상가분양 시 토지 및 건물분양으로 보아 과세한 경우 추후 토지의 소유권미이전으로 토지분양원가를 손금불산입한 처분이 맞는지 여부

○○세무서장이 2000.03.08 청구법인에게 결정고지한 1994.01.01~12.31 사업연도법인세 1,587,218,720원 및 농어촌특별세 35,779,150원 합계 1,622,997,870원의 부과처분은, 이를 분양수입누락으로 익급가산한 6,361,714,558원 중 토지임대료상당액이 있는지를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 결정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 부동산ㆍ임대 및 부동산매매업을 영위하는 법인으로서 1994사업연도에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번디, 같은동 ○○번지 소재 토지 926㎡에 지하 2층~지상5층 건물 3,950,21㎡(1994.03.28 준공, 238개 점포)을 신축하여 이중 122개 점포를 분양하였다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세를 조사하여 경정하였는 바, 1995.10 경정시에 분양수입누락 6,361,714,558원(이 중 토지분은 2,179백만원으로, 건물분은 4,172백만원으로 구분하였다)을 익금산입하고 이에 대응하는 원가로 토지분 1,626,325,347원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을, 건물분 1,427,658,002원을 각각 손금산입하였고, 1999.06 경정시에 토지에 대하여 소유권이전 등기가 경료되지 아니한 사실을 확인하고 1995.10 경정할 때 토지분양 수입누락액에 대응하는 원가로서 손금산입한 쟁점금액을 손금불산입하였다가 이에 대해 청구법인이 토지에 대해 등기가 경료되지 아니한 것을 토지의 합필ㆍ분필등의 사정으로 지연되고 있다고 주장하므로 이를 받아들여 직권 경정 다시 손금산입하였으며, 청구법인은 1997사업연도 및 1998사업연도 분 법인세 부과처분에 대하여 심사청구(1999.12)한 바 잇는데 그때 이건 1994사업연도에 점포를 분양할 때 토지는 분양하지 않았다고 주장한 바 있고, 토지에 대해 등기를 넘겨주지 못할 장애(합필ㆍ분필 등)가 1997.10 해소되었음에도 현재(2002.02월)까지 등기가 이전되지 않고 있으며, 토지에 대한 재산세 등 각종 공과금을 청구법인의 비용으로 계상하고 있고, 또한 토지를 담보오 청구법인이 금융기관으로부터 융자 받아 사용하고 있는 점 등을 들어 토지는 분양하지 않은 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여 2000.03.01 청구법인에게 1994.01.01~12.31 사업연도 법인세 1,587,218,720 및 농어촌특별세 35,779,150원 합계 1,622,997,870원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.06.05 심사청구하였다.

1997년도와 1998년도에는 토지는 30연간 장기임대하고 건물만 분양하였으나, 1994연도에는 토지를 건물과 함께 분양한바, 처분청의 1995.10 최초 조사시 토지를 분양한 것으로 인정하여 쟁점금액을 원가로 손금산입한 바 있고, 1999.06월에도 쟁점금액을 손금부인하려 하였다가 청구법인이 이의를 제기하자 직권으로 손금인정한 바 있음에도 이를 다시 거론하여 손금불산입하여 과세처분함은 신의ㆍ성실원칙에 반하는 것으로 부당하고, 토지를 등기이전하지 못한 것을 당사자간의 사정상 그러한 것일 뿐이다.

