매매예약서로 계약이 체결되어 각 계열사 공동약정 지분대로 소유권이전등기 되었으므로 토지매입대금이 아닌 가지급금으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분은 잘못된 것임
매매예약서로 계약이 체결되어 각 계열사 공동약정 지분대로 소유권이전등기 되었으므로 토지매입대금이 아닌 가지급금으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분은 잘못된 것임
○○세무서장이 1999.07.10 청구법인에게 고지한 1994.01.01~1994.12.31사업연도의 법인세 1,593,727,770원과 농어촌특별세 61,275,360원 및 부가가치세 30,888,000원, 1995.01.01~1995.12.31사업연도 법인세 1,719,263,640원과 농어촌특별세 77,374,680원, 1996.01.01~1996.12.31사업연도 법인세 1,352,205,380원 및 1997.01.01~1997.12.31사업연도 법인세 245,407,330원(계 5,080,142,180원)은
1. 청구외 (학)○○학원으로부터 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 51필지의 토지 18,409.8㎡ 와 같이 건물 17,731.81㎡의 취득대금으로 청구법인의 지분 24%에 상당하는 금액을 청구외 ○○건설(주)에 1994.02.28과 1994.03.31에 각각 4,274,271,450원씩 지급한 금액 8,548,542,900원을 관계회사에 대한 대여금으로 보아 1994.01.01~1994.12.31사업연도분, 1995.01.01~1995.12.31사업연도분, 1996.01.01~1996.12.31사업연도분의 각 사업연도에 익금산입한 가지급금 인정이자 상당액과 손금불산입한 지금이자 상당액은 이를 각각 익금불산입 및 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 청구외 (학)○○학원으로부터 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 51필지의 토지 18,409,8㎡ 중 공유지분 24%와 청구외 ○○○등으로부터 취득하S ○○도 ○○사 ○○동 ○○번지의 하천부지 129㎡과 같은동 ○○번지의 임야 6,627㎡, 같은동 ○○번지의 잡종지 4,047㎡, 같은동 ○○번지의 잡종지 7,126㎡, 같은동 ○○번지의 전 2,142㎡ 및 같은동 ○○번지 잡종지 3,297㎡계6필지 23,368㎡를 비업무용부동산에서 제외하여1994.01.01~1994.12.31사업연도,1995.01.01~1995.12.31사업연도,1996.01.01~1996.12.31사업연도, 1997.01.01~1997.12.31사업연도, 1998.01.01~1998.12.31사업연도에 각각 관련 지급이자 및 유지관리비로서 손금불산입한 금액을 다시 계산하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고,
3. 나머지 청구주장은 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.
청구법인은 1967.04.20 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 양회 등의 제조업 등을 운영하는 법인이다. 처분청은 1994.01.01~1997.12.31사업연도 소득금액에 대하여 다음 사항 등을 조사하여 1999.07.10 청구법인에게 1994.01.01~1994.12.31사업연도의 법인세 1,593,727,770원과 농어촌특별세 61,275,360원 및 부가가치세 30,888,000원, 1995.01.01~1995.12.31사업연도 법인세 1,719,263,640원과 농어촌특별세 77,374,680원, 1996.01.01~1993.12.31사업연도 법인세 1,352,205,380원 및 1997.01.01~1997.12.31사업연도 법인세 245,407,330원(계 5,080,142,180원, 이하 “쟁점법인세등” 이라 한다)을 고지하였다.
