부당행위계산 부인 당부

○○세무서장이 1999.12. 3. 청구법인에게 결정고지한 1994. 1. 1.~1998.12.31.사업연도 법인세 548,917,654원(1994년 102,590,634원, 1995년 232,678,335원, 1996년 83,678,963원, 1997년 252,669,671원, 1998년 △122,699,949원)및 농어촌특별세 15,055,433원(1994년 4,199,247원, 1995년 10,856,186원)의 부과처분은,

1. 청구법인에게 부당행위계산부인규정을 적용하여 청구법인에게 익금가산한 1, 083,609,935원(1994년 190,874,859원, 1995년 190,874,859원, 1996년 220, 084,0933원, 1997년 240,888,062원, 1998년 240,888,062원)은, 이를 익금에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 1995. 1. 1.~12.31. 사업연도에 손금부인하고 이를 1998. 1. 1~12.31. 사업연도의 손금으로 추인한 경상연구개발비 302,588,172원은, 이를 1995. 1. 1.~12.31. 사업연도의 손금에 산입 및 1998.1.1~12.31 시업년도의 손금추인에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

3. 나머지 청구는 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○시장 내 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)및 그 토지 위 지상건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 일부를 소유하며 임대사업을 영위하는 법인으로서, 쟁점토지상의 건물만을 소유하고 있는 특수관계있는 자가 청구법인에게 토지임대료를 납부하지 않음을 두고 이를 특수관계있는 자에게 청구법인의 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 1994. 1. 1.~1998.12.31. 사업연도의 토지임대료 1,083,610천원(1994년 190,875천원, 1995년 190,875천원, 1996년 220,084천원, 1997년 240,888천원, 1998년 240, 888천원으로서, 이하 “쟁점적정임대료”라 한다)을 익금가산하고, 청구법인이 전자사업부를 신설하여 제조한 자동판매기의 제조비용 734,666천원(1995년 302,588천원, 1997년 432,078천원으로서, 이하 “쟁점제조비용”이라 한다)을 경상적인 연구개발비로 보아 발생연도에 당기 손금처리한데 대하여 처분청은 이를 제조원가로 보아 손금부인하여 전자사업부를 폐지한 1998년 사업연도의 손금으로 하고, 또한 청구법인의 쟁점건물에 설치한 공기조절기 설치비용 32,500천원(이하 “쟁점설치비”라 한다)을 자본적 지출로 보아 손금부인하여 1999.12. 3. 청구법인에게 1994. 1. 1.~1998.12.31. 사업연도 법인세 548,917,654원(1994년 102,590,634원, 1995년 232,678,335원, 1996년 83,678,963원, 1997년 252,669,671원 1998년 △122,699,949원)및 농어촌특별세 15,055,433원(1994년 4,199,247원, 1995년 10, 856,186원)을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 2.25. 심사청구하였다.

(1) 쟁점건물은 132명의 지주와 934명의 건물주가 소유하고 있는 “○동건물”의 일부분으로서 ○동건물 내 274명은 토지없이 건물만 소유하고 있는바, 청구법인뿐만 아니라 ○동건물의 다른 지주도 자기의 대지위에 있는 지상건물(타인소유)소유주에게 토지임대료를 청구하지도 않고, 또한 건물주들은 이를 지불하지도 않고 있음이 ○○시장의 오래전부터의 상관행으로 되어 있어 청구법인도 이러한 관행에 따라 지상1층과 2층의 특수관계있는 자와 지상3층의 타인에게 토지임대료를 청구하거나 이들이 임대료를 납부하지 않고 있는 실정이며 만일 청구법인이 타인에게는 토지임대료를 청구하지도 않으면서 특수관계있는 자라는 조건만으로 토지임대료를 청구한다면 특수관계있는 자의 입장에서 보면 역부당행위가 되는 모순이 발생하는 바 부당행위계산부인은 정상적인 사인간의 거래의 값과 비교하여 고가 또는 저가로 거래되었을 경우에 적용하는 것으로서 ○○시장 내의 ○동건물 전체가 그 건물이 있는 토지를 건물소유주가 무상으로 사용함에도 청구법인과 특수관계있는 자와의 거래에 있어서만 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점제조비용은 신제품을 개발하기 위한 인건비, 소모자재비, 제작하청비 등으로서 모두 시재품을 제조하는 데 소요되는 비용인데 시재품은 그 성능과 품질을 전문기관에서 검증을 받아 각 나라의 기관에서 인증을 받아야 제품으로써 판매할 수 있는바, 이러한 목적으로 지출된 비용은 경상연구개발비로 보아 발생연도의 손금으로 인정하여야 하고, 설사 과세하더라도 조세포탈의 의도가 없이 단순히 손익의 귀속연도만 다른 경우에는 가산세를 부과할 수 없으므로 이를 취소하여야 한다.

