계약서상 자산 가액을 기준으로 특수관계법인으로부터 고가로 사업을 포괄양수한 경우 계약서상 명시되지 않은 영업권을 인정할 수 있는지 여부

○○세무서장이 1999.09.13. 청구법인에게 결정고지한 1998.01.01.~1998.12.31. 사업연도 법인세 5,583,177,650원의 부과처분은,

1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 9필지의 토지 164,077㎡의 취득과 관련하여 특수관계자인 ○○건설주식회사로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 것으로 보아 익금가산 및 손금가산할 금액은 25,770,223,773원으로 하고, 동 토지중 양도한 95,221㎡와 관련하여 위 손금부인액중 익금에 가산할 금액은 14,955,578,648원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 농약 제조업 등을 영위하고 있는 법인으로서, 1997.12.31. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 9필지 공장용지 164,077㎡(석고보드공장용지로서, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 동 지상건물 37,764.31㎡ 및 구축물 26㎡ 등 석고보드공장(이하 “쟁점공장”일 한다)전체를 특수관계자인 청구외 ○○건설주식회사로부터 총 78,748,000,000원(공급가액)에 매입하기로 계약(자산별 가액은 토지 62,707,000,000원, 건물 14,593,000,000원, 구축물 1,448,000,000원으로서 이하 “당초계약서”라 한다)하였으며, 1998.11.09. 동 계약서의 가액대로 등록세를 신고납부하였고, 1998.11.13. 취득에 관한 등기를 완료하였다. 청구법인은 쟁점토지와 쟁점공장에 대한 잔금을 치르기도 전에 1998.10.10. 청구외 ○○석고주식회사에게 쟁점토지중 95,221㎡와 쟁점공장 전체를 45,309,198,002언(각 자산별 가액 토지 13,873,425,488원, 건물 15,439,394,000원, 구축물 1,448,000,000원, 영업권 14,548,378,514원)에 양도하였다. 청구법인은 당초계약서와는 별도로 작성일자를 1998.02.28.로 하는 당초계약서의 부속합의서를 작성하였는데, 부속합의서의 내용은 쟁점토지와 쟁점공장 전체의 총 매매가액은 당초계약서와 같으나 자산별 내용은 토지 34,383,000,000원, 건물 14,593,000,000원, 구축물 1,448,000,000원, 영업권 20,450,000,000원, 이자비용 7,874,000,000원으로 구분하였다. 청구법인은 ○○감정원에 의뢰하여 1997.12.04.를 가격시점으로 하여 쟁점토지 및 쟁점건물에 대하여 감정평가를 받았는바, 쟁점토지는 22,209,880,000원, 건물은 14,593,078,300원이었다. 청구법인은 1998 사업연도 법인세 및 특별부가세를 신고납부함에 있어 부속합의서상의 내용을 기준으로 금융비용을 가액비율로 각 자산에 안분한 후, 이 가액중 강점가액을 기초로 계산한 가액 38,429,397,713원(각 자산가액 쟁점토지 22,803,980,000원, 건물 14,593,078,300원, 구축물 1,032,339,413원)을 초과하는 11,994,680,587원을 자산을 특수관계있는 자로부터 시가를 초과하여 매입한 것으로 하여 익금가산 및 손금가산(유보)하고, 청구외 ○○석고주식회사에 양도한 ㅎ부분(쟁점토지 중 95,221㎡와 쟁점공장 전체)에 상당하는 7,168,387,067원(위 손금부인 유보액중 양도부분 상당액)을 익금가산하였다.

○○국세청장은 청구법인에 대한 조사시 부속합의서의 내용을 인정하지 아니하고 당초계약서상 각 자산가액에서 청구법인이 감정가액으로 계산한 가액을 초과하는 금액을 부당행위계산부인하여, 40,318,602,287원을 익금가산 및 손금가산(유보) 대상금액으로 하고, 이 중 청구외 ○○석고주식회사에 양도한 부분에 상당하는 23,687,101,851원을 익금가산 대상금액으로 하는 한편 기타의 사항을 시부인한 후 이를 처분청에 통보하였으나, 1999.09.13. 처분청은 이에 의하여 청구법인에게 1998.01.01.~1998.12.31. 사업연도 법인세 5,583,177,650원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.11.30. 심사청구하였다.