(1) 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 51필지의 토지 18,409.8㎡와 건물 17,731,81㎡(이하 “쟁점사옥부지” 라 한다)을 그룹사옥부지로 공유지분(24%) 취득하기로 하고 전소유자 청구외 (학교법인)○○학원(이하 “○○학원” 이라 한다)과 1994.02.28 체결한 부동산매매예약서에 의한 취득대금 39,576,160,000원 중 청구법인의 지분 24%에 상당하는 금액을 청구법인이 그룹 계열사인 청구외 ○○건설(주)에 1994.02.28과 1994.03.31에 각각 4,274,271,450원씩 지급한 금액 8,548,542,900원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)을 1996.08.21까지 특수관계 있는 청구외 ○○건설(주)에 대한 자금의 대여로 보고,
(2) 쟁점사옥부지를 취득한 이후 유예기간(취득일로부터 1년) 내에 업무용으로 직접 사용하지 아니하여 비업무용부동산으로 보며,
(3) 청구법인이 청구외 ○○○ 등으로부터 1994.01.20 대금청산하고 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 14필지 잡종지 등 32,554㎡(공유지분포함, 이하 “쟁점출하기지” 라 한다)을 유예기간(취득일로부터 1년) 내에 업무용으로 직접 사용하지 아니한 비업부용부동산으로 보아,
(4) 가지급금 인정이자, 1994.01.01~1994.12.31사업연도분 1,163,998,844원과 1995.01.01~1995.12.31사업연도분 1,494,096,323원 및 1996.01.01~1996.12.31사업연도분 981,275,742원(계 3,639,370,909원, 이하 “쟁점인정이자” 라 한다)을 익금산입하고, 지급이자 중 1994.01.01~1994.12.31사업연도분 1,284,529,471원과 1995.01.01~1995.12.31사업연도분 1,523,920,948원, 1996.01.01~1996.12.31사업연도분 1,545,089,760원, 1997.01.01~1997.12.31사업연도분 1,922,857,260원, 1998.01.01~1996.12.31사업연도분 2,330,275,584원(계 8,606,673,023원, 이하 “쟁점지급이자” 라 한다) 및 그 유지관리비, 1995.01.01~1995.12.31사업연도분 3,477,280원, 1996.01.01~1996.12.31사업연도분 44,072,760원, 1997.01.01~1997.12.31사업연도분 90,925,756원, 1998.01.01~1996.12.31사업연도분 106,093,870원(계 244,569,686원,이하 “쟁점유지관리비” 라 한다)을 각각 손금불산입하였다. 청구인은 이에 불복하여, 1996.10.03 심사청구하였다.
(1) 그룹사옥 신축부지로 청구외 ○○학원으로부터 청구법인 등 8개 계열사가 공동으로 취득하기로 하고, 청구외 ○○학원의 학교(○○ 초여중고) 이전에 따른 신축교사의 공사수주목적과 사옥신축공사를 위해 그룹 내 건설회사인 청구외 ○○건설(주)가 대표자격으로 그 취득업무를 주관하여 진행하면서, 1992.10.06 청구외 ○○건설(주)는 청구외 ○○학원에 학교이전 및 신축에 필요한 자금대여를 위하여 154억원의 자금대차 계약 체결 및 1992.11.10 학교신축공사 도급계약 체결하고, 1992.11.17부터 1994.02.15까지 13,546백만원을 청구외 ○○학원에 지급한 후 1994.02.28 청구외 ○○건설(주)와 청구법인(지분 24%)등 8개 계열사가 청구외 ○○학원과 매매계약 체결하여 그룹사옥을 신축하고자 하였으나 학교용지 해제 절차 추진과 1995.03.02 상세계획구역으로 추가 고시됨에 따라 그룹사옥신축이 지연된 것으로서, 청구외 ○○학원 이전학교의 신축공사를 수주할 청구외 ○○건설(주)가 대표자격으로 쟁점사옥부지 취득 업무를 총괄ㆍ대집행한 후 소유지분에 따라 취득대금을 정산하였을 뿐임에도 청구외 ○○학원의 장부에 청구외 ○○건설(주)만으로 기장한 오류를 근거로 하여 청구법인이 청구외 ○○건설(주)에 자금을 대여한 것으로 보아 가지급금 인정이자 등을 과세함은 부당하고,
(2) 쟁점사옥부지를 그룹사옥 신축부지로 사용하기 위하여 1995.11.15 대표자격으로 청구외 ○○건설(주)에서 매매(가)예약을 체결한 이후 목적용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력(그룹사옥부지 업무추진현황 제시)을 계속하였음에도, 1995.03.02 상세계획구역으로 ○○시에서 추가 고시함에 따라 유예기간(1년) 내에 업무용으로 사용할 수 없었음에도 쟁점사옥부지를 비업무용부동산으로 보아 지급이자와 유지관리비를 손금불산입함은 부당하며,
(3) ○○ ○○지역 시멘트 출하기지용 부지로 사용하기 위하여 쟁점출하기지를 1994.01.20 취득(잔금 청산)한 후 목적 용도에 사용하기 위하여 토지거래허가 신청, 철도수송을 위한 청원선 배선 승인 득, 군부대 동의 득, 농지전용 및 산림 형질변경허가 신청 등 계속적인 노력을 하였음에도, 인근 주민들의 시멘트 SILO건설 반대 집단민원으로 농지전용 및 산림 형질변경 신청이 허가되지 아니하였고, 그에 대하여 감사원심사청구와 서울고등법원을 거쳐 1999.09.22 대법원에 상고하는 등 목적 용도로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 계속하여 다하고 있음에도, 잔금 청산일(취득일)로부터 기산한 유예기간(1년) 내에 업무용으로 사용하지 아니 하였다 하여 쟁점출하기지를 비업무용부동산으로 보아 지급이자와 관련 유지관리비를 손금불산입함은 부당하고,
(4) 청구외 ○○건설(주)에서 모델하우스 부지 및 지하철공사 현장 하치장으로 사용하는 부분은 청구외 ○○건설(주)의 지분 14%에 상당하는 2,387.5㎡의 범의 내에서 실제 사용하였음에도 쟁점사옥부지 전체를 청구외 ○○건설(주)에서 사용한 것으로 보아 과세함은 부당하다.