(3) 쟁점설치비는 ○동건물 지주회에서 관리운영하는 시설이므로 수선비로서 당기손금에 해당함에도 이를 자본적지출로 보아 손금부인함은 부당하다.

(1) ○○시장 내에서 상가를 임대하고 받는 임대료는 통상적으로 토지와 건물을 구분하지 아니하고 ‘월 임대료○○○’의 형식으로 계약하는 것이 일반적인 상관행이며 청구법인은 ○○시장 내에서는 토지없이 건물만 사용하고 있는 자가 토지소유자에게 토지사용료로서 지료를 납부하지 않고 있는 것이 관행이라고 주장하나, 쟁점건물 인근(○○구 ○○동 ○○,○○번지)의 경우를 보면, 동 지상의 건물을 공동으로 임대사업하면서 건물과 토지를 구분하여 임대계약하고 토지임대료를 수수한 사례가 있으며 한편, 청구법인의 쟁점토지와 건물의 취득과정을 보면, 쟁점토지와 그 지상의 지하 2층~지상3층을 소유하고 있던 청구 외 ○○제과(주)(이하 “○○제과”라 한다)는 지하2층~지상2층의 건물과 쟁점토지를 청구법인에게 양도하였고, 지상3층 건물은 제3자들에게 토지지분없이 건물만 양도한 것이기 때문에 비록 타인소유 3층 건물이 청구법인 토지위에 있다 하더라도 당초 건물취득의 특수한 사정으로 인하여 청구법인이 3층 소유주에게는 토지임대료를 청구할 권한이 없으므로 지상 3층 건물 소유자들로부터 토지임대료를 받지 않고 있다고 하여 이를 청구법인이 1·2층의 특수관계있는 자로부터 토지임대료를 받지 않을 정당한 이유로 볼 수 없으며 또한, 특수관계있는 청구 외 유○○ 외 4인은 청구법인으로부터 토지는 제외하고 건물만 일부 취득하여 이를 임대하면서 받는 임대료가 토지를 소유하면서 토지와 건물을 임대하는 청구법인의 임대료와 비슷한 수준인 바 이상의 사실을 종합하여 보면, 청구법인이 건물을 소유한 특수관계있는 자에게 쟁점토지를 무상으로 제공한 것이 아니라 특수관계있는 자가 건물임차인으로부터 받은 임대료에 포함된 토지임대료 상당액을 청구법인에게 지불하지 아니하고 특수관계있는 자들 자신의 수익으로 계상한 것으로 판단되며 이는 결국 청구법인이 특수관계있는 자에게 법인의 이익을 분여한 것에 해당하므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 부과한 당초처분은 정당하다.

(2) ‘95~’97연간 제조한 자동판매기의 수량 38대(‘95년: 7대, ’96년: 25대, ‘97: 6대)는 시운전용으로 보기에는 다량이며, 청구법인의 공장에서도 시운전할 수 있는 것임에도 매출처까지 반출한 것은 ’시용판매‘로 인식하여야 하므로 쟁점금액은 자동판매기의 제조원가에 해당되어 수익·비용대응의 원칙과 세법상 권리의무확정주의에 비추어 사업을 포괄양도한 ’98사업연도에 손금으로 하여야 하며, 또한 가산세는 손금으로 신고하여야 할 다음 사업연도에 계상하지 아니한 경우에만 부과하지 않는 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(3) 공기조절기를 ○동건물 지주회에서 관리운영한다 하더라도 그 소유권은 청구법인에게 있으므로 설치비용을 자본적지출로 보아 손금불산입한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) ○○시장 내 청구법인 소유토지의 지상건물 중 토지는 소유하지 않고 건물만 소유하고 있는 특수관계있는 자가 토지임대료를 납부하고 있지 않는 것을 두고 청구법인이 특수관계있는 자에게 법인의 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인함이 정당한지

(2) 전자사업부를 신설하면서 발생한 정잼제조비용이 경상적인 연구개발비(당기손금)인지 또는 제조원가인지

(3) 쟁점설치비가 자본적지출인지 수익적지출인지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항에 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”하 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다』라고 규정하면서, 그7호에서 『출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때(이항 생략)』를, 그 9호에서 『기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때』를 규정하고 있다.

