특별부가세 면제 여부

○○세무서장이 2000. 2.20. 청구인에게 경정고지한 1998년 사업연도 법인 90, 452,250원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 대지 332m 2, 위지상 건물 332.73m 2 (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ‘98. 3.16. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 청구 외 이○○에게 460,000,000원 양도하고 양도대금 상당액에 대하여 대손충당금에 전입하고 특별부가세 면제금액에 대하여 기업합리화적립금을 적립하였으나, ○○지방 국세청장이 처분장에 대한 감사시 청구법인이 쟁점부동산에 대한 특별부가세를 면제받기 위하여는 ’98. 1. 1. 이후 양도분부터는 양도하기 전에 농림부장관의 자구계획 승인을 얻어 양도하여야 하나, 청구법인은 승인이 더기 보아 2000. 2.10. 청구법인에게 ‘98년 사업연도 법인세 90,452,250원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 4.21 심사청구를 하였다.

(1) 청구법인은 현 청사를 ‘97.10.22. 취득하여 사용하므로 인하여 구청사가 불필요한 자산으로 남게 됨에 따라 유동자산을 확보할 목적으로 매각 결의를 하였으나, 공개경쟁 입찰에서 3회 유찰 되어 수의계약으로 ’98. 3.16. 매매를 하였다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산 양도 전에 농림부장관의 승인을 받지는 못하였으나, ○○중앙회가 각 ○○조합에 ‘98. 3. 3. 시달한 조합의 자구대상 부동산 매각시 특별부가세 감면업무처리지침 제3조에 따라 ’98. 3.17. ○○중앙회를 경유 농림부장관에게 승인을 신청하여, ’98. 6. 3. 농림부장관의 승인을 얻었으며, ’98.12.31. 양도대금 386,000,000원을 대손충당금에 전입하고, 특별부가세 면제액은 기업합리화적립금으로 적립하였으며, 나머지 92,000,000원은 ’99. 6.30. 대손충당금에 전입하였다.

(3) 구 조세감면규제법제40조의3의 신설취지가 법인의 재무구조개선을 지원하기 위함이고 또한 동조1항 하단에 언급된 금융기관이 금융기관 감독관의 장의 승인을 얻어 자구계획에 의하여 양도하는 경우 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다라고 규정하고 있을 뿐, 승인은 사전 ․ 사후 특단의 제한이 없으며 자구계획의 내용과 그 계획을 충실히 이행하여 금융기관의 부실화 방지에 기여하였는지 여부가 감면여부의 요체이므로, 감면승인을 받지 않았다는 이유만으로 감면세액을 추징한 귀청의 경정은 위에서 언급한 구 조세감면규제법 제40조3의 법리를 오해 내지는 협의로 해석한 것으로 사료되므로 당초 처분은 부당함으로 취소해야 한다.

(1) 청구법인이 ’78.12.26. 취득하여 청사로 사용하다가 ‘98. 3.16. 쟁점부동산을 양도하고 (구)조세감면규제법제40조의3(법인의 재무구조개선 지원 등을 위한 특별부가세의 면제) 단서규정(자구계획에 의하여 부동산등을 양도하는 경우)에 의거 특별부가세를 면제받기 위해서는 먼저 자구계획을 ○○중앙회장 및 농림부장관의 승인을 얻어야 하고,

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 ’98. 3.16.(잔금청산일 기준) 양도 후 농림부장관의 자구계획승인(‘98. 6. 3.)이 이루어졌으므로, 청구법인은 쟁점부동산 양도는 자구계획 승인 전에 양도한 경우에 해당되어 자구계획에 의하여 양도한 것으로 볼 수 없으므로 특별부가세 면제에 대한 배제는 정당하다.(같은 뜻 국세청 법인 46012- 2509, ’98. 9. 7.)