청구법인은 1997사업연도 및 1998사업연도분 법인세 부과처분에 대하여 심사청구(1999.12)한 바 있는데 그때 이건 1994사업연도에 분양할 때 토지는 분양하지 않았다고 주장한 바 있고, 토지에 대해 등기를 넘겨주지 못할 장애(합필ㆍ분필 등)가 해소되었음에도 현재(2000.02월)까지 등기가 이전되지 않고 있고, 토지에 대한 재산세등 각종 공과금을 청구법인의 비용으로 계상하고 있으며, 또한 토지를 담보로 청구법인이 금융기관으로부터 융자 받아 사용하고 있는 점 등을 보아 토지는 분양하지 않은 것으로 인정되므로 쟁점금액을 손금불산입하여 과세한 이건 부과처분한 것을 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 손금불산입함이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제15조 【신의 ㆍ 성실】은 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.라고 규정하고 있으며 같은법 제14조 【실질과세】 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관찬 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명치이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.라고 규정하고 있고 구 법인세법 제9조 【각사업연도소득】 제1항은 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.라고 규정하고, 같은조 제3항은 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 이건 처분에 이르기까지의 과정은 앞서 처분개요에서 살펴본 바와 같이, 1995.10월 최초 조사경정시 분양수입누락을 적출하고 이를 토지분과 건물분으로 나눈 후, 그에 대한 대응원가로서 쟁점금액과 건축비상당액을 손금으로 인정하였다가, 그로 부터 4년이 경과하도록 토지에 대해서는 등기가 이전되지 않았다 하여 1999.06월 토지는 분양하지 않은 것으로 보아 그 대응원가인 쟁점금액을 손금부인하였다가, 이에 청구법인이 토지에 대해 등기이전되지 않은 것을 합필ㆍ분필 등의 사유로 지적 정리가 되지 아니하였기 때문이라고 주장하므로 이를 받아들여 다시 손금인정하였고, 그 후 청구법인이 1997~1998사업연도 법인세 부과처분에 대한 불복하여 심사청구하면서 1994사업연도에도 1997~1998사업연도와 마찬가지로 건물만 분양하고 토지는 분양하지 않았다고 주장한 점, 초지에 대해 등기이전해 주지 못할 장애인 합필ㆍ분필등이 1997.10월 해소되었음에도 이건 부과처분일 현재까지 등기이전이 이루어지지 않고 있는 점, 토지에 대한 공과금을 청구법인의 비용으로 회계처리하고 있는 점, 토지를 담보로 융자받아 청구법인이 사용하고 있는 점을 모아보면 토지는 분양하지 않은 것으로 인정된다 하여 쟁점금액을 손금불산입하여 이건 부과처분하였음이 관계서류에 의하여 확인된다. 이에 대해 청구법인은 1997~1998사업연도(건물만 분양하고 토지는 30년 장기 임대임)와는 달리 1994사업연도에는 토지도 건물과 함께 분양하였으며, 토지에 대해 등기이전하지 못한 것을 당사자간의 사정에 의한 것인데도 이건 부과처분함은 실질과세원칙에 어긋나며, 또한 동일 건에 대해 손금인정, 손금부인, 손금인정, 손금부인을 되풀이 한 것은 신의ㆍ성실원칙에도 어긋나는 것으로 부당하다고 주장한다. 살펴보면, 처분청이 쟁점금액을 손금으로 인정과 불인정을 거듭한 것은 청구법인의 주장이 상황에 따라 토지를 분양하였다, 아니하였다로 변경됨에 따른 것으로서 신의성실의 원칙은 세무공무원뿐 아니라 납세자도 지켜할 것이므로 처분청만을 탓하기 어렵다고 판단된다. 토지가 분양된 것인지를 살펴보면, 청구법인은 토지를 분양하였다고 주장할 뿐 토지가 분양되었음을 객관적으로 입증할 서류 제출도 없고, 또 토지를 등기이전 할 수 없는 합필ㆍ분필 등의 장애가 1997.10 해소 되었음에도 심리일 현재까지 등기이전 해 주지 못하고 있는 점으로 보아 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 그러나, 처분청의 결정대로라면 쟁점금액에 대응하는 토지분 분양수입금액을 건물분분양 수입금액누락으로 인정한 결과가 되고, 그렇다면 이건 관련 122개 점포의 주인들은 토지를 청구법인으로부터 무상으로 사용하고 그 대가를 전혀 지불하지 않고 있다는 것으로 귀결되는 바, 청구법인이 1997사업연도 및 1998사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복청구시 이건 1994사업연도에도 토지를 분양하지 않고 30년간 장기임대한 것이라고 주장한 바 있고, 1997·1998사업연도에 대해 처분청은 수입누락액 중 45%를 토지분 임대료로 인정한 점, 사회통념상 정상적인 경제인이라면 합리적인 이유도 없이 토지를 무상으로 사용하게 할 리 없다는 점을 등을 고려하면 처분청이 적출한 분양수입금액누락액은 건물분양대금과 토지분임대료 선수금이 포함되었다고 판단되므로 이 부분에 대하여 관련 122개 점포에 대해 다시 조사하여 경정함이 타당하다고 판단된다.
• 라. 결론 부과처분의 부당성을 들어 한 이건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 국세기분법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.