특별부가세 감면배제의 적정 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 사업용 부동산이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 7필지 12,215.9㎡를 ‘98.10. 1.과 같은 해 11.30.에 청구 외 ○○공사에 양도하고 양도대금전액을 재무구조개선을 위하여 금융기관의 부채에 상환한 후 구 조세감면규제법 제40조의3【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】제1항의 규정을 적용하여 ’98사업연도 법인세 신고시 특별부가세 1,003,015,010원 전액을 면제신고하였다. 처분청은 위 감면신고된 세액 중 기준부채비율보다 초과한 부채비율상당액에 해당하는 207,142,721원(이하 “쟁점감면세액”이라고 한다)을 세액감면배제하고 2000. 3. 5. 청구법인에게 법인세 235,065,560원을 고지결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 3.20. 심사청구를 하였다.

청구법인은 ‘97사업연도말 현재 차입금 25,180백만원인데, 부동산을 매각하여 금융기관의 차입금을 상환하여 ’98사업연도말 현재 차입금이 13,207백만원으로 감소되었음에도 불구하고 IMF사태에 인한 경영부진으로 자본잠식이 이루어져 ‘97.12. 31.보다 ’98.12.31.의 부채비율이 높다는 이유로 감면을 배제하는 것은 부당하고, 청구법인과 같이 양도당시 부채비율이 그 이후로 증가된 바가 없음에도 불구하고 직전연도의 부채비율을 기준으로 하는 것은 구 조세감면규제법 제40조의 3 제2항 제2호의…부동산 양도 후 5년의 모법위배 내지 헌법상 실질적 조세법률주의에 위배되므로 처분청에서 쟁점감면세액을 부인한 당초처분은 취소되어야 한다.

조세특례제한법 관련 법규에 의거 재무구조개선을 위하여 부동산 양도대금으로 금융기관의 차입금을 상환한 후 ‘98사업연도 법인세신고 시 특별부가세 1,003,015, 010원 전액을 감면받은 청구법인은 ’97.12.31. 현재 기준부채비율이 259.20%이고, ‘98.12.31.현재의 부채비율은 312.73%로서 ’98사업연도 말에 기준부채를 53.53% 초과하였으므로 총감면세액에서 기준부채비율 대비하여 초과한 비율 20.65%(53. 53% ÷ 259.20%)에 상당하는 쟁점감면세액 207,142,721원을 조세특례제한법규정에 의하여 감면배제하고 추징한 처분청의 당초처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점감면세액을 감면배제처분함이 적법한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제37조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에서 『대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(“생략”)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. “중략”

1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것. “단서 생략”

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하“금융기관협의회”라 한다.)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것. “단서생략”

3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것.』이라고 규정하였고, 같은법 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.

2. 부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 3년 이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우』라고 규정하였다.

○ 같은법 부칙(법률 제5584호 1998.12.28. 전면개정) 제6조 【기업의 재무구조 개선지원 등을 위한 양도소득세의 면제 등에 관한 적용례】 제2항에서 『제37조 제2항 제2호 ․ “중략”의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일 전에 부동산을 양도한 분에 대하여는 당해 부동산을 양도한 날부터 동 개정규정을 적용한다.』고 규정하였다.

○ 조세특례제한법 시행령 제34조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제14항에서 『법 제37조 제2항의 규정에 의하여 재무구조개선법인으로부터 추징할 세액은 다음 각호에 의하여 계산한다.

2. 법 제37조 제2항 제2호의 경우: 당해 법인의 부채비율이 금융기관 부채를 상환한 후 3년의 기간 중 기준부채비율을 초과하는 경우 그 초과비율이 기준 부채비율에서 차지하는 비율을 제10항 제1호의 규정에 의한 면제세액의 합계액에 곱하여 계산한 세액(동 세액이 면제세액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 없는 것으로 본다). 이 경우 사업연도 중에 금융기관부채를 상환한 경우에는 그 부채 상환일부터 당해 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산한다.』고 규정하였고, 제15항에서 『제14조 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부채비율은 각 사업연도말 현재 재정경제부령이 정하는 부채 (이하 이 조에서 “부채”라 한다)를 대차대조표상 자기자본(“생략”)으로 나누어 계산한다. “이하생략”』고 규정하였으며, 제16항에서 『제14항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 기준부채비율은 제1호의 비율에서 제2호의 비율을 차감하여 계산한다. “중략”

1. 제9항의 규정에 의하여 재무구조개선계획이 최초로 승인된 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(이하 이 조에서 “기준부채비율 산정기준일”이라 한다.)현재의 부채를 기준부채비율 산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산한 비율