○ 같은법 제17조 【손익의 귀속시기】 제1항은 『내국법인이 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제38조 【이연자산의 평가】 제1항 4호는 『연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 하되(이하 생략)』로 규정하고 있으며, 제2항은 『제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각한다』라고 규정하면서, 그4호에서 『연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년이내의 매사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제57조 【수익적지출과 자본적지출의 의의】 『법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적지출로 하고 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적지출로 본다. 이 경우에 수익적 지출과 자본적 지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 재정경제부령이 정하는 바 에 의한다』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행규칙 제33조 【수익적 지출과 자본적 지출의 예시】 제1항에 『수익적 지출과 자본적 지출의 구분이 분명하지 아니한 경우에는 다음 각호의 예에 의하여 이를 구분한다』라고 규정하면서, 2호에서 『다음에 게기하는 것에 대한 지출은 자본적 지출로 한다』라고 규정하면서, 마호에서 『기타 개량·확장·증설 등 전 각호와 유사한 성질의 것』으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 청구주장 1)에 대하여

1. 청구법인은 ○○시장 내 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○~○○호 토지(2,981.41㎡)위에 12,996.13㎡의 상가 ○동건물(198필지상에 건축된 것으로서 지분소유가 아니고 각 소유자별로 구분소유하고 있음)내의 쟁점토지와 그 지상건물을 소유하고 있는 부동산 임대업 법인으로서, 청구법인은 쟁점토지 961.05㎡와 그 지상건물 지하1·2층 및 지상 1·2층 3,490,85㎡를 1997. 3.24. ○○제과로부터 495백만원에 취득하여 임대에 공하였으며, 동 ○○제과는 같은날 토지를 제외하고 3층 건물만을 그 점유자들에게 100백만원에 양도하였으며 취득자들은 이를 임대에 공하였음이 매매계약서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

2. 그 후 1982.11. 1. 청구법인은 토지는 양도하지 않고 위 취득건물 중 지상 2층 전부(929.09㎡)를 청구법인과 특수관계있는 청구 외 유○○과 서○○에게 양도하였으며, 1994. 1.12. 위 지상1층 860.56㎡ 중 186.96㎡를 특수관계있는 청구 외 김○○·민○○ 및 정○○에게 양도(이 역시 토지는 양도하지 않음)하였으며 양수자들은 이를 임대에 공하고 있음이 매매계약서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다.

3. 청구법인이 심사청구 시 제출한 서류에 의하면, 청구법인 소유 쟁점토지와 건물이 들어선 위 ○동건물은 132명의 지주와 934명의 건물주가 있으며 이 건물주 중 274명은 건물만 소유하고 있는데 이러한 실정으로 인하여 ○○상가의 상관행상 ○동건물의 지주는 자기의 대지위에 들어서 있는 타인소유 건물주에게 토지사용료를 청구하지도 않고 있으며, 건물주 역시 토지사용료를 지불하지 않고 있다는 내용이 담긴 상인들과 지주회장이 작성한 사실확인서를 제시하고 있으나 처분청은 이에 대하여 달리 반증자료를 제시하지 못하고 있다.

4. 청구법인도 이러한 상관행에 따라 쟁점토지 위의 지상2층 건물주인 특수관계있는 자와 3층 건물주(68명)에게 토지사용료를 청구하지도 않고 있으며, 그들도 이를 납부하지 않고 있다는 내용이 담긴 3층 건물 소유자(일부)들이 작성한 사실확인서를 제시하고 있다. 이에 대해서도 처분청은 달리 반증자료를 제시하지 못하고 있으며, 다만 인근 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○호의 토지와 ○호의 건물을 구분하여 임대계약하면서 임대보증금(임대료는 없음)을 수수한 계약서를 제시하면서 토지의 임대료가 있음을 반증자료로 제시하고 있으나 토지와 건물의 보증금이 각각 구분 기재되어 있지 않고 총액으로 기재되어 있음이 확인된다.

