 공유하였다고 보기 어렵고, 처분청은 제보자가 제출한 내부관리용(APEX) 운송수입금액에서 세무신고용(APEX1) 운송수입금액과의 차액을 운송수입금액 신고누락금액으로 보고 이 건 법인세 등을 결정고지하였음을 처분청이 제시한 조사종결보고서 등의 심리자료에 의해 확인된다. (다) 전산시스템(APEX) 프로그램을 보급한 ○○씨스템즈 대표자인 청구외 김○○에게 당청에서 직접 확인한 결과, 내부관리용(APEX)는 급여정산 목적의 프로그램으로 인정근무를 제외한 근무일수는 사납금(운송수입금액)을 입력시켜야만 승무수당 등이 계산될 수 있으며, 세무신고용(APEX1)은 청구외 ○○씨스템즈 직원들이 임의대로 만들어준 프로그램으로 청구외 김○○은 세무신고용(APEX1)에 대하여는 알지 못한다고 진술하고 있다. (라) 내부관리용(APEX)로 출력된 ‘기사임금대장’에는 조합장인 청구외 심○○이 사번 0000호로 매월 주ㆍ야간 근무일수 및 승무수당 등이 계산되어 있고, 조합장인 청구외 심○○의 ‘기사근무현황’에는 매일 동일한 금액(1999.06월의 경우 일일 75,000원)이 실입금액으로 입력되어 있으며, 실제 운전근무를 하였던 운전기사의 경우에는 실입금액이 매일 다르게 입금되어 있음이 확인된다. 위 내용을 모두어 살펴보면, 청구법인의 운송수입금액 전산시스템인 내부관리용(APEX)은 급여산정 목적의 프로그램으로 조합장의 급여는 실제 운송수입금액이 없어도 매일 운송수입금액이 있는 것처럼 입력을 해 주어야만 급여정산이 가능함을 알 수 있으므로 청구주장은 신빙성이 있어 보이고, 처분청은 이에 대한 사실조사 없이 제보자가 제출한 내부관리용(APEX)의 운송수입금액에서 청구법인이 이미 신고한 수입금액을 차감하여 계산된 금액인 396,154,807원 전부를 운송수입금액 신고누락한 것으로 보고 이 건 법인세 등을 과세하였음을 알 수 있으므로 처분청의 운송수입금액 신고누락금액 396,154,807원에서 실지 운송수입이 없는 조합장 급여 상당액의 가공 수입금액 76,969,000원을 차감하여 부가가치세와 법인세의 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장에 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.