• 가. 쟁점 재무구조개선을 위한 자구계획 승인 전에 양도한 부동산에 대한 특별부가세면제를 배제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ (구)조세감면규제법제40조의3 【법인의 재무구조개선 등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에서 『대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년12월31일 이전에 다음 각 호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이조와 제40조의5 내지 제40조의 7 및 제40조의9에서 “금융기관”이라 한다)이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권을 변제 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각 호의 요건을 적용하지 아니한다.(1997.12.13. 신설, 1998. 2.24. 단서 개정)』라고 규정하고, 제1호에서’97년6월30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 양도하는 것. 다만, 제40조의7의 규정에 의하여 증여 받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니한다.(1998. 2.24. 단서 신설)라고 규정하고, 제2호에서당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선 계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다.)을 얻을 것.(1997.12.13. 신설)이라고 규정하고, 제3호에서 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환 적립금으로 적립할 것.(1997.12.13. 신설)이라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제37조의 3 제4항에 『법제40조의3제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 금융기관” 이라 함은 상속세 및 증여세법시행령제10조제2항에 규정하는 금융기관(이하 이조에서는 “자구금융기관” 이라 한다)을 말한다.(1998. 2.24. 개정)』라고 규정하고, 제20항에서는 『법제40조의3제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제 받고자하는 하는 재무구조개선법인 및 자구금융기관(이하 이 조에서“재무구조개선법인등”이라 한다)은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한 내에 세액면제 신청서를 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고, 제23항에서 『금융기관으로 구성되는 단체 또는 금융기관의 감독기관의 장은 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인 등에 관한 업무의 원할한 수행을 위하여 필요한 공통된 승인기준, 절차, 서식 제정 등에 관한 규정을 제정할 수 있다.(1998. 2.24. 신설)』라고 규정하고 있다.

○ 상속세및증여세법 시행령 제10조 제2항에서 『제1항·제1호 및 법제15조제2항의 규정에 의한 금융기관은 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률제2호제1호에 규정된 금융기관으로 한다.(1997.12.31.개정)』라고 규정하고 있다.

○ 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 (정의) 『이 법에서 사용하는 정의는 다음과 같다.』라고 규정하고, 제1호에서 “금융기관” 이라 함은 다음 각목에 정하는 것을 말한다.라고 규정하고, 아목에서 “축산업협동조합법에 의한 축산업협동조합 및 그 중앙회” 라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면 아래와 같다. o 1997.10.22.: 신청사(○○빌딩) 30억 원에 소유권 이전완료 o 1997.12.13.: 구 조세감면규제법제40조의3(법인의 재무구조 개선 지원 등을 위한 특별부가세 면제)신설하면서 부칙 제6조제2항에서 ‘97년 이전 취득하여 ’97. 7. 1. 이후 양도분은 ’98. 3.31.까지 감독기관장으로부터 승인 및 세액공제신청서 제출자에 한하여 세액 감면하는 것으로 규정. o 1997.12.31.: 구 조세감면규제법 시행령 제37조의3(법인의 재무구조 개선지원 등을 위한 특별부가세 면제)신설 o 1998. 1.16.: 1998년 제1회 이사회에서 업무용 고정자산(쟁점부동산)처분 안건 결의 o 1998. 1.17.: 쟁점부동산 1차 매각공고 o 1998. 1.24.: 쟁점부동산 2차 매각공고 o 1998. 1.31.: 쟁점부동산 3차 매각공고 o 1998. 2.14.: 수의계약으로 쟁점부동산매매 체결

• 매매대금: 460백만 원(○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 이○○) o 1998. 2.24.: (구)조세감면규제법 시행령 제30조의3제23항 신설 o 1998. 2.28.: 농림부 ○○조합 등의 자구대상 부동산 매각 시 특별부가세 감면업무 처리지침제정 o 1998. 3. 3.: ○○중앙회에서 단위조합에 “○○조합 등의 자구대상 부동산 매각 시 특별부가세 감면업무 처리지침(농림부 금융51100-44, 98. 2.28.)” 공문 시달, 양도할 부동산의 자구계획서 제출기한 ‘98. 1. 1. ~ 99.12.31. 양도분: ’98. 3.20. (농림부 ’98. 3.31.) ‘97. 7. 1. ~ ’97.12.31. 양도분: ’98. 3.10. (농림부 ’98. 3.15.) o 1998. 3.16.: 쟁점부동산매매(잔금청산)완료 o 1998. 3.17.: 청구법인 자구계획 제출(축협중앙회) o 1998. 4.28.: 농림부에 ○○조합의 부동산 양도시 특별부가세 감면관련 자구계획승인 신청(○○조합 및 중앙회)서 제출 o 1998. 6. 3.: 농림부장관이 ○○조합의 부동산 양도시 특별부가세 감면관련 자구계획 승인 o 1998. 6.11.: ○○중앙회서 부동산 양도에 따른 특별부가세 감면관련 자구계획 통보 o ‘98.12.31. 재무구조개선을 위하여 양도대금 중 368,000,000원을 대손충당금에 전입하고 특별부가세 상당액을 기업합리화적립금으로 전입하였으며, ’99. 6.30.에 나머지 양도대금 92,000,000원을 대손충당금에 전입하여 자구계획이행을 완료하였다.

