공기업 민영화 계획의 일환으로 공기업간 합병의 경우 피합병법인의 청산소득이 비과세에 해당하는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 사업을 영위하는 법인으로서, 청구외 ○○(주)(이하 “쟁점법인”이라 한다.)가 청구법인에 1998.07.31 합병됨에 따라 1998.10.29 청산소득을 계산하여 청산소득을 11,437,000,000원으로 산출세액을 3,190,000,000원으로 하여 신고납부하고, 청구법인은 1999. 08.20 쟁점법인과의 합병은 구 조세감면규제법제40조제1호에 의하여 청산소득이 비과세되는 합병에 해당된다하여 청산소득에 대한 법인세를 환급해 줄 것을 경정청구를 하였다. 처분청은 1999.10.21 구 조세감면규제법제40조 및 동법시행령제37조에 해당하는 법인간의 합병이 아니므로 청산소득이 비과세되는 경우에 해당되지 아니하는 것으로 보아 법인세 환급을 거부하는 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 12. 06. 심사청구하였다.

청구법인과 쟁점법인은 구 조세감면규제법제39조제1항제1호 내지 제5호에 해당하는 기업으로 산업자원부장관과 재정경제부장관의 합의에 의하여 합병이 이루어진 바, 구 조감법제40조제1호 및 구 조감법시행령제37조에 의하여 청산소득이 비과세되므로 환급하여야 한다. 합병에 이르는 일련의 과정은 정부지시에 의하여 이루어졌으며, 포합주식은 청산소득을 감소시키기 위해 취득한 것이 아니므로 청산소득 계산시 포합주식을 포함하여 법인세를 신고ㆍ납부 하였으므로 당연이 환급하여야 한다.

구 조세감면규제법제40조에서 비과세대상인 청산소득은 구 동법시행령제39조제1항제1호 내지 5호에 해당하는 기업간의 합병중 주무부장관이 재정부장관과 합의하여 인정하는 합병이어야 하며, 비과세요건이 충족하려면 청구법인은 산업의 합리와 및 진흥을 위하여 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 “산업정책심의회”에서 산업합리화대상으로 지정하는 기업에 해당되어야 하며, 주무부장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병이어야하나 주무부서의 추진방안에 따른 것일 뿐 합병에 의한 감면을 합의한 관계서류로 볼 수 없다. 위와 같이 비과세 요건이 충족하지 않으므로, 쟁점법인의 청산소득에 대하여 법인세법의 규정에 의한 과세대상으로 보아 청산소득법인세 환급거부한 처분은 정당하다. 합병법인이 합병을 전제로 합병전에 피합병법인의 주식을 취득함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소된 경우, 당해 “포합주식” 취득가액을 합병교부금으로 보아 청산소득을 계산한다고 해석하고 있으므로, 내국법인의 합병에 있어 합병법인이 합병을 전제로 합병전에 피합병법인의 주식을 취득하므로써 합병법인의 청산소득이 감소된 경우에는 당해 포합주식의 취득가액을 합병교부금으로 보가 청산소득을 계산하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1) 쟁점법인과 청구법인의 합병이 조세감면규제법제40조 및 동법시행령제39조에서 규정하는 합병에 해당되어 청산소득이 비과세되는지 쟁점2) 정부주도로 이루어진 합병에 의하여 취득한 포합주식이 청산소득계산시 합병대가에 포함되는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법제40조 【의제배당 소득에 대한 소득세등 비과세】에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 합병으로 인하여 소멸하는 법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법제17조제2항제3호ㆍ제4호 또는 법인세법제19조제4호ㆍ제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니하며, 당해 법인에 대하여는 법인세법제42조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 제1호에 “법인의 합병으로서 대통령령이 정하는 경우.”라고 규정하고 있다. 같은 법시행령제37조 【의제배당소득 등이 비과세되는 합병의 범위】에서 “조세감면규제법제40조제1호에 의하여 청산소득이 비과세되는 법인합병은 조세감면규제법제39조제1항제1호 내지 제5호에 해당하는 기업간의 합병 중 주무부서장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병으로 한다.”라고 규정하고 있다. 같은 법제39조제1항에서 “제35조 내지 제38조의 규정에 의한 합리화대상기업은 다음 각호의 1에 해당하는 산업을 영위하는 기업중에서 산업의 합리화 및 진흥을 위하여 대통령령이 정하는 심의회에서 산업합리화대상으로 지정하는 기업으로 한다.”라고 규정하고 제1호에서 “ 국민생활의 안정에 필요한 물자를 생산하거나 서비스를 제공하는 산업으로서 그 산업의 합리화 또는 진흥이 국민생활의 부담을 현저하게 경감할수 있는 것.”이라고, 제2호에서 “국가의 기간산업으로서 관련산업을 진흥하게 하고 국민경제전반에 걸쳐 현저하게 경감할 수 있는 것.”이라고 규정하고 있다. 제3호 내지 제5호: 생략. 같은 법시행령제36조 【산업합리화 기준 등】 제1호에서 “ 법제39조제1항에서 대통령령이 정하는 심의회라 함은 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 산업정책심의회(이하 “산업정책심의회”라 한다.)를 말한다.“라 규정하고 있다. 법인세법제19조 【배당금 또는 분배금의 의제】에서 “다음 각호의 규정하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 배분받는 금액으로 보고 이 법을 적용한다”라고 규정하고, 제4호에서 “해산하는 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주ㆍ사원ㆍ출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 당해 주식 및 출자 또는 지분 등을 취득하는데 소요된 금액을 초과하는 금액.”이라 규정하고 있고, 제5호에서 “합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주ㆍ사원ㆍ또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 액의 합계액이 그 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 요한 금액을 초과하는 금액.”이라 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제117조 의 2 【합병의 경우의 청산소득계산의 특례】 제1항에서 “내국법인의 합병에 있어서 합병법인이 합병전에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자((이하 “포합주식” 이라 한다)가 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합주식 취득가액은 합병교부금으로 보고 청산소득을 계산한다. 이 경우에 당해 포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부한 때에는 포합주식취득가액 중 당해 교부주식가액을 공제한 금액을 합병교부금으로 본다. (1979. 12. 31 신설)“라고 규정하고 있고, 제2항에서 “제1항의 규정은 신설합병의 경우에 소멸되는 법인이 합병전에 취득한 소멸되는 다른 법인의 주식 또는 출자가 있는 경우에도 적용한다. (1979. 12. 31 신설)”라고 규정하고 있다. 현행 동 법제80조 【합병에 의한 청산소득금액의 계산】 제1항에서 “내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 ”합병에 의한 청산소득“ 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)”라고 규정하고, 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등(신설 합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 ”포합주식등“ 이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다. (1998. 12.28 개정)”라고 규정하였다.