(1) 그룹사옥부지로 청구외 ○○학원으로부터 취득한 사실관계는 청구외 ○○학원과 ○○ 초ㆍ여중ㆍ고교를 이전하여 교사를 도급금액 260억원에 신축하여 주는 조건으로 청구외 ○○건설(주)가 1992.11.15 쟁점사옥부지에 대한 매매예약을 금 395억원에 체결하였고, 그 취득자금 395억원과 공사대금 260억원의 차액 135억원을 1992.11.17부터 신축학교를 완공한 후인 1994.02.15까지 사이에 계약조건에 따라 정산완료하고, 공사대금 260억원은 1994.05.16부터 1994.11.17까지 4회로 분할하여 청구외 ○○학원 통장에 매매대금으로 입금하였다가 공사대금조로 대체되어 청구외 ○○건설(주)가 되돌려 받은 사실이 확인되고 있어, 사실상 청구외 ○○건설(주)가 취득하였음에도, 1994.02.28 형식적으로 청구법인을 비롯한 ○○그룹 계열 8개사와 청구외 ○○학원간에 부동산 매매예약을 체결하고 예약증거금조로 매매대금의 90%를 선지급한 후 즉시 청구외 ○○건설(주)에 대체지급한 것은 당초부터 실질적으로 취득한 청구외 ○○건설(주)의 자금경색을 해소하기 위하여 형식적으로 매매예약 체결한 것이므로 당초 처분은 정당하고,
(2) 쟁점사옥부지의 취득일은 1996.08.21이고 상세계획구역 고시된 날이 1995.03.02이므로, 취득하기 전부터 사용이 금지 또는 제한이 된 토지였으며, 쟁점토지는 학교부지로서 취득 당시부터 유예기간(1년) 내에 사옥부지로 용도변경허가 받는 것이 사실상 어려움이 예상됨에도 이를 취득하였으므로, 쟁점사옥부지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하며,
(3) 쟁점출하기지는 국토이용관리법 제6조 와 농지보전 및 이용에 관한 법률 대기환경보전법시행령 제21조 규정 등에 의하여 사전에 법령상 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당함을 알고 취득하였음에도 업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다하였다는 이유로 비업무용이 아니라는 청구주장은 이유없고, 유예기간(1년) 내에 정당한 사유없이 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비업부용부동산으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하고,
(4) 쟁점사옥보지 전체를 취득일(1996.08.21) 이전부터 청구외 ○○건설(주)에서 지하철 공사 현장사무실(초등학교 건물 5,566㎡ 포함) 및 자재창고, 하치장 등으로 사용하고 있음이 관련서류(도시계획시설 해제 요청 공문서) 등에 의해 확인되며, 조사 당시 및 현재도 계속 청구외 ○○건설(주)에서 사용하고 있으므로, 인근 부동산에 대한 적정임대료를 참고하여 계산한 금액을 익금산입한 당초 처분은 정당하다.
① 쟁점금액이 그룹사옥 신축 예정지 구입대금인지 아니면 관계회사 대여금인지 여부
② 그룹사옥 신축 예정지로 취득 후 유예기간(1년)내에 사용하지 아니한 비업무용부동산으로 보아 지급이자 등 손금불산입함이 정당한지 여부
③ 시멘트 출하기지용으로 취득한 토지를 유예기간(1년)내에 사용하지 아니한 비업무용부동상으로 보아 지급이자 등 손금불산입함이 정당한지 여부
④ 그룹사옥 신축 예정지를 특수관계회사에서 무상 사용함에 대하여 부당행위계산 부인하여 적정임대로를 익금산입함이 정당한지를 가리는데 있다.
