비영리법인이 이자소득을 수입사업소득으로 신고하지 않고 기한후 신고로 이자소득 원천징수세액을 환급받을 수 있는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 부동산 임대업을 영위하는 비영리내국법인으로, 청구법인이 1998년 사업연도 법인세 신고시 이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부액으로 신고하지 않아 환급되지 않은 세액 160,330원을 1999.06.25. 경정청구 신고에 의하여 환급하여야 한다고 제출하였으나 처분청은 당초부터 고유목적사업준비금이 설정되지 않은 이자소득에 대한 원천납부세액은 경정청구에 의하여 환급할 수 없다고 하여 1999.07.22. 청구법인이 경정청구서를 반려하였다.

청구법인이 1998년도 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액을 잘못 계산하여 손금산입한도액을 정정 계산하여 경정청구하였음에도 이를 거부함은 부당하다.

청구법인 등 48개 종교단체가 공동으로 자금을 출연하여 건물을 신축하고 이를 임대하고 있는바, 공동사업을 위해 ○○연합회관 운영이사회를 구성하여 법인세 신고 등 납세의무를 대행하도록 하고 있으며, 운영이사회 구성원인 종교법인들이 각각 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 법인격없는 운영이사회가 고유목적사업준비금을 각 구성원의 고유목적사업준비금의 총합계액으로 설정한 것은 법리에 어긋나는 것으로 적법한 준비금 설정이라 할 수 없으므로 경정청구서를 반려한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고유목적사업준비금을 설정하지 않은 이자소득금액에 대한 원천납부세액이 경정청구에 의하여 환급이 가능한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.』라고 규정하면서, 제1호에 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를, 제2호에 『과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』를 열거하고 있다. 구 법인세법 제12조 의 2 【고유목적사업준비금의 손금 산입】 제1항에 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.』라고 규정하면서, 제1호에서 『 소득세법 제16조 제1항 1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액』을, 제4호에서 『제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액』을 열거하고 있으며, 같은법 시행령 제17조 【고유목적사업준비금의 손금 산입】 제2항에서 『법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다.』라고 규정하고 있고, 또한, 법인통칙 4-1-5...27호 【비영리내국법인의 이자소득 신고방법】에 『비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고서를 하는 경우에 원천징수된 이자소득 중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법을 과세하는 것이며 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다.』라고 규정하고 있다. 구 법인세법 제20조 【과세표준의 신고】 제1항에 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 비영리내국법인임에는 처분청가 청구법인간에 다툼이 없으며, 청구법인 등 48개 종교단체가 공동으로 자금을 출연하여 ○○시 ○○구 ○○ 동

○○번지에 지하 4층, 지상 17층의 건물(이하 “○○연합회관”이라 한다.)을 1992.10.05. 신축 임대하여 임대수입 및 임대보증금 등의 금융기관 예치로 인한 이자소득이 있고, 청구법인 등은 ○○연합회관의 임대 및 이자수익등을 관리하기 위하여 ○○연합회관 운영이사회(이하 “운영이사회”라 한다. 000-00-00000)를 설립하였으며, 운영이사회에서 임대소득 및 이자수익 등을 분기별로 출자지분에 비례하여 청구법인등 48개 종교단체에 배분하고 있다.

(2) ○○연합회관의 1998년 사업연도 소득금액이 △932,608,343원이며, 이자소득은 1,070,511,188원임이 운영이사회의 결산서 등에 의하여 알 수 있으며, 청구법인의 이자소득은 4,192,300원이고, 이자소득에 대하여 금융기관에서 원천징수한 세액이 978,190원임이 ○○은행 ○○동지점장 등이 발급한 ○○연합회관 운영이사회 출연기관별 법인세 납부명세서에 의하여 알 수 있다.

(3) 비영리법인 법인세법 규정에 의하여 과세표준에 산입한 이자소득금액(영업대금의 이익은 제외)에 대하여 그 법인의 고유목적사업준비금 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 전액을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 산입할 수 있으며, 손금에 산입한 고유목적사업준비금은 그 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업준비금 또는 지정기부금에 사용하여야 하며, 미사용잔액은 5년이 되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하도록 규정하고 있는데, 이는 비영리법인 고유의 공익목적이 많은 금액을 사용하여 설립목적에 부합하도록 유도하는 조세지원 제조인바, 고유목적사업준비금의 손금산입제도는 법인이 결산확정에 의하여 손금으로 계상하여야만 세법에서 손금으로 인정하는 결산조정항목으로서 비영리법인이 이자소득금액을 각 사업연도 소득금액에 산입하지 아니한 경우에는 이를 고유목적사업준비금으로 하여 손금으로 계상할 여지가 없기 때문에 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 것으로 해석하고 있다.(예규법인 46012-2548호, 1996.09.11. 같은뜻) 청구법인의 경우와 같이 당초부터 고유목적사업준비금을 설정하지 않은 이자소득과 수익사업소득이 함께 있는 비영리법인이 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 과세표준에 포함하지 않은 이자소득에 대하여는 분리과세 방법을 선택한 것으로 보아야 하므로 수정신고 또는 경정청구에 대하여 이를 과세표준에 포함할 수 없으므로 경정청구에 의한 환급은 불가능한 것이기에 청구법인의 환급경정청구를 거부한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.