국민주택 건설용지를 양도한 경우 조세감면을 배제한 처분이 맞는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○세무서장은 청구법인이 1995사업년도에 별지양도명세와 같이 토지 2770.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국민주택건설용지로 청구외 ○○산업개발주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도한 데 대한 특별부가세 감면신청을 매수자인 청구외법인이 하지 아니하고 양도자인 청구법인이 한 것은 동 세액의 감면요건에 부합하지 않는다는 국세청계통감사시 지적에 따라 2000.02.11 청구법인에게 법인세(특별부가세) 125,732,000원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.05.15 심사청구하였다.

1995사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시 쟁점토지매수자인 청구외법인이 쟁점토지양도에 따른 특별부가세 감면신청서를 제출하였으나 신고과정에 누락된 것으로서 본 심사청구시 사업계획승인서, 준공필증사본등을 첨부하여 세액감면신청서를 제출하니 선처하여야 한다.

구 조세감면규제법 제66조 제1항에 규정된 국민주택건설용지등에 대한 특별부가세감면을 적용받기 위해서는 매수자인 청구외법인이 청구법인의 본점소재지 소관세무서장에게 세액감면신청서를 제출하여야 하나, 청구법인이 동 세액감면신청서를 제출하여 감면요건을 충족하지 못해 과세한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세 감면을 배제한 처분청의 결정이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제66조 【국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(괄호생략)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있으며, 제1호에서 『주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설 사업자(괄호생략)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지』를 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자ㆍ사원용임대주택건설업자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하고 있다. 같은법시행령 제63조 【국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면】 제9항에서 『법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자ㆍ사원용임대주택건설자 또는 기숙사 건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지소관세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액감면신청서 등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.

3. 매매계약서 사본』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 구 조세감면규제법 제66조 제1항의 국민주택건설용지의 양도에 따른 특별부가세 감면을 적용받기 위해서는 같은조 제4항의 규정에 따라 쟁점토지의 매수자인 청구외법인이 쟁점토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한(다만, 그 기한내에 세액감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.)내에 세액감면신청서를 청구법인의 납세지 소관세무서장에게 제출하여야 하나, 관련기록에 의하면 청구외법인이 이를 신청하지 아니하고 쟁점토지의 양도자인 청구법인이 세액감면신청서(갑)을 제출한 것으로 확인된다. 한편, 청구법인은 쟁점토지의 매수자인 ○○산업개발주식회사가 1995사업년도 법인세 신고시 세액감면신청서를 적법하게 제출하였는데도 세액감면을 배제한 것은 부당하다고 하면서 조세감면규제법 시행규칙의 별지 제15호서식 세액감면신청서(을)사본을 제시하고 있으나, 동 신청서에는 적용법규 구분란에 표시도 되어있지 않을 뿐만아니라 신청 연월일도 기재되어 있지 않는 등 청구법인의 주장대로 동 신청서가 법소정기한내에 적법하게 접수되었는지 입증할 만한 증빙이 없으므로 세액감면을 배제한 처분청의 결정은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국제기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.