착오로 고유목적사업준비물을 과소계상한 경우 경정청구로 세액환급이 가능한지 여부

○○세무서장이 청구법인으로부터 1999.03.31. 신고된 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 환급세액 17,168,720원을 환급하지 아니한 처분과, 청구법인으로부터 1999.06.24. 청구된 7,600,190원의 환급을 요구하는 경정청구를 1999.07.22. 거부한 처분은,

1. 청구법인으로부터 1999.06.24. 청구된 7,660,190원의 환급을 요구하는 경정청구를 받아들여 이를 환급 결정하고,

2. 나머지 청구는 불복청구기간이 경과되어 이를 각하합니다.

청구법인은 부동산 임대업을 영위하는 비영리내국법인으로서, 1999.03.31 소득발생원천별로 환급세액이 각 93,845,320원, 17,168,720원인 법인세 과세표준 및 세액신고서 2건을 작성하여 1998.01.01~1998.12.31 사업연도 법인세를 신고한 후, 1999.06.24 당초 신고시 착오로 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 과소계상하였다 하여 7,660,190원을 추가로 환급하여 달라고 경정청구하였다. 이에 대하여 처분청은 1999.04.30 위 2건의 신고서 중 1건의 신고서상 환급세액 93,845,320원만을 환급하였고, 동 청구법인의 1999.06.24.자 경정청구에 대하여는 1999.07.22. 환급거부 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.08.21 이의신청을 거쳐 1999.11.12 심사청구하였다.

당초 1998.01.01~1998.12.31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 착오로 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 잘못 계산하으므로 동 손금산입한도액을 재계산하여 7,660,190원을 추가로 환급하여야 한다고 적법하게 경정청구하였음에도 이를 거부함은 부당하다.

청구법인 등 48개 종교단체는 공동으로 자금을 출연하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 지하 4층, 지상17층의 건물(이하 “○○회관”이라 한다)을 1992.10.05. 신축하여 임대하고 있는바, 공동사업을 위해 ○○회관 운영이사회(이하 “운영이사회”라 한다. 000-00-00000)를 구성하여 법인세 신고 등 납세의무를 대행하도록 하고 있는데, 운영이사회의 구성원인 종교법인들이 각각 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 법인격없는 운영이사회가 각 구성원의 고유목적사업준비금의 총합계액으로 설정한 것은 법리에 어긋나는 것으로서 적법한 준비금 설정이라 할 수 없으므로, 청구법인의 경정청구에 따른 환급요구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 손금산입 한도액 계산착오로 고유목적사업준비금을 과소계상한 경우 동 한도액을 정정 계산하여 경정청구할 수 있는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제12조 의 2 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제1항은 『비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위 안에서 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.』라고 규정하면서, 제1호는 『 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액』을, 제4호는 『제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액』을 각각 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제17조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 제2항은 『법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 제26조 【과세표준의 신고】 제1항은 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다』라고 규정하면서, 제1호는 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를, 제2호는 『과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환금금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』를 각각 규정하고 있다. 같은 법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 제1항에서 『세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 제2항은 『세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다.(이하 생략)』라고 규정하고 있으며, 제5항은 『국세환급금중 제2항의 규정에 의하여 충당한 후의 잔여금은 국세환급금의 결정을 한 날로부터 30일내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세자에게 지급하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 제55조 【불 복】 제1항에서 『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.』라고 규정하고 있고, 제3항에서 『제1항 및 제2항의 규정에 의한 처분이 국세청장이 조사ㆍ결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구에 앞서 이 장의 규정에 의한 이의신청을 할 수 있다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 제61조 【청구기간】 제1항에서 『심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기하여야 한다.』라고 규정하고, 같은 법 제66조 【이의신청】 제6항에서 『제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항ㆍ제62조 제2항ㆍ제63조ㆍ제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다. 다만, 제65조 제2항 중 “60일”은 이를 “30일”로 한다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 제65조 【결정】 제1항에서 『심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.』라고 규정하면서, 제1호는 『심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 비영리내국법인임에는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으며, 청구법인 등 48개 종교단체는 공동으로 자금을 출연하여 ○○회관을 1992.10.05. 신축 임대하여 임대수입 및 임대보증금 등의 금융기관 예치로 인한 이자소득이 발생하고 있고, 청구법인 등은 ○○회관의 임대 및 이자수익 등을 관리하기 위하여 운영이사회를 설립하였으며, 운영이사회는 임대소득 및 이자수익 등을 분기별로 출자지분에 비례하여 청구법인 등 48개 종교단체에 배분하고 있슴을 관계서류에 의하여 알 수 있다.