• 가. 1997.12.04. 석고보드사업에 대한 영업권의 금액을 결정하기 위한 결정평가를 ○○회계법인 등에 의뢰하였으나 당초계약일(1997.12.31.) 현재 동 평가를 완료하지 못하여 일단 석고보드사업의 양수도 총액만 결정한 다음 건물은 감정가액으로, 구축물은 장부가액으로, 나머지 금액은 토지와 영업권 가액 등을 구분함이 없어 모두 토지가액으로 하여 당초계약서를 작성하였던 것이고, 영업권에 대한 감정평가사를 받는 대로 영업권을 포함한 각 자산가액을 최종적으로 확정하기로 당초계약서 제7조에 명시하였으며, 계약서는 당사자 합의에 의하여 항시 변경이 가능한 것이고, 영업권에 대한 감정평가가 이루어진 이후인 1998.02.28. 당사자간의 진정한 의사에 의여 부속합의서를 작성하여 각 자산가액을 최종적으로 확정한 것임에도 불구하고, 당초계약서상의 표시된 자산가액에 의하여 추가 부당행위계산부인함은 부당하고,
• 나. 여러 자산을 포괄적으로 양도한 때에는 개개의 자산별로 그 거래가격과 시가를 비교하는 것이 아니고 그 자산들의 포괄적 거래 전체로서 비교하여 저가양도 여부를 판단하는 것(대법원 95누13296, 1997.02.14.)이므로 본 사업양수도의 경우 토지가액만 분리하여 부당행위계산부인대상 여부를 판단할 것이 아니라 전체 거래가액인 78,748,000,000원을 기준으로 판단하여야 할 것인바, 각 자산의 감정가액의 합계액을 이 건 거래의 시가로 본다면, 부속합의서상 표시된 쟁점토지의 가액이 감정가액을 초과하는 금액만큼이 부당행위계산부인 대상이 되는 것이고, 동 초과금액은 전체 거래의 시가 초과금액과 일치하는 것으로서, 청구법인 스스로 동 초과금액을 부당행위계산부인하여 세무조정하였기 때문에 세무상 부인될 금액이 없으므로, 동 부당행위계산부인과 관련한 세액을 경정하여야 한다.

• 가. 처분청과 청구외 ○○건설주식회사는 법인세법 시행령 제46조 에서 규정하는 특수관계자에 해당하는바, 당초계약서의 내용대로 대금결재 및 소유권 이전 등 일련의 절차를 이행하였고, 1998년 5월 매도자인 청구외 ○○건설주식회사는 청구외 ○○은행과 연서하여 조세감면규제법 시행령 제37조의 3 제19항에서 규정하는 재무구조지원 등을 위한 특별부가세를 면제받기 위하여 ○○세무서장에게 제출한 세액면제신청서에 쟁점토지 62,707,000,000원, 건물 14,593,000,000원, 구축물 1,448,000,000원, 계 78,748,000,000원의 당초계약서 금액으로 신고하였고, 달리 영업권 및 이자비용을 별도 구분하여 계상치 않고 있으며,
• 나. 또한 1998.11.13. 부동산등기특별조치법 제3조 제1항 에 따라 소유권 이전을 위해 ○○광역시 ○○구청장으로부터 검인받을 당시에도 당초계약서를 제출하였고, 청구법인은 1998.11.19. 등록세 등의 과세표준을 77,300,000,000원으로 하여 신고납부하였는데도 이는 당초계약서상 쟁점토지와 건물의 합계액으로서, 이 때에도 쟁점토지 가액에서 영업권 및 이자비용을 차감하지 아니하고 신고납부하였으며, 1999.04.01. 지방세 이의신청에 대한 ○○광역시장의 기각 결정문에서도 쟁점토지가액을 62,707,000,000원으로 판시하고 있는 점 등으로 미루어, 청구법인과 청구외 ○○건설주식회사는 특수관계자간 조세부담을 회피하기 위하여 사후에 영업권을 평가하고 부속합의서를 작성한 것으로 인정되므로, 부당행위계산부인하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 및 쟁점공장을 특수관계자로부터 매입함에 있어서 부속합의서상각 자산가액을 인정하지 아니하고 당초계약서상 각 자산가액을 기준으로 자산을 특수관계자로부터 “고가매입”한 것으로 보다 추가 부당행위계산부인하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제20조 【부당행위의 부인】는 「정부의 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행이 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항은 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.』라고 규정하고 있고, 제4호는 『출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때』를 규정하고 있다. 같은 법 기본통칙 2-16-1...20 【부당행위계산의 시부인 기준】 제1항은 『특수관계있는 자와의 거래에 있어서 법인의 부당한 행위 또는 계산은 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판정한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998 사업연도 법인세 신고납부시 부속합의서상 각 자산가액에 따라 부당행위 계산부인하여, 11,994,680,587원을 익금가산(기타사외유출) 및 손금가산(유보)하고, 7,168,387,067원(유보)을 익금가산하는 세무조정을 하였음을 청구법인의 1998 사업연도 법인세 신고서 및 처분청 조사복명서에 의하여 알 수 있다.

