착오로 고유목적사업준비금을 과소계상한 경우 경정청구로 세액환급이 가능한지 여부

○○세무서장이 1999.06.25. 청구법인의 1998 사업연도 법인세 3,006,660원의 추가 환급을 요구하는 경정청구를 1999.07.22 거부한 처분은, 이를 받아들여 환급결정합니다.

청구법인은 부동산 임대업을 영위하는 비영리내국법인으로, 청구법인의 1998년 사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손금산입한 한도액을 17,877,315원으로 계산하여 법인세 6,738,810원을 환급하여야 한다고 신고한 후 1999.06.25. 당초 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손비산입한 한도액을 잘못 계산하였다하여 1998년 사업연도 법인세 3,006,660원을 추가로 환급하여야 한다는 경정청구를 하였으며, 처분청은 과세표준금액의 증감을 확인할 수 없고 청구법인의 고유목적사업준비금이 미설정되었다 하여 1999.07.22. 청구법인의 경정청구서를 반려하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.08.21. 이의신청을 거쳐 1999.11.12. 심사청구하였다.

청구법인이 1998년도 법인세 신고시 고유목적사업준비금의 손비산입한 한도액을 잘못 계산하여서 손급산입한도액을 정정 계산하여 경정청구하였음에도 이를 거부함은 부당하다.

청구법인 등 48개 종교단체는 공동으로 자금을 출연하여 건물을 신축하고 이를 임대하고 있는바, 공동사업을 위해 ○○회관 운영이사회를 구성하여 법인세 신고 등 납세의무를 대행하도록 하고 있으며, 운영이사회의 구성원인 종교법인들이 각각 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 법인격없는 운영이사회가 고유목적사업준비금을 각 구성원의 고유목적사업준비금의 총합계액으로 설정한 것은, 법리에 어긋나는 것으로서 적법한 준비금 설정이라 할 수 없으므로 경정청구를 반려한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 잘못 계산하여서 손금산입 한도액을 정정 계산하여 법인세의 추가 환급을 요구한 경정청구가 타당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다』라고 규정하면서, 제1호는 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를, 제2호에 『과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환금금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』를 열거하고 있다. 법인세법 제12조 의 2 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제1항에서 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위 안에서 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.』라고 규정하면서, 제1호에서 『 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액』을, 제4호는 『제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액』을 열거하고 있으며, 같은법 시행령 제17조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제2항에서 『법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다.』라고 규정하고 있다. 같은법 제26조 【과세표준의 신고】 제1항에서 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 비영리내국법인임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으며, 청구법인 등 48개 종교단체는 공동으로 자금을 출연하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 에 지하 4층, 지상 17층의 건물(이하 “○○회관”이라 한다)을 1992.10.05.신축 임대하여 임대수입 및 임대보증금 등의 금융기관 예치로 인한 이자소득이 있고, 청구법인 등의 ○○회관의 임대 및 이자수익 등을 관리하기 위하여 ○○회관 운영이사회(이하 “운영이사회”라 한다. 000-00-00000)를 설립하였으며, 운영이사회에 임대소득 및 이자수익 등을 분기별로 출자지분에 비례하여 청구인등 48개 종교단체에 배분하고 있다.

(2) ○○회관의 1998 사업연도 소득금액이 △932,608,343원이며, 이자소득은 1,070,511,188원임이 운영이사회의 결산서 등에 의하여 알 수 있으며, 청구법인의 이자소득은 41,766,659원이고, 이자소득에 대하여 금융기관에서 원천징수한 세액이 2,860,370원 임이 ○○은행 ○○동지점장 등이 발급한 ○○회관 운영이사회 출연기관별 법인세 납부명세에 의하여 알 수 있다.

(3) 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 법인세법 제18조 제1항 의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하는 것이며, 이자소득 금액의 100%에 기타 수익사업에서 발생한 소득의 50/100을 더한 금액을 한도로 손금 산입하도록 규정하고 있다.

(4) 청구법인은 당초 1999.03.31. 1998년 사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 아래와 같이 계산하여 법인세 6,738,810원의 환급 신고를 하였으며, 1999.06.25. 고유목적사업준비금의 손금한도액 계산이 잘못되었다 하여 이를 정정 계산하여 1998년 사업연도 법인세 3,006,660원을 추가로 환급하여야 한다고 경정청구를 하였음이 관계서류 등에 의하여 확인된다. 아래 당초 신고 손금산입 한도액 = (이자소득금액+수익사업에서 발생한 소득×50/100) 17,877,315원 = (41,766,659원+△6,012,030원)×50/100 경정 청구 손금산입 한도액 = 이자소득금액+(수익사업에서 발생한 소득×50/100) 41,766,659원 = (41,766,659원+△6,012,030원)×50/100

(5) ○○회관 운영이사회는 1998년 사업연도에 100% 손금 해당 기부금(학교법인 기부금)으로 605,892,832원, 고유목적사업비로 1,897,901,233원을 48개 종교단체에 배부(청구법인이 당초 운영이사회로부터 분배받은 70,298,617원을 전액 고유목적사업준비금으로 계상함) 하였으나, 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 계산함에 있어서 그 한도액을 17,877,315원으로 계산한 것은 단순히 손금산입 한도액 계산의 오류로 인한 것으로 보아야 할 것이며, 처분청에서 청구법인이 당초 신고한 1998년 사업연도 법인세 6,738,810원의 환급 신고 내용대로 1999.04.13. 법인세를 환급한 사실이 있으며, 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 경정청구할 수 있는 것으로, 청구법인이 손금산입 한도액을 정정 계산하여 법인세 추가 환급을 요구한 경정청구는 적법하다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구 주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.