(2) 청구법인은 ○○회관의 임대소득 등에 대하여 환급세액 24,548,340원인 법인세 과세표준 및 세액신고서를 작성하였고, 이와는 별도로 청구법인 고유기금의 금융기관 예치로 인한 이자소득에 대하여도 환급세액 93,845,320원인 『이자소득만이 있는 비영리법인 신고용』의 법인세 과세표준 및 세액신고서를 작성하여 각각 법정신고기한내인 1999.03.31 처분청에 접수하였으며, 처분청은 2건의 환급세액 중 93,845,320원을 1999.04.30. 환급하였으나 나머지 1건의 환급세액 17,168,720원은 이 건 심리일 현재까지 환급하지 않았음을 관계서류에 의하여 알 수 있다.

(3) 청구법인은, 손금산입 한도액 계산착오로 인하여 과소계상한 고유목적사업준비금을 정정하여 적법하게 경정청구(환급세액 7,660,190원)를 하였음에도 이를 거부함은 부당하다는 취지만을 이 건 심사청구의 청구주장으로 하면서도 그 청구세액은 위 환급되지 않은 세액 17,168,720원을 더한 금액인 24,828,910원으로 하였는 바, 당심에서 판단하건대, “당초 신고한 2건의 신고서중 환급되지 아니한 세액 17,168,720원과 1999.06.24 청구한 경정청구서상 환급세액 7,660,190원을 환급하여야 한다”는 것을 이 건 심사청구의 청구취지로 보아 심리하고자 한다.

(4) 먼저, 환급되지 아니한 세액 17,168,720원을 환급할 수 있는지에 대하여 살펴보면, 이 건 1998.01.01~1998.12.31 사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한은 1999.03.31이고, 법인세 환급세액은 그 신고기한으로부터 30일이내(1999.04.30.)에 환급하여야 하는 것이며, 세무서장이 동 기간까지 환급하지 아니할 경우 납세자는 불복을 제기할 수 있는 것이나, 불복을 제기할 수 있는 날(1999.05.01)로부터 90일 이내에 제기하여야 하는 것인 바, 청구법인은 그 기한 (1999.07.29)이 경과한 1999.08.21 불복(이의신청)을 제기하였으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 이 부분 청구에 대하여는 각하로 결정한다.

(5) 다음으로, 1999.06.24 청구한 경정청구서상 환급세액 7,660,190원을 환급하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 전시 법인세법상 고유목적사업준비금 손금산입한 한도액을 산식으로 표시하면 아래와 같은바, 손금산입한도액 = 이자소득금액+(수익사업에서 발생한 소득×50/100) 청구법인은 당초 1998.01.01~1998.12.31 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시, ○○회관 임대소득 등에 대하여 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 아래와 같이 계산하여 45,546,722원을 손금에 산입하였슴이 관계서류에 의하여 확인되고, 손금산입 한도액 = (이자소득금액+수익사업에서 발생한 소득×50/100) 45,546,722 = (106,410,524+△15,371,080)×50/100 동 ○○회관 임대소득 등에 대하여 당초 신고시 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 착오로 과소계상하였다 하며 이를 아래와 같이 수정하여 1999.06.24. 경정청구하였슴을 알 수 있다. 손금산입 한도액 = 이자소득금액+(수익사업에서 발생한 소득×50/100) 98,751,984 = 106,410,524+(△15,371,080×50/100) 즉, 청구법인이 당초 1998.01.01~1998.12.31 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 고유목적사업준비금 손금산입 한도액을 과소계상한 것은 단순히 계산상의 착오로 인한 것임을 알 수 있는 바, 법인세 과세표준 및 세액신고서에 기재된 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 환급세액에 미달하는 때에는 경정청구할 수 있는 것이므로, 위 고유목적사업준비금 손금산입 한도액 과소계상으로 인한 세액 7,660,190원은 환급함이 타당하다고 판단된다.(심사법인99-444, 1999.12.17. 등 다수 같은 뜻)

(6) 위 내용을 종합하여 판단하면, 당초 신고한 2건의 신고서중 환급되지 아니한 신고서상 환급세액 17,168,720원은 관할세무서장이 재량으로 환급하여 주는 것은 별론으로 하고 불복청구기한을 경과하였기에 각하결정함이 타당하다고 할 것이고, 고유목적사업준비금 계산착오에 따라 1999.06.24 경정청구한 환급세액 7,660,190원은 환급하여야 한다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.