(2) 청구법인은 ‘97.10.21.에 신청사를 취득하고, 쟁점부동산을 98년 1월에 처분계획을 수립, 매각을 진행하던 중, ○○중앙회 문서 회지(경지)2126-225(98. 3. 3.)호로 농림부의 ○○조합 등 자구대상 부동산 매각시 특별부가세감면업무 처리지침을 접수하여 동 지침에 의거 자구계획서를 ’98. 3.17. ○○중앙회를 경유하여 농림부장관에게 제출(동지침상 ‘98. 1. 1~’99.12.31. 기간 중 양도할 부동산의 자구계획을 ‘99. 3.20.까지 제출하도록 규정되어 있음)하여, ’98. 6. 3. 농림부장관이 승인한 문서를 ○○중앙회로부터 [회원(경지) 21206-632, ‘98. 6.11.] 통보 받았고

(3) ‘98.12.31.에 재무구조개선을 위하여 양도대금 중 368,000,000원을 대손충당금에 전입하고, 특별부가세 상당액을 기업합리화적립금으로 전입하고, ’99. 6.30.에 나머지 양도대금 92,000,000원을 대손충당금에 전입 사용 자구계획이행을 완료한 것으로 확인된다.

(4) 구 조세감면규제법 40조의3(법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세 감면)규정의 단서조항은 ‘97.12.13.에 제정하였으나, 관련세부규정인 같은 법시행령37조의3 제23항을 ’98. 2.24.에, 감독관청인 농림수산부에서는 관련지침을 ‘98. 2. 28.에 제정한 것이 확인된다.

(5) 구 조세감면규제법제40조의3 신설규정을 ‘98. 1. 1. 이후에 시행하면서 ’97. 7. 1.부터 ‘97.12.31.까지 양도한 부동산에 대하여도 소급 감면하여 ’98. 3.31.까지 승인을 받도록 하고 있으면서, 시행일(98. 1. 1.)부터 감독기관의 승인일 전에 양도한 부동산에 대하여는 감면하지 않는 것은 IMF체제 이후 경영상 어려움에 처한 금융기관의 불요불급한 부동산등 자율적인 자구노력을 지원하기 위하여 신설된 동 규정의 취지에 부합되지 않을 뿐만 아니라,

(6) 동 규정의 시행 전에 부동산을 양도한 법인은 특별부가세를 감면 받고, 동 규정 시행 후 자구계획 승인 전에 부동산을 양도하는 금융기관은 정작 감면규정을 적용 받지 못하는 결과가 되어 납세자의 과세형평성에 반하며, 청구법인이 국세청에 질의하여 특별부가세 면제대상이 아니라고 회신(법인46012-424, 2000. 2.15.)을 받았으나, 재정경제부에 2000. 5.25. 질의하여 2000.12. 7. 회신문(재산46014- 346, 2000.12. 7.)에서 “금융기관이 자구계획 승인을 위한 업무처리지침이 마련되기 전에 부동산 매매계약을 체결함에 따라 부득이 당해 부동산 양도 후 감독기관의 장으로부터 자구계획을 승인 받은 경우에는 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 것으로 보아 구 조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것을 말한다)제40조의3제1항 단서의 규정을 적용한다.”라고 해석한 바 있다.

(7) 위 사실관계 및 법령 등을 종합하여 보면, 감독기관이 승인한 자구계획에 의한 양도에 대하여 특별부가세를 감면한다는 것은 금융기관 자구계획의 실질적인 이행을 담보하기 위하여 도입한 규정이지 감면요건이라고 보기는 어렵다고 판단되고, 청구법인의 경우 감독기관의 업무지침에 따라 농림부장관의 승인을 받은 것으로서 법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제 규정을 적용하는 것이 입법취지 등에 비추어 합목적적이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.