5. 처분청은 청구법인 소유건물 임대보증금(임대보증금과 임대료를 보증금으로 환산하여 산출하였음)과 특수관계있는 자의 소유건물 임대보증금 즉 토지와 건물을 소유하면서 받는 임대료와 건물만을 소유하면서 받는 임대료가 비슷한 수준임을 들어 특수관계있는 자의 소유건물 임대보증금에 토지임대료가 포함되어 있다고 보았음을 알 수 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지위의 건물만을 소유한 특수관계있는 자에게 쟁점토지를 무상으로 제공한 것이 아니라 특수관계있는 자가 건물임차인으로부터 받은 임대료에 포함된 토지임대료 상당액을 청구법인에게 지불하지 아니하고 특수관계자있는 자들 자신의 수익으로 계상함으로써 이는 결국 청구법인이 특수관계있는 자에게 법인의 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인하였으나 부당행위계산부인의 취지는 납세자가 정상적인 경제인으로서 경제적 합리성을 무시하고 우회행위 또는 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세부담을 경감 내지 배제시킬 경우 과세권자의 입장에서 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피를 방지하고자 하는 것으로서 실질과세의 원칙에 근거를 두고 있으며(대법87누925, 1988. 2. 9.: 같은뜻) 또한, 구 법인세법 제20조 규정에 의한 부인의 일반요건으로 특수관계에 있는 자와의 거래로서 행위·계산이 부당하여야 하고 정상적 행위형식을 선택하였을 경우와 동일한 경제적 목적을 달성할 것과 법인소득에 대한 조세부담의 감소가 있을 것 등의 4가지를 들고 있으며, 그 부당성의 판단기준으로 법인세법 시행령 각호에서 열거된 제반거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 회피하거나 경감시킬 것을 의도한 경우나 이러한 의도가 없더라도 경제인의 입장에서 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 이 규정을 적용하도록 명시하고 있다. 따라서, 조세부담이 감소된다고 하더라도 그 행위에 부당성이 없다면 그 요건을 충족하지 못하며, 반면 우회적·다단계적 거래형태가 부당행위계산부인에 해당한다고 할지라도 정상적인 거래와 대비하여 조세부담의 결과가 발생하지 아니하면 역시 부당행위부인대상에 해당되지 않는다고 해석하고 있으며, 이 규정을 적용함에 있어서 조세법률주의의 원칙상 유추해석이나 확대해석은 허용될 수 없다 할 것이다. 이러한 취지에 비추어, 청구법인이 임대하고 있는 건물 중에서 특수관계없는자로부터는 토지임대료를 받고 있음에도 특수관계있는 자로부터는 토지임대료를 받지 않고 있다면 정상적인 경제인의 입장에서 그 합리성을 결여하였다고 볼 수 있을 것이나, 이 건의 경우를 보면 쟁점건물이 위치하고 있는 ○동건물 내에서 토지없이 건물만 소유하고 있는 자가 토지소유자에게 토지임대료를 따로 지불하지 않고 있음이 관행이라는 청구주장에 대하여 처분청은 달리 반증자료를 제시하지 못하고 있다. 다만, 청구법인이 임대하고 있지 않은 인근의 임대실례를 들어 건물만을 소유하고 있는 경우에 토지소유자에게 토지임대료를 내고 있다는 사례를 제시하고 있으나 ○○시장 내 집단상가의 특성상 상권 및 취급상품과 각 상가의 위치에 따라 상가가치가 다르므로 일률적으로 평당임대보증금을 산출하여 이를 단순비교하는 것은 불합리하다고 판단되고, 또한 지상1·2층의 특수관계있는 자들이 청구법인에게 토지임대료를 지불하였다면 3층의 특수관계없는 자들이 청구법인에게 토지임대료를 지불하지 않고 있음을 들어 역으로 부당행위계산부인하여야 하는 모순도 발생할 수 있을 것이다. 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 보면, 부당행위계산부인 규정이 적용되기 위한 요건의 하나로 그 거래의 행위·계산이 부당하여야 하나 이 건 부과처분은 같은 조건하의 다른 거래행위와 비교하여 정상적인 경제인으로서 경제적합리성을 무시하였다고 볼 만한 부당성이 없다고 판단된다.