(1) 관련 법령 내국법인의 부당행위계산의 부인에 대하여, 법인세법(1996.12.30 법률 제5192호 개정 전, 이하 같다) 제20조에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』라고 규정하고 있고, 법인의 부당한 행위 또는 계산에 대하여, 같은법 시행령(1996.12.31 대통령령 제15192호 개정 전, 이하 같다) 제46조 제2항에서 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우” 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.~ 6. (생략)
7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때(이하 단서 생략) 7의 2 ~ 9. (생략)』라고 규정하고 있으며, 인정이자 등의 계산에 대하여, 같은법 시행령 제47조 제1항에서 『출자자 등에게 무상 또는 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당촤대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다』라고 규정하고 있다. 또한, 실질과세에 대하여, 같은법 제3조 제2항에서 『법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다』라고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 청구외 ○○건설(주)는 1992.10.06 청구외 ○○학원에 학교이전 및 신축에 필요한 자금대여를 위하여 154억원의 자금대차계약을 체결하고, 1992.11.10 학교신축공사 도급계약을 체결하였으며, 1992.11.17부터 1994.02.15까지 135억원을 위 자금대차계약 및 토지(가)예약매매대금조로 청구외 ○○학원에 선지급하였으며, 청구외 ○○학원의 학교신축공사를 완료하고 공사대금을 받지 못하고 있는 상태에서 그룹사옥을 신축할 목적으로 1994.02.28 청구법인 등 그룹 계열의 8개사가 청구외 ○○학원과 매매계약을 변경 체결하였고, 사옥을 신축하고자 하였으나 학교용지 해제업무와 1995.03.02 ○○시의 상세계획구역 고시로 인하여 그룹사옥신축이 지연되고 있는 사실이 관계서류에 의하여 확인되고 있는 바, 청구외 ○○건설(주)가 자금대차계약과 토지구입대금조로 부동산매매가 예약을 체결하여 선집행한 후 ○○그룹이 사옥신축목적으로 청구법인 등 그룹계열의 8개사가 청구외 ○○학원과 다시 계약을 체결하면서 청구오L ○○건설이 매매(가)예약조건에 따라 선지급하였고 학교신축공사를 완료한 상태이므로 매매예약증거금으로 매매금액의 90% 상당액을 1개월 이내에 미리 지급하는 것은 정상적인 거래행위라 할 것이고, 또한 그 매매예약대로 토지거래허가를 득하여 본 계약이 체결되어 정상적으로 각 자의 지분대로 소유권이전등기까지 완료된 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 청구외 ○○학원에 지급한 쟁점금액은 정상적인 토지매매대금에 해당하고, 청구외 ○○학원은 공사가 완료된 학교신축공사 미지급금의 결재자금으로 쟁점금액을 도급자인 청구외 ○○건설(주)에 대체지급한 것으로 보는 것이 타당하다. 그럼에도 청구법인이 토지예약증거금으로 지급한 쟁점금액을 청구외 ○○학원이 청구외 ○○건설(주)에 바로 대체 지급하였다 하여 이를 청구법인이 청구외 ○○건설(주)에 우회적 방법으로 자금을 대여한 것으로 보아 관계회사업무무관가지급금 인정이자 상당액을 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 것은 잘못이라 판단된다.(심사 법인 1999-0221호, 2000.03.24자 같은 뜻)
(1) 관련 법령 지급이자의 손금불산입에 대하여, 같은법 제18조의 3 제1항에서『다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 가r 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용 실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것, 2.~3. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등” 이라 한다)을 말한다.
1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 엄부에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2.~5.(생략)』라고 규정하고 있으며, 같은령 제43조의 2 제3항에서 『제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 총리령으로 정한다』하고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙(1997.03.29 총리령 제622호 개정분, 이하 같다) 제18조 제3항에서 『영 제43조의 2 제1항 및 제3항에서 “비업무용부동산” 이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
1. 부동산(괄호 생략)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니한 부동산(이하 단서 생략) 2.~24. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은규칙 제18조 제4항에서 『다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.
