부동산의 취득가액을 의제취득일 현재의 시가로 하는지 여부

○○세무서장이 2000.04.19 청구법인에게 결정고지한 특별부가세 1994.03.01~1995.02.28사업연도 104,042,350원, 1995.03.01~1996.02.28사업연도 21,989,180원, 1996.03.01~1997.02.28사업연도 1,972,750원, 1997.03.01~1998.02.28사업연도 7,455,340원, 1998.03.01~1999.02.28사업연도 8.038,220원은

1. 취득가액을 1985.01.01 현재의 기준시가(양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가)로 환산한 가액과 1984.12.31 이전의 취득가액에 1984.12.31 까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 01월01일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액중 많은 금액으로 하여 결정하고

2. 나머지 청구는 청구주장 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 97필지 토지 129,486.65㎡, 건물 5,375.94㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고 조세특례제한법 제81조 (구 조세감면규제법 제73조)의 규정을 적용하여 아래와 같이 특별부가세를 감면신고하였으며,

○○세무서장은 청구법인이 쟁점부동산 양도대금중 아래와 같이 3년 이내에 교육사업에 사용하지 않거나 교육사업외의 목적으로 사용한 금액과 1986.01.01 이후 취득재산의 처분대금을 수익용재산을 취득하는데 사용한 금액이 차지하는 비율에 상당하는 특별부가세 감면을 배제하여 2000.04.19 청구법인에게 1994.03.01~1999.02.28까지 5개 사업연도의 특별부가세 140,497,840원을 결정고지하였다. 【표1】 (단위: 원) 구분 계 1994.03.01 -1995.02.28 1995.03.01 -1996.02.28 1996.03.01 -1997.02.28 1997.03.01 -1998.02.28 1998.03.01 -1999.02.28 양도대금 10,098,467,040 944,768,200 68,850,000 1,938,407,750 150,734,090 6,995,707,000 감면신고세액 895,094,757 230,350,525 16,494,775 387,237,407 29,307,940 231,704,110 미사용금액 6,341,883,350 317,085,200 68,850,000 12,098,250 61,242,900 5,882,607,000 추징세액 140,497,840 104,042,350 21,989,180 1,972,750 7,455,340 8,038,220 청구법인은 이데 불복하여 2000.07.18 심사청구하였다.

(1) 조세특례제한법 제81조 의 감면배제조항을 보면 3년이내에 양도금액 상당액을 교육사업에 사용하였는지 여부를 딸지도록 되어 있으며, 청구법인은 매년 양도금액 이상을 학교의 고유목적사업에 전출하여 교육사업에 사용하였는데도 단지 청구법인이 사립학교법에 따른 행정절차로서 ○○부에 처분승인을 받기 위한 제출한 처분허가 서류만 보고 교육사업에 사용하지 아니하였다고 하여 특별부가세 감면을 배제하는 것은 부당하고,

(2) 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서 취득가액의 계산은 실지 거래가액을 원칙으로 하나, 1985.01.01 이전 취득자산일 경우에는 1985.01.01 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 환산가액)를 취득가액으로 하는 것인 바, 당초 특별부가세 신고시 1985.01.01 이전 취득자산에 대하여 장부가액을 취득가액으로 한 것은 잘못이므로 1985.01.01 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 환산가액)를 취득가액으로 하여 특별부가세를 결정하여야 한다는 주장이다.

(1) 쟁점부동산 매각대금 중 재단법인 운영비로 전용되거나 재단법인 특별사업적립예금(재단법인 사옥 신축비)으로 적립되어 3년이내 교육사업에 사용하지 아니한 금액은 쟁점부동산 처분과 관련하여 청구법인이 ○○부에 신청한 “처분허가 신청서”, 동 신청서에 의해 ○○부에서 발급한 “처분허가서”, 처분후 ○○부에 보고한 “재사처분 결과보고서”등을 근거로 하여 확인한 금액이며, 1999.04월 의결된 청구법인의 1998사업연도 법인세 신고서에 첨부된 대차대조표 부속명세서인 “부채와 기본금의 부”계정에도 건축 적립금으로 652,754,120원이 계상되어 있음이 확인되며, 1986.01.01 이후에 취득한 기본재산을 수익사업용 재산을 취득하기 위하여 양도한 가액은 특별부가세 감면대상이 아닌 바, 1990.05.24 취득한 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 토지 및 건물의 양도는 ○○금융 유상증자 대금으로 사용하기 위하여 취득하였음이 재산처분 결과보고서에 의하여 확인되므로 특별부가세를 추징한 당초처분은 정당하다.

(2) 당초 법인세 과세표준신고서에 기재된 결손금액 및 환급세액에 오류가 있어 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 및 환급세액에 미달하는 때에는 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 법정신고기한 경과후 1년 이내에 경정청구를 하여야 하는 것인 바, 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어서 취득가액을 미달하게 신고한데 대한 경정청구를 하지 아니하였으므로 취득가액을 의제취득일의 시가로 하여야 한다는 주장은 불복청구의 대상이 아니다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점부동산 처분대금을 교육사업에 사용하지 아니하거나 1986.01.01 이후 취득자산 처분대금을 수익사업용 재산을 취득하는데 사용하였는지 여부와

(2) 1985.01.01 이전에 취득한 부동산의 취득가액을 의제취득일 현재의 시가(시가를 알수 없는 경우 환산가액)로 하여 과세하는 것이 타당한지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 조세특례제한법 제81조 (구 조세감면규제법 제73조) 【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2000년 12월 31일 이전에 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득

2. 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.』고 규정하고, 제3항에서 『제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항을 규정을 준용한다.』라고 규정하고, 제4항에서 『제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제76조(구 조세감면규제법 제70조) 【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】 제1항에서 『법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 교육사업에 직접 사용되는 토지등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년이내에 기본재산인 토지등을 양도하는 경우

2. 기본재산인 토지등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우

3. 법 제81조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년이내에 재정경제부령이 정하는 수익용재산(이하 이 조에서 “수익용재산” 이라 한다)의 취득에 사용하는 경우』라고 규정하고 있으며, 제2항에서 『법 제81조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 다음과 같다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지등을 양도하지 아니하는 경우

2. 양도대금을 교육사업외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 납세지 관할세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다.