(2) ○○국세청장은 청구법인에 대한 조사시 부속합의서 내용을 인정하지 아니하고 당초 계약서상 각 자산가액에 따라 부당행위계산부인하여, 40,318,602,287원을 익금가산 및 손금가산(유보) 대상금액으로 하고, 동 손금부인 유보액중 양도분에 상당하는 23,687,101,851원을 익금가산(유보) 대상금액으로 하는 한편 기타의 사항을 시부인한 후 이를 처분청에 통보하였음이 동 결정결의서 및 조사복명서에 의하여 확인된다. 즉, 쟁점토지와 쟁점공장의 취득과 관련하여 추가로 28,323,921,700원을 익금가산 및 손금가산(유보)하고 (처분청은 40,318,602,287원을 익금가산 및 손금가산하는 오류를 범하였으나 세액에는 영향이 없음), 쟁점토지중 일부와 쟁점공장 양도와 관련하여 16,518,714,784원을 추가로 익금가산한 것이다.

(3) 청구법인은, 쟁점토지와 쟁점공장을 청구외 ○○건설주식회사로부터 취득함에 있어 영업권 가액이 확정되지 않은 상태에서 당초계약서를 작성한 것이고 추후 영업권 가액이 나왔으므로 이에 의하여 부속합의서를 작성하였으며, 계약은 당사자간의 합의에 의하여 언제든지 변경가능한 것임에도 부속합의서의 내용을 무시하고 당초계약서를 기준으로 부당행위계산부인함은 부당하다고 주장한다. 그러나, 첫째, 1998년 5월 청구외 ○○건설주식회사는 쟁점공장 등의 양도와 관련하여 청구외 ○○은행과 연서하여 조세감면규제법 시행령 제37조의 3 제19항에서 규정하는 재무구조지원 등을 위한 특별부가세를 면제받기 위하여 ○○세무서장에게 제출한 세액면제신청서에 쟁점토지 62,707,000,000원, 건물 14,593,000,000원, 구축물 1,448,000,000원, 재 78,748,000,000원으로 기재하였는바, 이는 당초계약서상 금액으로서 영업권 및 이자비용을 별도 구분하여 계상치 않고 있고, 둘째, 취득세를 신고납부함에 있어 1998.11.13. 부동산등기특별조치법 제3조 제1항의 규정에 따라 소유권 이전을 위해 ○○광역시 ○○구청장에게 당초 계약서를 제출하여 검인받았으며, 1998.11.19. 지방세인 등록세 등의 과세표준을 77,300,000,000원으로 하여 신고납부하였는바, 이는 당초계약서상 쟁점토지와 건물의 합계액으로서, 이 때에도 쟁점토지 가액에서 영업권 및 이자비용을 차감하지 아니하고 신고납부하였음이 확인되고, 셋째, 영업권에 대한 감정평가가 완료된 후 각 자산가액을 최종 확정하기로 당초계약서 제7조에 명시되었다고 하나, 동 제7조 (기타)에는 “이 계약의 해석에 관하여 이의가 있거나 이 계약에 규정되지 아니한 사항에 대하여는 협의하여 결정한다.”라고만 규정하고 있다. 그런데, 제1조(매매대금)에서 “목적물의 매매대금은 금팔백삼억오천이백일십만원(\80,352,100,000)정으로 하며 내역별로는 토지 금육백이십칠억칠백만원(\62,707,000,000)정, 건물 금일백육십억오천이백삼십만원(공급가 \14,593,000,000 부가가치세 \1,459,300,000)정, 구축물 일십오억구천이백팔십만원(공급가 \1,448,000,000 부가가치세 \144,800,000)정으로 한다.”라고 규정하고 있는바, 제1조에서 이미 총 매매대금과 각 자산별 내역에 대하여 규정되어 있어, 부속합의서를 작성하야 재차 각 자산별 내역을 확정할 근거 또는 이유가 없을 뿐 아니라 당초계약서에는 영업권에 관하여 일체 규정하고 있지 않다.