1. 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(이하 이 호에서 “사용제한부동산” 이라 한다)으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 부동산(이하 생략)』이라고 규정하고 있다. 또한, “정당한 사유”에 대하여, 대법원 판례 97누 829호(1999.03.09)에서 『 “정당한 사유” 란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,(중략) 토지의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 특히 건물신축을 위한 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 보아 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다』라고 판결하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청은 ○○그룹의 사옥신축용 부지로 계열사인 8개사가 공동(청구법인 지분 24%)으로 취득한 쟁점사옥부지를 유예기간(1년) 내에 업무용으로 직접 사용하지 아니한 비업무용부동산으로 보아 쟁점지급이자와 관련된 쟁점유지관리비를 손금불산입하고 이 건 과세하였다. (나) 앞서 관계법령에서 살펴 본 바와 같이, 부동산을 취득한 후 유예기간 내에 업무에 직접 사용하지 못한 경우에는 비업무용부동산으로 보지만 업무에 직접 사용하지 못한 사유가 부동산 취득 후 유예기간 내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 있거나, 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우에는 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하고 있다. (다) 처분청은 쟁점사옥부지의 취득시기를 잔금 지급일 및 소유권이전등기일인 1996.08.21로 보고, 그 날 이전에 이미 도시계획법에 의한 상세계획구역으로 지정되었으므로 ‘취득 후’ 사용 제한된 경우에 해당하지 아니한 것으로 보았다. (라) 비업무용부동산 판정 시의 취득시기에 관하여, 우리청의 질의회신문법인 00000-000호(1994.04.01)는 잔금 청산인, 소유권이전등기일, 사용수익허가일 중 빠른 날을 취득일로 보고 있다. 법인이 비업무용부동산을 보유할 경우 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 제 규정의 입법취지와 목적, 그 내용 등에 비추어 볼 때 유예기간 산정의 기산일이 되는 취득시기는 당해 부동산을 인도받아 사용ㆍ수익할 수 있는 시점으로 보아야 할 것이고, 구체적으로 사용ㆍ수익이 가능한 시점이란 잔금을 청산한 후 당해 부동산을 인도 받아 사실상 지배하는 상태를 의미한다 할 것이다. (마) 이 건의 경우, 쟁점사옥부지의 취득시기를 언제로 볼 것인지를 판단하기 위하여 청구법입의 쟁점사옥부지 취득 및 사용 ㆍ수익 과정을 살펴보면, 1992.11.15 청구외 ○○건설(주)는 청구외 ○○학원 소유이던 쟁점사옥부지를 총매매대금 36,980,160,000원에 취득하기로 매매예약(1994.02.28 총매매대금을 39,576,160,000원으로 변경)하는 한편, 1993.04.16 청구외 ○○학원은 청구외 ○○건설(주)에게 이전할 학교의 신축공사를 도급금액 21,934.000,000원(부가가치세 제외된 금액으로, 1994.02.24 도급금액을 24,530,000,000원으로 변경)에 맡겼고, 청구외 ○○건설(주)는 토지취득대금과 공사수급액과의 차액 중 예약증거금으로1992.11.17~1993.02.16 사이에 3,219,007,130원을 지급하였으며 1993.05.15~1994.02.15 사이에 10,327,152,870원을 지급하였고, 1994.02.28 청구외 ○○학원은 청구외 ○○건설(주)가 신축한 ○○시 ○○구 ○○동 소재 학교로 이전하였으며, 그 날부터 청구외 ○○건설(주)가 쟁점사옥부지와 교사건물 전체를 모델하우스부지 및 가설자재 야적장 등으로 사용하였고, 같은 날 청구법인을 포함한 청구외 ○○건설(주) 등 계열사 8개사는 쟁점사옥부지를 총매매금액 39,576,160,000원에 취득(이 중 청구법인 지분은 24%임)하기로 하는 매매예약을 청구외 ○○학원과 체결하면서 예약증거음으로 총매매대금의 90%에 상당하는 35,618,544,000원을 지불하였으며, 1996.08.21 토지거래허가를 받은 후 1996.08.13 토지매매본계약을 체결하였고, 1996.08.21 매매잔금 3,957,616,000원을 지불한 후 같은 날에 소유권이전등기를 마친 일련의 사실이 관계서류에 의해 확인된다. 