비영리법인이 이자소득을 수익자업소득으로 신고하지 않은 경우 기한 후 신고를 이자소득원천징수세액을 환급받을 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

처분내용은 비영리법인으로서 1997년~1998년 사업연도 법인세신고서를 하지 아니하고, 1997년 사업연도 법인세 9,613,255원 및 1998년 사업연도 법인세 11,909,988원을 환급신청을 1999.05.12. 하였다. 처분청은 구 법인세법제26조 및 같은 법제27에 의거 법인세신고기한내에 신고를 하지 아니하고, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정신고 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없는 것이므로, 환급이 되지 않는다는 내용의 통지를 1999.05.24.하였다. 청구법인은 이의신청을 거쳐 1999.11.11. 심사청구하였다.

법인세법제27조에서 비영리내국법인이 신고를 하지 아니하였다하여, 동 조제2항의 원천징수방법에 의하여 과세하는 방법을 적용하는 것은 부당하며, 또한 법인세 과세표준신고를 하지 않을 때에는 정부에서 과세표준과 세액을 조사하여 환급결정하여야 함에도 하지 않은 것은 부당하다.

법인세법제27조제2항에서 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 각사업소득의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니하며, 이자소득에 대한 원천징수분에 대하여는 원천징수액 방법으로 과세하여 종결하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 주장은 타당성이 없으므로 이자소득세 원천징수 환급신청에 대한 환급이 되지 않음을 통보한 처분청의 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리법인의 이자소득에 대한 원천징수액을 법정신고기한을 경과하여 환급신청을 한 경우 환급이 가능한지 여부
• 나. 관련법령 국세기본법 제45조 의 2 (경정 등의 청구) 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.』라고 규정하면서, 제1호에 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를, 제2호에 『과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』를 열거하고 있다. 법인세법 제27조 (비영리내국법인의 과세표준신고)제1항은 『비영리내국법인은 제1조제1항제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익에 대하여 제26조의 제1항의 규정하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 제2항에 『제1항의 규정에 의하여 과세표준을 신고하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.』고 규정하고 있다. 같은 법제26조(과세표준의 신고)제1항 『납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』고 규정하고 있고, 같은 법 제12조의 2 (고유목적사업준비금의 손금 산입) 제1항에서 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18저 제1항과 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.』라고 규정하면서, 제1호에서 『 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액』을 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 비영리법인으로서 1997년~1998년 사업연도 법인세신고를 하지 아니하고, 1997년 사업연도 법인세 9,613,255원 및 198년 사업연도 법인세 11,909,988원을 환급신청을 1999.05.12 하였고, 처분청은 구 법인세법제26조 및 같은 법 제27조에 의거 법인세법신고기한내에 신고를 하지 아니하고, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없는 것이므로, 환급이 되지 않는다는 내용의 통지를 1999.05.24 하였다. 법인세법 제27조제1항 에서 비영리내국법인은 제1조제1항제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익에 대하여 제26조의 제1항의 규정하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다라고 하고 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 제7항에 제1항이 규정에 의하여 과세표준을 신고하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세판다고 규정하고 있다. 비영리법인이 법인세법제26조제1항 규정의 과세표준 신고기한내에 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 법인세법제39조 규정에 의한 원천징수 방법에 의하여 과세하는 것(법인 22601-1654, 1990.08.17, 국심97서816, 1997,07,07 같은 뜻)이라고 해석하고 있다. 또한 청구법인이 사례로 들고 있는 ○○세무서의 과세적부심사청구 결정례는 『단순히 법인세 과세표준신고를 다소 지연하여 신고하였다하여 원천징수방법에 의해 과세가 종결된 것으로 보아 이자소득의 신고납부를 인정하지 아니한 것은 법인세법 27조제1항 및 제2항의 규정을 잘못 적용한 것으로 판단되므로 원천징수세액은 기납부세액으로 공제함이 타당하다.』는 결정을 한 것이며, 국세청과세재적심사청구 결정례는 『기업회계기준에 의한 결산보고서 및 제장부를 비치 기장한 것이 분명하고, 이자소득에 대한 고유목적사업준비금을 설정한 사실들이 명백하여, 신고기한 1일이 경과한 날에 신고하였다면 이자소득부분에 대하여 신고에 의한 과세방법을 선택하였다하여 원천징수 방법에 의해 과세가 종결된 것으로 보아 이자소득의 신고납부를 인정하지 아니한 것은 법인세법제27조제1항 및 제2항의 규정을 잘못 적용한 것으로 판단되므로 원천징수세액은 기납부세액으로 공제함이 타당하다.』는 결정으로 이 건의 경우와 사실관계들이 다른 내용이다. 청구법인은 과세표준신고기한을 오랜기간 경과하여 신고하였으므로 기한내에 신고하지 아니한 이자소득은 원천징수 방법에 의하여 과세하는 것이 적법한 것으로 판단되므로 청구법인의 이자소득에 대한 원천징수세액에 대한 환급신청에 대하여 처분청이 환급할 수 없음을 통지한 처분청의 거부처분에 잘 못이 없다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제65조제1항제1호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.