소급공제 신청서상 결손금을 과세표준으로 기재한 경우에 기재금액이 공제되어 기투자세액공제액이 취소되어 이월되는지 여부

○○세무서장이 1999.08.05 결정고지한 1998년 사업연도 법인세 47,589,640원, 농어촌특별세 10,667,180원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 파이프를 제조하는 업체로서 ○○국세청이 ○○세무서 감사시 1997년 사업연도 1,125,487,205원의 세무상 결손금액이 발생하여 법인세법제38조의2 제1항의 규정에 의하여 1996년 사업연도에 납부한 법인세 175,230,981원(과세표준금액 952,715,639원, 산출세액 254,760,378원, 공제ㆍ감면세액 79,529,397원, 차감납부세액 175,230,981원)을 결손금 소급공제에 의하여 환급을 받았으나, 1996년 사업연도 소급공제 받은 결손금 952,715,639원은 이월결손금으로 공제하였으면서도 1998년 사업연도 284,033,564원을 재차 공제한 곳으로 보아 1998년 사업연도 법인세 47,589,640원, 농어촌특별세 10,667,180원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.11.12 심사청구를 하였다.

청구법인은 결손금 소급공제에 의한 환급세액 175,230,981원은 1996년 사업연도의 법인세 산출세액 254,760,378원에서 공제ㆍ감면세액 79,529,397원을 차감한금액으로 환급받는 세액에 상당하는 과세표준금액인 668,682,075원이 소급공제된 결손금이고, 소급공제 법인세액 환급신청서(별지 제66호 668,682,075원이 소급공제된 결손금이고, 소급공제 법인세액 환급신청서(별지 제66호 서식)상의 소급공제 받을 결손금액 952,715,639원으로 착오 기재한 것일뿐, 952,715,639원을 공제 받은 것이 아니라, 668,682,075원을 공제 받은 금액에 해당하므로 1998년 사업연도 284,033,564원을 결손금으로 공제한 것은 정당하므로 이를 부인하여 결정고지한 1998년 사업연도 법인세 47,589,640원 및 농어촌특별세 10,667,180원은 취소하여야 한다. 청구법인은 1997년 사업연도에 1,125,487,205원의 세무상 결손금액이 발생하여 납부한 법인세 175,230,981원(과세표준금액 952,715,639원, 산출세액 254,760,378원, 중소기업투자세액공제 79,529,397원, 차가감납부할 세액 175,230,981원)전액을 결손금 소급공제에 의해 환급받았고, 또한 청구법인이 1996년 사업연도에 법인세 신고시 세액공제 받은 중소기업투자세액공제는 결손금 소급공제에 의하여 과세표준금액이 0원이 되어 당해사업연도에 납부살 법인세가 없으므로 구 조세감면규제법 제5조의 규정에 의해 다음 사업연도 개시일로부터 4년 이내에 종료하는 사업연도까지 이월하여 공제 받을 수 있으므로, 1996년 사업연도 과세표준액 952,715,639원 전체를 소급공제 받은 것으로 보아 1998년 사업연도 각사업연도소득금액에서 이월결손금으로 공제한 284,033,564원을 재계산하여 1998년 사업연도 법인세 47,589,640원, 농어촌특별세 10,667,180원을 결정고지한 당초 처분이 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 청구법인이 1996년 사업연도 소급공제 받은 결손금이 얼마인지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법38조의 2(결손금 소급공제에 의한 환급)에 의하면 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조제4항에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세를 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 금액을 환급신청할 수 있다. 동 법시행령제100조의 2(결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산)제1항 단서에 의하면, 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이조에서 “감면세액”이라 한다)이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 1997년 사업연도 1,125,487,205원의 세무상 결손금액이 발생하여 1996년 사업연도에 납부한 법인세 175,230,981 전액을 결손금 소급공제에 의해 환급 받았고, 청구법인이 1996년 사업연도 법인세 신고시 세액공제 받은 중소기업투자세액공제는 결손금 소급공제에 의하여 과세표준금액이 0원이 되어 당해사업연도에 납부할 법인세가 없으므로 구 조세감면규제법제5조의 규정에 의해 다음 사업연도 개시일부터 4년이내에 종료하는 사업연도까지 이월하여 공제 받을 수 있으므로, 1996년 사업연도 과세표준금액 952,715,639원을 전체를 소급공제 받은 것으로 보아 1998년 사업언도 법인세 47,589,640원, 농어촌특별세 10,667,180원을 결정고지한 당초 처분이 정당하다고 주장하나, 법인세법제38조의2에 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조제4항에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세를 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다라고 규정하고 있으며, 동 법시행령제100조의 2의제1항 단서에 다만, 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세액으로 한다라고 규정하고 있다. 동 법시행규칙제68조제19항에 규정하고 있는 별지66호서식에 작성요령을 살펴보면 ⑦소급공제받을 결손금액은 차감할세액⑭란 작성시(⑧과세표준금액-⑦소급공제받을 결손금액)금액에 세율을 적용하여 계산한 금액(원미만 금액은 절사)을 기입하고, ⑪공제감면세액이 있는 경우에는 ⑦소급공제받을 결손금의 금액을 조정하여 ⑪공제감면세액과 같거나 큰금액을 기입하여야 한다고 되어 있으므로, 공제감면세액에 세율을 적용하여 산출한 과세표준금액이상으로 차액이 발생하여야 하므로 ⑧과세표준금액에서 이 금액을 공제한 금액 이하여야 하므로, 668,682,075원이 공제받을 수 있는 최대한의 금액이라는 사실을 알 수 있으나, 처분청에서 952,715,639원 전액을 공제 받았다고 본 것은 법리를 오해한 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.