그렇다면, 1994.02.28 매매대금의 대부분(90%)이 지급되었으며 청구외 ○○건설(주)가 쟁점사옥부지와 교사건물을 모델하우스 및 건설자재야적장 등으로 사용하기 시작하였으므로 그 날을 청구법인이 잼정사옥부지를 청구외 ○○학원으로부터 인도 받아 사용ㆍ수익하기 시작한 날, 즉 취득시기로 보는 것이 타당하고, 따라서 쟁점사옥부지는 취득 후에 법령의 규정에 의하여 사용제한(1995.03.24 도시계획법상 상세계획구역으로 지정)된 토지로서 비업무용부동산에 해당하지 아니한다고 판단된다. (바) 처분청은 쟁점사옥부지는 매매예약 당시에도 학교용질h서 유예기간인 1년 내에는 용도변경하여 목적용도에 사용하기가 어려울 것이 예상됨에도 취득하였으므로 쟁점사옥부지는 비업무용부동산에 해당한다는 의견이다. 그러나 청구외 ○○학원은 1992.10.22 ○○시 교육감으로부터 교육재산처분허가를 받았으며, 청구외 ○○건설(주)는 1994.02.08 그룹의 주거래은행인 ○○은행으로부터 ‘계열법인 그룹사옥신축용 부동산취득 사전승인’을 받았고, 특히 1993년의 ○○구도시기본계(안)에 의하면, 쟁점사옥부지는 ○○구 도시기본계획에서 주차대수 500대 규모의 업무용 복합빌딩신축부지로 계획되어 주민설명회 개최 공고 등의 행정절차를 거처 업무용 복합빌딩신축부지로 주민들에게 공람하였음을 알 수 있는 바, 따라서 청구법인은 쟁점사옥부지가 유예기간 내에 학교용지에서 해제될 것으로 판단하였다는 것이며, 이를 객관적으로 볼 때 청구법인이 그와 같이 믿는 데에는 무리가 없다고 할 것이고, 1992.07.10 ○○시와 ○○시교육감 간에 “상명국교ㆍ여중ㆍ고교 이전계획 협의에 대한 회신(학교용지해제시 해제면적의 20%에 해당하는 토지를 ○○시에 기부채납하는 조건)” 과 1992.10.2 “교육용 기본재산 용도변경 및 처분허가”를 받았으며, 이에 따라 1994.07.18 청구외 ○○학원은 용산구청에 학교용지해제신청을 하였고, 그 후 1994.12.13부터 1996.06.14까지 18차례에 걸쳐 학교용지해제에 관련된 업무추진 결과 1996.06.14 학교용지해제와 관련된 조건에 따라 당초 취득한 쟁점사옥부지 중 일부를 ○○시에 기부채납하고, 1996.06.28 학교용지에서 해제된 일련의 사실이 관계서류에 의하여 확인되는 바, 이러한 사실을 종합하여 보면 청구법인이 쟁점사옥부지를 취득한 이후에 유예기간 내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 청구법인에게 모든 귀책사유를 돌리기는 어려운, 유예기간 내에 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 판단된다. 결국, 쟁점사옥부지 취득 당시 이미 법령의 규정에 의한 토지의 사용제한(학교용지)이 있었던 상태였다고 하더라도 그 제한은 일정한 기간 동안에 한정된 것으로 보아야 하고, 그 기간이 도래하기 전에 새로운 법령상 제한인 상세계획구역으로의 지정고시가 있은 쟁점사옥부지는 취득 후의 사용제한이라고 보는 데에 장애가 되지 아니한다 할 것이다.(대법원 97누 14194호, 1999.06.25자 같은 뜻) (사) 따라서, 청구법인의 소유인 쟁점사옥부지를 청구외 ○○건설(주)가 모델하우스 부지와 건설자재적치장 등으로 사용하기 시작한 1994.02.28부터 기산하여 청구법인에게 임대수입금액누락액을 익금가산하여 법인제세를 추징하는 것은 별론으로 하고, 취득 후 법령상 사용제한 내지 유예기간 내에 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 판단되므로 쟁점사옥부지를 비업무용부동상에서 제외하여 쟁점법입세등을 경정함이 타당하다 할 것이다. 라, 쟁점③에 관하여
(1) 관련 법령 앞서 살핀 쟁점②의 관련법령과 같고, 외에 준농림지역에 대하여, 국토이용관리법(1993.08.05 법률 제4572호 개정분, 이하 같다) 제6조 【국토이용계획의내용】에서 『국토이용계획에는 다음의 용도지역의 지정에 관한 계획을 정하여야 한다.
1. ~ 3.(생략)
4. 준농림지역: 농업진흥지역 외의 지역의 농지 및 준보전임지 등으로서 농림업의 진흥과 산림보전을 위하여 이용하되, 개발용도로도 사용할 수 있는 지역 5.(생략)』라고 규정하고 있고, 준농림지역 안에서의 행위제한에 대하여, 같은법 제15조 【용도지역 안에서의 행위 제한】제1항에서 『용도지역 안에서의 행위제한에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. ~ 3.(생략)
4. 준농림지역: 환경오염의 우려가 있거나 부지가 일정규모 이상인 공장ㆍ건축물ㆍ공작물 기타의 시설의 설치 등 대통령령이 정하는 토지이용행위는 이를 할 수 없다. 5.(생략)』라고 규정하고 있으며,. 같은법 시행령(1995.10.19 대통령령 제14789호 개정분, 이하 같다) 제14조 제1항에서,『법 제15조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지이용행위 ” 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 말한다.