3. 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용재산을 그 취득일부터 3년이내에 처분한 경우. 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다.』라고 규정하고, 제3항에서 『법 제81조 제2항의 규정에 의하여 추정할 세액은 면제세액에 제2항 각호 본문에 해당하는 금액이 토지등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.』라고 규정하고 있다. 조세특례제한법 제77조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고 있다. 구 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전이 것)제59조의 2 【과세표준】 제1항에서 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.』라고 규정하고, 제3항에서 『제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.』라고 규정하고, 제4항에서 『제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.』라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제124조의 2 【특별부가세의 과세표준계산】 제14항에서 『1984년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985년 01월 01일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1985년 01월 01일 현재의 기준시가로 하되, 제124조의 5 제2항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 동호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전의 취득가액에 1984년 12월 31일 이전의 취득일로부터 1984년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 01월 01일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제124조의 5 【기준시가의 산정】 제2항에서 『법 제59조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 산식” 이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조 제7항 의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 영도 당시의 기준시가를 말한다)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 처분대금을 3년이내에 교육사업에 사용하지 아니하였거나 1986.01.01 이후 취득한 부동산의 처분대금을 수익사업용 재산을 취득하는데 사용하였는지 여부에 대하여 살펴본다. 사립학교법 제28조 (재산의 관리 및 보호) 제1항에 의하면 “학교법인이 그 기본재산을 매도 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제11조(기본재산의 처분) 제1항에서는 법 제28조 제1항의 규정에 의한 학교법인의 기본재산의 매도 허가신청서에는 처분재산 명세서, 이사회회의록, 교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류 등을 제출하도록 하고 있고, 청구법인은 쟁점부동산을 처분하면서 위 사립학교법에 의하여 교육부장관에게 기본재산 처분허가를 받아 처분하고 재산처분 결과를 보고하였으며, 동 재산처분 결과보고서에 의하면 1994.03.01~1998.02.28까지 교육사업외의 목적으로 사용하거나 법인사옥 신축비등으로 사용하기 위하여 적립한 금액이 459,276,350원이라고 보고되어 있고, 또한 1999.04월 의결된 청구법인의 1998사업연도 법인세 신고서에 첨부된 대차대조표 부속명세서인 “부채와 기본금의 부”계정에도 건축 적립금으로 652,754,120원이 계상되어 있다. 그리고 1986.01.01 이후에 취득한 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지의 토지 920.45㎡, 위 지상 건물 5,375.94㎡를 5,846,770,000원에 양도하고 이를 ○○금융(주)의 유상증자대금으로 충당하였음이 확인되는 바, 쟁점부동산 처분대금을 3년이내에 교육사업에 사용하지 아니하였거나 1986.01.01 이후 취득자산의 처분대금을 수익사업용 재산을 취득하는데 사용한 금액에 상당하는 특별부가세 감면세액을 추징한 당초처분은 정당하다고 하겠다.

(2) 1985.01.01 이전에 취득한 자산의 취득가액을 1985.01.01 현재의 시가(시가를 알 수 없는 경우에는 환산가액)으로 할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 처분청은 당초 청구법인이 신고시 취득가액을 실지거래가액으로 신고하였고, 경정청구기간 이내에 경정청구를 하지 아니하였으므로 심사청구에서 의제취득일 현재의 시가로 하여야 한다는 주장은 불복청구의 대상이 아니라고 하나, 신고한 과세표준과 세액에 오류가 있어 세법에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다면 증액되는 항목뿐 아니라 감액되는 항목에 대하여도 세법에 맞도록 경정하여야 할 것인 바, 양도대금을 교육사업에 사용하지 아니하였다고 하여 경정결정한 당해 과세처분에 있어서 취득가액의 산정이 잘못되었다면 이 또한 당해처분에 관계되는 항목으로 경정청구 여부에 불구하고 불복청구의 대산이 된다고 하겠으며, 처분청이 결정한 특별부가세 과세표준 및 세액 계산서를 보면 쟁점부동산중 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지, 같은동 ○○번지, ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지, 같은리 ○○번지, ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지의 부동산 이외에는 모두 1985.01.01 이전에 취득한 것으로 확인되며, 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액을 모두 실지거래가액에 의해 산정한 사실에 대하여는 다툼이 없고 법인세법 제59조 의 2 및 같은법시행령 제124조의 2에서 1984.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985.01.01 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가로 평가한 가액으로 하되, 다만 1984.12.31 이전의 취득가액에 1984.12.31 까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 01월 01일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있는 바, 실지거래한 양도가액은 확인되고 의제취득일인 1985.01.01 현재의 시가가 불분명한 이건의 경우 취득가액은 위 산식(양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가)으로 환산한 가액과 1984.12.31 이전의 취득가액에 1984.12.31 까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 01월 01일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액중 많은 금액으로 하여 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.(같은 뜻: 국심98부2724외 다수) 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.