답으로 임대한 임대수입이 부가가치세 과세대상인지의 여부 등

○○세무서장이 1999.06.15 청구법인에게 결정고지한 법인(특별부가)세, 1994.01.01∼1994.12.31 사업연도분 751,361,540원(이의신청 결과 결정 후 금액, 이하 같다)과 1995.01.01∼1995.12.31 사업연도분 134,304,030원, 1996.01.01∼1996.12.31 사업연도분 296,951,820원 및 1998.01.01∼1998.12.31 사업연도분 83,858,890원의 계 1,266,476,280원(이하 "쟁점법인세"라 한다)과 농어촌특별세, 1994.1.1∼1994.12.31 사업연도분 7,909,560원(이의신청 결과 경정 후 금액, 이하 같다)과 1995.1.1∼1995.12.31 사업연도분 219,500원,1996.01.01∼1996.12.31 사업연도분 5,711,610원 및 1998.1.1∼1998.12.31 사업연도분 8,555,590원의 계 14,267,190원(이하 "쟁점농어촌특별세"라 한다) 및 부가가치세, 1994년 1기분 3,549,890원과 1994년 2기분 3,501,180원, 1995년 1기분 4,720,700원, 1995년 2기분 4,720,700원, 1996년 1기분 7,112,390원, 1996년 2기분 7,112,410원, 1997년 1기분 6,186,220원, 1997년 2기분 6,186,250원, 1998년 1기분 5,420,120원 및 1998년 2기분 5,420,150원의 계 53,930,040원의 부과처분은

1. 청구외 김○○등에게 답으로 임대한 임대수입금액을 부가가치세 과세표준에서 제외한 금액으로 이를 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○호에 있는 농지개량조합법상 농지개량조합 법인이다. 처분청은 1999.06.15 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○호외 179필지(이하 "쟁점토지"라 한다)를 양도하고 그 양도차익을 신고ㆍ납부하지 아니함에 대하여 법인(특별부가)세와 농어촌특별세 과세표준과 세액을 결정함에 있어, 실지 거래한 양도가액은 확인되나 실지 거래한 취득가액이 분명하지 아니하므로 그 취득가액을 실지 거래한 양도가액에 취득당시의 기준시가가 양도당시의 기준시가에서 차지하는 비율에 의해 환산하면서, 쟁점토지에 대한 1990년 공시지가가 누락되어있어 인근토지를 표준지로 삼아 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 평가한 가액을 1990년도 공시지가로 하고 그 평가액으로 환산한 가액을 취득가액으로 하여 그 양도차익을 계산하여, 법인(특별부가)세, 1994.01.01∼1994.12.31 사업연도분 751,361,540원(이의신청 결과 경정 후 금액, 이하 같다)과 1995.01.01∼1995.12.31 사업연도분 134,304,030원, 1996.01.01∼1996.12.31 사업연도분 296,951,820원 및 1998.01.01∼1998.12.31 사업연도분 83,858,890원의 계 1,266,476,280원(이하 "쟁점법인세"라 한다)과 농어촌특별세, 1994.01.01∼1994.12.31 사업연도분 7,909,560원(이의신청 결과 경정 후 금액, 이하 같다)과 1995.01.01∼1995.12.31 사업연도분 219,500원, 1996.01.01∼1996.12.31 사업연도분 5,711,610원 및 1998.01.01∼1998.12.31 사업연도분 8,555,590원의 계 14,267,190원(이하 "쟁점농어촌특별세"라 한다)을 결정고지하고,

○○시 ○○구 ○동 ○○번지 6호 외 토지(이하 "쟁점임대토지"라 한다)의 임대수입에 대하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 아니함에 대하여, 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여 부가가치세, 1994년 1기분 3,549,890원과 1994년 2기분 3,501,180원, 1995년 1기분 4,720,700원, 1995년 2기분 4,720,700원, 1996년 1기분 7,112,390원, 1996년 2기분 7,112,410원, 1997년 1기분 6,186,220원, 1997년 2기분 6,186,250원, 1998년 1기분 5,420,120원 및 1998년 2기분 5,420,150원의 계 53,930,040원(이하 "쟁점부가가치세"라 한다)을 각각 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.09.01 이의 신청을 거쳐 1999.12.27 심사청구하였다.

(1) 쟁점토지는 당초 전ㆍ답 등을 취득하여 시설 투자한 후 그 지목을 변경한 토지로서 취득시점에 가까운 1990년 공사지가를 인근토지 공시지가의 100% 이상으로 평가되어야 함에도 단순히 구거 등이라 하여 인근토지 공시지가의 33%로 평가함은 부당하고,

(2) 쟁점임대토지에 대한 임대용역의 대가는 임대료가 아니라 조합원에 대한 조합비로 수령하였으므로 부가가치세 면제대상이고, 다른 임대용역도 조합의 운영과정에서 우발적ㆍ일시적인 것으로서 부가가치세 면세대상임에도 과세함은 부당하다.