제2도 제9호의 규정에 의한 대기오염물 배출시설에 해당하는 시설로서 동법 시행령 별표 1중 1종사업장 내지 3종사업장에 해당하는 시설ㆍ건축물 기타의 공작물과 동표 중 4종사업장 및 5종사업장 가운데에서 대기환경보전법 제2조 제8호 의 규정에 의한 특정대기유해물질을 배출하는 시설ㆍ건축물 기타의 공작물(이하 단서와 각 호 생략)』라고 규정하고 있고, 비산먼지의 규제에 대하여, 대기환경보전법(1993.12.27 법률 제4652호 개정분, 이하 같다) 제28조 제1항에서 『일정한 배출구 없이 대기 중에 직접 배출되는 먼지(이하 “비산먼지”라 한다)를 발생시키는 사업으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 환경부장관에게 신고하고 비산먼지의 발생을 억제하기 위한시설을 설치하거나 필요한 조치를 하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령(1994.07.26 다통령령 제14346호 개정분, 이하 같다) 제21조【비산먼지 발생사업】에서 『법 제28조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각 호의 사업 중 환경부령이 정하는 사업을 말한다.
1. 시멘트ㆍ석회ㆍ프라스터 및 시멘트 관련제품 제조 및 가공업
2. ~ 9. (생략)』라고 규정하고 있다. 또한, 토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 대하여, 토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙(1994.12.09 건설부령 제573호 개정분, 이하 같다) 제4조【행위허가 등】제1항에서 『시장 또는 군수는 다음 각 호의 1에 해당되는 지역안에서는 법 제4호 제1항의 규정에 의한 허가를 하지 아니한다.(단서 생략)
1. 녹지지역으로서 당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경ㆍ풍치ㆍ미관 등이 크게 손상될 우려가 있는 지역
2. (생략)
3. 국방상 또는 공공목적상 원형유지의 필요가 있는 지역
4. (생략)』라고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 시멘트 출하기지 신축목적으로 1994.01.20 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 외 7필지 8,340㎡(명세 따로 붙임. 이하“쟁점출하기지①” 이라 한다)와 같은동 ○○번지 잡종지 외 5필지 23,368㎡(명세 따로 붙임. 이하 “쟁점출하기지②” 라 한다)을 취득하였다. (나) 쟁점출하기지① 및 쟁점출하기지②의 취득일자가 각각 1994.01.20임에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (다) 쟁점출하기지 중 농지는 농지전용허가를 받지 못하여 청구법인이 헌재까지도 소유권이전등기를 넘겨받지 못하고 있고, 그 외의 토지는 모두 소유권이전등기를 마쳤으며, 쟁점출하기지①은 취득당시 준농림지역 및 군사시설보호구역으로 지정된 토지이고, 쟁점출하기지②는 도시지역으로 달리 법령상으로 제한된 사실이 없음을 토지이용계획확인원에 의해 확인할 수 있다. (라) 앞서 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 국토이용관리법 제6조 및 제15조의 규정은 준농림지역 내에서는 환겸오염의 우려가 있는 건축물을 설치할 수 없도록 규정하고 있고, 토지의 형질변경 등 행위허가기준 등에 관한 규칙 제4조의 규정에 따르면, 국방상 또는 공공목적상 원형유지의 필요가 있는 지역 안에서는 토지형질변경의 허가를 하지 아니하고, 다만 공익상 당해 사업의 시행이 필요한 경우로서 조경, 재해예방 등 필요한 조치를 취하는 경우에 허가하도록 규정하고 있다. (마) 청구법인에서 쟁점출하기지를 취득하여 업무에 사용하고자 한 행위를 청구제시하는 증거자료 등으로 살펴보면, 1994.04.06 ○○시에 토지거래허가 신청하였으나 군부대의 동의를 받지 못하였다는 이유로 당초 허가를 받지 못하였다가 1995.11.14 건축물(SILO) 높이를 15m 이내로 하는 조건으로 하여 군부대로부터 조건부동의를 받았고, 1994.05.24 ○○철도청으로부터 시멘트수송에 필요한 철도배선승인을 받았으며, 1996.09.12 농지전용 및 산림훼손허가신청을 하였으나 1996.10.11 국토이용관리법상 수질오염 우려 및 대기오염 우려와 인근 주민의 집단 민원 등으로 위 허가신청이 허가되지 아니하였으며, 그 불거가처분에 대하여 청구법인은 감사원심사청구를 