• 다. 사실관계 및 판단 쟁점1)에 대하여 살펴보면, 청구법인과 쟁점법인은 대통령지시 및 관계장관회의를 통해 계획되고 실행되었음이 관련문서에 의하여 확인되고, 대통령과 관계부처장관이 참석한 “신경제회의”에서 사전적인 협의가 있었음(공기업 민영화 및 기능조정 방안)을 알 수 있고, 공기업민영화 및 기능조정 대상기업이 관계장관회의에서 최종확정 되었으며, “공기업 민영화 및 기능조정방안”의 대상기업은 주무부처에서 경제기획원에 제출하고 관계장관회의를 거쳐 경제기획원의 경영평가위원회에서 최종확정 되었고, 청구법인과 쟁점법인은 구 조세감면규제법 제40조에서 비과세대상인 청산소득은 동 법시행령제39조제1항제1호 내지 제5호에 해당하는 기업간의 합병중 주무부장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병에 해당되므로 청산소득이 비과세 된다라고 주장하고 있다. 청구법인이 주장하는 청산소득이 비과세되려면, 쟁점법인과 청구법인은 산업의 합리화 및 진흥을 위하여 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 산업정책심의회에서 합리화대상으로 지정하는 기업에 우선 해당되어야 하고, 주무부장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병이어야 한다. 청구법인은 정부에서 공기업민영화 및 기능조정 추진방안에 의거 추진된 것일 뿐 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 “산업정책심의회”에서 합리화대상으로 지정된 사실이 없을 뿐아니라, 설령 청구법인의 주장처럼 구 조세감면규제법 제40조에 비과세대상인 청산소득은 동 법시행령제39조제1항제1호 내지 제5호에 해당하는 기업간의 합병중 주무부장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병에 해당되면 청산소득이 비과세 된다라고 할지라도 주무부장관이 재정경제부장관과 합의하여 인정하는 합병이어야 하나, 쟁점법인의 합병을 관계장관회의 등을 거치기는 하였으나, 관계장관회의를 통하여 합병을 논의한 것을 법률적인 행위인 합의로 볼 수 없으며, 청구법인등이 주무부서장관이 재정경제부장관과의 합의에 의하여 청산소득이 비과세대상법인으로 지정 될 경우 조세감면규제법제40에 의하여 청산소득이 비과세되는 대상법인이라고 명시하고 있어야 하는 바, 이와 같이 청산소득 비과세대상기업으로 합의하여 이를 명시한 근거서류가 없으므로 처분청이 청산소득 과세대상으로 보고 환급거부한 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다. 쟁점2)에 대하여 살펴보면, 쟁점법인과 청구법인의 합병에 이르는 일련 과정이 정부주도하에 이루어 졌으며, 정책목적과 개정법의 취지를 고려하여, 개정법을 소급적용은 할수 없다하더라도 청산소득의 부당한 감소여부를 판단하는 객관적인 판단기준이 없는 상황에서 공기업구조조정에 따라 취득하여 3년7개월이 경과한 포합주식을 합병대가에 포함시킨다는 것은 공기업 경영개혁이라는 정책목적에 반하는 것이므로 포합주식은 합병대가에서 제외 하여야 한다라고 주장하나, 포합주식거래가 특수관계자간의 거래가 아니어도 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되면 포합주시취득가액은 합병교부금으로 보는 것(같은 뜻:국심96부1663, 1997.06.05, 대법원제1부 91누849, 1992.05.26.)이라고 해석하고 있고, 합병법인이 합병을 전제로 합병전에 피합병법인의 주식(포합주식)을 취득함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소된 경우, 당해 “포합주식” 취득가액을 합병교부금으로 보아 청산소득을 계산하는 것(법인46012-127, 1999.01.12, 재법인46012-167, 1999.10.28) 같은 뜻 다수)이라고 청구법인의 질의에 대하여 회신한 바 있다. 내국법인의 합병에 있어서 합병법인이 합병을 전제로 합병전에 피합병법인의 주식을 취득하므로써 청산소득 계산 결과 합병법인의 청산소득이 감소된 경우에는 당해 포합주식의 취득가액을 합병교부금으로 보고 청산소득을 계산하는 것이므로 처분청이 청산소득법인세 경정청구에 대하여 환급거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.