(1) 개별공시지가 결정 누락된 쟁점토지의 1990년 공시지가를 각각 필지별 현황에 따라 그 인근의 답, 임야, 전 등의 공시지가에 구거, 제방, 유지 등의 비교적용을 33%를 적용하여 평가한 금액으로 환산한 가액을 취득가액으로 하여 쟁점법인세와 쟁점농어촌특별세를 과세한 당초 처분은 정당하고,

(2) 청구법인과 같은 정부업무대행단체의 재화 및 용역의 공급은 부가가치세 면세대상이나, 부동산임대용역은 제외되는 것이고, 쟁점임대토지에 대한 임대수입은 청구법인의 정관에 규정된 사업목적과는 달리 계속적이고 독립된 별도의 수입으로서 주된 사업의 부수용역에 해당하지 아니하므로 쟁점부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 1990년 공시지가 결정 누락된 공시지가를 계산함에 있어서 처분청의 평가액이 적정한지 여부와

(2) 답 등인 쟁점임대토지의 임대수입이 부가가치세 과세대상인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점(1)에 관하여

(1) 관련법령 토지 등 양도차익에 대한 특별부가세 과세표준에 대하여, 법인세법(1997.12.13 법률 제5418호 개정분, 이하 같다) 제59조의 2 제1항에서 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 『제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.(이하 각 호 생략)』라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에서 『제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제7항에서 제3항에 규정하는 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 토지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2. ∼ 4. (생략)라고 규정하고 있다. 기준시가의 산정에 대하여, 같은법 시행령(1998.2.24 대통령령 제15686호 개정분, 이하 같다) 제124조의 5 제2항에서 법 제59조의 2 제4항에서 "대통령령이 정하는 산식"이라 함은 다음 각 호의 산식을 말한다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(괄호 내용 생략)

2. (생략)라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 법 제59조의 2 제7항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지의 개별공시지가를 기준으로 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(괄호 생략)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 비교표를 적용함에 있어서는 당해 인근토지를 표준지로 본다라고 규정하고 있다. 또한, 법인의 거증 책임에 대하여, 같은법 기본통칙 1-2-2…3호에서 법인세의 납세의무가 있는 법인의 모든 거래에 대하여 거래증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 한다. 다만, 사회통념상 부득이하다가 인정되는 범위내의 비용과 당해 법인의 내부통제기능을 감안하여 인정할 수 있는 범위내의 지출은 그러하지 아니하다"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청은 취득가액이 분명하지 아니한 쟁점토지에 대한 취득가액을 위 관련법령에서 살펴본 계산식으로 환산하면서, 관련법령과 건설부의 토지가격비준표 활용지침 등에 따라 쟁점토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보아 그 표준지의 개별공시지가를 기준으로 하고 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여, 그 인근의 답, 임야, 전 등의 공시지가에 구거, 제방, 유지 등의 비교적용을 33%를 적용하여 쟁점토지에 대한 1990년 기준시가를 적법하게 평가한 가액으로 평가하였음을 개별공시지가가 없는 토지의 가격평가서와 개별공시지가확인원 및 토지대장 등 관계서류에 의하여 알 수 있고, 청구대리인도 비교표에 의하여 평가하는 등 그 절차상의 잘못은 없음을 인정하고 있다. (나) 쟁점토지에 대하여 기준시가 평가가 잘못이라는 청구주장의 근거로 공시지가 결정 누락된 다른 과세연도(1991년∼1998년)의 평가결정사례를 청구주장의 근거로 제시하였으나, 이는 1990년의 평가금액으로서 각 필지별 토지특성 등이 상호 비교관련성이 없을 뿐만 아니라, 1990년의 공시지가 결정과 관련된 이 건과는 무관함을 알 수 있다. (다) 쟁점토지는 당초 전, 답 등으로 취득하여 구거, 제방 등으로 시설 투자하여 취득하였으므로 현재 쟁점토지 인근의 공시지가보다 높게 평가되어야 한다는 청구주장은 장부상 실제의 취득가액과 시설투자액이 확인되지 아니하여 기준시가로 취득가액을 결정하는 이 건의 경우에는 적용될 수 없다고 할 것이다. (라) 위 사실관계를 모아보면, 쟁점토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어 쟁점토지는 그 취득가액이 분명하지 아니한 경우로서, 관련 법령과 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조 제2항 및 건설부의 토지가격기준표 활용지침 등에 따라 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보아 그 표준지의 개별공시지가를 기준으로 하고 관련 규정에 의한 비교표에 의하여 각각 인근의 답, 임야, 전 등의 공시지가에 구거, 제방, 유지 등의 비교적용을 33%를 적용하여 쟁점토지에 대한 1990년 기준시가를 적법하게 평가한 가액으로 평가하여 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없다고 판단되다.

• 다. 쟁점(2)에 관하여

(1) 관련법령 부가가치세 과세대상에 대하여, 부가가치세법(1995.12.29 법률 제5032호 개정분, 이하 같다) 제1조 제1항에서 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 재화 또는 용역의 공급,

2. (생략) 라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다라고 규정하고 있으며, 용역의 범위에 대하여 같은 법 시행령(1997.12.31 대통령령 제15563호 개정분, 이하 같다) 제2조 제1항에서 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 기타 행위로 한다.

1. ∼ 4. (생략)

5. 부동산업ㆍ임대업 및 사업서비스업, 다만, 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업을 제외하며, 부동산매매업은 재화를 공급하는 사업으로 본다.

6. ∼ 11. (생략) 이라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 위 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 답을 임대하는 용역은 부가가치세 과세대상 용역에서 제외되어, 부가가치세 과세대상이 아님을 알 수 있고, 쟁점임대토지는 지목이 답(구거 1필지)으로서 실제 농지로 사용됨에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다. (나) 그렇다면, 실제 답으로 임대한 임대수입금액임에도 부가가치세를 과세대상 용역으로 과세한 당초처분은 관련법령을 오해한 것으로서 잘못이라고 할 것이다.

• 라. 판단 이 건 심사청구는 청구주장에 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.