2. 재무구조개선계획에 따라 상환한 금융기관부채의 합계액을 기준부채비율산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산한 비율』이라고 규정하였다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사업용 부동산인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 외 7필지 12,215.9㎡(이하 “쟁점부동산”이라고 한다.)를 1998.10. 1.과 1998.11.30. 양일에 걸쳐 청구 외 ○○공사에 8,388,140,000원에 양도하고 쟁점부동산 양도대금 전액을 재무구조개선을 위하여 금융기관의 부채로 상환한 후 쟁점부동산 양도차익에 대한 특별부가세를 면제 받고자 구 조세감면규제법 관련규정에 의거 재무구조개선계획이행보고서 및 특별부가세 세액면제신청서를 처분청에 ‘99. 3.31.자로 접수 시켰고, ‘98사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 법인세(특별부가세) 1,003, 015,010원을 면제하여 신고한 사실이 확인된다.

(2) 특별부가세 면제세액 및 면제받은 세액의 추징(감면배제)세액을 계산하는 근거가 되는 <표1>의 내용에 대하여는 청구법인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. <표1> 구분번호 구분 금액 비고

① ‘98 사업연도말 현재 차입금 총액 13,207,998,309 o 재무구조개선계획이 최초로 승인된 날이 속하는 사업연도

② ‘98 사업연도말 현재 자기자본 4,223,405,083

③ ‘97 사업연도말 현재 차입금총액 25,180,949,217 o 기준부채정기준일이 속하는 사업연도 o산정기준: ‘98.12.31

④ ‘97 사업연도말 현재 자기자본 6,478,710,781

⑤ 상환한 금융기관 부채의 합계액 8,388,148,930 o 상환일: ‘98.12.23.(○○은행), 98.12. 9.(○○은행)

(3) 관련 조세특례제한법 법규를 모두어 보면, 재무구조개선을 위하여 부동산 양도대금으로 금융기관부채를 상환한 후 법인세인 특별부가세를 감면 받은 법인의 부채비율이 동 부동산 양도 후 3년 이내의 기간 중(사업연도 중에 금융기관 부채를 상환한 경우에는 그 부채 상환일부터 당해 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산함)기준부채비율보다 증가한 때에는 그 초과비율에 상당하는 감면세액을 추징(배제)하도록 되어 있으며, 이때의 기준부채비율은 재무구조개선계획이 최초로 승인된 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(기준부채비율 산정기준일) 현재의 금융기관 총 부채액에서 동 부채상환액을 차감한 금액을 기준부채비율 산정기준일 현재의 대차대조표상 자기자본으로 나누어 계산하도록 규정하고 있다.

(4) 당청에서 위 관련법규 및 <표1>에 의하여 청구법인의 감면배제세액을 계산한 바 다음과 같이 상환 후 3년의 기간 내에 있는 ‘98사업연도에 기준부채비율이 초과하여 감면을 배제할 세액상당액이 207,142,721원임이 확인된다. 〔○ 숫자는 <표1>의 구분번호이며, () 내는 산식임〕 ㉮ 기준부채비율 (③/④ - ⑤/④): 259.20% ㉯ ‘98사업연도 부채비율 (①/②): 312.73% ㉰ ‘98사업연도 기준부채비율초과 (㉯-㉮): 53.53% ㉱ 기준부채비율 초과 상당비율 (㉰/㉮): 20.65% ㉲ ‘98사업연도 감면배제세액 (감면세액×㉱): 207,142,721

(5) 청구법인이 쟁점부동산 양도에 따른 특별부가세 면제를 위하여 ‘99. 3.31. 처분청에 접수한 세액면제신청서 및 재무구조개선계획이행보고서를 보면 기준부채비율을 계산하면서 ’97사업연도말 현재의 금융기관 총부채액에서 부채상환액을 차감하지 아니하고 자기자본으로 나누어 388.67%로 계산한 후, ‘98사업연도 말 현재의 부채비율 312.73%가 이를 초과하지 않는 것(312.73% - 388.67% = △75.94%)으로 관련법규에 의하지 않고 임의 계산하여 특별부가세 전액인 1,003,015,010원을 감면한 사실이 확인된다.

(6) 처분청에서 제시한 결정결의서에 첨부된 감면배재상당액을 계산한 내용이 당청에서 계산한 내용인 상기(4)의 내용과 일치함이 확인된다.

(7) 청구법인의 주장과 위 사실관계 및 관련법규를 모두어 판단하면, 청구법인은 ‘98사업연도의 이 건 감면세액을 계산함에 있어 관련법규를 잘못 적용하여 신고한 사실이 확인되고, 처분청은 이 건 잘못된 신고사항을 관련법규에 따라 정확하게 재계산하여 경정한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.