○ 청구주장 2)에 대하여 (Ⅰ) 경상연구개발비 손금처리에 대하여

1. 청구법인은 부동산 임대업을 주업으로 하고 있었으나, 사업의 다각화를 위하여 냉동식품 자동판매기를 개발하여 판매할 목적으로 1994년 12월 전자사업부를 신설하여 개발에 착수하였으며, 1995년에 제조비용 302,588천원으로 자동판매기 7대를 생산하여 이를 시재품 및 시험용으로 전량 반출하고 위 제조비용을 전액 경상연구개발비로 보아 1995사업연도의 손금으로 계상하였다.

2. 1996 사업연도에는 제조비용 355,441천원을 투입하여 자동판매기 25대를 생산하였는데 청구법인은 이에 제조원가로 회계처리하여 8대 출고분에 상응하는 71, 315천원을 매출원가로 손금처리하고 나머지 제조비용은 재고자산으로 계상하였음이 확인된다.

3. 1997 사업연도에는 제조비용 432,077천원을 투입하여 6대를 생산하고 전기재고 포함한 재고에서 6대를 출고하였는데 청구법인은 위 제조비용을 전액 경상연구개발비로 보아 당기 손금처리하였으며, 1997년 10월 동 개발품이 수익성이 없는 것으로 판단하여 전자사업부를 폐지하였으며, 1998년 5월에 50,000천원에 전자사업부의 모든 자산과 권리·의무를 포괄양도하였다.

4. 처분청은 청구법인이 1995년과 1997년에 발생한 쟁점제조비용을 발생연도의 손금으로 계상한 것을 제조원가로 보아 손금부인하고 이를 전자사업부를 폐지하고 제품 등을 포괄 양도한 1998년도의 손금으로 추인하였으나, 연구개발비는 신제품의 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 경우에는 이연자산으로 계상할 수 있으며, 그 상각은 5년 이내에 균등액 이상을 상각하도록 되어 있는 바, 1995년도 손금처리한 경상연구개발비는 위 관련 규정에 의하면 전액을 당기에 손금계상할 수도 있음은 물론 당기 생산제품이 전량 출고되었으므로 매출원가로도 손금처리가 가능하므로 이를 1995년도의 손금으로 보아 경정하여야 하며 1997년도 제조경비는 청구법인 스스로가 1996년도 제조경비를 제조원가로 보아 출고분 매출원가를 제외한 나머지 제조비용을 재고자산으로회계처리한 점을 보더라도 청구법인이 1997년도에 발생하여 당기 손금처리한 제조비용을 처분청이 이를 제조원가로 보아 손금부인하고 1998년도에 손금추인한 당초처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다. (Ⅱ) 가산세 부과처분 취소에 대하여 청구법인은 위 경상연구개발비와 관련한 부과처분에 대하여 설사 과세하더라도 조세포탈의 의도가 없이 단순히 손익의 귀속연도만 다른 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 주장하나, 손익귀속년도 착오로 전 사업연도에 앞당겨 신고·납부한 경우 즉 수입금액을 신고하여야 할 사업연도의 전 사업연도에 미리 신고 하거나 손비를 다음 사업연도에 계상함으로 인하여 경정하는 경우에는 가산세부과특례규정에 의하여 가산세를 부과하지 않는 것이나, 청구법인의 경우는 그 반대이므로 청구주장을 받아들일 수 없다 하겠다.

○ 청구주장 3)에 대하여 청구법인은 청구법인 소유건물에 설치한 공기조절기 시설은 ○동건물 지주회에서 관리운영하므로 그 설치 및 보수비용은 수선비로 보아 당기 비용처리함이 정당하다고 주장하나, 이 공기조절기는 1998년 8월 청구법인 소유 ○○상가건물에 설치한 것으로서 그 비용분담은 청구법인 21,250천원, ○○상가 11,250천원, ○동지주회 10,000천이나, ○○상가는 사업자등록번호가 없기에 ○○상가 분담금을 받아 청구법인에서 잡수입계상하고 세금계산서는 32,500천원(공급가액)으로 교부받았음을 관련전표 및 설치계약서 등에 의하여 알 수 있다. 따라서, 청구법인의 공기조절기 설치와 관련하여 손금계상한 32,500천원은 관련법령에 의한 기타 증설의 성질의 비용으로서 이는 자본적지출에 해당하므로 처분청이 이를 손금부인하여 부과한 당초처분에는 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.