(4) 위 내용을 종합하면, 청구법인은 1998.02.28. 부속합의서를 작성하여 각자산가액을 변경하였다고 주장하면서도, 부속합의서를 작성한 날 이후에 행한 소유권 이전등기, 등록세 등의 신고납부 및 청구외 ○○건설주식회사의 세액면제신청을 부속합의서상 각 자산가액에 의하지 아니하고 불리한 방법인 당초 계약서상의 자산가액에 의하여 제반 행위를 행하였는바, 청구법인 등은 합리적 경영인이라는 점으로 미루어, 동 부속합의서는 1998.02.28. 작성한 것이 아니라 불복청구에 즈음하여 이를 소급하여 작성한 것으로 보여지므로, 동 부속합의서 내용을 신뢰할 수 없다고 보여진다.

(5) 그러나, 앞서 처분내용 및 사실관계에서 살펴 본 바와 같이, 청구법인이 취득한 자산은 쟁점토지와 건물 등 부동산에 국한된 것이 아니라 전소유자인 청구외 ○○건설주식회사가 운영하던 석고보드사업 전체를 양수한 것이며, 쟁점토지 등을 취득(1998.11.13.)하기도 전인 1998.10.10. 특수관계없는 제3자인 청구외 ○○코리아석고주식회사에게 쟁점토지 중 일부와 석고보드사업 전체를 양도하는 계약을 채결하였는데 그 계약내용을 보면 매매대금을 토지ㆍ건물ㆍ영업권 등으로 구분하면서 그 영업권의 가액을 14,548,378,514원으로 결정한 사실이 관련서류에 의하여 확인되고 있는바, 이러한 사실들을 종합하여 보면, 청구법인과 양도이인 청구외 ○○건설주식회사가 특수관계자 사이라 하더라도 영업권이 전혀 없다고 하는 것은 통념상 무리라고 판단되므로, 청구법인이 청구외 ○○건설주식회사로부터 쟁점툊 등을 양수한 대금에는 영업권이 포함되었다고 보는 것이 타당한 것인데, 그렇다면 그 영업권의 가액을 얼마로 볼 것인지를 살펴보면 청구법인이 양수한 시점과 양도한 시점이 불과 1월이고 양수자인 청구외 ○○코리아석고주식회사와 청구법인은 특수관계없는자로서 두 법인 사이에 주고받은 영업권가액은 시가를 적절히 반영한 것으로 보여지므로 이 가액을 청구법인이 양수한 영업권가액으로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인이 쟁점토지와 쟁점공장을 청구외 ○○건설주식회사로 부터 취득함에 있어 고가매입으로 인한 부당행위계산부인하여 익금가산 및 손금가산(유보)할 금액은 25,770,223,773원(처분청 부인액 40,318,602,287원-영업권 인정액 14,548,378,514원)으로, 위 손금부인액(유보)중 청구외 ○○코리아석고주식회사에 양도한 부분(쟁점토지중 95,221㎡와 쟁점공장 전체)에 상당하는 금액은 14,955,578,648원(25,770,223,773원×95,221㎡/164,077㎡)으로 보아야 할 것으로 판단되고, 청구법인 스스로 기 11,994,680,587원을 익금가산 및 손금가산(유보)하고 7,168,387,067원을 익금가산(유보)하였기에, 그 차액에 대하여만 추가 세무조정하여 과세하여야 할 것이다. 구분 세무조정할 금액 청구법인 기 조정금액 과소신고액 비고 취득시 25,770,223,773 11,994,680,587 13,775,543,186 익금가산 및 손금가산 양도시 14,955,578,648 7,168,387,067 7,787,191,581 익금가산

(6) 이 건 심사청구를 심리한 바, 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제12호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.