연구개발전담부서의 설치신고가 세액공제의 필수적 요건인지 여부

○○세무서장이 1999.02.22. 청구법인에 고지 결정한 1993 사업연도 법인세 60,909,590원, 1994년 사업년도 법인세 20,595,930원, 1995년 사업년도 법인세 24,270,060원, 1996년 사업년도 법인세 17,697,120원, 1997년 사업년도 법인세 15,004,270원의 부과 처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 고분자 응집제등의 제조업을 영위하는 영리법인으로, 1993~1997년 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 기술 및 인력개발비에 대한 세액 96,616,756원(1993년 37,989,756원, 1994년 13,786,690원, 1995년 17,531,105원, 1996년 13,947,920원, 1997년 13,363,270원, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 과학기술부장관 등에게 연구개발전담부서 설치 신고를 한 사실이 없다 하여 쟁점세액공제를 배제하고 미납부가산세를 가산하여 청구법인에 1999.02.22. 1993 사업연도 법인세 60,909,590원, 1994년 사업년도 법인세 20,595,930원, 1995년 사업년도 법인세 24,270,060원, 1996년 사업년도 법인세 17,697,120원, 1997년 사업년도 법인세 15,004,270원을 공지 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.05.26. 이의신청을 거쳐 1999.10.26. 심사청구하였다.

구 조세감면규제법, 시행령 및 시행규칙에서 기술 및 인력개발비에 대한 세액 공제의 요건으로 연구개발전담부서의 신고 의무를 규정한 조항이 없음에도 연구개발전담부서의 신고 의무를 기술 및 인력개발비에 대한 세액 공제의 적용 요건으로 해석하여 과세함은 위법한 처분이다.

기술 및 인력개발비 세액 공제와 관련한 연구개발전담부서에 대하여 기술개발촉진법시행규칙 제5조제1항 은 연구개발전담부서가 갖추어야 할 실체적 요건을 기술하고 있고, 제2항에서는 과학기술부장관은 조세, 금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다라고 규정하고 있다. 기술개발촉진법시행규칙 제5조제2항 의 입법취지는 조세 등의 지원이 필요하다고 판단될 때에는 지원을 원하는 기업으로 하여금 연구개발전담부서에 대한 신고를 하도록 하는 것으로서 결국 일정한 절차를 이행한 자만이 그 혜택을 받게 하겠다는 것이므로, 기술개발촉진법시행규칙 제5조제2항 에 의하여 신고한 연구개발전담부서에 한하여 조세감면규제법에 따른 기술ㆍ인력개발비용에 대한 세액공제의 혜택을 받을 수 있는 것이며, 조세감면을 납세자에게 혜택을 부여하는 것이므로, 납세자로서는 조세감면의 혜택을 받으려면 조세감면의 실체적 요건 뿐만 아니라 절차적 요건도 충실히 이행하여야 할 것으로, 다른 부처의 판단에 의하여 조세감면 여부를 결정하는 경우에는 그 절차의 충실한 이행은 과세관청으로서는 조세감면의 결정에 중대한 영향을 줄 수 있으므로, 조세감면의 실체적 요건과 절차적 요건이 있는 상황에서는 이를 모두 이행하여야 조세감면의 혜택을 부여 할 수 있는 것이다. 과학기술부장관 등에게 연구개발전담부서를 신고하지 아니하는 경우에는 구 조세감면규제법시행령 별표3의 연구개발전담부서에 해당하지 아니하는 것이고, 구 조세감면규제법 제9조의 조세지원 대상이 되는 연구개발전담부서는 과학기술부장관에게 신고하지 아니한 경우에는 해당하지 아니하는 것(같은 뜻, 재경부 조예 46014 -139, 1998.04.19)이므로, 기술 및 인력개발비 세액 공제를 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구개발전담부서의 설치 신고가 기술 및 인력개발비 세액공제의 필수적 요건인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제1항, 제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에 공제한다. 제2항. 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 5(중소기업이 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 15로 하고, 중소기업외의 자가 중소기업에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 제4항. 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 구 조세감면규제법 시행령 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제2항. 법 제9조제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표 4의 비용을 말한다. 제5항. 법 제9조제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준 신고와 함께 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 소관 세무서장에게 제출하여야 한다. 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조 【기술ㆍ인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】 (1994.04.13. 개정) 제1항. 영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서를 말한다 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조 【기술ㆍ인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】 (1994.04.13. 개정) 제1항. 영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서를 말한다. 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 【기업의 연구개발전담부서의 신고 등】 제1항. 영 별표 1 기술개발준비금의 사용기준 제1항 가목의 규정에 의한 기업의 연구개발전담부서는 영 제14조제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서로 한다. 제2항. 과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다. 과학기술처 고시 제1994-16호 【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】 (1994.11.10) 제4조 [전담부서의 신고사항 등] 제1항. 규칙 제5조제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호의 서식에 의한 신고서에 다음 각 호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993~1997년 사업연도 기간 동안 연구개발전담부서에 기술 및 인력개발비로 493,598,751원을 지출하고 조세감면규제법 제9조제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비에 대한 쟁점세액공제를 적용하여 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으며, 처분청에서는 청구법인이 연구개발전담부서를 신고한 사실이 없다 하여 쟁점세액공제를 배제하고 미납부가산세를 가산하여 과세하였음이 법인세 신고서 및 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인이 과학기술부장관 등에게 연구개발전담부서 설치 신고를 한 사실이 없으며, 연구개발전담부서의 미신고 이외의 조세감면규제법 제9조제1항 규정의 기술 및 인력개발비 세액 공제 적용 요건에 문제점이 없음에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(3) 연구개발전담부서의 설치 신고가 조세감면규제법 제9조제1항의 기술 및 인력개발비 세액 공제를 적용받기 위한 필수적 요건에 해당하는지에 대하여 살펴본다. (가) 기술개발촉진법시행규칙 제5조제2항 에서는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세, 금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 과학기술처장관 등에게 이를 신고하게 할 수 있도록 규정하고 있어 연구개발전담부서의 신고를 조세감면의 필수요건으로 명시하고 있지 아니하며, 1998.03.21. 개정된 조세감면규제법시행규칙 제7조제1항의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서로 한정한 것은 연구개발전담부서의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것이라 할 것이다. (나) 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하는 것으로, 기술 및 인력개발비 세액공제와 관련하여 조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하지 아니하고, 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 인용한 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에서도 연구개발전담부서의 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 아니하므로, 연구개발전담부서를 신고하지 아니하였다 하여 세액공제를 배제한 처분은 잘못이라 할 것이다.(같은 뜻. 서울고법 99누5568, 1999.07.08. 국심99경0756, 1999.12.28.합동회의 등 다수) 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.