거쳐 행정소송을 제기하였으나 감사원심사결정과 고등법원까지 위 불허가처분이 정당하다는 취지로 기각되어 이건 심리일 현재 대법원에 상고 중인 일련의 사실이 관계서류에 의하여 확인된다. (바) 청구법인은 쟁점출하기지를 취득하여 건축물(SILO)을 신축하고자 노력을 다하였으나 인근주민들의 집단민원 제기로 인하여 농지전용 및 산임훼손허가를 받지 못함으로써 쟁점출하기지를 목적업무에 직접 사용하지 못하였고, 따라서 취득 후 유예기간 내에 목적업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 쟁점출하기지는 비업무용부동산이 아니라고 주장한다. (사) 그러나, 쟁점출하기지①은 취득당시 준농림지역 및 군사시설보호구역내의 토지로서 업무에 사용하고자 할 경우 농지전용 및 산입훼손허가가 필수적으로 필요하고, 관계법령의 규정에 의하면 청구법인의 경우처럼 환경오염 또는 수질오염의 우려가 있는 시설물에 대하여는 허가하지 아니하도록 규정되어 있고, 또한 형질변경불허가처분이 정당하다는 것은 고등법원까지 관할 ○○시 승소한 사실에서도 반증된다. 즉 쟁점출하기지①은 비업무용부동산에서 제외 할 수 있는 “취득 후 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유” 로 인하여 업무에 사용하지 못한 경우도 아니고, “취득 후 법령상 사용제한” 된 경우도 아닌, 취득당시부터 사용이 제한된 토지를 취득한 경우이므로 이를 비업무용부동산으로 보아 지급이자 및 유지비용을 손금불산입한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 반면, 쟁점출하기지②는 도시지역일 뿐 달리 그 사용이 제한된 토지가 아님은 앞서 살펴본 바와 같다. 그럼에도 불구하고 행정청(○○시장)이 쟁점출하기지②에 대하여 형질변경불허가 처분 등을 한 것은 행정작용의 일환으로 행하여진 것이라 할 것이다. 비업무용부동산에서 제외할 수 있는 사유로서 취득 후 ‘법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’ 이란 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정청이 그 행정작용의 일환으로 허가를 하여 주지 않는 경우도 포함된다 할 것(대법원94누2503, 1994.11.22자 같은 뜻)이므로, 결국 쟁점출하기지②는 ‘취득 후 법령의 규정에 의하여 그 사용이 제한된 토지’ 로 보아 비업무용부동산에서 제외함이 타당하다고 판단된다.
(1) 관련 법령 부당행위계산의 부인에 대하여, 법인세법 제20조 에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』라고 규정하고 있고, 법인의 부당한 행위 또는 계산에 대하여, 같은법 시행령 제46조 제2항에서 『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우” 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. ~ 6. (생략)
7. 출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때(이라 단서 생략) 7의 2.~9. (생략)』라고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 쟁점사옥부지의 사용내역을 살펴보면, 청구제시한 그룹사옥부지 업무 추진현황과 도시계획시설 해제 요청 공문 등에 의하여, 상명학교가 이전한 1994.02.28부터 청구외 ○○건설(주)에서 초등학교 교사(○○번지)와 체육관(같은동 ○○번지)을 지하철 6호선 건설공사 사무실로, 같은동 ○○번지(400평)을 ○○구 ○○동 ○○아파트 모델하우스 부지로 각각 사용하였고, 가설자재 야적장과 협력업체인 ○○토건의 현장사무실 등으로 사용하였음을 알 수 있다. (나) 청구법인은 청구이유에서 청구외 ○○건설(주)에서 모델하우스 부지 및 지하철공사 현장 하치장으로 사용하는 부분은 청구외 ○○건설(주)의 지분 14%에 상당하는 2,387,5㎡의 범위 내에서 실제 사용하였다고 주장하면서도, 그에 대한 구체적인 증거를 제시하지 못하고 있고, 또한, 익금산입액(적정임대료) 계산내역에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (다) 따라서, 쟁점사옥부지 중 청구법인의 소유지분(24%)을 특수관계자인 청구외 ○○건설(주)에서 무상으로 사용함에 대하여, 부당행위계산 부인하고 적정임대료를 익금산입한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.